Merge pull request #865 from bangerth/fix-dynamic-sparsity-pattern-iterators-2

Fix an oversight in a previous patch for DynamicSparsityPattern iterators

Fix an oversight in a previous patch for DynamicSparsityPattern iterators.

Merge pull request #861 from bangerth/fix-dynamic-sparsity-pattern-iterators

Fix DyanmicSparsityPattern::iterator.

In DynamicSparsityPattern iterators, also store a pointer to the end of the line to avoid repeated IndexSet lookups for every call to operator++.

Merge pull request #860 from tjhei/par_interp_diff_mesh2

Parallel interpolate_to_different_mesh part 2

add check in interpolate_to_different_mesh

fix documentation of interpolate_to_different_mesh

document Triangulation settings

Fix DyanmicSparsityPattern::iterator.

In my previous commit where they were introduced, I had failed to
take into account that DynamicSparsityPattern can take an IndexSet
that denotes which rows to store. We need to skip over rows
that are not stored by this sparsity pattern.

This, unfortunately, complicated the logic significantly.

Merge pull request #859 from kronbichler/master

Improve performance of renumber_dofs for parallel triangulation

Improve performance of DHPolicy::renumber_dofs for parallel triangulation

Merge pull request #858 from tjhei/par_interp_diff_mesh

Parallel interpolate_to_different_mesh

fix unrelated typo in documentation

add tests

make interpolate_to_different_mesh work in parallel

Merge pull request #857 from kronbichler/master

Move several functions from .h to .cc file.

Move several functions from .h to .cc file.

Merge pull request #854 from QiaoLei-88/value_type_for_Table

add standard type info to container class TableBase.

Merge pull request #856 from QiaoLei-88/step-33_Vector_accessing

simplify accessing to Vector element.

Merge pull request #855 from tjhei/step40-pvtu

step-40: fix pvtu filename

add standard type info to container class TableBase.

step-40: fix pvtu filename

Paraview gets confused by the additional .0000 numbering and refuses
to load all .pvtu files together. Fix this by the more sensible naming
of solution-XX.pvtu

simplify accessing to Vector element.

Merge pull request #851 from QiaoLei-88/step-33_remove_redundant_template_parameter

remove redundant template parameter 'Number'

Merge pull request #852 from bangerth/remove-unnecessary-instantiation

Remove unnecessary instantiation

Provide a forward declaration for an explicit specialization.

Remove an explicit instantiation.

The instantiation references a function that had previously been
explicitly specialized. No explicit instantiation is necessary
here, and in fact leads to a warning by Clang.

remove redundant template parameter 'Number'

Merge pull request #849 from Rombur/step-17-typo

Fix two typos in step-17.

Merge pull request #848 from tamiko/silence_warning

Explicitly call default constructor to silence a bogus warning

Fix two typos in step-17.

Explicitly call default constructor to silence a bogus warning

This fixes a bogus warning emitted by gcc 4.8 and 4.9 about a possible
uninitialized member object

Merge pull request #847 from tamiko/make_gcc_4.7_happy

Work around a bug in gcc-4.7 wrt initalizer lists in function arguments.

Merge pull request #841 from bangerth/doc-update-23

Update documentation.

Merge pull request #836 from bangerth/compute-hdiv-norm-2

Compute hdiv norm 2

Fix mistaken comments.

Work around a bug in gcc-4.7 wrt initalizer lists in function arguments.

Merge pull request #846 from tamiko/fix_a_warning

Silence a warning in external or bundled boost headers (boost 1.56)

Silence a warning in external or bundled boost headers (boost 1.56)

Merge pull request #845 from tamiko/fix_a_warning

Silence a warning emitted by clang-3.6

Silence a warning emitted by clang-3.6

Merge pull request #844 from tamiko/linear_operator_bugfix

Do not repeat template default arguments

Do not repeat template default arguments

This is indeed not valid C++11 and clang is unhappy about that.

Further, it works around a regression in gcc up to 4.7 that ejects a bogus
error in the lambda definitions in case of partial template default
arguments [1]

Closes #842

[1] https://github.com/dealii/dealii/pull/843

Merge pull request #843 from bangerth/silence-warning

Silence a warning.

Silence a warning.

This also addresses #598.

Move Matthias's changelog entry to the right place.

Add a test.

Also enable computing the H_div seminorm.

This is joint work with Zhen Tao and Arezou Ghesmati.

Merge pull request #799 from QiaoLei-88/Timer_cpu_time

fix cpu time collection on MPI system for class TimerOutput

fix cpu time collection on MPI system for class TimerOutput.

Merge pull request #840 from bangerth/remove-use-of-rand_r

Remove use of rand r

Merge pull request #838 from bangerth/fix-warning

Suppress a warning inside boost.

Remove cmake checks for rand_r().

We now no longer use this function anywhere.

Update documentation.

This closes #542.

Merge pull request #839 from bangerth/doc-update-22

Swap order of constructor arguments to make their connection to each other clearer.

Swap order of constructor arguments to make their connection to each
other clearer.

This closes #755.

Add test.

Replace use of rand_r by equivalent BOOST functionality.

Merge pull request #750 from tamiko/linear_operator

Implement a LinearOperator class

provide a doxygen module, finish documentation

refactor internal helper classes

Use static GrowingVectorMemory objects

Big renaming

Correctly guard C++11 code with DEAL_II_WITH_CXX11

Rename 'exemplar' to 'reinit_vector'

Introduce internal::LinearOperator namespace

Reorder arguments of inverse_linop

Explicitly add default construtor variants

add a test

add blogdiagonal variants

Restructure Factory class into internal namespace

Augment documentation

Generalize the "linop" constructor

Implement block_linop

Documentation update

add a changes.h entry

Add Specializations for BlockVector<number> and vectors in TrilinosWrappers::

Implement a LinearOperator class

Add range_partitioner and domain_partitioner member functions

TrilinosWrappers::BlockSparseMatrix now has member functions returning an
std::vector of the underlying, blockwise Epetra_Map object

Suppress a warning inside boost.

Specifically, suppress the following warning:

In file included from /u/bangerth/p/deal.II/1/dealii/bundled/boost-1.56.0/include/boost/property_tree/json_parser.hpp:15:0,
                 from /u/bangerth/p/deal.II/1/dealii/source/base/parameter_handler.cc:25:
/u/bangerth/p/deal.II/1/dealii/bundled/boost-1.56.0/include/boost/property_tree/detail/json_parser_write.hpp: In function âstd::basic_string<_CharT> boost::property_tree::json_parser::create_escapes(const std::basic_string<_CharT>&) [with Ch = char]â
:/u/bangerth/p/deal.II/1/dealii/bundled/boost-1.56.0/include/boost/property_tree/detail/json_parser_write.hpp:79:67:   instantiated from âvoid boost::property_tree::json_parser::write_json_helper(std::basic_ostream<typename Ptree::key_type::value_type>&, const Ptree&, int, bool) [with Ptree = boost::property_tree::basic_ptree<std::basic_string<char>, std::basic_string<char> >, typename Ptree::key_type::value_type = char]
â/u/bangerth/p/deal.II/1/dealii/bundled/boost-1.56.0/include/boost/property_tree/detail/json_parser_write.hpp:159:9:   instantiated from âvoid boost::property_tree::json_parser::write_json_internal(std::basic_ostream<typename Ptree::key_type::value_type>&, const Ptree&, const string&, bool) [with Ptree = boost::property_tree::basic_ptree<std::basic_string<char>, std::basic_string<char> >, typename Ptree::key_type::value_type = char, std::string = std::basic_string<char>]
â/u/bangerth/p/deal.II/1/dealii/bundled/boost-1.56.0/include/boost/property_tree/json_parser.hpp:98:9:   instantiated from âvoid boost::property_tree::json_parser::write_json(std::basic_ostream<typename Ptree::key_type::value_type>&, const Ptree&, bool) [with Ptree = boost::property_tree::basic_ptree<std::basic_string<char>, std::basic_string<char> >, typename Ptree::key_type::value_type = char]
â/u/bangerth/p/deal.II/1/dealii/source/base/parameter_handler.cc:1921:32:   instantiated from here
/u/bangerth/p/deal.II/1/dealii/bundled/boost-1.56.0/include/boost/property_tree/detail/json_parser_write.hpp:35:13: warning: comparison is always true due to limited range of data type [-Wtype-limits]

Merge pull request #837 from tamiko/fixes_for_cygwin

Do not test for rand_r on cygwin platforms

Merge pull request #832 from tamiko/further_fixups

Another round of fixes to suppress warnings

Do not test for rand_r on cygwin platforms

Merge pull request #833 from drwells/block-sizes-arg

Consistently label 'block_sizes' as such.

Merge pull request #834 from Rombur/step-17

Make step-17 more similar to step-8

Merge pull request #835 from tamiko/fix_a_test

fix test mpi/step-39

fix test mpi/step-39

Closes #764

Reindent step-17.

Add sections in the documentation of step-17 and reorder functions to be more like step-8.

Update copyright dates.

Use the prefix "n_", not "num_".

Use full words for variable names.

Consistently name block_sizes as such.
It was referred to as "n" or "N" in some functions.

Fix a bunch of warnings

These are harmless code modifications to make a variety of compilers happy.

Guard pragmas

Merge pull request #808 from bangerth/remove-_mm_malloc

Avoid the use of _mm_malloc/_mm_free in favor of posix_memalign

Merge pull request #830 from tamiko/use_pragmas

Use pragmas to control diagnostics

Use pragma approach for Trilinos' headers

Closes #819

Refactor diagnostic pragma for opencascade

Introduce two macros to guard external header files

This utilizes the "GCC diagnostic" pragma with the corresponding "push" and
"pop" mechanism, as well as the "ignored" statement to selectively disable
specific diagnostic categories.