Merge pull request #2244 from tjhei/8_4_pr2243

[8.4] take over #2243: fix incorrect MPI_Allgather

fix incorrect MPI_Allgather

MPI_Allgather in compute_local_to_global_vertex_index_map() was using
the wrong data type, which probably lead to wrong results or at least
illegal memory access.

update VERSION for release

Merge pull request #2201 from tjhei/8_4_pr2197

[8.4] take over #2197

BOOST enable_if fix for old versions

enable_if.hpp used to be in a different directory before 1.56.

more DISABLE_EXTRA_DIAGNOSTICS guards

skip -pedantic if no cxx11

Merge pull request #2193 from bangerth/add-authors

[8.4] Take over "Add authors to the lines that list the code gallery programs."

Separate authors by commas, avoid space at the end.

Add authors to the lines that list the code gallery programs.

Merge pull request #2190 from tjhei/8_4_pr2189

[8.4] take over #2189: fix doxygen warning in GridTools::get_dof_to_support_patch_map

Merge pull request #2187 from tjhei/8_4_pr2185

[8.4] take over #2185: fix cmake 3.3 error about code-gallery.h

Merge pull request #2186 from tjhei/8_4_pr_2183

[8.4] take over #2183: suppress more warnings in external libs

Merge pull request #2182 from tjhei/8_4_remove_la_vector

[8.4] remove LA vector classes

Merge pull request #2188 from tjhei/8_4_pr2172

[8.4] take over #2172: fix tests/base/function_parser_09

fix doxygen warning in GridTools::get_dof_to_support_patch_map

fix tests/base/function_parser_09

fix cmake 3.3 warning about code-gallery.h

cmake 3.3 will warn about CMP0058 and is unable to compile the documentation
when using Ninja:

 This project specifies custom command DEPENDS on files in the build tree
  that are not specified as the OUTPUT or BYPRODUCTS of any
  add_custom_command or add_custom_target:

   doc/doxygen/code-gallery/code-gallery.h

We have to jump through a few hoops to make this work: Generating a
dependency to a source file generated in a subdirectory CMakeLists.txt
requires a custom command attached to a custom_target. Because ADD_DEPENDENCIES
only allows custom_targets not custom_commands, we have to add another dummy.

suppress more warnings in external libs

this suppresses:
/ssd/libs-candi/trilinos-12.4.2-Source/include/Amesos2_Superludist_FunctionMap.hpp:285:17: warning: comparison of constant 67 with expression of type 'SLUD::DiagScale_t' is always false [-Wtautological-constant-out-of-range-compare]
      char eq = AMESOS2_SLUD_GET_EQUED(*equed);

and

/ssd/libs-candi/trilinos-12.4.2-Source/include/Tpetra_Experimental_BlockCrsMatrix_def.hpp:2826:3: warning: all paths through this function will call itself [-Winfinite-recursion]

remove experimental vector classes

Merge pull request #2169 from tjhei/8_4_pr2168

[8.4] take over #2168: fix link

fix link

../mail.html is a 404 and I prefer linking to "participate" instead of
the mailing list...

Merge pull request #2162 from tjhei/8_4_pr2161

[8.4] take over #2161

silence boost warnings in step-53

deprecated warning about boost_trait_def.hpp when using boost 1.60

Merge pull request #2165 from tjhei/8_4_pr2163

[8.4] take over #2163, silence boost warnings

silence boost warnings

Merge pull request #2160 from tjhei/8_4_fix_req_version

[8.4] fix required version

fix required version

Merge pull request #2159 from tjhei/8_4_pr2158

[8.4] take over #2158

Merge pull request #2157 from tjhei/8_4_remove_steps

[8.4] remove steps

fix warning

(unused parameter)

removed unfinished steps (release tasks step 8).

update AUTHORS

update VERSION

Merge pull request #2150 from tjhei/changes_before_84_branch

update changes and news for release

update changes and news for release

Merge pull request #2152 from tjhei/disable_compiler_warnings

disable gcc warnings

disable gcc warning

In file included from /usr/include/c++/4.8/cassert:43:0,
                 from /ssd/libs-
candi/boost_1_60_0/include/boost/property_tree/detail/json_parser/narrow_encoding.hpp:6,
                 from /ssd/libs-
candi/boost_1_60_0/include/boost/property_tree/detail/json_parser/read.hpp:14,
                 from /ssd/libs-
candi/boost_1_60_0/include/boost/property_tree/json_parser.hpp:16,
                 from /ssd/deal-git/source/base/parameter_handler.cc:26:
/ssd/libs-
candi/boost_1_60_0/include/boost/property_tree/detail/json_parser/narrow_encoding.hpp:
In member function ‘char
boost::property_tree::json_parser::detail::utf8_utf8_encoding::to_internal_trivial(char)
const’:
/ssd/libs-
candi/boost_1_60_0/include/boost/property_tree/detail/json_parser/narrow_encoding.hpp:71:25:
warning: comparison is always true due to limited range of data type
[-Wtype-limits]
             assert(c <= 0x7f);

Merge pull request #2153 from tjhei/update_trilinos_version

update known good trilinos version

update known good trilinos version

Merge pull request #2131 from srobertp/dof_support_patches

add the get_dof_to_support_patch_map() function

Merge pull request #2149 from asartori86/rand_function

added rand function to FunctionParser

added rand and rand_seed functions to FunctionParser

run indent and add comments to describe test

add test of FE_Q<dim>(2) with dof_to_support_patch_map

Merge pull request #2151 from drwells/matrix-free-broken-link

Join a link that was broken over two lines.

Join a link that was broken over two lines.

This makes the link clickable.

change template parameter to DoFHandlerType and make various changes as recommended in pull request

Merge pull request #2144 from tjhei/wrapcomments

Wrapcomments

Merge pull request #2148 from tjhei/scary_mpi_fixes

fix several scary MPI bugs

fix several scary MPI bugs

I am surprised the code in question used to work at all because we are just
overwriting random memory. I detected those using clang's argument type
warnings and extensible clang type annotation within MPICH.

Merge pull request #2147 from kronbichler/master

Avoid C++11-isms in tests

Avoid C++11-isms in tests

Merge pull request #2146 from tjhei/minor_doc_update

minor rewording

minor rewording

run wrapcomments

this sadly kills some of the manual indentation of @param and other
commands

Merge pull request #2145 from tjhei/update_copyright_years

update copyright years

Merge pull request #2143 from tjhei/documentation_updates

Documentation updates

update copyright years

fix astyle

wrapcomments.py: numbered list support

update update_copyright script

-i is only valid if you process a file

fix block formulas

doxygen doesn't like numbered lists

more manual formatting

improve wrapcomments.py

manual formatting fixes for wrapcomments.py

formatting: release step 0b

various documentation fixes

Merge pull request #2142 from tjhei/msvc_bigobj_fix

fix MSVC compilation by adding /bigobj

fix MSVC compilation by adding /bigobj

this fixes "fatal error C1128: number of sections exceeded object file format limit"

run indent again on changes

Merge pull request #2100 from drwells/remove-whitespace-in-get_fe_by_name

Remove whitespace in get fe by name

Merge pull request #2140 from tjhei/fix_tests2

fix tests without cxx11

fix tests without cxx11

Merge pull request #2139 from tjhei/metis_test_output

fix metis tests

fix metis tests

On my machine with 64bit ints and 32bit metis I am getting the 32bit results
and so the tests fail. Fix this by always comparing against all possible
outputs. Also include additional output for metis_04.

Merge pull request #2138 from tjhei/metis_user_include

add metis include dir to USER_INCLUDE_DIRS

add metis include dir to USER_INCLUDE_DIRS

otherwise tests/metis/metis_01a fails with "fatal error: 'metis.h' file not found"

Merge pull request #2137 from tjhei/fix_tests

fix several tests

fix several tests

Merge pull request #2136 from tjhei/fix__parallelepiped_test

fix tests/grid/grid_parallelepiped_05

fix tests/grid/grid_parallelepiped_05

rerun the indent styling to be back in the proper indentation style

add the user_flag saving and restoring so that dof_handler is truly unchanged (const)

make various comment and naming changes based on discussion in pull request

Merge pull request #2134 from tjhei/boost_blacklist2

Boost blacklist2

Add some spaces in the get_fe_by_name test.

Let FE names have spaces between words.

Previously, things like

    FESystem[FE_Q(1) - FE_Q(2)]

caused parsing errors due to the spaces around the '-'. The new behavior is to
delete space that is not surrounded by 'word' characters (things that match the
regular expression [A-Za-z0-9_]) before parsing the name.

Merge pull request #2135 from tjhei/fix_compilation_grid_gen

fix compilation errors

 applied ./contrib/utilities/indent to changes in grid_tools.h and grid_tools.cc

fix compilation errors

gcc and intel rightfully want the template parameters spelled out.

also remove Boost_DIR

use correct version variables

cleanup boost variables

Merge pull request #2132 from tjhei/boost_blacklist

blacklist boost version 1.58

move check to configure_boost

Merge pull request #1936 from tjhei/hyper_rectangle_codim_fixes

fix *_hyper_rectangle for codim and add new subdivided_parallelepiped

Merge pull request #2133 from tjhei/test_empty_results

handle empty test output

handle empty test output

If the make command to compile a test returns empty output (don't ask me
why that happened on my machine), quote it in the regex to avoid an
error like:
"string sub-command REGEX, mode MATCH needs at least 5 arguments"