Simplify and accelerate code a bit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15863 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Correct link to step-22.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15862 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Write wrappers for the BOOST implementation of the King reordering algorithm.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15861 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed some text here and there.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15860 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix two problems with comparing signed and unsigned integers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15859 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement the still missing boost::compute_Cuthill_McKee function. Leave a TODO.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15858 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Small changes in comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15857 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Initiate an implementation of some of the reordering algorithms using the Boost Graph library. The bandwidth of resulting matrices with their Cuthill-McKee algorithm is often significantly smaller. On step-22, this leads to the fact that the inner solver for the Schur complement, when using the ILU of the Laplace matrix, uses only about 48 iterations in the third refinement cycle, as compared to some 53 or 54 with our own algorithm.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15856 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Import the Boost Graph Library and whatever else is necessary to use it to compute Cuthill McKee reorderings and similar things.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15855 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a couple of typos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15854 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use the 'Set' variant of the compressed sparsity pattern as it doesn't show the quadratic behavior in hanging_node_constraints.condense() that the CompressedSparsityPattern class shows for large numbers of degrees of freedom.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15853 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document quadratic bottleneck induced by data structure

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15852 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add reference.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15851 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add to documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15850 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Trilinos requires blas and lapack.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15849 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Link with Trilinos libs when necessary.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15848 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make a number of variables 'unsigned' to avoid warnings about comparing signed and unsigned quantities.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15847 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Output the velocity as a vector field.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15846 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the program run sequentially, i.e. without MPI. Define the DIMENSION in the program, at least for the moment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15845 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge back changes 15839-15841 from the Trilinos branch since they were meant to be committed to mainline in the first place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15844 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Initialize merge tracking from the trilinos branch.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15843 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated section on solver extension.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15842 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15838 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected link to step-22 tutorial program.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15837 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix error in example

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15833 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More publications

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15832 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated some test references due to changes in 1D tecplot output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15831 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Disable program if trilinos isn't installed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15829 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set svn:ignore.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15828 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix up a few doxygen problems in the new step-33.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15824 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add David Neckel's compressible Euler flow tutorial program.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15823 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Say how much faster the result is :-)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15822 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The implementation of the ILU decomposition was rather ineffecient. It has been replaced by the one from the book by Saad.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15821 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Correct output, verified with maple

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15820 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a more readable format for output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15819 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a test where we use the ILU to compute actual inverses that we can check.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15818 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed implementation of 1D tecplot ASCII output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15817 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Switch of debugging output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15816 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Usually, an FESubfaceValues::reinit(cell,face_no,subface_no) should be
called only on faces with subfaces, i.e. on faces with
children. However, some tests like bits/normal_1 call this function
even on faces without children. Make sure that these tests do not
break.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15815 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Link in step-22

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15812 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Default to debug mode.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15811 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Extended discussion on improved solver

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15810 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix href

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15809 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Indent, leave a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15808 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15807 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed: The implementation of SparseILU::vmult very needlessly called
SparseMatrix::vmult just to throw away the (nonsensical) result away
immediately. This is now fixed.
<br>
(WB 2008/2/27)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15806 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide additional links.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15805 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust a few links as a consequence of the renaming of step-22 and step-31

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15804 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Put a few formulas into dollar signs to make it look nicer.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15803 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a corrected link.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15802 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust filenames after swapping step-22 and step-31

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15801 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Step 3 in renaming step-22->step-31 and the other way around

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15800 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Step 2 in renaming step-22->step-31 and the other way around

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15799 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Step 1 in renaming step-22->step-31 and the other way around

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15798 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Comment out unused variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15797 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a few comment annotations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15796 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Solver extension: new performance tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15795 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added functionality print_gnuplot to BlockSparsityPatternBase

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15794 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Changed to ILU preconditioner for pressure mass matrix (before: SSOR)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15793 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Better images for sparsity pattern. Solver extension: Changed to BiCGStab since this is better in this case.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15792 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New function TriaObjectAccessor::set_all_boundary_indicators. Use it in step-31.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15791 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Go over the comment in the text, work on them and simplify the code in a few places. Also try to keep more code and comments together to produce slightly bigger code blocks that make grasping the flow of control a bit simpler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15790 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix links.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15789 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide cross-link

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15788 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Default to debug mode.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15787 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove leftover argument.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15786 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide link.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15785 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also do what I just did in step-20

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15784 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also do what I just did in step-20

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15783 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

GrowingVectorMemory now uses a global pool, so there is no need to ever allocate one of these objects any more (the solvers do so internally anyway).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15782 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove outdated comment

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15781 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

GrowingVectorMemory now uses a global pool, so we don't need a mutable object any more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15780 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around a bug in gcc3.3.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15779 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify inner solver.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15778 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A few more comments. Remove the Neumann-type boundary handling since we didn't use it anyway (and were referencing the boundary_values array uninitialized...). Still need to comment on this.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15777 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor textual changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15776 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Unify what kinds of files are going to be ignored in each of the step-?? directories.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15775 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change a few places here and there.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15774 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove left-over output of sparsity pattern.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15773 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Escape the word 'Boundary' to avoid it being linked to the respective class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15772 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work a bit on it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15771 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

doxygen 1.5.0 appears unwilling to use something like qth when 'q' is enclosed in dollar signs. With a dash in between it is ok, though. Strange.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15770 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Escape one word to avoid matching it with the namespace of same name

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15769 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Finish the introduction.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15768 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Link to step-31

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15767 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add changes entry on: Change the tria pointer and the debug_output_grid function from private to protected to be used in derived classes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15766 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change the tria pointer and the debug_output_grid function from private to protected to be used in derived classes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15765 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Changes update: New Boundary::get_new_point_on_face and get_intermediate_points_on_face functions offer an dimension independent interface to this class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15764 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New Boundary::get_new_point_on_face and get_intermediate_points_on_face functions offer an dimension independent interface to this class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15763 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Apply a patch by Daniel Goldberg, sent 2008/2/20: Fix a memory leak that made PETSc become gradually slower in time dependent problems where we create and destroy lots of matrices.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15762 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix invalid HTML tag.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15761 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-indent the entire file. Fix up a few places with formulas and other formatting.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15760 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add these files for Martin Kronbichler who created them.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15759 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Ignore certain files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15758 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement an entirely new scheme to deal with vector-valued problems. Also provide an insane amount of documentation for it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15757 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Default to debug mode.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15756 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a couple of functions for SymmetricTensor

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15755 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Made a renumbering routine protected which could not be used from the outside anyway.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15754 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cosmetic changes in results section.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15753 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added my name to the authors list

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@15752 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d