Merge pull request #9595 from masterleinad/use_templated_utilities_invert_reverse_permutation

Use a template for Utilities::reverse_permutation and Utilities::invert_permutation

Merge pull request #9560 from gassmoeller/fix_polar_manifold

Handle special case for PolarManifold::normal_vector

Update include/deal.II/base/utilities.h

Co-Authored-By: Martin Kronbichler <kronbichler@lnm.mw.tum.de>

Use a template for Utilities::reverse_permutation and Utilities::invert_permutation

Merge pull request #9591 from kronbichler/fix_64bit_warning

Fix two 64 bit warnings by converting to long long unsigned

Merge pull request #9587 from bangerth/follow-up

Follow up to #9581

Fix documentation and indentation

Merge pull request #9590 from kronbichler/fix_compile_64b

Eliminate two places with unsigned long long int

Add a changelog entry.

Update the readme file.

Remove duplicate code of invert_permutation

Eliminate two places with unsigned long long int

Fix two 64 bit warnings by converting to long long unsigned

Merge pull request #9589 from kronbichler/fixup_geometry_info

Fix compile error of GeometryInfo::unit_tangential_vectors on clang-4/5

Fix compile error of GeometryInfo::unit_tangential_vectors on clang-4/5

Merge pull request #9574 from peterrum/anonymous_ca

Add AnonymousConsensusAlgorithmProcess

Add AnonymousConsensusAlgorithmProcess

Merge pull request #9581 from bangerth/uint64_t

Use uint64_t instead of 'unsigned long long int'.

Merge pull request #9583 from tjhei/ci_remove_checkdoxygen

CI: remove check_doxygen as we do this in Travis

CI: remove check_doxygen as we do this in Travis

see #9582

Merge pull request #9582 from masterleinad/improve_indentation_jenkinsfile

Improve indentation of Jenkinsfile

Improve indentation of Jenkinsfile

Merge pull request #9576 from peterrum/mglevelglobaltransfer_assert

Add assert to MGLevelGlobalTransfer

Add assert to MGLevelGlobalTransfer

Merge pull request #9571 from tjhei/fgmres_doc

amend FGMRES documentation

Use uint64_t instead of 'unsigned long long int'.

Merge pull request #9542 from tjhei/ci_run_checkdoxygen

CI: run checkdoxygen.py for each PR

CI: run checkdoxygen.py for each PR

Merge pull request #9541 from tjhei/check_doxygen_cleanup

checkdoxygen.py cleanup

Merge pull request #9579 from kronbichler/unit_tangential_vectors

Add GeometryInfo::unit_tangential_vectors

Changelog

Use new tangential vectors

Add test case

Add constexpr array with unit tangential vectors

Merge pull request #9578 from tjhei/doxygen_constexpr_macro

doxygen: replace DEAL_II_CONSTEXPR

Merge pull request #9567 from tjhei/ci_test_matrixfree

CI: run matrix_free tests

doxygen: replace DEAL_II_CONSTEXPR

Documentation looks a bit funny with this macro, but it should be safe
to replace with ``constexpr``.

Merge pull request #9549 from tjhei/parallel_64bit_changelog

changelog entry for 64bit fixes

Merge pull request #9572 from nfehn/master

improve documentation of MGTransferMatrixFree::interpolate_to_mg()

improve documentation of MGTransferMatrixFree::interpolate_to_mg()

Merge pull request #9521 from kronbichler/timer_remove_newline

Remove one newline at beginning of timer statistics

amend FGMRES documentation

refactor duplicated code into separate function

Add test

Add PolarManifold::normal_vector

update

Merge pull request #9570 from tjhei/fix_tutorial_inline_comments

doxygen: do not remove multiline code comments

doxygen: do not remove multiline code comments

Code in tutorials that contains multiline comments like

/*keep_constrained_dofs = */ false

were being replaced by

/ *keep_constrained_dofs = * / false

I don't see why this is necessary. The documentation looks correct to
me.

fixes #9554

Merge pull request #9569 from tjhei/doxygen_skip_header_step_b

doxygen: skip license header in step-xxb

doxygen: skip license header in step-xxb

We introduced tutorials like step-12b but we incorrectly print the
license header at the beginning of the "commented program". Filter those
out as well.

Merge pull request #9568 from tjhei/64bit_refinement

fix 64bit overflow in refine_and_coarsen_fixed_number

fix 64bit overflow in refine_and_coarsen_fixed_number

The argument max_n_cells (that probably nobody uses) was declared as an
unsigned int, meaning that we can not refine over 4 billion cells with
this function. This is now fixed.

CI: run matrix_free tests

Merge pull request #9564 from kronbichler/fe_evaluation_assert_test

Make assertions to track state in FEEvaluation debug-only

Merge pull request #9559 from bangerth/doc

Update documentation of SphericalManifold::normal_vector.

Make assertions to track state in FEEvaluation debug-only

Update documentation of SphericalManifold::normal_vector.

Merge pull request #9539 from masterleinad/replace_assert_in_tests

Redefine Assert as AssertThrow in tests

Merge pull request #9561 from bangerth/endl

Avoid using std::endl over '\n'.

Merge pull request #9526 from agrayver/add_step_49_python

Add python version of step-49

Avoid using std::endl over '\n'.

std::endl writes an endline character into the stream, but then follows
that up with a flush(). That's expensive on remote-mounted file systems,
and most unnecessary as well -- we should really just write the endline
character and put a flush() at the very end of the operation.

Add python version of step-49

Merge pull request #9555 from marcfehling/test-hpconstraints

New test: p::d::tria + hp::dofh + hanging_node_constraints.

New test: p::d::tria + hp::dofh + hanging_node_constraints.

Merge pull request #9551 from masterleinad/add_split_by_block

Slight improvements to #9529

Merge pull request #9548 from tjhei/64bit_n_global_active_cells

Fix 64bit GridRefinement overflow

Fix 64bit GridRefinement overflow

GridRefinement::refine_and_coarsen_fixed_fraction causes overflow with
more than 2^32 global active cells. This is now fixed.

Merge pull request #9553 from GrahamBenHarper/graham_step51_typofix

Fix a typo in step-51 files

Fix a typo in step-51 files

Slight improvements to #9529

Merge pull request #9529 from KatrinMang/add_split_by_block

Add split_by_block() into IndexSet

changelog entry for 64bit fixes

add split_by_block into index_set

Add comments describing the redefinition

Merge pull request #9543 from GrahamBenHarper/graham_dev_dox2

Fix use of array concatenation in checkdoxygen.py

Include tests.h before any other local file

Change priority of tests.h for clang-format

Fix use of array concatenation

checkdoxygen.py cleanup

- introduce filename as a variable
- print usage/error if not called with one argument

Merge pull request #9505 from GrahamBenHarper/graham_dev_dox

Upgrade checkdoxygen.py to check for multiple-defined section headers

Upgrade checkdoxygen.py to check for multiple-defined headers

Merge pull request #9540 from tjhei/64bit_n_global_active_cells

Fix overflow in tria.n_global_active_cells()

Fix overflow in tria.n_global_active_cells()

for large computations.

Redefine Assert as AssertThrow in tests

Merge pull request #9533 from tjhei/assert_throw_lapack

Use AssertThrow when LAPACK or other dependencies are not installed

Merge pull request #9534 from tjhei/mg_tansfer_64bit_but_not_really_a_bug

Use a 64bit type in one other MGTransfer location

Merge pull request #9536 from bangerth/nonlocal

Avoid nonlocal control flow since it's so hard to read.

Merge pull request #9537 from bangerth/pedantic

Be pedantic in how we spell deal.II.

Use better markup when talking about header files.

Be pedantic in how we spell deal.II.

Avoid nonlocal control flow since it's so hard to read.

find other places to AssertThrow for missing dependencies

Merge pull request #9531 from bangerth/refs

Move the step-71 -> step-47 references in references.bib.

Merge pull request #9532 from tjhei/examples_no_h2

do not use <h2> tag in tutorials

Use a 64bit type in one other MGTransfer location

This is a local index (how manyth index) and as such likely under 4
billion. I found it harder to assert or document why this cast makes
sense, so I rather change the type.

Use AssertThrow when no LAPACK is installed

This bit me on a run in release mode on a cluster today, because my
deal.II didn't have a working LAPACK.

do not use <h2> tag in tutorials

I am not quite sure why, but they don't show up in the table of
contents. We have been avoiding them, but a few tutorials seem to
violate this now.

Move the step-71 -> step-47 references in references.bib.

Merge pull request #9528 from kronbichler/fix_64bit_type

Use types::global_dof_index rather than unsigned int in MGTransfer

Use types::global_dof_index rather than unsigned int in MGTransfer