Implement iterator for ChunkSparseMatrix. Parallelize matrix-vector product for ChunkSparseMatrix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29476 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add two authors; make a correction in documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29475 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29474 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention changes

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29473 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix early success in Bicgstab: Should not scale residual by norm of rhs vector b because that should be - if at all - be part of the termination tolerance. This should fix test case lac/bicgstab_large. Adjust output in a few Bicgstab tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29472 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove obsolete include file

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29471 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make test work

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29470 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Instantiate FETools::interpolate for general vector types.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29468 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add expected output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29467 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a test (that currently fails) showing that early success in Bicgstab solver is not handled correctly when large numbers are present

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29466 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Save one temporary vector in Bicgstab.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29465 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Choose to adaptively re-orthogonalize in GMRES, which cuts the number of inner products into one half for most applications. Add proper tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29464 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Actually test right preconditioning.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29463 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

List Kevin Dugan's thesis.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29462 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add Guido's address.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29460 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor edits.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29459 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29457 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Also install deal.tag

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29454 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Temporary fix for compress. Ideally all the ::dealii::VectorOperation::unknown will be taken out.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29449 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Delete useless std::cout.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29447 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix Trilinos SparseMatrix adding instead of inserting entries in parallel. Also leave a todo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29446 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

clean up test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29445 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make test fail (bug in Trilinos)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29444 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29443 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Build in assertions...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29432 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not use std::numeric_limits on enum types -- max() is always zero
in that case...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29431 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix 2d test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29429 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix p4est assert from yesterday

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29428 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Enable multithreading.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29427 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Enable multithreading by default.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29426 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add 2d test (does not trigger the right error)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29425 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add test for p4est max refinement level

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29424 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

throw exception if p4est maximum refinement level is reached

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29423 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix poor markup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29422 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29421 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Better formatting of documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29420 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide better documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29419 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Comment on the fact that VTK is a legacy format. People should be using VTU instead.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29417 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

ParameterHandler::set(., bool) which was broken, see bug #49.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29415 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename variable in inner scope to avoid clash with outer scope.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29414 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do operation in the correct type.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29413 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add missing include files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29412 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove accidental double-semicolons (is that a colon, then?).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29410 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make partial initialization work properly, including a minimum functionality in case of no index initializations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29408 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify FullMatrix::Tmmult and FullMatrix::mTmult in case the two input matrices are the same.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29406 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Fix a typo that prevented user supplied shared linker flags from being used

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29405 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Small cleanup in check_*, take over r29403 to trunk

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29404 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Suppress several more of Intel's warnings.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29402 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add my email

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29401 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Link to video lectures. Reshuffle links so that the most frequently used ones are at the top.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29400 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid font confusion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29399 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation to explain a common mistake.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29397 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add my email address.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29396 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove outdated comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29395 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update the license information in readme.html and license.html

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29394 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

List 'and others' as authors of the deal.II website.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29393 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Link to the tethex project to convert meshes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29392 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29391 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Introduce a VERSION that will be queried for the version number

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29390 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around a problem with some compilers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29389 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust output to what it should have been all along.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29386 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust output to what it should have been all along.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29385 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Query for Trilinos packages in a sane manner

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29384 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set flags, width, precision directly on the underlying stream object.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29383 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add test for trilinos matrix

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29382 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set stream properties only once, rather than every time we access the stream.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29381 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Put matrix-free worker functions in internal namespace to allow for reuse of them in several places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29380 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reintroduce a statement that (I believe) has caused hundreds of testsuite failures.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29379 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Back out the significant part of the previous change to this class in
hopes of bringing test results back to normal.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29376 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Fahad Alrashed: Save and restore print state in PETScWrappers::VectorBase::print.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29372 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A more descriptive documentation for the TransformationBase classes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29371 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New function set_target_eigenvalue and minor API tweaks.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29370 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed bug in FESystem. With 5 components, only 4 where actually generated.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29369 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Remove setup_cpack.cmake. We'll do packaging by hand.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29368 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

And remove the empty directory structure as well

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29367 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a stale file

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29366 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Switch to bundled tbb version "4.1 Update 2013/04/01"

  - Enable compilation with clang version 3.0 by making a cast in ASM code
    explicit

  - Suppress warnings about pointer-to-object to pointer-to-function casts

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29365 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add the log_lock mutex to the three new method in LogStream that modify the stream

This ensures consistency of the simultaneous get and set procedure.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29364 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Fahad Alrashed: Save state of output stream around writing data in FullMatrix::print.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29363 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Commit the second part of Fahad's patch that was accidentally forgotten :-(

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29362 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Fahad Alrashed: Provide additional member functions for LogStream.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29361 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Print a hint on how to get the help message in the autopilot macro

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29360 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

And fix the test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29359 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug introduced with the mangling in r 29126

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29358 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid using FETools::get_fe_from_name and evaluate on 1D line instead.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29356 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make fixed_power also work for data types that have no implicit conversion from int by avoiding setting the return value to 1 for N==0 (only N>0 allowed anyway).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29355 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make SparseDirectUMFPACK also understand block vectors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29354 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMAKE: *shhh*

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29353 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Bugfix: Query petscvariables for the full link interface for petsc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29352 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix case with const vectors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29351 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Support BlockVector in matrix free class: access individual blocks of these vectors (it was possible also before to directly access a BlockVector with operator(), but that is very inefficient). Add/update tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29350 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Interface to SLEPc's interface to a LAPACK direct solver.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29349 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Exemplify solver options in documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29348 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert 29343 again, for the same reason as before.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29344 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert "Revert r29332 since it leads to bad entries in common/Make.global_options."

And provide a fix for the underlying problem

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29343 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix what kind of thesis it actually was!

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29342 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29341 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert r29332 since it leads to bad entries in common/Make.global_options. See bug #37 on the google code tracker site.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29340 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-42: take over patch for obstacle reading

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29335 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New: TimerOutput::Scope for scope based timing.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29334 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d