Merge pull request #6204 from masterleinad/macos_setup_astyle

Allow setup_astyle.sh to be used on macOS as well

Merge pull request #6062 from BenBrands/MRRR

ScaLAPACKMatrix: add eigensolver routines using MRRR algorithm

Merge pull request #6191 from bangerth/doc-update-2

Clarify a comment in FiniteElement.

Merge pull request #6205 from davydden/doc/step-37_hanging_nodes

doc: mention Kelly estimator in step-37 extensions

doc: mention Kelly estimator in step-37 extensions

Clarify a comment in FiniteElement.

Merge pull request #6176 from masterleinad/cast_dynamic

Use dynamic_unique_cast in more places

Allow setup_astyle.sh to be used on macOS as well

Merge pull request #6190 from bangerth/doc-update

Extend documentation of contrib/utilities/setup_astyle.sh.

Merge pull request #6189 from bangerth/noreturn

Mark a couple of functions as '[[noreturn]]'.

Merge pull request #6203 from masterleinad/separate_step4

Guard blank line by HTML comment

Guard blank line by HTML comment

Merge pull request #6201 from masterleinad/separate_step4

Separate a note from 'The commented program'

Merge pull request #6198 from davydden/feature/zero_out_ghosts

make zero_out_ghosts() const

Separate a note from 'The commented program'

Merge pull request #6199 from tjhei/fix_changelog_entry2

fix changelog date format

Merge pull request #6195 from kronbichler/tensor_always_inline2

Use DEAL_II_ALWAYS_INLINE in SymmetricTensor

fix changelog date format

Merge pull request #6196 from kronbichler/multigrid_test_robustness

Make a multigrid test more robust: Filter out small floats

make zero_out_ghosts() const

Make a multigrid test more robust: Filter out small floats.

More uses of DEAL_II_ALWAYS_INLINE

Merge pull request #6119 from BenBrands/pseudoinverse

ScaLAPACKMatrix::pseudoinverse()

Merge pull request #6193 from bangerth/avoid-alias

Avoid using an alias variable.

Merge pull request #6192 from bangerth/add-include

Add a necessary include file.

Avoid using an alias variable.

Add a necessary include file.

This include file is currently transitively imported via mapping_q_generic.h, but
that may change at some point in the future. Since it's needed in grid_tools.cc, add
it explicitly.

Extend documentation of contrib/utilities/setup_astyle.sh.

Mark a couple of functions as '[[noreturn]]'.

Merge pull request #6187 from luca-heltai/minor-message-fix

Fix name in static_assert.

Corrections

Fix name in static_assert.

Merge pull request #6181 from masterleinad/check-mapping-q-dynamic-cast

Check the result of a dynamic_cast.

Use dynamic_unique_cast

Merge pull request #6171 from luca-heltai/fix-patterns-tools

Fix bug in patterns.h

Merge pull request #6180 from masterleinad/move_dynamic_unique_cast

Move dynamic_unique_cast to Utilities

Move dynamic_unique_cast to Utilities

Check the result of a dynamic_cast.

Fixed output of tests.

add tests for ScaLAPACKMatrix::pseudoinverse() for square and rectangular matrices

add ScaLAPACKMatrix::pseudoinverse()

add ScaLAPACKMatrix::reinit()

Merge pull request #6170 from masterleinad/more_digits_test

Allow more digits for output in a few tests

Merge pull request #6174 from bangerth/use-dynamic_unique_ptr

Use dynamic_unique_cast() where appropriate.

Merge pull request #6173 from bangerth/fix-6161

Fix a couple minor issues with #6161.

Use dynamic_unique_cast() where appropriate.

Merge pull request #6152 from bangerth/dynamic_unique_cast

Introduce dynamic_unique_cast.

Fix a couple minor issues with #6161.

Merge pull request #6161 from weixiong-zheng-berkeley/extrude_tria_overload

GridGenerator::extrude_triangulation overload

Fix bug in patterns.h

Merge pull request #6163 from masterleinad/simplify_astyle

Make using astyle for indenting a bit easier

Simplify logic for finding the path to astyle

Allow more digits for output in a few tests

Merge pull request #6149 from Rombur/python_cmake

Call find_package(PythonInterp) before find_package(PythonLibs)

Merge pull request #6169 from tamiko/fix_cmake_fix_for_cmake_fix

CMake: set policy in subdirectory

Merge pull request #6160 from masterleinad/remove_std_cxx11_doc

Remove std_cxx11 from the doc folder

CMake: set policy in subdirectory

Due to the call to CMAKE_MINIM_REQUIRED we have to set the policy in the
subdirectory again...

Closes: #6134

Fix WorkStream related documentation

Check the SHA256 checksum for astyle_2.04_linux.tar.gz

Merge pull request #6165 from drwells/remove-semicolons

Remove some unnecessary ';'s.

Merge pull request #6166 from tamiko/use_https

contrib/makeofflinedoc.sh: Use https instead of http

Merge pull request #6167 from drwells/add-double-word-script

Add double word script

Remove some unnecessary ';'s.

Add the double word typo script.

contrib/makeofflinedoc.sh: Use https instead of http

Fix two more double word typos.

Merge pull request #6164 from drwells/remove-double-words

Remove double word typos.

Remove double word typos.

This commit removes typos consisting of an accidentally repeated
word. Attached below is the python script I used to find them.

It is worth noting that there is a large false positive rate here, for
example, in tria_accessor.h we have the sentence

/**
 * [...] As a
 * consequence, it exists in the mesh to ensure that each processor has all
 * coarse mesh cells and that the 2:1 ratio of neighboring cells is
 * maintained, but it is not one of the cells we should work on on the
 * current processor. [...]
 */

Here 'on on' is correct.

script:

import sys

SKIP = ["//", "*", "}", "|", "};", ">", "\"", "|", "/", "numbers::invalid_unsigned_int,", "std::string,", "int,"]

with open(sys.argv[1], 'r') as handle:
    previous_line = ""
    for line_n, line in enumerate(handle):
        line = line.strip()
        previous_words = previous_line.split()
        words = line.split()
        # ignore comment blocks '*' and comment starts '//' at the beginning of
        # each line.
        if len(words) == 0:
            continue
        if words[0] in ["*", "//"]:
            words = words[1:]

        # See if the last word on the previous line is equal to the first word
        # on the current line.
        if len(previous_words) != 0:
            if words[0] not in SKIP and previous_words[-1] == words[0]:
                print(sys.argv[1] + ":{}: {}".format(line_n + 1, previous_line))
                print(sys.argv[1] + ":{}: {}".format(line_n + 2, line))
        previous_line = line

        for left_word, right_word in zip(words[:-1], words[1:]):
            if left_word == right_word and left_word not in SKIP:
                print(sys.argv[1] + ":{}: {}".format(line_n + 1, line))

Generalized tria extruding and reimplementing existing extrude function #6158

1. Added extrude_triangulation overload with doxygen documentation
   as argument-generalized version to the existing function with testing
2. Re-implemented existing extruding by using the newly developed one
3. A new entry was added for doc/news/changes/minor/

Merge pull request #6137 from tamiko/clean_up_custom_targets

CMake: Only set CMP0037 to old for cmake older than 3.11

Make using astyle for indenting a bit easier

Move Signals from Multigrid class to mg namespace and use more common names for transfer

Implement signals for Multigrid

Remove std_cxx11 from the doc folder

Merge pull request #6153 from tamiko/fix_a_test_15

Tests: Add an output variant for metis_01a for 64bit metis

Add a changelog entry.

Add a test.

Introduce dynamic_unique_cast.

Tests: Add an output variant for metis_01a for 64bit metis

In case deal.II is configured with 64bit support for metis the output of
this metis test changes from "IDXTYPEWIDTH=32" to "IDXTYPEWIDTH=64".
Provide an output variant for this.

Merge pull request #6118 from davydden/doc/step_37_minor

doc: minor fixes in step-37

Merge pull request #6154 from masterleinad/fix_coverity

Fix some more issues discovered by Coverity

Fix some more issues discovered by Coverity

Merge pull request #6151 from bangerth/fix-grid-tools

Pass const scalar arguments by value, rather than reference.

Merge pull request #6150 from bangerth/fix-test

Make a cast explicit.

Pass const scalar arguments by value, rather than reference.

Indent arguments uniformly.

Make a cast explicit.

This cast appears to be necessary for older GCC versions.

Merge pull request #6148 from bangerth/doc-update

Fix argument names.

Fix argument names.

Merge pull request #6147 from drwells/reword-make-array-view

Reword a comment in make_array_view.

Reword a comment in make_array_view.

The term 'undefined' is not accurate; the order *is* defined, but it is an
implementation detail.

From this stack overflow post:
https://stackoverflow.com/questions/49071748/data-alignment-and-ordering-in-recursively-defined-array/49627551#49627551

Merge pull request #6140 from davydden/feature/fix_blockvector_mmult

introduce LA::d::Vector::add_local() and sadd_local() to avoid to man…

Merge pull request #6128 from bangerth/doc-update

Update documentation of FE_FaceQ/P.

Merge pull request #6145 from bangerth/micro-update

Microscopically small updates in a file I was reading through.

Microscopically small updates in a file I was reading through.

Merge pull request #6144 from niveshd/GraphColoringBugFix

Bug fix for graph coloring/graph partitioning using Zoltan library.

Call find_package(PythonInterp) before find_package(PythonLibs)

find_package(PythonInterp) should be called first to get the currently active
Python version by default with a consistent version of PYTHON_LIBRARIES.

Merge pull request #6135 from bangerth/doc-update-2

Update description of Thread/Task::return_value().

tests added for coloring multiple nodes with no connections

Update thread_management.h