Provide the basic building blocks to hook in the code gallery.

In particular, track dependencies and set up a stub for generating doxygen input.

Merge pull request #1804 from davydden/slepc_rework

Allow usage of PETSc solvers/preconditioners in SLEPc spectral transformation

Merge pull request #2028 from bangerth/hook-in-code-gallery-2

Generate the legend for the tutorial connection graph automatically.

Merge pull request #2031 from kronbichler/cleanup_tests

Only run tests if MPI (and p4est for mg_transfer) is available.

further initialise()->initialize() and alike

make sure that inside solve() PETSc preconditioner has a matrix set

Merge pull request #2029 from tamiko/bugfix

Populate Tvmult and Tvmult_add of an inverse_operator correctly

Only run tests if MPI (and p4est for mg_transfer) is available.

Merge pull request #2030 from davydden/step54_input

step-54: move input vtk to a separate folder to avoid its removal by …

step-54: move input vtk to a separate folder to avoid its removal by make distclean

break indenting to make astyle happy

add a changes.h entry

Add a regression test

Merge pull request #2001 from tjhei/mg_remove_deprecated

remove deprecated stuff in MGConstrainedDoFs

Bugfix: Populate Tvmult and Tvmult_add of an inverse_operator correctly

Fix a typo in linear_operator.h: The transpose operation function-object
Tvmult was accidentally overwritten by Tvmult_add (and the latter left
uninitialized).

Merge pull request #2026 from kronbichler/vector_parallel_layout

Vectorize one loop

Add instantiations

Also generate the legend for the tutorial connection graph automatically.

This allows us to show the actual symbols for each kind, rather than having to
describe them in words.

De-emphasize connections to the code gallery.

Merge pull request #2025 from kronbichler/minor_multigrid_cleanup

Minor multigrid cleanup

Merge pull request #2027 from kronbichler/change_minimum_parallel_grainsize

Change minimum parallel grainsize of vector to power of 2

Change minimum parallel grainsize of vector to power of 2

Vectorize one loop

Correct header name

Re-enable deallog output in multigrid tutorials.

Merge pull request #2024 from drwells/update-relaxationtype-example

Update the documentation of RelaxationType.

Update the documentation of RelaxationType.

This commit consistently labels classes that satisfy this concept and
clarifies the description of the concept.

Merge pull request #2022 from bangerth/fix-markup

Fix markup of references.

Fix markup of references.

doxygen interpreted our bibtex-references as C++ code which led
to funny HTML markup. Fortunately, there is a way to tell
doxygen to interpret the code block as just some piece of text
it will not understand regardless of how hard it tries.

rename initialise() to initialize() and remove an empty line

slepc: add an entry in changes.h

SLEPcWrappers: adjust documentation

extend SLEPc unit test to check different preconditioners in KrylovSchur solver

allow creation of PETSc preconditioners without a matrix (Jacobi/BoomerAMG)

impliment missing set_initial_vector() for SLEPc solvers

SLEPc unit test which uses PETSc preconditioner and solver inside SLEPc

rework SLEPc solver classes

(i) initialise underlying SLEPc objects in constructors. This allows to...
(ii) apply all the solver settings immediately without using a cache for parameters

rework SLEPc spectral transformation

(i) create unerlying SLEPc object in constructor; require MPI_Comm.
(ii) add a function to set PETSc solver

allow initialisation of PETSc solvers with preconditioners; make SLEPc::Transformation a friend

allow creation of PETSc preconditioners without a matrix

Merge pull request #2021 from bangerth/document-mpi-terms

Document some common MPI terms and link to them.

Document some common MPI terms and link to them.

Merge pull request #1962 from tamiko/constraint

Constraints for LinearOperators

rename test

Update documentation

...

address comments

Add a news/changes.h entry

Fix some doxygen issues

Write a glossary entry on how to use the new facility

Update test and rename to constraint_linear_operator_01

Refactor into constraint_linear_operator header file

This commit refactors everything into its own header file and addresses a
number of issues:
 - solve (Ct * A C + Id_c) x = Ct (b - Ak)
 - make code compile and refactor implementation
 - rewrite documentation

add relates ConstraintMatrix

vmult_add and Tvmult_add

documentation

constraint linear operators

Merge pull request #2005 from tjhei/operator_and_named_data

remove NamedData and deprecated algorithms::Operator

Merge pull request #2020 from asartori86/fix_doc_constraints

fixed doc in ConstraintMatrix detailed description

fixed doc

Merge pull request #2019 from bangerth/remove-outdated-references

Remove references to the pre-historic parallel::distributed::DoFHandler.

Remove references to the pre-historic parallel::distributed::DoFHandler.

Also augment the documentation of one function.

Merge pull request #2016 from bangerth/update-step-17

Update the introduction of step-17.

Update based on review comments.

Add another paragraph.

Update a glossary entry.

Update the introduction of step-17.

Merge pull request #2015 from bangerth/more-vector-vector-to-Table

More vector vector to table

Merge pull request #2014 from bangerth/remove-unused-classes

Remove InternalData classes that are unused and apparently have been for a while

Merge pull request #2013 from bangerth/convert-vector-of-vector-to-Table2-2

Convert vector of vector to Table<2>

Also replace std::vector<std::vector<T>> by Table<2,T> in FE_PolyTensor::InternalData.

Also replace std::vector<std::vector<T>> by Table<2,T> in FE_Poly::InternalData.

Remove InternalData classes that are unused and apparently have been for a while.

Convert internal vector<vector<T>> to Table<2,T>.

This should improve data locality and simplify memory management.

Add more tests.

Add more functions to create ArrayView objects.

Merge pull request #2010 from bangerth/convert-vectorslice-to-arrayview

Convert the VectorSlice argument of Mapping::transform to ArrayView.

Convert the VectorSlice argument of Mapping::transform to ArrayView.

This will allow to change the underlying data type in which the data is stored because
ArrayView does not actually store this, in contrast to VectorSlice.

This patch is backward incompatible. However, this area has already been incompatibly changed
in recent months.

Merge pull request #2011 from drwells/add-space-to-exception-message

Add a missing space to an exception message.

Add a missing space to an exception message.

Merge pull request #2007 from tjhei/wrap_comments_lists

teach wrapcomments.py about nested lists

remove remaining references to NamedData

Merge pull request #2009 from bangerth/fix-warnings-4

Fix a warning.

Fix a warning.

GeometryInfo<dim>::lines_per_face is zero in 1d and 2d, so the comparison
  e<GeometryInfo<dim>::lines_per_face
is always false (as expected and intended) but the compiler warns about
this. Work around this by using signed integers.

Merge pull request #2006 from tjhei/timestepping_cleanup

cleanup TimeStepping documentation

teach wrapcomments.py about nested lists

remove deprecated stuff in MGConstrainedDoFs

Also introduce the replacement have_boundary_indices() for
set_boundary_values() and make sure it works correctly.

cleanup TimeStepping documentation

changelog

remove NamedData and deprecated algorithms::Operator

- remove deprecated algorithms::Operator
- remove references to NamedData

Merge pull request #2003 from tjhei/changelog_entries

add changelog entries

add changelog entries

Merge pull request #2002 from tjhei/remove_warning

remove warning

Merge pull request #1998 from bangerth/add-array-view

Add an ArrayView class.

Add more tests.

Add test.

Add an ArrayView class.

remove warning

MSVC complains:
E:\dev\deal-git\source\numerics\error_estimator_1d.cc(197): warning C4138: '*/' found outside of comment [E:\dev\deal-git\buildtest\source\numerics\obj_numerics.debug.vcxproj]

Merge pull request #1922 from tjhei/build_tests

build_test fixes for MSVC

Merge pull request #1999 from tjhei/crash_in_sparse_matrix_ez

fix uninitialized members in SparseMatrixEZ

fix uninitialized members in SparseMatrixEZ

An uninitialized member would cause random crashes in
tests/lac/sparse_matrices_ez as documented by valgrind:

==31301== Conditional jump or move depends on uninitialised value(s)
==31301==    at 0xB0C4614:
dealii::SparseMatrixEZ<float>::reinit(unsigned int, unsigned int,
unsigned int, unsigned int, unsigned int) (stl_vector.h:666)
==31301==    by 0x40F45C: main (sparse_matrix_ez.h:1400)