CMake: Bugfix: Use Trilinos third party header locations

Also append Trilinos_TPL_INCLUDE_DIRS to TRILINOS_INCLUDE_DIRS

Merge pull request #663 from bangerth/add-gridgenerator-create_triangulation_without_cells

Add GridGenerator::create_triangulation_with_removed_cells().

Augment a changelog entry to say where the user can find this class.

Add GridGenerator::create_triangulation_with_removed_cells().

Fix description of what the test does.

Merge pull request #654 from bangerth/doc-updates-6

Doc updates 6

Link to the discussion of the 'goto' in step-26.

Document the use and reasoning of goto in step-26.

Merge pull request #644 from bangerth/explain-operator-or

Explain the use of operator| for the update_* flags.

Merge pull request #658 from bangerth/remove-exceptions-without-arguments-5

Improve what an exception says.

Improve what an exception says.

This happens to be a case one of my students ran into today. Again for #610.

Merge pull request #214 from Rombur/muelu

Add MueLu preconditioner using MueLu::MLParameterListInterpreter.

Merge pull request #616 from bangerth/remove-deprecated-functions-14

Remove deprecated functions 14

Merge pull request #656 from tcclevenger/fix_wiki_links

Fixed Wiki links in README

Fixed Wiki links in README

Reindent.

Adjust test output.

Apparently the previous couple of commits also fixed a test that previously
produced output that I cannot explain and that now looks completely reasonable.

Follow Martin K's advice on what the argument should be.

Document changes in semantics to apply_boundary_values.

Document changes to TrilinosWrappers::SparseMatrix::clear_row().

While there, also remove the second, nonsensical call to compress().

Clone the _04 test and also check const_iterators.

Ensure that we can run iterators over Trilinos matrices that are not stored locally.

Update comments.

In particular, avoid unclear use of language for end() iterators, and
avoid references to the STL that only old-timers still
understand. Also talk about the semantics in the parallel context.

Update comments.

In particular, avoid unclear use of language for end() iterators, and
avoid references to the STL that only old-timers still understand.

Merge pull request #652 from drwells/step-20-compressed-sparsity

Use `BlockCompressedSparsityPattern` in step-20.

Use `BlockCompressedSparsityPattern` in step-20.
Step-20 now introduces the block compressed sparsity pattern. This
should close issue 306.

Remove deprecated function TrilinosWrappers::SparseMatrix::compress() without argument.

Remove deprecated function BlockMatrixBase::compress() without argument.

Avoid calls to naked compress() without a VectorOperation argument.

Remove a test.

This test mixes add and write access to a Trilinos sparse matrix. This does not work reliably and is, I think, not an operation we want to support as it cannot be done efficiently.

Merge pull request #651 from bangerth/doc-fixes-11

Update documentation in a small way.

Update documentation in a small way.

Merge pull request #649 from bangerth/doc-fixes-10

Doc fixes 10

Provide a reference to step-14.

Significantly improve an error message.

Addresses #610.

Merge pull request #648 from QiaoLei-88/step33DocIssue

Step33 doc issue (#646)

Fix a typo.

correct type of output example from 'code' to 'verbatim'

fix mathbf and braces issues

Merge pull request #647 from QiaoLei-88/fixStep33Intro

fix formula error in intro and result parts of step-33 #646

fix bracket mismatch in result part of step-33

fix formula error in intro of step-33 #646

Merge pull request #640 from bangerth/further-exception-cleanups-2

More exception cleanups

One more exception conversion.

Avoid exceptions that take references to their arguments -- it's not clear that this would work reliably.

Merge pull request #645 from rosskynch/fix_642

Fix issue #642

Removed p=3 case as it takes far too long to run (issue #642). Test is still valid as the solution should be exact at p=2

Explain the use of operator| for the update_* flags.

Merge pull request #643 from tjhei/fe_field_fct_exc

Use and document VectorTools::ExcPointNotAvailableHere

Use and document VectorTools::ExcPointNotAvailableHere

ExcPointNotAvailableHere is duplicated in VectorTools and
FEFieldFunction and is awkward to use in the latter because of the
template arguments.

- provide textual description of Exception
- deprecate the version in FEFieldFunction
- update documentation
- update test

Merge pull request #639 from bangerth/clarify-step-8

Clarify a statement in the documentation of step-8.

Clarify a statement in the documentation of step-8.

Provide a changes.h entry.

Minor code cleanup.

More improvements on exceptions with no message.

Merge pull request #631 from davydden/tensor

Extra functionality of Tensor class

allow contraction of tensors of different base type

Merge pull request #634 from bangerth/revert-previous-commit

Revert commit e86e602ae14.

Revert commit e86e602ae14.

This undoes the changes of commit  13796ae50a7ac24 (through issue #621) that don't compile of their own.

Merge pull request #632 from davydden/error_estimator

templating ParallelData in error_estimator

Merge pull request #633 from bangerth/accelerate-indent

Accelerate indent

Indent files that had been forgotten by the indentation script.

Accelerate indentation of all files from 7 to 1.1 seconds.

patched error_estimator

Merge pull request #630 from bangerth/fix-symmetric-tensor-product-type

Add ProductType description also for SymmetricTensor. Address issue #600

Add ProductType description also for SymmetricTensor.

Merge pull request #625 from bangerth/further-exception-cleanups

Further additions of error texts for exceptions.

Improve error message according to Martin K's suggestions.

Merge pull request #629 from kronbichler/master

Work around bug in clang-3.6 with AVX.

Work around bug in clang-3.6 with AVX.

Merge pull request #628 from kronbichler/master

Make step-33 compile without C++11

Avoid compiler warning

Make compile without C++11

Merge pull request #627 from kronbichler/master

Fix compiler warnings with clang 3.6. Comparing the address of a reference to an object with the zero pointer like in
   &dof_handler.get_fe() != 0
will always evaluate to true. Thus, these assertions do not make sense and clang rightfully complains.

Fix compiler warnings with clang 3.6.

Comparing the address of a reference to an object with the zero pointer like in
  &dof_handler.get_fe() != 0
will always evaluate to true. Thus, these assertions do not make sense and clang is right to complain.

Merge pull request #626 from rosskynch/cmake_bugfix_umfpack

Fix include bug when using bundled umfpack

Merge pull request #624 from bangerth/minor-vector-cleanups

Minor vector cleanups

Convert several more DeclException0 to DeclExceptionMsg.

Fix issue when using the bundled umfpack - cmake moves all headers to a single directory where this header file includes a relative directory (../../AMD/Include)

Fix another occurrence of allocate() in the serialization load function.

This also uncovers a memory leak we had.

Ensure we don't create a memory leak.

Since all arguments to Vector::allocate() are the same, remove it.

Move assertion whether we are out of memory to the location where we allocate it.

Provide a number of exceptions with explanatory text.

Convert Assert(...,ExcIO()) to AssertThrow(...,ExcIO()).

Provide ExcDivideByZero with some explanatory text.

Merge pull request #623 from tjhei/simd_intel_part2

move EnableOpenMPSimdFor struct into parallel.h so it is public
use in tests/lac/intel-15-bug

move EnableOpenMPSimdFor to parallel.h, update test

- move EnableOpenMPSimdFor struct into parallel.h so it is public
- use in tests/lac/intel-15-bug

Merge pull request #620 from bangerth/introduce-DeclExceptionMsg

Introduce DeclExceptionMsg.

Convert ExcInternalError to DeclExceptionMsg.

Introduce DeclExceptionMsg.

Merge pull request #619 from bangerth/remove-exceptions-without-arguments-4

More work to make exceptions more meaningful.

Merge pull request #622 from drwells/remove-deprecated-mpi-macro

Remove use of `DEAL_II_COMPILER_SUPPORTS_MPI`.

Remove use of `DEAL_II_COMPILER_SUPPORTS_MPI`.
This macro was removed in favor of `DEAL_II_WITH_MPI` in early 2015;
see `doc/news/changes.h` for more information.

Merge pull request #608 from tjhei/no_long_double_simd

[WIP] Disabled SIMD vector operations for certain types

Disable SIMD vector operations for certain types

Disable long double SIMD instructions on ICC. This is to work around a
bug that generates wrong code at least up to intel 15 (see tests/lac
/vector-vector, tests/lac/intel-15-bug, and the discussion at
https://github.com/dealii/dealii/issues/598).

More work to make exceptions more meaningful.

Merge pull request #614 from bangerth/remove-exceptions-without-arguments-2

Significantly improve another exception that currently does not print any text.

Address Timo's concerns during review.