Merge pull request #15142 from bangerth/57

Convert step-57 references to bibtex, with proper cross-referencing.

Convert step-57 references to bibtex, with proper cross-referencing.

Merge pull request #15139 from bangerth/glossary

Add necessary include files to a code snippet in the glossary.

Add necessary include files to a code snippet in the glossary.

Merge pull request #15136 from peterrum/remove_assert

Remove commented assert

Merge pull request #15133 from luca-heltai/stefanozampini/changelog

Add changelog entry for SNES and TS

Update doc/news/changes/major/20230422StefanoZampini

Co-authored-by: Luca Heltai <luca.heltai@sissa.it>

Add changelog entry for SNES and TS

Minor adaptions to TS and SNES classes

Merge pull request #15131 from bangerth/doxygen-2

More doxygen fixes.

Merge pull request #15129 from bangerth/doxygen

A variety of doxygen fixes.

More doxygen fixes.

A variety of doxygen fixes.

Merge pull request #15130 from marcfehling/assert

Added changelog for #14866.

Merge pull request #15065 from luca-heltai/stefanozampini/snes-only

PETScWrappers: Add support for nonlinear solver

Merge pull request #15127 from bangerth/57

Sort terms so that the bilinear form has ...phi_i * phi_j ... in step-57.

Merge pull request #15051 from bangerth/map

Return objects by value, rather than via a reference.

Merge pull request #15125 from kronbichler/remove_tabulated_shape_functions_mapping_q

Remove tabulated shape functions from MappingQ

Merge pull request #15122 from luca-heltai/fix-parameter-acceptor

ParameterAcceptor now uses a set.

Merge pull request #15126 from luca-heltai/stefanozampini/ts-compat

PETScWrappers::TimeStepper fix backward compatibility to 3.7

Fix #15111. ParameterAcceptor now uses a set.

Added changelog for #14866.

Merge pull request #15118 from luca-heltai/stefanozampini/ksp

PETScWrappers: update KSP support

Also update some commentary.

Sort terms so that the bilinear form has ...phi_i * phi_j ... .

Merge pull request #14866 from marcfehling/assert

Warn users about FE index mismatch instead of silently dropping them.

PETScWrappers::TimeStepper fix backward compatibility to 3.7

Align interface with SNES

PETScWrappers::Solver Bring the class into the new century

PETScWrappers: Add support for nonlinear solver

Merge pull request #15119 from luca-heltai/stefanozampini/compat

Update PETSc compatibility stuff for SNES and TS

Remove tabulated shape functions from MappingQ

New test cases

Merge pull request #14969 from drwells/la-d-vector-move-assign

Implement arbitrary order derivatives for evaluate_tensor_product

Merge pull request #15120 from bangerth/doc-64

Add an example to the documentation of GridTools::transform().

Merge pull request #15079 from bangerth/windoze

More gracefully deal with Windoze line endings.

Add an example to the documentation of GridTools::transform().

Avoid a problem with doxygen by just not prefixing some class names with dealii::.

Apparently this wasn't necessary anyway because it compiles just fine.

Get rid of old destroy_matrix function

PETScWrappers: Add .cc for compatibility

this is needed when we don't want to spill "petsc/private" headers into user code

Merge pull request #15086 from luca-heltai/stefanozampini/get_mpi_comm_nonref

All get_mpi_communicator methods now return MPI_Comm by value

Merge pull request #15116 from luca-heltai/stefanozampini/block-fixes

block fixes

Avoid call to a deprecated function.

Add a changelog entry.

Deprecate DoFTools functions returning stuff via reference arguments.

Return objects by value, rather than via a reference.

We now have move operators that apply to return objects, along with mandatory
return value optimization. There is no readon not to use this.

This patch applies this to some internal functions. I will write a separate
patch to make this the case for the public interfaces that call these
functions.

Merge pull request #15117 from luca-heltai/stefanozampini/minordocs

PETScWrappers Fix docs for SF classes

Add a changelog entry

Add a test.

More gracefully deal with Windoze line endings.

All get_mpi_communicator methods now return MPI_Comm by value

Make constructors explicit

PETScWrappers Fix docs for SF classes

Merge pull request #15113 from bangerth/nvector

Address the pesky 'MPI_Comm as void*' problem with the SUNDIALS interfaces

Reword docs

PETScWrappers::BlockVector add constructors from arrays of Vecs

PETScWrappers::BlockSparseMatrix unify constructors

add missing test

PETScWrappers: Fix block objects update operations

Merge pull request #15115 from bangerth/69

Fix a class name in step-69 commentary.

Deal with a circular dependency problem.

We can't ask a default-created vector for its MPI communicator
if we only later initialize it.

Make sure block vectors have blocks.

Mark input arguments as 'const'.

Address the pesky 'MPI_Comm as void*' problem with the SUNDIALS interfaces.

Fix a class name in step-69 commentary.

Add a move assignment operator to LA::d::V.

Merge pull request #15083 from olegrog/master

Fix some minor typos

Merge pull request #15013 from bergbauer/vectorized_fe_point

Enable vectorization over quadrature points in whole FEPointEvaluation

Merge pull request #15093 from tamiko/cmake_fix

examples/step-1: undo accidental changes to CMakeLists.txt

Merge pull request #15109 from bangerth/petsc

Remove PETSc compatibility things.

Merge pull request #14987 from bangerth/7

Leave a hint in step-7.

Enable vectorization over quadrature points in whole FEPointEvaluation

Merge pull request #15035 from bergbauer/optimize_mapping_computation

Optimize mapping computation in MappingQ

Merge pull request #15108 from bangerth/heading

Fix heading level in step-7 results.dox.

Fix heading level in step-7 results.dox.

Remove another PETSc compatibility issue we no longer need.

We currently require PETSc 3.7 or later, so no need to support pre-3.5 versions.

Remove a PETSc compatibility thing.

Merge pull request #14988 from bangerth/7.2

Rework the introduction to step-7.

Optimize computations in MappingQ

Merge pull request #15101 from jh66637/extend_distributed_compute_point_locations

extend distributed_compute_point_locations

Merge pull request #15107 from bangerth/comment

Fix a funny comment.

Replace \atan by \text{atan} because the former is apparently not part of MathJAX.

Fix a funny comment.

Merge pull request #15105 from marcfehling/mismatch

Fix interface mismatch in ScratchData in hp mode.

Merge pull request #15106 from bangerth/requires

Add 'requires' clauses to the rest of the triangulation classes.

Merge pull request #15104 from marcfehling/error

Improve error message.

Merge pull request #15102 from kronbichler/add_tolerance_compute_point_locations

Add tolerance to box in compute_point_locations_try_all

Add 'requires' clauses to the rest of the triangulation classes.

Fix interface mismatch in ScratchData in hp mode.

Improve error message.

Merge pull request #15033 from mschreter/add_signed_distance_funcion_zalesak_disk

Add signed distance function for Zalesak's disk

Merge pull request #15103 from marcfehling/interface-test

Add a test for FEInterfaceValues::reinit with no dominating FE.

Fix some minor typos

add signed distance function for Zalesak's disk

Merge pull request #15091 from masterleinad/kokkos_convert_precondition_chebyshev

Convert PreconditionChebyshev::set_initial_guess_kernel to Kokkos

Merge pull request #15092 from marcfehling/docker

Use latest ubuntu image in docker.yml.

Add a test for FEInterfaceValues::reinit with no dominating FE.

Merge pull request #15074 from luca-heltai/docker-build-jammy

Build both focal and jammy images.

Merge pull request #15099 from bangerth/fe-interface-values-2

Add a check and produce better errors in FEInterfaceValues::reinit().

Merge pull request #15097 from bangerth/fe-interface-values-1

Better document FEInterfaceValues::reinit().