Improve tolerances for errors near zero.

Details in the floating point implementation (e.g., whether or not -ffast-math
is used) can change the error by an order of magnitude or more. Get around this
by, in each relevant case, bounding the error above.

Since the errors are now checked in a different way the alternative output file
has been removed.

Merge pull request #5814 from drwells/fix-doc-typos-8

Fix some typos in the documentation.

Fix some typos in the documentation.

Merge pull request #5815 from drwells/remove-c++03-references

Remove some references to older C++ versions.

Remove some references to older C++ versions.

We now require C++11 so these statements are not correct.

Merge pull request #5813 from masterleinad/alternative_output_cafi01b

Add alternative output for communicate_active_fe_indices_01b

Merge pull request #5812 from masterleinad/unused_metis

More unused parameters without METIS

Add alternative output for communicate_active_fe_indices_01b

More unused parameters without METIS

Merge pull request #5810 from bangerth/add-test-pack

Add a test for the fast-path pack()/unpack() functions.

Merge pull request #5804 from bangerth/hyper-sphere

Restrict the template arguments of GridGenerator::hyper_sphere.

Add a test for the fast-path pack()/unpack() functions.

Merge pull request #5808 from bangerth/fix-warnings

Disable warnings in zoltan_cpp.h.

Disable warnings in zoltan_cpp.h.

Without this, we get warnings of the kind
/home/bangerth/bin/trilinos-12.8.1-mpi/include/zoltan_cpp.h:181:24: warning: unused parameter ‘iperm’ [-Wunused-parameter]
                  int * iperm )
                        ^~~~~

We already do a similar thing in sparsity_tools.cc, the only other places
where we include zoltan_cpp.h.

Merge pull request #5806 from jppelteret/comment_5788

Amend comment related to making a local copy of Trilinos MPI vector.

Amend comment related to making a local copy of Trilinos MPI vector.

Merge pull request #5807 from masterleinad/lapack_unused_parameters

Unused parameters without LAPACK

Unused parameters without LAPACK

Merge pull request #5801 from masterleinad/tensor_iterators

Tensor iterators

Merge pull request #5803 from masterleinad/scalapack_assert

Fix structure of Assert in scalapack.cc

Simplify Utilities::MPI::sum for *Tensor

Introduce begin/end_raw and switch element access to const&

Reorder array_view.h and make_array_view for Tensor classes

Add changelog.

Merge pull request #5790 from masterleinad/check_contiguity

Check contiguity of iterators in make_array_view

Restrict the template arguments of GridGenerator::hyper_sphere.

This function can only work for dim==spacedim-1, and this is also documented.
Consequently, get rid of the dim template argument.

Merge pull request #5802 from masterleinad/fix_more_unused

Fix more unused variables

Fix structure of Assert in scalapack.cc

Fix more unused variables

Check contiguity of iterators

Merge pull request #5794 from jppelteret/fix_5788

Allow copy of Trilinos::MPI::Vector to dealii::Vector on subset of procs

Merge pull request #5536 from ikligge/add_SQMR

Add sqmr

Allow copy of Trilinos::MPI::Vector to dealii::Vector on subset of procs

This commit adds a flag that reduces the strictness of the scenario in
which the constructor to dealii::Vector that takes a
Trilinos::MPI::Vector can be called. Previously it was necessary that
this be called on all MPI processors (MPI_COMM_WORLD). By setting the
additional flag to be true, this function need only be called by the
processes (maybe a subset of MPI_COMM_WORLD) that own this vector.

Merge pull request #5799 from masterleinad/fix_unused_variables_5

Fix unused variables in linear algebra source files

Merge pull request #5798 from masterleinad/fix_unused_variables_4

Fix unused variables in Manifold source files

Merge pull request #5796 from bangerth/fix-warnings

Fix a variety of warnings.

Merge pull request #5800 from bangerth/optimize-pack-unpack

Optimize the pack/unpack() functions for simple data types.

Optimize the pack/unpack() functions for simple data types.

Fix unused variables in linear algebra source files

Fix unused variables in Manifold source files

Merge pull request #5797 from bangerth/fix-svn

Remove an old svn tag.

Remove an old svn tag.

Fix warning about a variable that is unused in release mode.

Fix warnings about unused function arguments.

Fix warning about an unused variable.

Merge pull request #5785 from BenBrands/scalapack_test_5

adapt output precision in ScaLAPACK test 5

Merge pull request #5786 from tjhei/fix_extra_diags_guard

fix missing ENABLE_EXTRA_DIAGNOSTICS guard

Update solver_qmrs.h

Tidy up some documentation

Tidy up a changelog entry

fix missing ENABLE_EXTRA_DIAGNOSTICS guard

Added another changelog entry in minor changes category

Updated output file of linear operator test

Minor request changes embedded; another changelog entry added

Fix failing tests

Rewritten the SolverQMRS iteration, algorithm successfully tested; changelog entries added

Merge pull request #5769 from masterleinad/generalize_min_max_sum

Provide general template interface for Utilities::MPI::sum/min/max

adapt output precision in ScaLAPACK test 5

Improve documentation

Merge pull request #5783 from tamiko/cmake_msvc_fixes

CMake: Bugfix: Do not use COMPILE_LANGUAGE if configuring for MSVC

CMake: Bugfix: Do not use COMPILE_LANGUAGE if configuring for MSVC

Closes #5782

Merge pull request #5778 from davydden/cmake3.10_fixes

fix CHECK_MPI_INTERFACE for CMake 3.10

Merge pull request #5718 from bangerth/hierarchical

DoFRenumbering::hierarchical() for parallel::shared::Triangulation

Merge pull request #5780 from masterleinad/link_error_geometryinfo0

Avoid link errors in GeometryInfo<0>

Avoid link errors in GeometryInfo<0>

fix CHECK_MPI_INTERFACE for CMake 3.10

Merge pull request #5777 from masterleinad/changelog_typo

Fix typo in changelog entry

Fix typo in changelog entry

Merge pull request #5776 from bangerth/fix-step-42

step-42: Move a statement to where it belongs.

Move a statement to where it belongs.

Merge pull request #5728 from masterleinad/clang-tidy-new

Be explicit about virtual functions called in con-/destructors

Merge pull request #5775 from Rombur/fix_test

Require metis for a test to run

Merge pull request #5766 from bangerth/doc-update-2

Address what 'sequential' means in the context of DoFHandlers.

Merge pull request #5754 from Rombur/cuda_documentation

Make it clear that our CUDA wrappers only support float and double

Merge pull request #5774 from davydden/bugfix_makeunique

fix make_unique

Require metis for the test to run

fix make_unique

Merge pull request #5761 from drwells/improve-2d-transfinite-guess

Improve 2d transfinite guess

Merge pull request #5734 from BenBrands/extend_scalapack_more

Extend scalapack more

Merge pull request #5772 from drwells/use-std-abs

Use std::abs instead of abs.

Use std::abs instead of abs.

On some compilers (notably GCC 4.8.4, in some configurations) 'abs' refers to
'int abs(int)', and gives the wrong answer for floating point arguments.

Merge pull request #5765 from bangerth/doc-update

Update a comment for PETScWrappers::PreconditionBlockJacobi.

Differentiate between quads in 2D and 3D.

In 3D, we may use eight surrounding points either as the eight vertices
of a hexahedron or as eight surrounding points on the surface of a
hexahedron. This patch adds some logic to tell the two cases apart based
on some angle calculations.

Guard a check with an if statement.

Make the TFI chart point calculation more robust.

If the guess computed by the shortcut is not accurate enough then we
should try to use the affine approximation instead.

Add a test for the 2D TFI change.

Merge pull request #5756 from masterleinad/hdf5_quick

Provide HDF5 quicktest

Provide general template interface for Utilities::MPI::sum/min/max

Provide HDF5 quicktest

Merge pull request #5768 from bangerth/doc-update-4

Update class doc of p::s::Triangulation.

Merge pull request #5767 from bangerth/doc-update-3

Address what 'sequential' means in the context of communicators.

Update class doc of p::s::Triangulation.

Provide a link into the glossary.

Address what 'sequential' means in the context of communicators.

Address what 'sequential' means in the context of DoFHandlers.

Update a comment for PETScWrappers::PreconditionBlockJacobi.

reviewer corrections

Merge pull request #5759 from bangerth/fix

Fix DoFTools::locally_owned_dofs_per_subdomain() for empty processors.

Implement a 2D-specific chart point estimate.

The current algorithm calculates a reasonable guess for the chart point
in 3D. Using this 3D algorithm in 2D results in relatively bad guesses:

for i = 5:
affine approx chart point: 0.5 3.64977e-14
pulled back chart point:   1 0.5
for i = 6:
affine approx chart point: 0.5 0.5
pulled back chart point:   0.5 8.678e-17
for i = 7:
affine approx chart point: 0.5 1
pulled back chart point:   0.5 1

This patch adds a 2D-specific algorithm that simply averages the two
adjacent vertices (e.g., chart point 5 is assumed to be an average of
chart points 1 and 3).

This issue was reported by Juan Carlos Araujo Cabarcas, who found a test
case where the affine guess was sufficiently inaccurate that
TransfiniteInterpolationManifold::pull_back failed to find the right
point. This change fixes that test case.

Merge pull request #5760 from bangerth/add-tests

Add tests for complex-valued add_and_dot()

Merge pull request #5750 from bangerth/fix-cuda-vector

Fix CUDAVector::add_and_dot() for complex-valued vectors.