Step 47 XFEM
append_quadrature implemented

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24014 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Test works now.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24013 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24012 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Test is now fixed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24011 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add comment about affected Trilinos versions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24010 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24009 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add missing include file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24008 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove the automatic way of compressing PETSc vectors based on the mode. This was an endless source of difficult to find bugs in parallel programs. We do still track the mode, however, for error reporting.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24007 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove tests that no longer make sense following the next commit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24006 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test for bug in trilinos compress()

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24005 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a compiler warning about a double passed as an integer. This can
be avoided by using an integer power function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24004 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Be a bit more carefully when we actually call VecAssembleBegin/End for PETSc vectors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24003 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix assertion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24002 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make compile.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24001 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add test for a parallel trilinos bug when calling compress()

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24000 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make more to standard.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23999 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23998 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement the first few steps of what's necessary here.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23997 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a program that may or may not become an XFEM tutorial.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23996 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23995 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add another link.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23994 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cleanup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23993 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix compilation on systems without std-c++11.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23992 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix scalar product with complex number: return real_type, not Number. Make unroll() work also for vectors that are not based on doubles by moving it to the .h file. This obviates tensor.cc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23991 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Test Tensor with non-default template arguments: float and std::complex<double>.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23990 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Extend classes Tensor, SymmetricTensor and Point to work with templates for the number type. Default template value is double, so all old code remains valid, except for forward declarations without the number type.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23989 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23988 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cache loop bounds.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23987 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make transpose of matrix in Trilinos matmatmult work. Still not correct result.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23986 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cleanup of operations. Can now also be compiled with boost::numeric::interval.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23985 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Output efficiency index and orders

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23984 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix problem with constant polynomials

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23983 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

test FullMatrix Schur complement

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23982 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add function for Schur complement; needs testing

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23981 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

compute correct energy norm and L2 norm

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23980 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Need to include limits.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23979 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix unnecessary if

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23978 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set svn:ignore.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23977 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Omit unused parameters.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23976 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Test serialization of polynomial based on product form. Fix output in other polynomial tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23975 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement serialization. Clean up change between product form and standard form: Use explicit transformation function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23974 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make compile with gcc 4.6.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23973 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update output after r23960.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23972 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix output because of different roundoff due to r23961.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23971 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reduce range of shift test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23970 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix warning on unused variables.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23969 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Correct error message for deal.II and PETSc MPI settings consistency.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23968 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

rename class to Step3

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23967 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make first steps a bit more conforming to later

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23966 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve performance of evaluation of tensor product polynomials: no need to allocate memory.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23965 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Now finally fix LagrangeEquidistant constructor. Add TODO for serialization.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23964 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix initialization of LagrangeEquidistant.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23963 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document changes in FE_Q and Polynomial.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23962 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improved initialization of embedding and restriction: need to evaluate a tensor product polynomial a lot of times on tensor product points. Hence, do the polynomial evaluation in one dimension at a time. This makes code slightly more complicated to read, but it evaluates much faster, especially for high orders. Now, FE_Q can be initialized for order 15 in 3D in less than a second. Before it took hundreds of seconds.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23961 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Better evaluation of Lagrangian basis functions: use the form based on product of linear factors whenever possible. However, the form gets destroyed if we add polynomials, so still hold the old coefficients.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23960 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Polynomial evaluation at high orders: old implementation based on form a_0 + a_1 x^1 + ... + a_n x^n produces bad results.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23959 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add note for mac users

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23958 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Start todo for fixing tutorial

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23957 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Initialization does not belong into a loop

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23956 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Compiler doesn't like 'typename' outside templates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23955 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23954 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

bugfix create_boundary_right_hand_side

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23953 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test, to be fixed by Daniel Gerecht.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23952 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update numbers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23951 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a mechanism for thread local storage to the library. Add corresponding tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23950 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set svn properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23949 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use same style for referencing support as elsewhere.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23945 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a replacement version of std::lower_bound that is optimized for small arrays and that doesn't have the awkward O(N) partitioning check. For more information, see the documentation in utilities.h.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23944 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not copy FE_Collection objects (and same for mapping and quadratures)
between ScratchData objects, as this is an expensive operation. Rather, create
these objects up front and only keep references to them around.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23943 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename function and document its need.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23942 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove debug output in grid_generator. Oops.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23941 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Test for avoiding bug in FE_Q with arbitrary nodes: the hp line/quad identities need to be computed from support points, not equidistant points.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23940 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix bug in FE_Q with arbitrary nodes: the hp line/quad identities need to be computed from support points, not equidistant points. Also, the embedding matrices for arbitrary nodes do not need to be computed with FE_Tools. They can be generated in the usual case if we use the support points directly and not equidistant points.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23939 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do operator= in parallel just as matrix-vector products. This gives considerably better speed of parallel mat-vecs on some NUMA systems where the first access to a memory location determines which memory bank will hold the data.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23938 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

get_data cannot return null pointer

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23937 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new functions for setting face and subfaces without deleting matrices

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23936 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace a quadratic algorithm by a linear one. This greatly accelerates a good number of the tests we have. For example, deal.II/grid_in and deal.II/grid_in_msh_version_2 speed up from several minutes to just a few seconds.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23935 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Accelerate the central part of the reordering algorithm by a factor of
four. This line
      std::transform(inquads.begin(),inquads.end(), std::back_inserter(mquads),
     std::bind2nd(MQuad::MakeQuad(),sides) );
takes up almost the entire time since the call to MakeQuad is linear in the
number of edges and is called a linear number of times -- making the whole
thing quadratic. This may not have been such a big deal when we used the
regular libstdc++ library, but since we now test with the debug version, it
takes positively forever. The patch changes the way we work in MakeQuad:
instead of calling lower_bound four times, we now do the equivalent work only
once and check for all four indices at the same time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23934 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Abort the program at the moment since it locks up and we don't have a way to
fix it at present.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23933 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Toss section on Trilinos versions prior to 10.0.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23932 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add GridGenerator::quarter_hyper_shell. Only implemented in 2d for now.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23931 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix example in documentation: control is no longer public.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23930 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not access the first element if the vector is empty.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23929 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not access the first element if the vector is empty.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23928 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust, not that count_dofs_per_component is available for a templated DoFHandler argument.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23927 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make compile also with MPI enabled.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23926 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename test and add a new one that verifies FECollection objects with more than one element.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23925 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement DoFTools::count_dofs_per_component also for hp::DoFhandler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23924 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Close the ConstraintMatrix before use.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23923 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Temporarily increase timeout after using the libstdc++ debug mode. I don't
want to keep this bigger timeout long term but I'd like to see in the
testsuite runs which tests are genuine failures and which are just caused by
longer runtimes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23922 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Close the constraint matrix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23921 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add an assertion without which we probably compute garbage.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23920 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

start fixing FE_Face

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23919 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't access an element of an array if the array has size zero.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23918 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Allow calling join() on a thread object more than once.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23917 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid accessing element past the end.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23916 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove the test that we produce an exception for invalid accesses. This can't be tested in any reasonable way since in the testsuite we continue running tests even after exceptions, which then triggers an out-of-bounds access and a failure of the test in the debug version of libstdc++.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23915 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make work again.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23914 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix non-sensical placement of a join_all statement.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23913 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Ensure that a thread can indeed be joined. This doesn't always appear
to be the case, and a friendly assertion is better than a hard
exception that is thrown from the OS and doesn't contain much information.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23912 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d