Fix a bug in CUDAWrappers::Vector::reinit

The second time that reinit was called the wrong number of elements was set to
zero.

Merge pull request #5904 from davydden/doc_project

fix grammar in VectorTools::project()

fix grammar

Merge pull request #5902 from tjhei/step-3-doc-mean-values

fix step-3 convergence of mean numbers

fix step-3 convergence of mean numbers

It looks like the numbers were incorrect (same value for refinement
3&4). Fix this and give output with more digits.

Merge pull request #5879 from kronbichler/extend_hermite_polynomials

Provide a more stable variant of Hermite polynomials for higher polynomial degrees

Add changelog.

Switch FE_DGQHermite to the more appropriate polynomial basis.

Add test.

Add a variant of Hermite polynomials with good condition numbers.

Merge pull request #5890 from Rombur/cuda_size

Move cuda related macros in their own file

Merge pull request #5893 from davydden/vec_add_zero

return immediately if a==0 in p::d::Vector::add(a,V)

Merge pull request #5892 from masterleinad/fix_python_bindings

Mark bundled include dirs as "SYSTEM" for python-bindings

return immediately if a==0 in p::d::Vector::add(a,V)

Mark bundled include dirs as "SYSTEM" for python-bindings

Move cuda related macros in their own file

Merge pull request #5891 from bangerth/doc-update-2

Update documentation on 'deallog' in step-3.

Update documentation on 'deallog' in step-3.

Merge pull request #5883 from drwells/mapping-clone-unique-ptr

Make Mapping::clone return a unique_ptr<Mapping>.

Use 'virtual' and 'override' consistently.

Make Mapping::clone return a unique_ptr<Mapping>.

This commit converts the current interface into one based on smart
pointers. It also gets rid of the use of a covariant return type in
MappingQ1::clone and MappingQ1Eulerian::clone.

Merge pull request #3897 from tamiko/use_isystem

CMake: Use -isystem for third party headers

Merge pull request #5884 from davydden/feature/multivector_inner_product_with_metric

add BlockVector::multivector_inner_product_with_metric()

Merge pull request #5888 from BenBrands/scalapack_save_bug

Fix bug in ScaLAPACKMatrix::save

Fix bug in ScaLAPACKMatrix::save

Merge pull request #5867 from BenBrands/scalapack_save_chunking

enable chunking for save/load of ScaLAPACKMatrix

Merge pull request #5868 from BenBrands/scalapack_norm

Fix deficiency in computation of norms for ScaLAPACKMatrix

add BlockVector::multivector_inner_product_with_metric()
and BlockVector::mmult(const BlockVector &, const FullMatrixType &)

Remove all internal use of DEAL_II_DISABLE_EXTRA_DIAGNOSTICS

CMake: Use -isystem in INSOURCE_SETUP_TARGET macro

CMake: Use -isystem for third party headers

Merge pull request #5886 from masterleinad/fix_braces_around_scalar_initializer

Avoid warning about "braces around scalar initializer"

Merge pull request #5860 from drwells/step-49-modernization

Step 49 modernization

Avoid warning about "braces around scalar initializer"

Redo the step-49 extensions to use Manifolds.

The old approach used the deprecated Boundary classes.

Merge pull request #5881 from bangerth/doc-update

Update documentation of the p::d::SolutionTransfer constructor.

Update documentation of the p::d::SolutionTransfer constructor.

Merge pull request #5878 from jppelteret/update_config_adolc

Add another compile-time check to Adol-C CMake module.

Add another compile-time check to Adol-C CMake module.

Merge pull request #5865 from QiaoLei-88/make_icc_15_happy

avoid icc 15 error on non-const reference

Merge pull request #5848 from jppelteret/tensor_consistent_tparams

Add/Remove some template parameters.

fix bug in computation of norms for ScaLAPACKMatrix

Merge pull request #5861 from masterleinad/fix_unused_fraction

Restrict instantiations in GridRefinement to Vector

Merge pull request #5877 from bangerth/doc-update

Fix @author string grammar.

Fix @author string grammar.

Merge pull request #5876 from jppelteret/fix_solver_multiple_definitions

Fix multiple definitions for internal::SolverBicgstabData

Merge pull request #5874 from davydden/feature/project_with_block

extend VectorTools::project() to take fe_component

Fix warning: Remove extra ';'

Fix error: Multiple defs. of internal::SolverBicgstabData constructor

Relates to #5817

extend VectorTools::project() to take fe_component

Merge pull request #5862 from tcclevenger/max_possible_coarse_level

add function to get max possible mg coarse level

Merge pull request #5875 from BenBrands/scalapack_doc

improve documentation of ScaLAPACKMatrix::least_squares()

enable chunking for save/load of ScaLAPACKMatrix

improve documentation of ScaLAPACKMatrix::least_squares()

Merge pull request #5873 from masterleinad/improve_ld_gold_detection

Improve detection of ld.gold

implement operator=() for Tensor<0,...>

Improve detection of ld.gold

Merge pull request #5871 from masterleinad/style_braced_initialization

Allow for braced initialization in astyle.rc

Merge pull request #5872 from masterleinad/fix_ice_icc15

Fix another ice for ICC-15

Fix another ice for ICC-15

Allow for braced initialization in astyle.rc

add function to get max possible mg coarse level

processor

ScaLAPACK tests: use matrix typeid in creation of random matrices

Modernize step-49 with C++11 features.

Improve some minor things in step-49.

Merge pull request #5828 from drwells/split-expensive-files

Split expensive files

Merge pull request #5864 from masterleinad/fix_unused_sundials

Fix unused variables in SUNDIALS wrappers' destructors

Merge pull request #5863 from bangerth/doc-update

Expand on the explanation of update_quadrature_points.

Fix unused variables in SUNDIALS wrappers' destructors

Merge pull request #5859 from drwells/new-cylindricalmanifold-ctor

Require a Tensor for an argument that indicates direction.

Merge pull request #5849 from masterleinad/fix_float64

Deal with the remaining Float64 output files

Changelog entry

Restrict instantiations in GridRefinement to Vector

Merge pull request #5854 from masterleinad/fix-coverity

Fix issues discovered by Coverity

Expand on the explanation of update_quadrature_points.

Remove some extra underscores.

Require a Tensor for an argument that indicates direction.

Fix issues discovered by Coverity

Merge pull request #5851 from masterleinad/clang_unused_parameters

Allow detecting unused parameters using clang

Merge pull request #5856 from masterleinad/fix_bundled_warnings

Fix bundled warnings

Merge pull request #5847 from tjhei/doxygen_sundials

document sundials namespace

Fix warnings for bundled muParser

Fix warnings for bundled boost

Merge pull request #5855 from masterleinad/replace_last_boundary_occurence

Replace last Boundary occurences in the test folder

Merge pull request #5805 from dangars/gmsh-test

Add Transfinite Line

Merge pull request #5853 from drwells/unused-scalapack

deal with unused variable warnings in scalapack bindings and bundled code.

Remove tria_boundary.h and replace Boundary<2>::FaceVertexNormals

Merge pull request #5852 from drwells/remove-cylindermanifold-specialization

Remove the hidden CylindricalManifold<dim, 3> code.

document sundials namespace

otherwise it doesn't appear in doxygen.

Suppress warnings in bundled packages.

comment out unused variables in scalapack bindings.

Mark some functions as 'inline' to avoid warnings.

Now that we have more instantiation files, not every auxiliary function is used
in every translation unit: get around the warning by marking functions as
inline.

In addition: avoid using an anonymous namespace here, since we use
SPLIT_INSTANTIATIONS_INDEX.

Replace the last Boundary object in the tests

Split fe_values.cc into more instantiation files.

This is currently the most expensive file to compile: with GCC 7.2 and all
libraries but adol-c installed, this file requires 4.5 GB and 170s to (just for
one of two instantiation files). This commit adds four additional instantiation
files to lower the memory requirements below 3 GB per translation unit.

Here is some profiling information:

debug, master:
165s, 4 GB
170s, 4.5 GB
(335 s total)

release, master:
182s, 3.6 GB
194s, 3.9 GB
(376s total)

debug, feature:
37s, 1.7 GB
63s, 2.6 GB
31s, 1.5 GB
87s, 2.7 GB
58s, 2.6 GB
79s, 2.7 GB
(355s total)

release, feature:
 37s, 1.5 GB
 71s, 2.4 GB
 32s, 1.5 GB
103s, 2.6 GB
 69s, 2.3 GB
 96s, 2.6 GB
(408s total)

Improve a check for the mapping degree.

Clean up the included headers a bit.

Split the grid tools instantiations.

This commit splits the grid tools instantiation files in two: one file deals
with instantiations for DoFHandlers and Triangulations and the other deals with
instantiations of just Triangulations. Here is the timing information:

before this patch:
debug:
grid tools: 74s, 3.6 GB

release:
grid tools: 97s 3.9 GB

after this patch:
debug:
grid tools: 31s, 1.8 GB
grid tools dof handlers: 48s, 2.4 GB

release:
grid tools: 46s, 1.9 GB
grid tools dof handlers: 65s, 2.4 GB

This lowers the high water mark for memory usage with only a small impact on the
total compilation time.

Add another LAC unity file.

The current unity time and memory consumption is:p
debug:
unity 0: 73s 2.6 GB
unity 1: 68s 2.9 GB
release:
unity 0: 104s 2.6 GB
unity 1:  94s 3.2 GB

with three unity files we lower the high water mark for memory and require
slightly less compilation time:

debug:
unity 0: 63s 2.4 GB
unity 1: 37s 1.9 GB
unity 2: 39s 1.8 GB
release:
unity 0:  87s 2.2 GB
unity 1:  51s 2.0 GB
unity 2:  57s 1.9 GB

Split data_out_dof_data instantiations.

This file currently requires 91s/3.9GB and 103s/3.3GB on debug and release,
respectively, with GCC7.2. With the split these are 53s/2.6GB - 52s/2.6GB and
60.5s/2.6GB - 59.1s/2.5GB: much better for memory usage.

Remove some unnecessary calls to copy constructors.