Fixed bug in find_active_cell_around_point. See the testcases bits/find_active_cell_8 and _9

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25715 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test for find_active_cell_around_point on a disconnected grid.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25714 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update publication

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25713 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update publication

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25712 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo an accidental checkin.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25711 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25710 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Go through changes.h and make it more consistent.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25709 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected the expected values.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25707 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update of the expected results

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25706 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test for find_active_cell_around_point. At the time of writing, this test fails, but the problem is identified and worked on.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25705 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some more modifications to have consistency in various initializations of the partitioner.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25703 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Correct initialization of partitioner (bug pointed out by Martin Steigemann).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25702 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Route output into the output file, not onto the screen.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25701 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25700 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25699 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Regenerate.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25698 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Disable one warning for Intel ICC.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25697 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a conversion operator from VectorView to Vector. The problem is that
this operator here:

                                     /**
                                      * Implicit cast to const
                                      * Vector<Number>. This cast
                                      * allows the use of this object
                                      * everywhere a const
                                      * Vector<double> is required.
                                      */
    operator const Vector<Number> &() const;

will never be called as per the C++ standard because VectorView is derived
from Vector<Number> and the standard says this:

    A conversion function is never used to convert a (possibly cv-qualified)
    object to the (possibly cv-qualified) same object type (or a reference to
    it), to a (possibly cv-qualified) base class of that type (or a reference
    to it), or to (possibly cv-qualified) void.

Note the piece about the base class. In other words, the presence of the
operator in the current implementation has no impact since it will never be
called.

This also fixes the following warning from ICC:

/scratch/bangert/p/deal.II/1/deal.II/include/deal.II/lac/vector_view.h(173): warning #597: "dealii::VectorView<Number>::operator const dealii::Vector<PetscScalar={double}> &() const [with Number=PetscScalar={double}]" will not be called for implicit or explicit conversions
      operator const Vector<Number> &() const;
      ^
          detected during:
            instantiation of class "dealii::VectorView<Number> [with Number=PetscScalar={double}]" at line 925 of "/scratch/bangert/p/deal.II/1/deal.II/include/deal.II/lac/parallel_vector.h"
            instantiation of class "dealii::parallel::distributed::Vector<Number> [with Number=double]" at line 1023 of "/scratch/bangert/p/deal.II/1/deal.II/source/numerics/error_estimator.cc"
            instantiation of "void dealii::KellyErrorEstimator<1, spacedim>::estimate(const dealii::Mapping<1, spacedim> &, const DH &, const dealii::Quadrature<0> &, const dealii::FunctionMap<spacedim>::type &, const InputVector &, dealii::Vector<float> &, const std::vector<bool, std::allocator<bool>> &, const dealii::Function<spacedim> *, unsigned int, dealii::types::subdomain_id_t={unsigned int}, dealii::types::material_id_t={unsigned char}) [with spacedim=1,
                      InputVector=dealii::parallel::distributed::Vector<double>, DH=dealii::DoFHandler<1, 1>]" at line 156 of "/scratch/bangert/p/deal.II/1/deal.II/source/numerics/error_estimator.inst"

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25696 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Modified how the PointValueHistory class supports vector fields to allow a more consistent interface.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25695 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also remove coverage files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25693 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a test that verifies what we get from the many MemoryConsumption functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25692 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement the memory_consumption() function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25691 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

mention that trilinos 10.10.2 is broken too

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25690 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use proper output file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25689 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25688 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set properties correctly on a few stragglers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25687 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set properties correctly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25686 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix the same bug as before but in a similar function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25685 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25684 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor indentation change.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25683 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix the same bug as before in several more places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25682 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-indent and untabify.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25681 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25680 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Several more tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25679 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make an input argument const to allow temporary objects. Break out a common idiom and re-factor it into a function of its own.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25678 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make tests more specific.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25677 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25676 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update copyright notice.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25675 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a target for coverage.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25674 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Leave a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25673 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Handle the fact that Mapping::transform_real_to_unit_cell can now also
throw exceptions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25672 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust output after r25668. The test now needs more iterations than before (43 instead of 5) but the 43 iterations and the resulting final residual are exactly the same as for petsc/deal_solver_04 so that the result is now likely correct and it only converged so quickly by chance before.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25671 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add failing test for transform_real_to_unit_cell

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25670 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make test for TrilinosWrappers::VectorBase::swap() pass

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25669 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fixed TrilinosWrappers::VectorBase::swap()

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25668 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

test TrilinosWrappers::Vector::swap() (test fails)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25667 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Untabify.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25666 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set a flag for the PGI C++ compiler that allows it to compile all but one file in debug mode.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25665 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add an include file that's necessary for the pgi compiler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25664 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Suppress output to the screen.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25663 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a couple other places where using FE_Nothing triggered assertions that weren't warranted here.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25661 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Using the SolutionTransfer class with hp::DoFHandler and on meshes where some cells are associated with a FE_Nothing element could result in an error.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25660 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around a problem where we now got into an if-branch that we
didn't want to get into.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25659 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Uwe Koecher: Avoid warnings in header files if -Wunused-parameters is given, for cases where parameters are only evaluated in Assert contexts and are thus unused in optimized mode.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25658 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Disable a bunch of warnings for MS Visual C++.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25657 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a warning with gcc 4.7 (based on a patch by Uwe Koecher).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25656 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set svn properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25655 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix compilation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25654 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Correct output directory.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25653 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25652 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement a line search strategy to deal with cases where the nonlinear iteration in MappingQ1::transform_real_to_unit_cell does not converge. If the line search doesn't converge either, then throw an exception and assume that in fact this means that the point lies outside. Deal with this result in all of the places where we call the function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25651 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix yet another bug in VectorTools::no_normal_flux when dealing with fluxes that are tangential to *two* adjacent faces. This can only possibly have worked before if these faces where parallel to at least one coordinate axes :-(

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25649 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25648 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reduce it to one cell.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25647 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test, currently failing.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25646 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Typo fix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25645 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a forward declaration apparently needed for MSVC.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25644 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a few stray empty lines left over from the time when we replaced 'class' + 'static' functions with a 'namespace'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25643 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a missing set of instantiations. Put more things under the template expander and order them in the same way as the declarations in the .h file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25642 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make it clear that the *result*, not just one operand, should be of
type char. I think otherwise the arithmetic is still performed in data
type int.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25641 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test to verify that indeed Trilinos bug 5609 is and remains fixed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25640 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix bug pointed out by Saul Teukolsky and add submit_divergence function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25639 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-38: fix compilation error with some compilers

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25638 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Jason Sheldon: Add some previously missing instantiations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25637 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More patches for MS Windows.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25636 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25635 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More changes by Bob Goodwin to make things compile with MS Visual C++.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25634 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around a problem with a zero-length array when dim==0. MSVC complains
about that. (Patch by Bob Goodwin.)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25633 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Second set of Microsoft Windows Visual C/C++ patches by Bob Goodwin.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25632 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patches by Bob Goodwin: First set of changes for making things work with MS Visual C++.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25631 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Detect Cray C++.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25630 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

After testing, fix compilation for petsc-3.3

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25628 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Jason Sheldon: Add a missing instantiation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25627 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fig bug and augment FEEValuation. Rename MatrixFree::get_quadrature_formula into MatrixFree::get_quadrature. Fix typos in tutorial programs. Cleanup in matrix free class for hp case.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25626 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a misleading error message

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25625 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use vtk output. Add a TODO.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25624 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Default to debug mode.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25623 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use proper markup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25622 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Comment on the refinement criterion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25621 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update after r25604.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25620 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update a couple test results after r25604.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25619 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25618 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one more link.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25616 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one picture.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25615 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Allow selecting something different than gfortran by setting the F77 environment variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25614 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update test results after recent changes to FE_DGQArbitraryNodes and PointValueHistory.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25613 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

added missing instantiations for DerivativeApproximation::approximate_derivative_tensor()

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25612 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide links from functions to a module.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25611 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a couple sentences.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25610 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one more paragraph as suggested by Joerg.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25609 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d