Merge pull request #6439 from masterleinad/avoid_boost_nullptr

Avoid dereferencing a nullptr in bundled boost

Merge pull request #6438 from tjhei/deprecated_feature_check

reorder deprecation feature check

Merge pull request #6431 from tamiko/implement_mean_value_filter

LinearOperator: Implement a mean value filter operator

Avoid dereferencing a nullptr in bundled boost

reorder deprecation feature check

This moves the check of compiler features after the std standard
detection and checks that the checks compile with the correct flags to
be used later without warnings.

Bugfix: Use the general vector interface

We should really try hard to avoid using implementation specific low
level access via operator[].

Doc: update changelog

make astyle happy

deprecate MeanValueFilter

a short drive-by fixing

add a test

add a test

LinearOperator: Implement a mean value filter operator

Merge pull request #6427 from luca-heltai/externalize-cache-from-coupling

Externalize cache from coupling

Added comments on missing implementation,+test for hanging nodes

Merge pull request #6367 from bangerth/op-eq

Make FiniteElement::operator== virtual.

Merge pull request #6430 from bangerth/step-54

Follow convention with placement of 'break' statement.

Merge pull request #6410 from bangerth/code-gallery-update

When configuring the code-gallery, skip generated files.

Follow convention with placement of 'break' statement.

Merge pull request #6415 from luca-heltai/fix-step-54

Fix step-54

Merge pull request #6429 from bangerth/step-51

Fix a grammar issue.

Merge pull request #6349 from jppelteret/fix_6339

Adol-C advanced branching: Fix FEValues and tensor classes

Fix a grammar issue.

Merge pull request #6416 from luca-heltai/fix-manifold-doc

Fixed some documentation about boundary and manifold.

Merge pull request #6422 from masterleinad/test_rand

Add test for Testing::rand

Merge pull request #6411 from masterleinad/undefined_7

Simplify CommunicateLocallyMovedVertices::unpack_data

Merge pull request #6408 from bangerth/step-51

Minor edits to the step-51 introduction.

Minor edits to the step-51 introduction.

Specifically, make sure 'FE_DGPMonomial' is spelled correctly. While there,
also address a couple of other things.

Take two fields out of FiniteElement::operator==() again.

Fixed DW comments.

Merge pull request #6426 from drwells/fix-clang-6-warnings

Fix clang 6 warnings

Changelog.

Moved Cache outside compute_coupling_mass/sparsity.

Merge pull request #6420 from masterleinad/update_base_assign_subscriptor

Update test output for base/assign_subscriptor without threads

Removed an unused typedef.

Use nullptr instead of 0.

Merge pull request #6424 from tamiko/fix_mpi_version_variables_2

CMake: Fix MPI version detection, round two

CMake: Fix MPI version detection, round two

Merge pull request #6421 from tamiko/fix_mpi_version_variables

CMake: Fix MPI version detection for newer cmake

Fixed compilation.

Add test for Testing::rand

Merge pull request #6390 from masterleinad/new_fixes_4

Provide alternative output for the *vector_add_and_dot_complex tests without threads

Fixed comments by JP and TH

Merge pull request #6418 from masterleinad/update_lac_vector_memory

Update alternative test output for lac/vector_memory

Merge pull request #6417 from kkormann/fix_6300

Fix matrix-free commits (comments by Bruno Turcksin).

CMake: Fix MPI version detection for newer cmake

CMake: Remove OpenMPI specific version detection

Update test output for base/assign_subscriptor without threads

Merge pull request #6419 from masterleinad/update_base_reference

Update test output for base/reference without threads

Update test output for base/reference without threads

Update alternative test output for lac/vector_memory

Merge pull request #6405 from masterleinad/undefined_4

Avoid accessing elements of a zero size vector in ParticleHandler

Fix matrix-free commits (comments by Bruno Turcksin).

Merge pull request #6414 from kronbichler/issue_6403

Use std::vector::data+offset() rather than [] access

Merge pull request #6413 from masterleinad/undefined_8

Avoid creating pointer to invalid memory in get_dof_indices

Merge pull request #6409 from bangerth/add-include

Add a necessary #include file.

Remove unnecessary const_cast.

Merge pull request #6412 from masterleinad/initialize_sun

Initialize SUN* objects

Fixed intro.

Removed statics, fixed some comments.

Fixed documentation.

Merge pull request #6381 from drwells/update-step-6

Update step 6.

Use vector::data() + offset in a few places. Add assertion.

Do not dereference pointers as we might be at the end of the array.

Simplify the last AssertThrow

Avoid accessing elements of a zero size vector in ParticleHandler

Avoid creating pointer to invalid memory in get_dof_indices

Initialize SUN* objects

Merge pull request #6404 from masterleinad/undefined_3

Guard accessing values in Vector<Number>::zero_out_ghosts

Simplify CommunicateLocallyMovedVertices::unpack_data

When configuring the code-gallery, skip generated files.

People run 'cmake' in their code-gallery directories and may then want to
create documentation for these directories later. The generated files greatly
confuse doxygen, so (appropriately) filter them out.

Add a necessary #include file.

We now reference the 'free' function in the .h file. We need to '#include' the necessary
header file.

Merge pull request #6401 from masterleinad/undefined_1

Only invert bits up to the maximum possible in ~CacheUpdateFlags

Merge pull request #6406 from masterleinad/undefined_5

Avoid signed overflow in test

Merge pull request #6402 from masterleinad/undefined_2

Avoid signed overflow in Testing::rand

Merge pull request #6387 from masterleinad/correct_deleter_readwritevector_values

Call the correct deleter for ReadWriteVector::values

Change style of array access

Fix some documentation regarding exception handling.

Avoid signed overflow in test

Merge pull request #6371 from jppelteret/follow_up_to_6335-2

CMake: Make Adol-C check for boost pool more specific.

Merge pull request #6398 from davydden/tests/zoltan

zoltan: run with mpirun annotation to avoid race condition

Merge pull request #6263 from mathgirl/assert_in_do_integrate_difference

Add missing assert in do_integrate_difference

Merge pull request #6391 from masterleinad/new_fixes_3

Avoid accessing invalid memory in base/utilities_pack_unpack_04

Merge pull request #6399 from GivAlz/NonMatchDocu

Fix documentation for NonMatching

Merge pull request #6392 from masterleinad/new_fixes_2

Clarify that base/reference causes stack-use-after-scope

Merge pull request #6375 from masterleinad/fix_scalapack_create_group

Fix scalapack create group

Guard accessing values in Vector<Number>::zero_out_ghosts

Add documentation to nonoverflow_add

Added documentation for NonMatching namespace

Avoid signed overflow in Testing::rand

Only invert bits up to the maximum possible in ~CacheUpdateFlags

Merge pull request #6400 from drwells/remove-double-stars

Avoid using '**/' at the end of comments.

Avoid using '**/' at the end of comments.

zoltan: run with mpirun annotation to avoid race condition

Merge pull request #6395 from kronbichler/test_fixes_avx512

Test fixes with AVX-512

Merge pull request #6296 from luca-heltai/failing-test

Fix bug in MappingFEField

Merge pull request #6389 from masterleinad/fix_memory_leak_kinsol

Fix memory leak in KINSOL wrapper

Test fixes with AVX-512.

Clarify that base/reference causes stack-use-after-scope

Avoid accessing invalid memory in base/utilities_pack_unpack_04