Sort members of MappingFEField into doxygen groups.

Merge pull request #1376 from bangerth/further-FEValues-cleanups-18

Properly document get_data() and friends.

Move and group mapping member functions.

This patch simply moves the InternalDataBase, get_*_data() and fill_fe_*_values()
members of the derived mapping classes into a doxygen group. No changes in
functionality. No changes in text either.

Properly document get_data() and friends.

Also remove the documentation from these functions in derived classes
as doxygen properly copies the documentation from the corresponding
functions in the base class. This makes sure we only have to document
in one place and avoids things getting out of synch.

Merge pull request #1375 from bangerth/further-FEValues-cleanups-17

General doc updates.

Rename the UpdateFlagsEssay.

Since it's a regular @group now, remove the 'Essay' part of the name.

Update the documentation in this module.

Also, upgrade it from a general @page to a group/module that is a sub-group
to the finite element module.

Some minor doc updates.

Some minor doc updates.

Merge pull request #1381 from bangerth/dont-run-tests-without-mpi

Do not run the shared-tria tests without MPI.

Merge pull request #1380 from bangerth/fix-tests

Fix tests by using the appropriate #include.

Do not run the shared-tria tests without MPI.

They do not compile because the shared triangulation without MPI
can't be constructed with the same constructor taking an MPI_Comm
as is used in these tests.

Merge pull request #1349 from pesser/rannacher-turek

Add Rannacher-Turek element.

Fix tests by using the appropriate #include.

Merge pull request #1379 from dealii/unfail-test-setup

Fix path to cmake file.

Add Rannacher-Turek element.

Lowest order Rannacher Turek polynomials and FE in 2D and tests.

Fix path to cmake file.

The current path leads to a failure on my system when calling
'ninja setup_tests':

FAILED: cd /node/bangerth/trunk/build/tests/sharedtria && /w/bangerth/share/software/cmake-2.8.12.2/bin/cmake -GNinja -DDEAL_II_DIR=/node/bangerth/trunk/build -UDIFF_DIR -UNUMDIFF_DIR -UTEST_PICKUP_REGEX -UTEST_TIME_LIMIT /node/bangerth/trunk/dealii/tests/sharedtria > /dev/null
CMake Error at CMakeLists.txt:2 (INCLUDE):
  include could not find load file:

    ../tests/setup_testsubproject.cmake

CMake Error at CMakeLists.txt:4 (INCLUDE):
  include called with wrong number of arguments.  Include only takes one
  file.

Fix this by providing the same path as in the tests/distributed
directory.

Merge pull request #1369 from Rombur/synch_iter_doc

Add documentation for SynchronousIterator.

Add documentation for SynchronousIterator.

Merge pull request #1374 from maieneuro/mapping_3rd_order_transform

Mapping 3rd order transform

Adding transform of Tensor<3> and DerivativeForm<2> to mapping classes

Merge pull request #1362 from bangerth/further-FEValues-cleanups-16

General doc updates.

General doc updates.

This provides a good number of general doc updates for the Mapping
base class. No functional changes of any sort.

Merge pull request #1361 from bangerth/further-FEValues-cleanups-15

Remove Mapping::update_once/each().

Remove Mapping::update_once/each().

These two functions computed something that, in essence, is only important
for the internal implementation of the mapping classes. It should thus
not be part of the public interface of these classes. Consequently,
remove them and replace them by the only thing that is of interest,
namely to compute transitive closure of the set of flags one needs to
compute -- as now done using the requires_update_flags() function.

Merge pull request #1363 from bangerth/fix-warnings-3

Fix warnings introduced by #212.

Fix warnings introduced by #212.

This fixes a few warnings introduced by the merge of #212
(the parallel::shared::Triangulation).

Merge pull request #1373 from kronbichler/master

Add missing includes to fix compilation after #1371

Add missing includes to fix compilation after #1371

Merge pull request #1371 from bangerth/fix-testcase

Fix testcase.

Merge pull request #1372 from bangerth/fix-non-mpi-compiles

Fix a couple of compiler errors with non-MPI compiles.

Fix a couple of compiler errors with non-MPI compiles.

This fixes other fallout from #212.

Fix testcase.

The all-headers/distributed/tria_base.h.debug testcase failed because the
compiler is missing a forward declaration of parallel::Triangulation. Provide
this.

Merge pull request #1370 from mrak1990/patch-1

Small misprint in tutorial/step-4

Update results.dox

Invalid domain

Merge pull request #212 from davydden/branch_sharedtria

Branch sharedtria

Merge pull request #1360 from bangerth/fix-broken-merge-1343-2

Fix another aspect of #1343.

Merge pull request #1359 from thingishness/mapping_project_fix

Removed keyword virtual from mapping.project_...

Fix another aspect of #1343.

This is another necessary fix for #1343, adding a missing #include.
It fixes 23 more tests that currently fail.

Removed keyword virtual from mapping.project_...

Merge pull request #1341 from bangerth/fix-test-8

Update test output.

modified Step 18 to use parallel::shared::Triangulation

Introduce parallel::shared::Triangulation

It encapsulates ditribution of cells among processors and in the majority of cases behaves like
distributed triangulation counterpart.

Merge pull request #1358 from bangerth/fix-broken-merge-1343

Fix #1343.

Fix #1343.

#1343 copied an *old* version of the code in .cc and .templates.h
files into the .h files, thereby undoing a significant portion of
the work of Hamed Maien in #1322. This restores this by using the
correct code and should thereby fix the ~700 testsuite failures that
#1343 introduced.

Merge pull request #1352 from bangerth/deprecate-more-vector-functions

Deprecate more vector functions.

Merge pull request #1354 from bangerth/work-around-msvc

Work around MS Visual Studio.

Work around MS Visual Studio.

This should fix #1350 by using a std::function object instead of
calling Threads::new_task() with a bunch of arguments.

Merge pull request #1353 from bangerth/further-FEValues-cleanups-13

Remove the is_first_cell/clear_first_cell() mechanism from Mapping.

Merge pull request #1339 from bangerth/further-FEValues-cleanups-12

Make MappingFEField use only update_each.

Merge pull request #1355 from bangerth/fix-warnings-2

Make compile. Fix a few warnings.

Merge pull request #1356 from bangerth/also-doxygenize-source-files

Also run doxygen on source files.

Also run doxygen on source files.

For each function recognized in a .cc file, this yields a nice
'Definition in line 1234 of file abcd.cc' mark with the documentation
of the function, both line and file being clickable so that people can
follow the link and actually see the source code.

Make compile. Fix a few warnings.

#1343 did not compile for me, which is easily fixed by #including another
header file. Also fix a whole bunch of warnings that were introduced by #1343.

Finally, mark a comment in a way so that it doesn't get picked up by doxygen.

Merge pull request #1343 from l-korous/msvc-fixes-20150812

Move get_data(), get_face_data(), get_subface_data() definitions dire…

Remove the is_first_cell/clear_first_cell() mechanism from Mapping.

This truly makes the Mapping::InternalDataBase objects stateless: we no
longer need to worry about whether we are on the first cell or not.

Add comments regarding the MSVC fixes.

Move get_data(), get_face_data(), get_subface_data() definitions directly to places where declared.

Merge pull request #1345 from bangerth/further-FEValues-cleanups-14

Improve Mapping documentation.

Improve Mapping documentation.

Add some documentation. Put functions and classes in grouped
environments.

Deprecate more vector functions.

These are a bit obscure and of questionable value. In particular,
these are functions that can't quite decide whether they would
belong into the VectorWithElementAccess category, or into the
VectorSpaceVector category. Thus, nuke them.

Merge pull request #1347 from QiaoLei-88/docUpdateOfSparseMatrixEZ

remove a piece of inconsistent document of  SparseMatrixEZ.copy_from()

Improve documentation to function copy_from() of class BlockMatrixBase, chunkSparseMatrix, sparseMatrixEz and sparseMatrix

Merge pull request #1321 from l-korous/msvc-debug

Explicitely specify disabling of optimizations for MSVC build.

Merge pull request #1344 from drwells/use-std-abs

Remove a custom implementation of abs.

Remove a custom implementation of abs.
The std::abs function suffices.

Update test output.

Make MappingFEField use only update_each.

This is the exact equivalent to #1337 (commit 04430b5) but
for MappingFEField. The logic there seems to simply have been
copied from MappingQ1, so this was easy (and passes the testsuite).

Merge pull request #1340 from kronbichler/master

Remove unused variable

Remove unused variable

Merge pull request #1331 from bangerth/further-FEValues-cleanups-10

Remove uses of Mapping::IDB::current_update_flags().

Merge pull request #1326 from bangerth/fe-face-poly-cleanup

Delete unimplemented functions.

Merge pull request #1337 from bangerth/further-FEValues-cleanups-11

Make MappingQ1 use only update_each.

Merge pull request #1328 from bangerth/further-FEValues-cleanups-9

Remove fields from Mapping::InternalDataBase.

Merge pull request #1330 from bangerth/doc-update-33

Improve error messages about ghosted vectors.

Merge pull request #1336 from bangerth/doc-update-34

Fix up a formula.

Merge pull request #1297 from masterleinad/branch_fe_bubbles_commit

Add FE_Q_Bubbles

Make MappingQ1 use only update_each.

There is not really a need for MappingQ1 to do anything special on the
first cell -- it can already compute everything that would be update_once
at the time of calling get_data(). Do this, and then only use the
update_each flags in fill_fe_values.

Fix up a formula.

Add tests for FE_Q_Bubbles

Implement FE_Q_Bubbles that is based on TensorProductPolynomialsBubbles

Implement a tensor product polynomial space enriched by bubble polynomials

Merge pull request #1319 from kronbichler/master

Also implement Jacobians for MappingFEField.

Merge pull request #1332 from bangerth/mapping-bug-fix

Fix a loop.

Merge pull request #1318 from bangerth/further-FEValues-cleanups-8

Parallelize FESystem::get_*_data().

Merge pull request #1327 from maieneuro/optimize_fe_poly_tensor

Initialize scratch vectors for transformed values and gradients early

Fix a loop.

The comment in front provides the correct logic, but is not up to date
with the actual code. Bring the code in compliance and update the comment.

Remove uses of Mapping::IDB::current_update_flags().

This is the first step towards addressing #1305: MappingCartesian doesn't
actually pre-compute anything at all (update_once is empty), so what
current_update_flags() returns is always equal to update_each. I want to
move to a place where we never use current_update_flags() and in the
fill_fe_*_values() functions only reference update_each. This is simple
for this class, because the two are the same. So replace all occurrences of
current_update_flags() by update_each.

Improve error messages about ghosted vectors.

The TrilinosWrappers::VectorBase class declared its own version of
ExcGhostsPresent that hid the class we already declare globally in
exceptions.h, and thereby led to a situation where we output less
information than is available. This also led to some confusion as
evidenced by a recent mail on the mailing list.

Fix this by removing the extraneous class. Also augment the error
message of the existing class.

Remove fields from Mapping::InternalDataBase.

It turns out that all of the non-is_first_cell/clear_first_cell() member
variables of Mapping::InternalDataBase are only referenced in Mapping
member functions that are unused throughout the rest of the library.
While they were public, they took an internal object as argument, so
were almost certainly not used anywhere by anyone. Consequently,
zap the fields and the functions that use them.

Initialize scratch vectors for transformed values and gradients in get_data.

Added entry to doc/news/changes.h reflecting analytical hessian computations

Delete unimplemented functions.

FE_PolyFace had a lot of functions in the header file that are
declared in the base class and implemented in some of the derived
finite element classes, but commented out in the current one.
Remove those -- there is no value leaving cruft in the header
file.

Merge pull request #1324 from thingishness/doc_update

Added change to changes.h

Used proper doxygen syntax for cross-link

Added change to changes.h

Parallelize FESystem::get_*_data().

These functions call the respective functions in the base class. This
may as well be done in parallel.

Merge pull request #1322 from maieneuro/modify_hessian_to_analytical

Modify hessian computations from numerical to analytical differentiation

replaced test reference output with more accurate values

Modify hessian computations from numerical to analytical differentiation

Explicitely specify disabling of optimizations for MSVC build.