Undo a commit from a couple of weeks ago that I thought might address
bug #197 (https://code.google.com/p/dealii/issues/detail?id=197) but
in reality only made it worse since it now also makes
build_tests/step-49.{debug,release} fail.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32775 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust a number of test results for the new tester machine.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32774 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid default arguments on template parameters for function templates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32773 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust tolerance for the new 'tester' machine that produces errors on
the order of 1.5e-12.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32772 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

improve comment formatting script

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32771 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Address a number of warnings about unused variables.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32769 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust serialization output after switch from std::vector to AlignedVector in TableBase.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32767 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32765 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reorder output slightly so that the big whitespace block comes *after*, not
*before* the timing summary, thereby marking the summary to the *previous*,
not the *next* time step.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32764 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32763 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add failing test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32762 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mark up a comment in such a way that it appears as part of the code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32761 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Sort. Add a missing year.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32760 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32759 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix grammar error.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32758 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid default template argument for function template which requires c++11.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32757 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a variable declaration that has been unused for a long time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32756 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Chexk reinit() and m() and n() do not break.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32755 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Allow LAAPCKFullMatrix to be reinitialised (reset state).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32754 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Qualify a number of names fully to make MS VS++ happy.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32753 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix grammar error (thanks, Hung-Chieh).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32752 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify code by keeping some functions as templates, rather than specializing them.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32751 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a comment that is apparently no longer accurate.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32750 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix an oversight

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32749 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix bug in memory consumption of AlignedVector and in some other places. Mention change in Table class and use the table in step-37

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32748 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Forgot to update test output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32747 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename tests for AlignedVector as aligned_vector_xx, add a test for a bool vector

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32746 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cleanup TableBase implementation from internal AlignedVectorSet/Move functions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32745 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update documentation fo FE_BDM

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32744 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

copy RT tests for BDM

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32743 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a more explicit namespace to help MS VC.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32742 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a coefficient in the Butcher tableau of DOPRI.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32741 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use AlignedVector instead of std::vector as data container for TableBase. It uses more memory for Table<N,bool> but let's first see if everything goes smooth with this type.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32740 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update test output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32736 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove obsolete test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32735 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

undo r29864 that introduced (level-)subdomain checks in operator< for cell iterators.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32734 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

do not rely on cell::operator< comparing subdomain ids in meshworker::loop for ghost faces but do the check manually

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32733 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add another test for parallel meshworker for ghost faces

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32732 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix spelling. Doh!

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32731 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work some more to get MS VC to like the code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32730 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a test that currently fails.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32729 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Call reorder_cells() in merge_triangulations(), though this does not help for the current case.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32727 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove stray default arguments

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32726 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Denis Davydov: Add an optional argument to GridTools::laplace_transform that indicates the local stiffness.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32725 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change the signature of approximate_derivative_tensor in hopes of convincing MS Visual C++ that everything with it is alright...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32724 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

BDM used wrong mapping type

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32723 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32722 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added tests for lac/VectorView

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32721 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added tests for lac/ShiftedMatrix

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32720 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added tests for lac/PointerMatrix

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32719 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix undefined symbol CellAccessor<3,2>::subdomain_id that appears for some compilers due to r32708 by making a very simple function inline

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32718 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid error when copying Table<2,bool>.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32716 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Forgot one directory

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32715 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix DoFTools::extract_constant_modes for FE_Q_DG0

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32714 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

No need for \f$...\f$, we have our own scripts that expand $...$ to exactly this.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32713 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix an aweful edit I made in the last patch.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32712 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add two standard accessors, m() and n(), and do some cleaning.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32711 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add Triangulation<1,spacedim>::fill_vertices_with_ghost_neighbors deleted in 32708 again because the 1D part does not use the generic code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32710 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fully qualify namespace to make clang happy

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32709 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Unify several copies of the same function into a single templated one. Saves a good amount of duplicated code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32708 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a comment that does not provide any significant information.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32707 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add an assignment operator from a regular SparseMatrix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32706 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix order of destruction in PreconditionAMG when temporary trilinos_matrix was used for construction.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32705 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify a statement.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32697 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Be more conservative with #includes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32691 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify language.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32690 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment comments in several places to make them less unintelligible.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32689 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make sure we return a value in a function that has a return type.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32688 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also make sure we have the correct output file :-(

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32686 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust implementation of laplace_transform to what had been documented.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32685 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust implementation of laplace_transform to what had been documented.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32684 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32683 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make detection of quadrature rule name in FE_Q/DGQArbitraryNodes more resilient for unknown quadrature rules

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32679 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify some language.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32678 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update the documentation: VisIT can read .pvtu since version 2.5.1

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32677 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve error message.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32676 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

r32662 overwrote the changes in r32640, reapplied them

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32672 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove stray occurrences of 'typename'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32671 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix some typos

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32670 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some rewording on PETSc compatibility.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32669 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove tested version number - encourage using latest PETSc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32668 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Disable multithreading part in case threads are not used

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32667 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32666 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add failing test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32665 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid C++11-isms.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32664 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not use 'typename' outside templates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32663 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added support for inhomogeneous tangential and normal flow constraints

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32662 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a problem pointed out by Lei Qiao in one of the formulas.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32661 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32660 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move TriaAccessor::parent_index to class CellAccessor since we keep this information only for cells. It could not have worked at any time for non-cells. Also update documentation in a couple of places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32659 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a missing header file (for MS VC++) as pointed out by Helcio Mayor.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32658 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the documentation of one function slightly clearer.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32656 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a test by Ross Kynch for VectorTools::project_boundary_values_curl_conforming.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32655 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a file that is no longer needed (and hasn't been for a long time).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32654 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rewrite a piece of code that accessed an internal representation of the data used in a vector.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32653 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a problem with MS VC++ by adding a configuration check and providing a work-around in that case.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32652 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve some assertions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32651 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update test results.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32650 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor documentation typo in equation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32649 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Tricial crap. Toby needs the dee.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32648 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d