Merge pull request #9300 from krishnakumarg1984/krishna_fix_step6_results

In step 6 results doc, move the header file inclusion sentence to reflect that we need it for Sparse_ILU and not Jacobi preconditioner

Merge pull request #9333 from bangerth/pre

Use @pre instead of @note in a number of places.

Merge pull request #9332 from bangerth/changelog

Add a changelog for step-71.

Merge pull request #9331 from krishnakumarg1984/fix_gmsh_url

Fix url to the gmsh website

Use @pre instead of @note in a number of places.

Add a changelog for step-71.

Updates the www URL to gmsh website

Add a set of new python wrappers (#9178)

Add a set of new python wrappers

Merge pull request #9329 from bangerth/hyperball

Better document an issue with curved boundaries.

Merge pull request #9297 from drwells/improve-deduplicate

Make GridTools::delete_duplicate_vertices() faster.

Better document an issue of curved boundaries.

Merge pull request #9111 from bangerth/step-71

step-71: the biharmonic equation.

Merge pull request #9326 from tjhei/tests_add_pack_unpack_07_output

add alternative output for tests/base/utilities_pack_unpack_07

Merge pull request #9301 from tjhei/half_hyper_shell_warning

GridGenerator::half_hyper_shell warning

add alternative output for tests/base/utilities_pack_unpack_07

Merge pull request #9318 from krishnakumarg1984/fix_l2_second_attempt_krishna

converts l_2 to LaTeX code

Merge pull request #9321 from bangerth/jump

Use the jump and average latex macros.

Use the jump and average latex macros.

Merge pull request #9259 from simonsticko/high_deriv_jumps_fe_interface

Implement jump_hessian and jump_3rd_derivative on FEInterfaceValues.

converts l_2 to LaTeX code

Merge pull request #9313 from krishnakumarg1984/step6_krishna_fix_outdated_doc

In step6, removes outdated sentence on destructor

Merge pull request #9315 from krishnakumarg1984/step6_fix_gausspoint

In step 6, removes the documentation sentences relating to quadrature formula degree since already done in Step-5

In step 6, removes the documentation sentences relating to quadrature formula degree since already done in Step-5

In step6, removes outdated sentence on destructor

Add a set of new python wrappers

Merge pull request #9280 from tjhei/mg_transfer_build

Multigrid Transfer cleanup

Make GridTools::delete_duplicate_vertices() faster.

This change makes this function, for cube-like geometries, O(n^(3/2)) in 2D and
O(n^(5/3)) in 3D rather than O(n^2) by presorting vertices by value in a single
component and then only comparing vertices which are nearby in that component.

Apply David Well's comments.

Co-Authored-By: David Wells <drwells@email.unc.edu>

Merge pull request #9311 from bangerth/6

Add a few links to step-6.

Correctly name the variable that denotes gamma/h.

Address the comments by peterrum.

Replace 2gamma in boundary_worker by gamma,and update tables.

add keywords

Hook step-71 into the tutorial page.

Only build on step-12 to avoid tutorial graph clutter.

More edits for step-71, and also address Timo's comments.

small grammar fixes

Write the remainder of the documentation.

Provide more material for the introduction.

Document the remainder of the program.

Very substantially accelerate the assembly.

Verified step-71 uses the best penalty and corrected a typo

Update results.dox

Add initial version of results.dox

Write most of the rest of the in-code documentation for step-71.

Several cleanups.

Start with an introduction.

Initial version of step-71 for the biharmonic equation.

Add a few links to step-6.

Merge pull request #9310 from bangerth/disentangle

Disentangle the dependency graph some more.

Disentangle the dependency graph some more.

Merge pull request #9304 from krishnakumarg1984/krishna_fix_minor_typo_step6

In step 6 doc, fixes a really minor grammar/typo

Merge pull request #9281 from tjhei/github-ci

use github CI for OSX

In step 6 doc, fixes a really minor grammar/typo

Merge pull request #9282 from tjhei/update_git_export

update .gitattributes

In step 6 results doc, move the header file inclusion sentence to reflect that we need it for Sparse_ILU and not Jacobi preconditioner

Addresses reviewers comments for the PR

Merge pull request #9293 from krishnakumarg1984/step6_fixes_krishna

minor grammar fixes to step-6 tutorial doc

GridGenerator::half_hyper_shell warning

- remove unused variable warning in release mode
- document that n_cells is not used

update .gitattributes

- add .github/ and contrib/ci/ and Jenkinsfile to ignore list
- reorder things

Merge pull request #9286 from bangerth/jump-average

Introduce \jump and \average commands to be used in the documentation.

Merge pull request #9289 from peterrum/step18-removeinclude

Remove filtered_iterator include in step-18

Merge pull request #9291 from krishnakumarg1984/krishna_fix_kellyestimator_doc

In the doc for KellyErrorEstimator class, trying to fix couple of doxygen links

In the doc for KellyErrorEstimator class, trying to fix doxygen links to couple of functions in the GridRefinement namespace

fixes a typo (gradiend) in the documentation of KellyErrorEstimator class

Update include/deal.II/numerics/error_estimator.h

Co-Authored-By: Timo Heister <timo.heister@gmail.com>
Update include/deal.II/numerics/error_estimator.h

Co-Authored-By: Timo Heister <timo.heister@gmail.com>
trying to reindent the pull request

Merge pull request #9290 from tjhei/fix_write_vtu_in_parallel_partly_empty

fix write_vtu_in_parallel invalid file if partly empty

Merge pull request #9295 from krishnakumarg1984/step6_krishna_fix_boundarydoc

fixes stale documentation about boundary_object for hyper_ball function

Update examples/step-6/step-6.cc

Co-Authored-By: David Wells <drwells@email.unc.edu>

fixes stale documentation about boundary_object for hyper_ball function

minor grammar fixes to step-6 tutorial doc

fix write_vtu_in_parallel invalid file if partly empty

Fix generating an invalid vtu file when the first piece written is empty
(this will crash paraview). There is no reason to write empty pieces
anyway, so just skip them.

Remove reference to step-18

Remove filtered_iterator include in step-18

Use \jump and \average commands in the documentation.

This makes sure that we can be consistent in how we denote these operators:
single or double brackets/braces; with or without spaces, etc.

Introduce \jump and \average commands to be used in the documentation.

address comment

fix deprecated position

Multigrid Transfer cleanup

- rename mg_dof argument to dof_handler everywhere
- deprecate build_matrices() in favor of build() in MGTransferSelect,
MGTransferComponentBase, MGTransferPrebuilt, ... to be identical to
MGTransferMatrixFree
- remove redundant dof,mg_dof parameters

Merge pull request #9284 from bangerth/coloneq

Fix \coloneq again.

Merge pull request #9285 from masterleinad/fix_gcc_4.9.4

Avoid gcc-4.9.4 error

Merge pull request #9283 from masterleinad/remove_tensoe_cc

Remove tensor.cc

Avoid gcc-4.9 error

Fix \coloneq again.

Remove tensor.cc

Merge pull request #9268 from masterleinad/use_assert_index_range

Use AssertIndexRange some more

Use AssertIndexRange

Remove specialization for GeometryInfo<1>::face_to_cell_lines

Fix external declaration of Tensor::n_independent_components

Merge pull request #9240 from masterleinad/use_more_range_based_for_loops

Turn all for loops using "begin_active" into ranged-based ones

Merge pull request #9266 from marcfehling/fix-amesos

CMake: Check whether Trilinos has been configured with third-party libraries.

Merge pull request #9276 from bangerth/spacing

Let latex figure out spacing itself.

Merge pull request #9277 from bangerth/coloneq

Fix the dealcoloneq command.

Merge pull request #9273 from krishnakumarg1984/gender_neutral_wording

Rewrite wording in headers/docs such that we now have gender neutral wording throughout

reword the few sections of library to be compliant with gender-neutral wording.

Gender neutral-wording for existing female-pronouns etc. She-> they. Her->their

fixes a usage of he->they missed in previous commit

undo the changes to the files inside bundled/ that were touched upon by earlier commits

Merge pull request #9274 from krishnakumarg1984/fix_typo_he_the

fixes a keyboard fat-fingering typo wherever 'he' in incorrectly used instead of 'the'

fixes a keyboard fat-fingering typo wherever 'he' in incorrectly used instead of 'the'

fixes another file wherein the he/the typo was present

fixes the use of 'he' to 'they' missed in earlier commit

Revert "fixes the use of 'he' to 'they' missed in earlier commit"

This reverts commit ca87c5049968f5c5f34ec341ba060325a8f90301.

undoing the changes to files in bundled/ by previous commits

Fix the dealcoloneq command.

It leads to funny spacing in latex (non-MathJax) mode because we accidentally
delimited only the ':' with the mathrel command, when we really wanted all of
the ':=' to be the operator.

Let latex figure out spacing itself.

Merge pull request #9275 from krishnakumarg1984/fix_he_it_typo

replace the use of 'he' with 'it' to refer to neighbouring cell in tria.cc

replace the use of 'he' with 'it' to refer to neighbouring cell in tria.cc

Merge pull request #9250 from bangerth/3

Update the discussion of HDF5 and R scripting in step-3.

Merge pull request #9270 from krishnakumarg1984/step3_krishna_fix_9227

Step-3 results/extension documentation improvements and fixes. Closes #9227