Improve the documentation

Improve the documentation of hyperslab

Document hdf5_reference std::shared_ptr<>

Document DataSet constructors

Pass parameters by reference

Move enum Mode

Define mpi variable as const

Rename check_io_mode() to query_io_mode()

Improve the documentation

Modify copyright years

Remove clang on/off

Use backticks for the types

Add endline

Add Asserts

Remove the warnings of unused variables

There are many warnings of unused variables in release mode because of Assert. Example:

herr_t ret;
ret = H5Pclose(plist);
Assert(ret >= 0, ExcMessage("Error at H5Pclose"));

In order to remove these warnings the declaration of variable ret has been moved from the functions to the class definition of HDF5Object.

Format code

Remove irrelevant curly brackets

Write serial tests for the HDF5 datasets

Use generic container for write_dataset

Add support for Vector

Place most of the instantiations in hdf5.inst.in

Write parallel tests for the HDF5 datasets

Add examples

Use hex values instead of enum values

Hex codes are used because the HDF5 Group can deprecate some of the enum codes. For example H5D_MPIO_FILTERS is not defined in 1.10.2 because it is possible to use compressed datasets with the MPI/IO driver.

Remove long double and std::complex<long double> instantiations

The std::complex<long double> instantiation creates errors with valgrind.

Although long double does not create errors with valgrind, it is not a widely used.

Fix doxygen documentation

Replace the template argument T by number

Add functions read_*()

Add read_selection()

Add read_hyperslab()

Add read_none()

Remove the quotes in the documentation

Improve write_hyperslab()

Rename read_data() to read() and write_data() to write()

Use generic Container for write_data and write_data_hyperslab

Get the pointer to the raw data of FullMatrix

Add functions

Add read_data() function

Add io_mode() and check_io_mode() functions

Add local_no_collective_cause() and global_no_collective_cause()

Write tests for HDF5 attributes

Constructor for opening a dataset

Write UTF8 string attributes

Use templates for the function members of DataSet

Check support for HDF5 and MPI

Add support for all the scalar and complex types

Add FullMatrix support in write_dataset

Modify the namespace

Place get_hdf5_datatype in the internal namespace

Add HDF5 classes

Merge pull request #7568 from bangerth/cleanups

Some minor cleanups in GridTools.

Some cleanups in GridTools.

Merge pull request #7565 from bangerth/fix-test

Use correct data type for a random number.

Use correct data type for a random number.

Merge pull request #7303 from masterleinad/cuda_aware_mpi

Allow using CUDA-aware MPI

Merge pull request #7001 from GivAlz/GlobalTree

Adding global tree of bounding boxes

Adding global tree of bounding boxes

Merge pull request #7562 from masterleinad/fix_nvcc_warnings

Fix nvcc warnings

Fix nvcc warnings

Changelog entry

Make gather kernel more general

This make the index type a template parameter so that gather
can be used export_to_ghosted_array_start when using 64 bit indices.

Optimization of export_to_ghosted_array_start()

When use CUDA-aware MPI, the sets of local indices that are ghost on other
processors are expanded in arrays. This allows for a sharp reduction in the
number of kernel launches in export_to_ghosted_array_start().

Add gather cuda kernel

Let ArrayView have a MemorySpace template parameter

Update Partitioner::(import|export)_to_ghosted_array_(start|finish)

Use CUDA-aware MPI in Vector::compress*

Change position of template argument in CUDAWrappers::kernel

Let Partitioner have a MemorySpace template parameter

Use MemorySpace for import_data

 Introduce a configuration variable DEAL_II_WITH_CUDA_AWARE_MPI

Merge pull request #7558 from masterleinad/restrict_test

Restrict vector_tools/interpolate_with_material_id_02

Merge pull request #7555 from masterleinad/fix_distributed_compute_point_locations_02

Fix distributed_compute_point_locations_02

Merge pull request #7561 from bangerth/cleanup

Clean up some functions in FEFieldFunction.

Merge pull request #7560 from drwells/trilinos-c-casts

Clean up Trilinos casts.

Clean up some functions in FEFieldFunction.

Merge pull request #7559 from davydden/feature/apply_givens_rotation

add functions to apply Givens rotation

add functions to apply Givens rotation

Clean up some casts in the Trilinos wrappers.

Many of the const_casts and integral downcasts are not necessary.

Remove some unnecessary downcasts to int.

This value is always used as an array index so we can keep it as std::ptrdiff_t
instead of downcasting to int.

Note that the line

    if (diag_find && std::fabs(...) == 0.0 ...)

checked the wrong thing: diag_find would have, if we did not find the value, be
set to col_indices + num_entries, not NULL.

Merge pull request #7550 from davydden/feature/bfgs

add BFGS minimizer

Restrict vector_tools/interpolate_with_material_id_02

Merge pull request #7557 from masterleinad/test_enumerator_deprecate

Also test enumerators in deprecation compiler checks

Also test enumerators in deprecation compiler checks

add BFGS minimizer

Merge pull request #7554 from drwells/add-missing-deprecated

Add a few missing DEAL_II_DEPRECATED attributes.

Merge pull request #7527 from bangerth/fix-interpolate

Ensure that DoFs not touched by VectorTools::interpolate don't get set.

Add a few missing DEAL_II_DEPRECATED attributes.

Merge pull request #7556 from drwells/doxygen-fixes

Fix some minor doxygen issues.

Fix some minor doxygen issues.

This commit adds missing text and improves some HTML.

Fix grid/distributed_compute_point_locations_02

Improve documentation of GridTools::find_closest_vertex

Add test.

Add one test.

Ensure that DoFs not touched by VectorTools::interpolate don't get set.

Merge pull request #7553 from masterleinad/fix_typo

Fix a typo in matrix_free/fe_evaluation.h

Fix a typo

Merge pull request #7552 from bangerth/cmake

Clear the previously determined TBB version if we need to revert to the bundled one.

Clear the previously determined TBB version if we need to revert to the bundled one.

Merge pull request #7544 from masterleinad/replace_trilinos_vector_partitioner

Replace TrilinosWrappers::MPI:Vector::vector_partitioner

Merge pull request #7539 from jodlbauer/master

Reinit blockvector only if required in matrix-free copy_to_mg

Extend changelog entry

Changelog entry

Replace vector_partitioner with thrilinos_partitioner

Merge pull request #7538 from masterleinad/trilinos_clang_tidy

Fix more Trilinos-related clang-tidy complains

Merge pull request #7549 from marcfehling/intel19-blockvector

Added empty destructor to la::p::BlockVector.

Added default destructor to la::p::BlockVector.

Merge pull request #7547 from masterleinad/fix_intel_warning

Provide a dummy return value to satisfy ICC

Provide a dummy return value to satisfy ICC

Merge pull request #7545 from marcfehling/intel19

Enhanced compatibility with Intel 19.

Enhanced compatibility with Intel 19.

Merge pull request #7541 from drwells/fix-cuda-64bit-arrayview

Fix 64bit compilation with CUDA.

Fix 64bit compilation with CUDA.

The ReinitHelper::constraint_mask_host array should always contain
unsigned integers since it is only used to provide arguments for
HangingNodes::setup_constraints, which expects an unsigned integer.

changelog

set to zero if not reinited

block-transfer: only reinit blockvector if required