Revert to previous state whenever possible and add comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9713 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

GridGenerator::laplace_transformation function: don't request all boundary points being included in new_points.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9712 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix of the StraightBoundary<3>::get_new_point_on_quad function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9711 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Extension of CylinderBoundary class to represent circular tubes also along the y- and z-axis.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9710 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bug fix: the StraightBoundary<3>::get_new_point_on_quad requested for children of lines of the quad which in general do not exist. Get around this by using the centers of the lines.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9709 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Need to define USE_CONTRIB_HSL so that it shows up in
common/Make.global_options and can be used in contrib/Makefile.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9708 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add umfpack to defaults.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9707 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Check for functions in -lumfpack.a

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9706 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention PETSc 2.2.1

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9705 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9704 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

and missing \ ... don't do this if you are tired

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9703 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add missing parts of path

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9702 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove vanished variables

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9701 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make two variables const only for newer petsc versions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9699 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Two patches that are necessary for the upgrade to petsc 2.2.1

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9697 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test and add comment to old one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9696 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around interface changes in PETSC 2.2.1

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9695 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make things compile with PETSc 2.2.1, which has changed interfaces again...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9694 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix formatting.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9692 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Blow away Makefile.dep if it was created but is empty. This usually indicates a problem with running make_dependencies, but it only shows up by very distracting follow-up problems.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9691 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

# rules to generate the program. let is be dependent on the global flags for
# the following reason: if you go to a different system, but keep with the
# same directory, you get into trouble because make_dependencies is not
# deleted by "make clean"; following this, we generate empty Makefile.dep's
# because we can't run the executable. So better be careful and regenerate
# make_dependencies whenever we think it may be beneficial

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9690 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Introduce a field that stores which constraints exist already. This is desirable since we would otherwise have to walk through the list of existing constraints in add_line, which is an O(N) operation that has to be repeated O(N) times. This quadratic algorithm is now gone, making the SPEC testcase a full 5% faster than previously. The main reason is that it used to walk through a lot of memory and create a horrific number of cache misses, which are now all gone.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9689 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace #if by the proper #ifdef.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9688 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some profiling shows that loops over dim are not always unrolled. Do
so by hand for the two most often called functions in Tensor<1,dim>:
operator= and operator* (the latter is most often called during matrix assembly).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9687 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a few more words.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9686 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add some graphics.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9685 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove comments that aren't accurate. Update other comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9684 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove comments that aren't accurate.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9683 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9682 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

missing @p

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9681 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

last @em removed

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9680 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert patch 1.66. Lines are given only once for following cases: no mapping given, no additional boundary face points required and for cells that have no boundary lines. Now the regression tests: constraints, grid_out produce the old results.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9679 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove test output to std::cout

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9678 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9677 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9676 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9675 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Extension of get_interpolation_matrix to arbitrary source fe's.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9674 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make class exist, but empty if not configured

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9673 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation for doxygen

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9672 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

doc reformatted

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9671 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove test output line.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9670 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test. (2004/09/19)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9669 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

configure external umfpack

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9668 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test (2004/07/12)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9667 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9666 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New tests. Modify some tests so that they can work with the block iterators. (2004/07/12)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9665 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New tests (2004/06/29)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9664 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9663 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove error checking from this test. (2004/04/01)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9662 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9661 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9660 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9659 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9658 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More changed files due to the fixed CompressedSparsityPattern::max_entries_per_row bug (2004/06/21)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9657 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

function moved

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9656 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug where CompressedSparsityPattern::max_entries_per_row ignored the first row of a matrix (2004/06/21)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9655 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update results. Changes are due to patch 1.25 (2004/07/12) of sparse_matrices.cc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9654 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add missing include file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9653 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix assertion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9652 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make it compile also in 2d.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9651 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a TODO.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9650 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

GridOut::write_gnuplot now supports curved boundaries also in 3d

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9649 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Doc update of the GridOutFlags::Gnuplot::n_boundary_face_points variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9648 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implementation for GridOut::write_gnuplot for curved boundaries in 3d.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9647 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace line based output in GridOut<3>::write_gnuplot by face based output. lines are given twice but no change in gnuplot view.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9646 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplification of code in GridOut<2>::write_gnuplot. No change of output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9645 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

exception bug removed

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9644 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

exception bug removed

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9643 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Declare missing exception.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9642 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9641 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

better handling of const vectors

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9640 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

changed exception

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9639 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a TODO for Guido.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9638 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move TODO to right place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9637 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a TODO for Guido.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9636 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix same problem again.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9635 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't use empty initializers, even if we don't use the element.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9634 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

We need an initializer for some compilers. The actual data element is unused, though.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9633 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Detect gcc4.0

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9632 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Detect and accept gcc4

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9631 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace PETScWrappers::VectorBase exceptions by exceptions defined in lac/exceptions.h

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9630 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

include driver files in TAGS

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9629 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

forgotten file

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9628 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9627 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

SliceVector -> VectorSlice

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9626 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

const bug removed

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9625 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

bug and news

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9624 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation module Exceptions created and applied in base and lac

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9623 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

documentation structure

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9622 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new class SliceVector

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9621 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

include path names and resolve DeclException

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9620 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Yes, do show included files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9619 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention that a few places in the library actually do use the user_pointers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9618 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

nonsense removed

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9616 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

validate xrefs again

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9615 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

replace html paper by pdf

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9614 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Run on linux machines in HD with gcc 3.3.2

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9613 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

obsolete makefile entries removed

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9612 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9611 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove two inlines which prohibited linking with MIPSpro compiler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@9610 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d