Testsuite: Fix includes

One of the previous changes removed [...]/deal.II from the list of include
directories. Consequently, it is now mandatory to prefix all deal.II
includes with deal.II/

Merge pull request #455 from tjhei/prm_kept_open_bug

fix ParameterHandler::leave_subsection and parsing

fix ParameterHandler::leave_subsection and parsing

- leave_subsection() had a bool return value for success that doesn't
make sense because an Assert() would never allow false to be returned.
Remove this.
- read_input() would not complain about unbalanced 'subsection'/'end' in
the input. Instead, the ParameterHandler would just stay in that
subsection and so weird error messages about undefined entries would
show up later.
- One could argue that read_input() should always start and end with an
empty subsection path, but we didn't enforce this in the past and it
might be useful to read separate files not into the "top level".

Merge pull request #451 from bangerth/fix-colorization

Also colorize the edges, not just the faces, of a hypershell.

Merge pull request #450 from bangerth/improve-error

Improve an error message and provide guidance.

Merge pull request #453 from bangerth/fixup-image-refs

Fix up references to images.

Fix up references to images.

These references were broken just before the 8.2 release by a rogue script.

Merge pull request #433 from tamiko/remove_compat_feature

Remove compat feature

Provide a changes.h entry

Remove quirk

CMake: Export Makefile compatible definitions

This commit reintroduces Make.global_options that closely mirrors the
information and layout of the CMake project configuration
deal.IIConfig.cmake.

it is intended for sourcing in Makefiles.

CMake: Restructure library name creation and remove obsolete include

Remove component COMPAT_FILES

Merge pull request #446 from luca-heltai/transition-to-manifold-examples

Transition to manifold - Part 1 - Examples 1 to 16

Addressed last two comments on step-1.

Merge pull request #449 from davydden/opencascade

fix FindOPENCASCADE for OCC

Also colorize the edges, not just the faces, of a hypershell.

Improve an error message and provide guidance.

In response to a recent question on the mailing list.

fix FindOPENCASCADE for OCC

added mac[64,32]/clang/lib and lin[64,32]/gcc/lib to path_suffixes.

Fixed wolfgang comments.

Merge pull request #447 from bangerth/improve-readme.md

Improve wording slightly.

The existing instructions didn't make clear where the sources were located and
implicitly assumed that they are in the directory above the build
directory. This can be confusing.

(By suggestion of Joel Kulesza.)

Improve wording slightly.

The existing instructions didn't make clear where the sources were located and
implicitly assumed that they are in the directory above the build
directory. This can be confusing.

(By suggestion of Joel Kulesza.)

Updated changelog.

Boundary->Manifold in step-16.

Boundary->Manifold in step-15.

Boundary->Manifold in step-11.

Boundary->Manifold in step-10.

Removed unnecessary header. Step-9.

Removed unnecessary header. Step-8.

Removed unnecessary header.

Boundary->Manifold in step-6.

Boundary->Manifold in step-5.

Boundary->Manifold in step-2.

Fixed step-1 with manifold.

Merge pull request #445 from tjhei/manifold_bughunt

add flat manifold test

add test

This test checks that mapping quadrature points, and the computation of
shape_value, shape_gradient of FE_Q, and JxW works when applying a
MappingQ(4) inside or only on the boundary for a flat manifold.

Merge pull request #444 from bangerth/update-changelog

Update changelog, as requested by Matthias.

Update changelog, as requested by Matthias.

Merge pull request #442 from bangerth/bring-back-mpi-init

Bring back the constructor of MPI_InitFinalize.

Merge pull request #437 from bangerth/update-copyright-years

Some perl and shell magic.

Merge pull request #443 from tjhei/comment_wrapping

Comment wrapping

Ignore copyright update commits when determining the last update to a file.

Update copyright years of 3488 files.

Add a header to this file.

Add a script that updates the copyright year of all files.

wrapcomments

fix formatting

Bring back the constructor of MPI_InitFinalize.

I had removed it in a previous patch, thinking that it was deprecated,
but in fact it wasn't. Rather than undoing the change, provide the
third argument of another constructor with a default value.

Merge pull request #441 from tjhei/fe_q_image_in_doc

Fix FE_Q images in documentation

Merge pull request #440 from Rombur/FreeBSD

Update dealii::multithread_info.n_cpus for FreeBSD

dealii::multithread_info.n_cpus returns the correct number of CPU on FreeBSD.

wrapcomments

change <img> to @image

Merge pull request #438 from kronbichler/master

Check for job_supports_mpi() inside MPI Allgather functions.

Merge pull request #436 from bangerth/remove-old-benchmarks

Remove old benchmarks that haven't been looked at in years.

Check for job_supports_mpi() inside MPI Allgather functions.

MPI calls are only allowed if MPI_Init has been called. To simplify
calls to MPI::sum, MPI::max etc. and avoid putting job_supports_mpi()
around them, place this hopefully very cheap test inside the functions.

Also moved job_supports_mpi() from the namespace Utilities::System to
Utilities::MPI.

Remove old benchmarks that haven't been looked at in years.

They almost certainly also don't build any more.

Merge pull request #424 from bangerth/remove-deprecated-class-MGDoFHandler

Remove deprecated class MGDoFHandler

Fix up a change from a previous patch: use only a single thread in this test.

Remove deprecated class MGDoFHandler.

Merge pull request #435 from kronbichler/master

Fix a bug from #432: Only do MPI::sum when MPI is initialized.

Fix a bug from #432: Only do MPI::sum when MPI is initialized.

Merge pull request #434 from bangerth/fix-typo

Fix the same typo in a number of places.

Fix another set of typos.

Fix the same typo in a number of places.

Merge pull request #431 from l-korous/master

Add minimal workaround for Visual Studio DoFHandler problems.

Add minimal workaround for Visual Studio DoFHandler problems.

Merge pull request #432 from kronbichler/master

Bugfix of has_ghost_elements() of parallel vector

Merge pull request #430 from tamiko/update_changelog

Update changelog

List new entry

Bugfix of has_ghost_elements() of parallel vector.

- The fix from PR 419 was incomplete and did not consider the case of
a ghosted vector that is copied by operator= from a non-ghosted one
(this is the standard interface for PETSc and Trilinos vectors). This
is now fixed by keeping the information in the parallel partitioner.
- Make comments in parallel vector somewhat prettier.
- Re-fill a few comments.

Update changelog

changes.h now tracks all changes after version 8.2.1.

Merge pull request #429 from bangerth/fix-test

Fix a test that started failing when multithreading was recently switched on inadvertantly.

Fix a test that started failing when multithreading was recently switched on inadvertantly.

Merge pull request #428 from tamiko/update_changelog

Take over 8.2.0-vs-8.2.1.h changelog to master branch

Provide a 8.2.0-vs-8.2.1.h changelog

Merge pull request #425 from tjhei/fix_step43

fix step-43

MPI_InitFinalize now needs 3 args.

fix step-43

MPI_InitFinalize now needs 3 args.

Merge pull request #423 from tjhei/bug_tril_copy_mat

[WIP] test copying Trilinos SparseMatrix

changelog

fix test

update documentation

handle self-assignment in reinit() and copy_from()

also include a test

add test for reinit() and copy_from()

disable TrilinosWrappers::SparseMatrix copy constructor and operator=

implement PETScWrappers::MPI::SparseMatrix::reinit

test copying Trilinos SparseMatrix

It looks like Trilinos is overwriting a matrix even though I am making a
copy. Test currently fails.

Merge pull request #420 from tamiko/clean_up_config_h

[RFC] Reorganize config.h.in, remove obsolete definitions

Merge pull request #422 from luca-heltai/transition-to-manifold

Added set_all_manifold_ids* functions to tria.

Fixed value instead of reference.

Added set_all_* functions to tria.

Merge pull request #419 from kronbichler/master

Bugfix in state 'has_ghost_elements' of parallel vector.

When assigning a non-ghosted vector from another non-ghosted vector,
the state of the vector should be non-ghosted also when the partitioners
of the vectors are different.

add a changes.h entry

Reorganize config.h, remove obsolete definitions

Bugfix in state 'has_ghost_elements' of parallel vector.

When assigning a non-ghosted vector from another non-ghosted vector,
the state of the vector should be non-ghosted also when the partitioners
of the vectors are different.

Merge pull request #418 from bangerth/improve-error-message

Use complete sentences in error messages.

Use complete sentences in error messages.

Merge pull request #417 from tamiko/remove_direct_mumps_interface

Remove SparseDirectMUMPS interface

Update documentation add news entry for mumps removal

Remove SparseDirectMUMPS