Cross-reference step-34.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18603 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cross-reference step-34.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18602 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set svn:eol-style.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18601 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set svn:keywords.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18600 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor changes to the LaplaceKernel namespace.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18599 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Made Vector::reinit virtual, to avoid memory corruption in VectorView

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18598 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added an image and cleared some details.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18597 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Weed out a few header files that we no longer need. A couple of comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18596 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor edits.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18595 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make more variables const. Rename to match common coding style.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18594 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move a few variables with no memory allocation into the innermost useful scope.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18593 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename interpolate() to compute_exterior_solution().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18592 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make a couple of input arguments 'const'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18591 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move things in the LaplaceKernel class into a namespace LaplaceKernel.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18590 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Leave note.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18589 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add missing symbol.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18588 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor modifications to two functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18587 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do away with the distinction between quadrature and quadrature_pointer --
simply always use the pointer.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18586 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-indent read_parameters function and change type of quadrature_pointer to
avoid the static object.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18585 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make object static again to avoid run-time error.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18584 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't use static variables for anything that depends on some input parameter
and/or may be non-constant. The use of static variables otherwise leads to
surprising results if the same code is run twice within the same program
execution but using different input files, and it is dangerous if code is run
in a multi-threaded context.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18583 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't implicitly use elements of namespace std, since we don't do that either
anywhere else in deal.II.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18582 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use standard ordering for include files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18581 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A brief section on implementation details.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18580 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added convergence table to step-34

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18579 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed integrate difference to work with codimone grids

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18578 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Finish Bernoulli's law.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18576 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix doxygen problem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18575 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix doxygen problem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18574 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Go over the text again and fix up a few small places. This looks pretty good already!

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18573 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix one typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18572 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also load amsfonts.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18571 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a typo in a label name.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18570 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some more checks of the same form removed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18569 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a bunch of checks of the form
  unsigned_variable >= 0
as we get warnings about these.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18568 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove unused variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18567 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Detect gcc 4.5.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18566 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

I committed some nonsense.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18565 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Prevent inserting some obvious duplicates in the add_entries function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18564 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more bug fix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18563 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cosmetic code changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18562 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug that I introduced yesterday.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18561 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify the local_to_global versions for block matrices a bit more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18560 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the local_to_global functions a bit easier to read.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18559 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move some collective add/set functions into the cc file to not make the header file too big.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18558 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not use the compress() function when using copy_from with CompressedSP since then the indices are all sorted and unique, and we know how to allocate memory.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18557 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Write a smarter add_entries function for CompressedSparsityPattern.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18556 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Calculate maximal velocity only once per time step.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18555 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added test for VectorView class

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18554 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added VectorView class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18553 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Step-34:
Rewrote almost all formulas in a consistent manner (almost all signs
were wrong). Removed all references to Galerkin BEM. Now it is a purely
collocation BEM, that uses advanced integration rules just added
to deal.II. Once MappingQ of arbitrary order are implemented, this should allow
for very advanced BEM solutions, with very few unknowns.
Added a couple of pictures of solutions, and the parameter file at the end.
Still missing is a completion of Wolfgang addition to the introduction.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18552 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed bug in DoFTools::map_dofs_to_support_points that prevented it from working with
codimension one meshes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18551 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Modified integrate_one_over_r test for new features in the
QGaussOneOverR class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18550 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added flag to remove singularity from the weighting functions
of QGaussOneOverR.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18549 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Need to include one more file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18548 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a smarter algorithm for inserting a list of sorted elements into a CompressedSimpleSP.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18547 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Unglorious management of configure --help script - no new functionality

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18546 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Include one more file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18545 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add sparsity patterns to is_block_matrix type.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18544 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a couple more explicit specializations that shouldn't be here.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18543 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove two erroneous explicit specializations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18541 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18540 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Always insert something into the diagonal with distribute_local_to_global. Use BLAS function GEMM for mmult if matrix is sufficiently big (> 25 cols).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18539 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed a compile bug caused by bad boolean logic error

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18538 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Upgraded: PETSc vector to migrate to PETSc 3.0.0

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18537 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Upgraded: PETSc precondition to migrate to PETSc 3.0.0

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18536 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Upgraded: PETSc matrix base to migrate to PETSc 3.0.0

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18535 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Upgraded: PETSc vector base to migrate to PETSc 3.0.0

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18534 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Upgraded: PETSc sparse matrix to migrate to PETSc 3.0.0

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18533 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Upgraded: PETSc parallel sparse matrix to migrate to PETSc 3.0.0

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18532 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Upgraded: PETSc solvers to migrate to PETSc 3.0.0

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18531 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Upgraded: Configure script to migrate to PETSc 3.0.0

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18530 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a smarter way to specialize the local_to_global functions for standard (non-block) and block matrices.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18528 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Store output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18526 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18525 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change the name of a member function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18524 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a class that allows to find out whether a template argument is a block matrix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18523 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a class internal::bool2type

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18522 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Unify spelling.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18521 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove unnecessary code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18519 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove output file that has apparently been checked in in error.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18517 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a few stray semicolons that we don't usually have in our code
any more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18516 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Teach even block sparsity patterns to accept the sorted argument (even though we do not call any function with that right now.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18515 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Forgot to include some PETSc files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18514 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Output changed since sparsity pattern indices are now added in a sorted way.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18513 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the local_to_global functions in the ConstraintMatrix even more efficient by pre-sorting all the rows and columns that are going to be written into the sparsity pattern / sparse matrix. This makes the values added for each element really unique, which is faster. Moreover, the matrix and sparsity pattern classes can now take an additional argument sorted when adding many elements, and some of them already make use of the sorted-ness. For block matrices, the sortedness is used in an even more clever way by writing directly into the blocks (even though I had to introduce a lot of duplicate code to be in line with the templates).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18512 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Modified step-34 to implement exclusively the collocation boundary element
method.
This is done now through the QGaussLog and QGaussOneOverR classes that were
previously added to the library.
Extended a little the comments, but there is still a lot of documentation to do.
The solution is the correct one (phi(x) = x).
TODO: Add convergence table for both the potential and the velocity.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18503 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Comment out unused variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18502 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Comment out unused variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18501 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove qualifier since it is ignored anyway.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18500 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove qualifier since it is ignored anyway.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18499 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18498 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added test for QGaussOneOverR

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18495 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added QGaussOneOverR to integrate 1/R singularities
on the vertices of reference element.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18494 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed a problem with Trilinos sparse matrix and vector in distribute_local_to_global.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18493 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Properly indent one line.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18492 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make VectorReference a bit faster.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18491 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the code a bit easier to read.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18490 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

I changed too much in my previous update of the Cuthill_McKee algorithm.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18489 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Final update of local_to_global functions in ConstraintMatrix, making the sparsity pattern creation even faster. One possibly could improve things further by pre-ordering the indices to be added, if our other functions were smart enough to handle that. Right now, that doesn't really help, and all I get from ordering is some additional overhead.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18488 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d