Added set_all_* functions to tria.

Merge pull request #416 from bangerth/remove-deprecated-functions-3

Remove deprecated functions 3

Merge pull request #413 from luca-heltai/boundaryid-to-manifoldid

Added functions to copy boundary and material ids  to manifold ids.

Fixed comments, made second arguments const.

Update changelog.

Remove deprecated function TrilinosWrappers::*Vector*::compress with Epetra_CombineMode argument.

Remove deprecated function Vector::scale.

Remove deprecated functions with names that contain cell_normal.

Remove deprecated functions with names that contain functions_grads.

Added copy_material_to_manifold

Added copy boundary to manifold id function.

Merge pull request #412 from bangerth/fix_initialization_of_mpi

Fix two mistakes with MPI initialization.

For programs that use Trilinos, we need to initialize the MPI system even if the program does not in fact use MPI.

No need to initialize MPI for a program that neither uses MPI nor Trilinos.

Add changelog entry.

Remove deprecated functions with names that contain 2nd_derivative.

Merge pull request #414 from bangerth/minor-cleanup

Fix one typo.

Fix one typo.

Also improve readability slightly by aligning commands.

Merge pull request #407 from bangerth/remove-deprecated-functions-2

Remove deprecated functions 2

Update changelog after rebasing to master.

Simplify control flow.

Remove a member variable that is never set to anything other than 'true'.

Reintegrate do_init into constructor of MPI_InitFinalize.

This is possible now that we have only one constructor left.

Fix a typo.

Remove deprecated function *Vector*::compress() without argument.

Address and document issues with compress() in these testcases.

Remove deprecated constructor of SparseMIC.

Remove deprecated function SparseILU::apply_decomposition.

Remove deprecated constructor of SparseILU.

Remove deprecated function Triangulation::clear_user_pointers.

Remove deprecated function Triangulation::distort_random.

Remove namespace deal_II_numbers and various outdated in namespace types.

Remove deprecated MPI support functions in namespace Utilities and Utilities::System.

These functions have been available in namespace Utilities::MPI for a while already.

Remove deprecated constructor of MPI_InitFinalize.

Remove the deprecated RefinementListener approach in the Triangulation class.

This method has been supplanted by the far more versatile signals approach.

Merge pull request #408 from bangerth/augment-int_to_string-patch

Augment int to string patch

Add changelog entry.

Add a testcase for a recent patch.

Merge pull request #406 from drwells/int-to-string-with-boost

Fixed an issue with Utilities::int_to_string.

Fixed an issue with Utilities::int_to_string.
It cannot handle more than ten digits in its current form, so I wrote a
simple wrapper around boost::lexical_cast.

Merge pull request #402 from bangerth/remove-deprecated-functions

Remove deprecated functions after 8.2 release

Merge pull request #405 from tamiko/port_to_cmake_3.1

This series of commits resolve a bunch of issues with CMake 3.1 along with

Add an entry to changes.h

CMake: Build up library name directly

The LOCATION property is deprecated starting with CMake 3.0. Further it
leads to an astonishing bug if used in CMake 3.1 [1]. Thus, we have to
build up the library name by hand.

[1] http://public.kitware.com/Bug/view.php?id=15338

CMake: Use a global property to store object targets

CMake: Explicitly set all policies to new behavior

We support all CMake policies up to version 3.1.0 . Thus, set them to new
behavior.

Merge pull request #400 from tamiko/add_revision_information

Query git branch and commit during configure

Merge pull request #404 from bangerth/update-step-43

Fix two oversights in the step-43 code.

Remove some left-over debug statement.

This program does not use MPI. Don't pretend that we do.

Update changelog.

Remove deprecated function MGConstrainedDoFs::at_refinement_edge_boundary.

Remove deprecated function MGConstrainedDoFs::non_refinement_edge_index.

Remove deprecated class BlockList.

Remove deprecated GridOutFlags::XFig::level_color.

Remove deprecated variant of DoFTools::make_sparsity_pattern with a vector-of-vector mask.

Remove deprecated variant of DoFTools::count_dofs_per_component.

Remove deprecated function DoFRenumbering::downstream_dg.

Remove deprecated function DataOutBase::write_hdf5_parallel.

Remove deprecated function Algorithms::ThetaTimestepping::initialize.

Remove deprecated functions FunctionParser::initialize().

Remove deprecated function Newton::initialize().

Remove deprecated function ThetaTimestepping::operator().

Remove deprecated function DataOutBase::create_xdmf_entry.

Remove deprecated function GridGenerator::parallelogram with a rank-2 tensor for the corners.

Remove deprecated function GridGenerator::laplace_transformation. Move the implementation to its new home in GridTools.

Remove deprecated classes Threads::ThreadCondition and Threads::ThreadMutex.

Remove deprecated functions Threads::new_thread.

Remove deprecated functions MeshWorker::loop and MeshWorker::integration_loop.

Now that we no longer take a VectorMemory object as argument, simplify the functioning of the MGSmoother class and its derivatives.

Remove deprecated constructors of MGSmoother* classes that take VectorMemory objects as arguments.

Add changelog entries for each deprecated function.

Remove deprecated function DataPostprocessor::compute_derived_quantities_*.

Reindent a few lines.

Remove deprecated function PointValueHistory::mark_locations().

Remove deprecated function TimeDependent::end_sweep with an argument.

Add a revision.h header file that exports git branch and revision for
compile time usage in user projects

Testsuite: Do not write revision.log, this is now done in setup_git.cmake

CMake: Print commit in summary.log and detailed.log

CMake: Query branch and commit during configure

Merge pull request #399 from bangerth/remove-svn-date-tags

Remove svn date tags

No need any more to deal with dollar signs in the form of $Date:$ etc that
date back to svn times.

No need to exclude '.svn' directories any more, now that we don't use svn any more.

Merge pull request #398 from tamiko/handle_version_subminor

CMake: Also handle subminor version number

CMake: Also handle subminor version number

CMake now correctly queries the DEAL_II_PACKAGE_VERSION string for a
subminor version replacing "pre" and "rc?" by "0". The subminor version
number is also exported in the project configuration and the config.h
header file.

git no longer expands $DATE$ tags, so remove it from the footer of various HTML pages. While there, also remove other information that does not really contribute any information now that everyone is using these pages online, rather than from local installations.

git no longer expands $DATE$ tags, so do not attempt to put them into HTML <meta> tags.

Merge pull request #397 from tamiko/improve_cmake_output

CMake: Unify configure output, print all file inclusion

CMake: Unify configure output, print all file inclusions

Merge pull request #396 from kronbichler/master

Fix definition of syev method. Correct ifdef guard.

Fix definition of syev method. Correct ifdef guard.

This avoids compiler errors with clang 3.5.

Merge pull request #385 from tamiko/guard_have_macros

Replace HAVE_* by DEAL_II_HAVE_*

Merge pull request #394 from tjhei/simplify_cast

simplify cast

simplify cast

Merge pull request #390 from bangerth/fix-missing-instantiations-2

Add changes.h entry

Merge pull request #395 from tjhei/wrap_comments_improvements

wrapcomments paren handling

wrapcomments paren handling

Correctly handle an opening parenthesis directly in front of @ref and
fix the one place we use it.

Fix missing instantiations.

fix a comment

Add an entry to changes.h