Merge pull request #14160 from zjiaqi2018/manifold-documentation

Merge pull request #14206 from tamiko/cmake_date

address comments

CMake: Avoid --date=iso-strict for git versions older than 2.2

Merge pull request #14199 from drwells/cleanup-mapping-q1-inclusions

Cleanup mapping q1 inclusions

Merge pull request #14201 from drwells/vector-relations-headers

Add a missing header to vector_relations.h.

Merge pull request #14202 from drwells/more-trilinos-header-fixes

Add some more missing Trilinos headers.

Add some more missing Trilinos headers.

Clean up inclusions of mapping_q1.h

Merge pull request #14197 from peterrum/FE_Q_iso_Q1_2_MF

Fix MatrixFree + FE_Q_iso_Q1(2)

Add a missing header to vector_relations.h.

Merge pull request #13895 from bangerth/ca-free-2

Use ReferenceCell instead of StaticMappingQ1.

Merge pull request #14198 from marcfehling/zoltan

Fix more headers in Zoltan tests.

Fix MatrixFree + FE_Q_iso_Q1(2)

Fix more headers in Zoltan tests.

Merge pull request #14191 from drwells/trilinos-utilities

Trilinos utilities

Merge pull request #14196 from marcfehling/zoltan

Fix header in Zoltan tests.

Merge pull request #14193 from marcfehling/assert-soltrans

Assert for released handle on parallel::distributed::*Transfer classes.

Move Trilinos utilities into a separate header.

Remove an unused forward declaration.

Fix header in Zoltan tests.

Assert for released handle on Transfer classes.

Merge pull request #14194 from mschreter/fix_missing_mpi_header

Add missing header to `lac/trilinos_tpetra_vector.templates.h`

fix missing header

Merge pull request #14192 from marcfehling/set

Added missing header.

Added missing header.

Merge pull request #14186 from drwells/misc-header-cleanup

Merge pull request #14185 from drwells/mpi-stub-header

Move 'using MPI_Comm = int' et al to a separate header.

Merge pull request #14187 from marcfehling/cleanup-hpref

Remove now redundant namespace identifier.

Remove now redundant namespace identifier.

Clean up some header inclusions.

Pass ReferenceCell by reference in QProjector.

This lets us use a forward declaration.

Move 'using MPI_Comm = int' et al to a separate header.

Most of the time we only need declarations of MPI classes (like MPI_Comm) and
not our own utility functions in headers. To this end, we can just put mpi.h (or
our equivalent stub declarations) in a separate header and use that most of the
time.

Merge pull request #14182 from drwells/remove-qanisotropic-specializations

Remove some template specializations for QAnisotropic.

Merge pull request #14188 from marcfehling/typo-52

Fix typo in step-52.

Merge pull request #14177 from peterrum/ConstraintInfo_new_reinit

Add second version to initialize MFF::ConstraintInfo

Fix typo in step-52.

Merge pull request #14184 from jppelteret/docfix-step_44-01

Fix some theory in step-44 introduction

Consistently update notation in SymmetricTensor docs

Fix some theory in step-44 introduction

The deviator tensor involves the  4th-order symmetric identity tensor, not the "normal" 4th-order identity tensor.

Merge pull request #14181 from drwells/refactor-mutex-wrapper

Move Threads::Mutex to a dedicated header.

Most files don't need anything in Threads other than Threads::Mutex so we can
decouple them from TBB et. al. by moving this class to its own header.

Remove some template specializations for QAnisotropic.

Clang now complains about adding undeclared specializations in the source file -
besides, we can combine them pretty easily.

Merge pull request #14174 from drwells/refactor-sacado

Add second version to initialize MFF::ConstraintInfo

Get things working with adol-c too

Don't include Sacado.hpp in base/numbers.h.

Sacado.hpp, when preprocessed, is over 200,000 lines. We can get things working
in an equivalent way by using argument dependent lookup instead.

Add some missing headers.

Other changes in this PR necessitate these additions.

Merge pull request #14175 from peterrum/TensorProductMatrixSymmetricSumBase_memory_consumption

Implement TensorProductMatrixSymmetricSumBase::memory_consumption()

Implement TensorProductMatrixSymmetricSumBase::memory_consumption()

Merge pull request #14172 from luzpaz/typos/tests

Fix typos in tests/ subdirectory

Fixed indentation

Fix typos in tests/ subdirectory

Merge pull request #14101 from gfcas/vector_tools_project_1

Vector tools project 1

Clean up of VectorTools::project functions

Merge pull request #14168 from luzpaz/typos

Revert fix in previous commit per request

Fix various typos

Fix typos found in source/, include/, and doc/
Found via `codespell -q 3 -S ./bundled,./doc/news -L ba,commend,nd,pres,ro,rotat,stoer,workd`

Merge pull request #14039 from bangerth/isend-irecv

Merge pull request #14165 from drwells/fix-tutorial-graph

Merge pull request #14150 from luca-heltai/fix-has-hanging-nodes

Fix generation of the tutorial graph.

A new code gallery program has quotes which we need to escape in its tooltip.

Merge pull request #14162 from tamiko/fix_compilation

Fix a typo in deal.II/base/numbers.h

Merge pull request #14161 from drwells/petsc-cleanup-1

Bump the minimum PETSc version number.

Fix a typo in deal.II/base/numbers.h

The refactoring done in b1883d9cbf2dfa8452ebb109d580096453f7e10f
introduced a typo that wasn't spotted by our CI. Fix this.

Remove some old PETSc workarounds.

Require PETSc 3.7.0 or newer.

This is six years old at this point.

Merge pull request #9937 from masterleinad/remove_even_more_deprecation

Remove PETScWrappers deprecations

normal vector doc

Merge pull request #14158 from tamiko/remove_find_package_override

CMake: remove find_package override

Merge pull request #14041 from luca-heltai/compute_affine_transformation_codim1

`QSimplex<dim>::compute_affine_transformation()` in co-dimension one and two

Fixed clang-tidy.

Added a fix.

Failing test.

Merge pull request #14157 from tjhei/epic-doxygen

Fix doxygen groups in many places

CMake: use proper FIND_PACKAGE call in python bindings setup

CMake: remove find_package override

more fixes

Merge pull request #14104 from gfcas/mass_operator_doc

AssertThrow for BlockVector usage in MassOperator

Merge pull request #14131 from bergbauer/test_fe_eval_shift

Add test for FEEvaluationShift with FE_Q and FE_DGQ

Merge pull request #14132 from bergbauer/get_affine_constraints

MatrixFree: Implement get_affine_constraints()

Implement get_affine_constraints()

epic doxygen fixes

It turns out that grouping using @{ and @} only works if it is inside a
doxygen comment like /** */ and not inside a normal comment /* */. This
meant that most of our groupings were incorrect.

- fix @{ and @}
- avoid using /*! which is equivalent to /**
- make some formatting prettier

Merge pull request #14152 from tjhei/mf_nans

qualify namspace for MSVC

otherwise MSVC tries to use
numbers::internal from signaling_nan.h

matrix-free FEEvaluation: initialize with nan

Initialize the internal scratch_data of FEEvaluation with signaling_nans
in debug mode.

Add test for FEEvaluationShift with FE_Q and FE_DGQ

Merge pull request #14154 from kronbichler/fix_possible_memory_leaks

FEEvaluation: Fix two places where the address sanitizer complained

Merge pull request #14153 from kronbichler/separate_array

MatrixFree: Use separate data arrays for two separate evaluators

Merge pull request #14143 from jppelteret/iterator_conversion_01

MatrixFree: Use separate data arrays for two separate evaluators

FEEvaluation: Fix two places where the address sanitizer complained

Merge pull request #14123 from tjhei/par-int-out-test

parallel intermediate out: compression levels

Update tutorials to use cell->as_dof_handler_iterator()

Merge pull request #14146 from bangerth/doc

Show a formula.

Merge pull request #14145 from marcfehling/intel-quicktest

Added quicktests to Intel workflow.

Merge pull request #14115 from kronbichler/avoid_some_expensive_loops

MatrixFree DoFInfo: Break out from some expensive loops

Show a formula.

Alternative implementation to convert iterators