Merge pull request #12697 from lethe-cfd/tolerance_subdivided_cylinder

Add tolerance to subdivided_cylinder generator

Add tolerance to subdivided_cylinder generator

Merge pull request #12493 from peterrum/MGTwoLevelTransfer_ls

Enable MGTwoLevelTransfer::reinit_geometric_transfer() for refinement levels

Enable MGTwoLevelTransfer::reinit_geometric_transfer() for refinment levels

Merge pull request #12695 from bangerth/stacktrace

Do not store unnecessary variables.

Do not store unnecessary variables.

Merge pull request #12694 from bangerth/exception

Make sure that copying exceptions doesn't imply dropping the backtrace.

Add changelog entry.

Make sure that copying exceptions doesn't imply dropping the backtrace.

Merge pull request #12687 from bangerth/sort

Sort member functions in .cc file.

Merge pull request #12688 from marcfehling/fe-index

Unify spelling 2.

Unify spelling 2.

Merge pull request #12683 from bangerth/doc-5

Unify spelling.

Sort member functions in .cc file.

Merge pull request #12681 from bangerth/1d

Allow for the default construction of 1d face iterators.

Merge pull request #12682 from bangerth/doc-4

Group member functions in hp::FECollection for doxygen.

Merge pull request #12680 from marcfehling/fix-75

Prevent excess timer output.

Unify spelling.

Group member functions in hp::FECollection for doxygen.

Add changelog entry.

Add a test.

Allow for the default construction of 1d face iterators.

Prevent excess timer output.

Merge pull request #12546 from TLJB/gdb-pprinter-fix

fix: Updated dotgdbinit to work with version 9.3

fix: Updated dotgdbinit to work with version 9.3

Fixed VectorPrinters and AlignedVectorPrinters dependency on
deprecated members data_begin and data_end.

Merge pull request #12609 from bangerth/move-replicate

Fix AlignedVector memory management after replicate_across_communicator()

Merge pull request #12677 from kronbichler/minor_cleanup

tria.cc: Make exception and comment easier to read

Merge pull request #12678 from amartinhuertas/patch-1

Typo fix in step-38 intro.dox

Typo fix in step-38 intro.dox

tria.cc: Make exception and comment easier to read

Merge pull request #12674 from bangerth/const

Make TriaAccessor::set_*_boundary() const.

Merge pull request #12675 from marcfehling/tria-faces

Avoid serializing lines on TriaFaces twice.

Merge pull request #12670 from drwells/avoid-quadrature-copy

Avoid copying some Quadrature rules in FESystem.

Avoid serializing lines on TriaFaces twice.

Merge pull request #12671 from drwells/mark-as-protected

Mark some things as protected.

Merge pull request #12672 from drwells/use-get-vertices

Use Mapping::get_vertices().

Merge pull request #12673 from drwells/remove-unused-field

Remove an unused member variable.

Merge pull request #12601 from marcfehling/fix-load-3

Deprecated autopartition parameter in parallel::DistributedTriangulationBase::load()

Add test.

Add a changelog entry.

Make TriaAccessor::set_*_boundary() const.

Mark some things as protected.

These are protected, not private, in the base class.

Use Mapping::get_vertices().

This is much faster for MappingFEField and about the same for other mapping
classes.

Remove an unused member variable.

Now that we have hp::Collection (see 84f55c7706) this field is no longer used.

Avoid copying some Quadrature rules in FESystem.

Deprecated autopartition parameter.

Merge pull request #12666 from drwells/fix-compilation-gcc-5.4

Fix compilation with GCC 5.4.

Merge pull request #12667 from zjiaqi2018/fix-matrixfree-typo

Fix documentation

fix documentation

Fix compilation with GCC 5.4.

Using constexpr here causes an internal compiler error when optimizations are
turned on.

Merge pull request #12514 from simonsticko/mesh_classifier

Add class determining how cells/faces relate to a level set function

Add class determining how cells/faces relate to a level set function

Add a class NonMatching::MeshClassifier that determines how the sign of
a level set function vary over the active cells/faces of a
triangulation. Each cell/face are associated with one of values of enum
LocationToLevelSet. If the level set is positive/negative over the
cell/face it is associated with LocationToLevelSet::inside/outside. If
the zero contour intersects the cell/face it is associated with
LocationToLevelSet::intersected.

Merge pull request #12661 from bangerth/doc-3

Update documentation of FE_Q constructor.

Update documentation of FE_Q constructor.

Merge pull request #12016 from konsim83/improve_conformity_tests

Improve conformity tests of 2D vector elements

Merge pull request #12662 from bangerth/doc-4

Minor doc update.

Merge pull request #12612 from drwells/fix-mass-diagonal

Make MassOperator's diagonals true diagonals, not lumped ones.

Merge pull request #12596 from marcfehling/fix-load

Load: align dealii and p4est meshes before repartitioning.

Minor doc update.

Explicitly use mass lumping in VectorTools::project_matrix_free().

This restores the behavior present before the last commit and its generally the
right choice.

Implement explicit mass lumping in MassOperator.

Modify a test to check the diagonal values (not lumped).

Make MassOperator's diagonals true diagonals, not lumped ones.

The previous implementation used row sums (i.e., mass lumping) instead of
computing the diagonal. This should be changed for two reasons:
1. It's not really the diagonal (and its inconsistent with LaplaceOperator).
2. Lumped mass matrices are only positive for either low-order elements (where
   the basis functions are all positive) or very well-behaved elements (like
   FE_Q). In particular, the values on the diagonal are either zero or negative
   for TET10 if we use lumping, which isn't going to work.

Merge pull request #12658 from drwells/fix-issue-template

Make it an issue template.

Merge pull request #12656 from bangerth/increment

Merge pull request #12641 from peterrum/dataout_nonconti

Add assert to DataOut to force users to use block vectors for non-contiguous indexsets

Merge pull request #12587 from bangerth/explicit

Be more explicit about types and taking addresses.

Merge pull request #12622 from bangerth/doc

Add another example to the ScalarFunctionFromFunctionObject documentation.

Merge pull request #12657 from bangerth/types

Use std::size_t for index types.

Make it an issue template.

My bad, this doesn't make sense as a PR template.

Merge pull request #12655 from bangerth/doc-2

Improve error message.

Use std::size_t for index types.

Use 'auto' in one place.

Change post- to pre-increment statements in foor loops (tests/).

Change post- to pre-increment statements in foor loops (examples/).

Change post- to pre-increment statements in foor loops (include/ and source/).

Improve error message.

Merge pull request #12643 from zjiaqi2018/changelog_feiv_AD

Changelog: FEInterfaceValues for AD

Merge pull request #12652 from drwells/little-doc-fixes

Fix two small documentation issues.

Merge pull request #12654 from drwells/add-pull-request-template

Add a pull request template.

Add a pull request template.

Fix two small documentation issues.

Its not worth opening two PRs.

Merge pull request #12644 from jppelteret/fe_interface_values_04

Categorise functions in FEInterfaceValuesViews

changelog for feiv AD

Reorganise sections and order

Merge pull request #12650 from konsim83/documentation/NewClangFormat

Fix clang-format version to 11.1 in coding guidelines

fix clang-format version to 11.1

changed conformity tests

Co-authored-by: Martin Kronbichler <kronbichler@lnm.mw.tum.de>

Merge pull request #12648 from peterrum/fe_wedge_pyramid_degree

Add comments to wedge and pyramid FEs regarding degree

Merge pull request #12645 from tjhei/mg_transfer_warn

add Assert to MGTransfer*

Add comments to wedge and pyramid FEs regarding degree

Merge pull request #12649 from drwells/remove-old-namespace-comment

Remove documentation of the old Simplex namespace.

add Assert to MGTransfer*

The error message when you forget to call distribute_mg_dofs() is not
helpful. Instead, add an Assert.

Remove documentation of the old Simplex namespace.

Categorise functions in FEInterfaceValuesViews

Merge pull request #12642 from peterrum/fe_eval_pre

Replace some post-increments by pre-increments in fe_evaluation.h

Merge pull request #12638 from gfcas/integrate_difference

Integrate difference

Replace some post-increments by pre-increments in fe_evaluation.h

Merge pull request #12603 from zjiaqi2018/feinterface_AD

FEInterfaceValues for AD

Merge pull request #12636 from gfcas/step_40_timer

step-40 disable timer summary output