Merge pull request #1238 from bangerth/further-FEValues-cleanups

Further fe values cleanups

Merge pull request #1248 from tamiko/fix_run_tests.sh

Testsuite: Bugfix, also consider stderr in test output

Testsuite: Also output stdout/stderr in case of a regular output file

Also output everything a script piped to stdout and stderr in case a test
fails to run.

Merge pull request #1239 from tamiko/configure_cleanup

CMake: Miscellaneous cleanup

Merge pull request #1246 from tamiko/improve_user_testsuite

Testsuite: add configurable executables to DEAL_II_ADD_TEST

Testsuite: Bugfix, also pipe stderror in run_test.sh

The run_test.sh script supports two different output options for tests,
namely to directly write to a file 'output', or to just output on stdout.

This commit changes the behavior for the latter situation. It reroutes
stderr to stdout such that all output of a test is actually considered.

The former case turned out to be a problem with deallog that writes to
stderr.

Note: In case of a test writing to output, stderr is still lost.

Testsuite: add configurable executables to DEAL_II_ADD_TEST

This commit adds a second type of tests to the testsuite that consists of a
parameter file "test.prm" with an output file "test.<...>.output". It
assumes that a cmake variable

  TEST_TARGET (or TEST_TARGET_DEBUG and TEST_TARGET_RELEASE)

is defined and will invoke said target with the full path to the parameter
file. (The first type of tests consist of a source file "test.cc" instead,
that is compiled and linked.)

Merge pull request #1243 from tjhei/fix_offline_doc

update script to generate offline documentation

update script to generate offline documentation

- also replace https links
- exclude robots.txt

Merge pull request #1242 from kronbichler/master

Fix method on 64 bit indices

Fix method on 64 bit indices

CMake: Remove a dysfunctional workaround

This does not work.

Update comment, fix whitespace

CMake: Refactor configuration for MSVC's compiler warning

Those configuration should go to setup_compiler_flags_msvc.cmake and not
into the config.h header file...

CMake: Remove a commented out check

Remove now outdated code.

Merge pull request #1237 from tamiko/windows_fixes

Testsuite: Port subproject configuration portion

Enable testsuite for windows

update documentation

Testsuite: Remove seldomly used testsuite targets

This commit removes the seldomly used testsuite targets "clear_tests" and
"regen_rests".

Further, the remaining "setup_tests" and "prune_tests" are rewritten in
native CMake script

Adjust all of the FiniteElement::fill_fe_*_values.

Instead of a single FEValuesData object, they now get references to an
internal::FEValues::MappingRelatedData object (which is marked as const,
given that it is data that has previously been computed by the mapping) and
to internal::FEValues::FiniteElementRelatedData (which is non-const, and
which is where the finite elements put their results).

Merge pull request #1235 from bangerth/doc-update-30

Update documentation.

Update documentation.

Merge pull request #1231 from kronbichler/master

Test for Trilinos sparsity pattern initialization

Test for Trilinos sparsity pattern initialization

Merge pull request #1233 from tjhei/fix_doxygen2

fix latex formula

fix latex formula

Merge pull request #1228 from bangerth/augment-error-reporting

If a test fails, also reports the error code.

Convert FE::compute_2nd().

It only uses finite element related data. Let this be the only
argument it gets.

Merge pull request #1230 from Rombur/trilinos_matrix_64bit

Fix a test that failed for 64bit.

Fix a test that failed for 64bit.

Let the mapping classes only take the mapping related data object as output.

This clearly separates the fields the mapping classes
are supposed to write into, and thereby clarifies what they
are supposed to compute and what to leave alone in the
output data structure.

Split FEValuesData into two base classes.

There is now one base class that stores Mapping-related data, and one
that stores FiniteElement-related data. These are declared in
fe_update_flags() so that they can be referenced from the finite
element and mapping classes without having to know about fe_values.h.

Merge pull request #1227 from kronbichler/master

Finalize documentation from #1215

If a test fails, also reports the error code.

Merge pull request #1224 from bangerth/parallelize-mapping-q

Parallelize MappingQ::get_*_data().

List deprecated interfaces also in the doxygen documentation

Fix warning from #1215

List changes from #1215

Merge pull request #1215 from kronbichler/master

Avoid using deprecated interfaces

Merge pull request #1225 from kronbichler/update_changelog

Take over changelog adjustment from 8.3 to master

Take over changelog adjustment from 8.3 to master

Parallelize MappingQ::get_*_data().

In MappingQ, get_*_data() creates both a data object for a Q_p
mapping as well as for a Q_1 mapping (for interior cells). This can
be done in parallel. Do so here.

Merge pull request #1221 from bangerth/revise-mapping-fill_fe_values-interface-2

Further revise the MappingQ1/MappingQ interfaces.

Merge pull request #1223 from tamiko/adapt-test

make mpi/step-40.mpirun=? more robust

make mpi/step-40.mpirun=? more robust

Remove the compute_fill_face() function from the public interface.

Instead make it part of the internal implementation of the class in the .cc file.

Performance optimization of Epetra_Map -> IndexSet conversion

Mark Epetra_Map functions as deprecated.

Add test for new functionality

Mark methods with Epetra_Map as deprecated.

Move method that uses deprecated interface to cc file to avoid warnings in user code.

Avoid using deprecated interfaces

Don't call compute_fill_face, but go right back to the function in the base class.

Minor cleanup.

Remove MappingQ1::compute_fill and simplify MappingQ1::compute_fill_face.

Also move around a few functions in the .cc file to make the flow easier
to read. The old style used rather generic function names that don't
really give away what concretely a function does.

Merge pull request #1218 from bangerth/fix-timer

Fix division by zero.

Revise internal functions of MappingQ1.

The compute_fill* functions now also take FEValuesData as arguments,
just like the fill_fe_values() functions.

Fix division by zero.

Instead of first dividing by zero and then cleaning up the mess,
simply test whether we're going to divide by zero and do the
right thing based on that test.

Merge pull request #1217 from QiaoLei-88/step33_DepreTrillinosInterface

avoid using deprecated trilinos wrapper in step-33.

Merge pull request #1216 from tjhei/fix_avoid_epetra_map

fix: avoid Epetra_Map in Trilinos interface

avoid using deprecated trilinos wrapper in step-33.

fix: avoid Epetra_Map in Trilinos interface

use DomainMap instead of ColMap.

Merge pull request #1205 from tjhei/stl_bugs

Stl bugs

Merge pull request #1214 from kronbichler/master

Fix compilation warning: &DoFCellAccessor::get_fe() == 0

Fix compilation warning: &DoFCellAccessor::get_fe() == 0

reference cannot be bound to dereferenced null pointer in well-defined
C++ code; comparison may be assumed to always evaluate to true

Merge pull request #1213 from tjhei/avoid_trilinos_epetra_map

avoid using Trilinos col/row_partitioner

avoid using Trilinos col/row_partitioner

Merge pull request #1200 from tjhei/set_thread_limit

rework set_thread_limit()

fix stl errors and rework MPI recv/send

this addresses the two TODOs in the code

more stl fixes

Merge pull request #1212 from bangerth/update-step-10

Minor updates to step-10.

early out compute_point_to_point_communication_pattern()

Fixes another stl invalid access

Stylistic updates.

Minor updates to step-10.

In particular, reference step-53.

update tests

rework set_thread_limit()

- allow calling set_thread_limit() more than once by reinitializing the
TBB task_scheduler
- always call set_thread_limit() using static initialization before any
user code (and thus TBB usage) happens
- as a result DEAL_II_NUM_THREADS will now always be respected even if
users never call set_thread_limit() themselves
- test suite: always enforce a maximum of 5 threads (instead of only if
not configured with MPI)
- add test for changing the thread limit

Merge pull request #1211 from tjhei/fix_tests_for_intel15

tests: increase precision to fix on intel

tests: increase precision to fix on intel

fix out of bounds access

Merge pull request #1208 from tjhei/fix_index_set_trilinos_constr

make IndexSet Epetra_Map constr explicit

make IndexSet Epetra_Map constr explicit

The new constructor IndexSet(const Epetra_Map &map) was not marked explicit
and caused ambiguous type conversions.

Merge pull request #1206 from tjhei/remove_muelu_warnings

suppress muelu warnings

suppress muelu warnings

Disable extra diagnostic Wunused-but-set-variable when including
trilinos to avoid muelu warning.

avoid dereferencing empty std::vectors

Merge pull request #1204 from bangerth/revise-mapping-fill_fe_values-interface

Revise mapping fill fe values interface

Also update the changelog for the mapping classes.

Revise the Mapping::fill_fe_*_values() interfaces.

These functions previously got a whole lot of arguments for the output arrays.
Consolidate them by simply passing the structure in which they actually lie.

While there, also do:
- Sort these arguments in such a way that they make a bit more sense.
- Provide a thorough documentation of these functions.

Fix a typo in a previous patch.

Merge pull request #1203 from bangerth/fix-pr-1183

Fix #1183.

Fix #1183.

In #1183, I accidentally removed a class qualification on a call. This leads
to some 20 tests failing. This patch restores the issue.

Merge pull request #1202 from tjhei/fix_changelog

move changelog entries that went into 8.3

move changelog entries that went into 8.3

Merge pull request #1199 from luca-heltai/update-travis

Update Travis setup.

Updated travis config.

Merge pull request #1182 from bangerth/make-mapping-internal-data-const

Make mapping internal data const

Update documentation in a few other places as well.

Document the various Mapping*::InternalData classes.

Document Mapping::InternalDataBase better.

Update documentation of MappingType.