Reduce chunk_size used in CUDA kernels from 8 to 1

Merge pull request #7926 from tamiko/fix_dynamic_sparsity_pattern_exists

SparsityPattern: Fix copy_from a DynamicSparsityPattern

Merge pull request #7931 from jppelteret/sd-tensor_operations_01

SD tensor operations: Symbol and symbolic function creation

improve error message

avoid a segmentation fault

add a test

SparsityPattern: Fix copy from DynamicSparsityPattern

Merge pull request #7936 from BenBrands/instantiations_shared_triangulation

add explicit instantiations for shared::Triangulation

Merge pull request #7945 from bangerth/doc-2

Clarify a piece of documentation.

Merge pull request #7942 from bangerth/doc

Mark two function references better.

Clarify a piece of documentation.

Mark two function references better.

Merge pull request #7920 from jppelteret/sd-scalar_operations_01

SD scalar operations: Symbol and symbolic function creation

Add test for operations using symbolic and expressional tensors

Add a test to check std::copy and std::swap with vector of Expressions

Add some SD-related convenience functions for tensor operations.

Specifically, these can be used to create a tensor symbol and symbolic
function.

Specialize some functions in the numbers namespace for SD::Expression.

Also required for support of SD::Expression within the Tensor and
SymmetricTensor classes.

Add ProductType for SD::Expression class.

This is the first step towards support of SD::Expression within the
Tensor and SymmetricTensor classes.

Add template arguments for symmetric tensor ranks

Add some SD-related convenience functions for scalar operations.

Specifically, a non-member function for scalar differentiation of an
Expression has been added.

Add some SD-related convenience functions for scalar operations.

Specifically, these can be used to create a scalar symbol and symbolic
function.

Add some SD-related utility functions

Merge pull request #7938 from isuruf/cmake

CMake: Clear CMAKE_REQUIRED_FLAGS before calling FindLAPACK

Merge pull request #7935 from masterleinad/fix_boost_1_70

Fix configuring with external Boost-1.70.0

CMake: Clear CMAKE_REQUIRED_FLAGS before calling FindLAPACK

CMAKE_REQUIRED_FLAGS is populated by dealii with CXXFLAGS and this
should be cleared before calling any function that calls try_compile
on a C file. FindLAPACK calls FindTHREADS.cmake which uses try_compile
on a C file.

add explicit instantiations for shared::Triangulation

Add links

Fix configuring with external Boost-1.70.0

Merge pull request #7914 from luca-heltai/enlarge-bounding-box

BoundingBox::extend()

Merge pull request #7915 from luca-heltai/rtree-with-mapped-vertices

Make sure rtree works with mappings that do not preserve vertices.

Merge pull request #7927 from Rombur/cuda_fix

Cuda: small fixes

Merge pull request #7923 from bangerth/61

Enclose everything in step-61 into its own namespace.

Merge pull request #7925 from masterleinad/avoid_fpe

Fix symengine_number_type_01 in Release mode

Add missing instantiations

Remove unused variables

Fix symengine_number_type_01 in Release mode

Merge pull request #7924 from bangerth/61-2

Update requirements for step-61.

Update requirements for step-61.

Enclose everything in step-61 into its own namespace.

Merge pull request #7917 from masterleinad/avoid_fpe

Avoid floating point exception in symengine_number_type_01

Merge pull request #7919 from drwells/add-missing-ingroup-functions

Add missing '@ingroup functions' annotations.

Add missing '@ingroup functions' annotations.

Merge pull request #7876 from jppelteret/sd-expression-math

SD: Logical operators + math operations for expression class

Avoid floating point exception in symengine_number_type_01

Merge pull request #7916 from tjhei/tidy_debug_only

clang-tidy: only debug mode

Enlarge BoundingBox

clang-tidy: only debug mode

I don't think it makes sense to also compile in release mode for the
tidy checks. This change should speed up the CI tester as well.

Merge pull request #7901 from masterleinad/smart_pointer_std_string

Use std::string in SmartPointer and Subscriptor interface

Make sure rtree works with mappings that do not preserve vertices.

Merge pull request #7910 from masterleinad/replace_std_make_unique

Replace std::make_unique by std_cxx14::make_unique

Use references and clean up a bit

Replace empty string comparison

Use std::string in SmartPointer and Subscriptor interface

Replace std::make_unique by std_cxx14::make_unique

Merge pull request #7806 from luca-heltai/scratch_and_copy

"Reasonable" ScratchData and CopyData

defgroup -> name

Comments.

Merge pull request #7906 from rezarastak/filtered_iterator_doc_fix

Fixed documentation error in filtered_iterator.h

Fixed documentation error in filtered_iterator.h

ChangeLog

ScratchData + Sacado FD+RD applied to energies

Merge pull request #7898 from tjhei/ci_quicktests

[CI]: catch failures and run quicktests

ScratchData + Sacado applied to energies

ScratchData with Sacado applied to Residual

Test ScratchData get_values

Test ScratchData for Laplacian (SIPDG)

Test ScratchData for Laplacian (conforming)

Test ScratchData on simple volume computation

ScratchData

CopyData

Merge pull request #7880 from jppelteret/general_data_storage

Add a class to perform GeneralDataStorage

CI: catch failures

[CI]: run quicktests

also execute the quicktests as part of CI

Add overload for default constructors

Merge pull request #7897 from tjhei/fix_mpi_quicktests

MPI quicktests failing

Merge pull request #7896 from masterleinad/update_minimum_symengine_version

Require SymEngine version 0.4

Merge pull request #7900 from kkremitzki/fix-README

Update dead LICENSE link in README

Update dead LICENSE link in README

Fix ambiguous function call

mpi quicktests fail

mpirun completes about not finding the executable. This reverts part of

Require SymEngine version 0.4

Try to reproduce GCC tester error with ambiguous constructor

Add test for symbolic math functions

Add functions to perform symbolic math operations using SD::Expression

Add alternative test output

Fixed documentation.

Merge pull request #7894 from drwells/unused-var-hdf5

Silence an unused variable warning.

Silence an unused variable warning.

Merge pull request #7844 from jppelteret/sd-expression

SD: Types, traits, and expression class

Merge pull request #7889 from tjhei/hdf_no_mpi

fix hdf5 in serial

Merge pull request #7893 from bangerth/spell

Fix a misspelled word.

Fix a misspelled word.

Merge pull request #7746 from bangerth/61

More edits in the introduction of step-61.

Edit the introduction of step-61.

Fix a typo in a changelog entry

Add a class to perform GeneralDataStorage

Merge pull request #7890 from masterleinad/fix_space

Fix space in error message

Fix space in error message

fix hdf in serial

- fix compilation
- fix warnings about unused variables
- move some variables around (smaller scope)

Merge pull request #7886 from masterleinad/scalapck_werror

Test SCALAPACK with -Werror