Merge pull request #6021 from tjhei/cuda_documentation_fixes

CUDA: doxygen fixes

CUDA: doxygen fixes

- disable DEAL_II_ALWAYS_INLINE and __device__ in doxygen documentation
- avoid @ingroup for member functions because they will be moved not
copied to the group

Merge pull request #6012 from tjhei/cuda_warnings

CUDA: fix cmake 3.10 and remove warning

Merge pull request #6005 from jppelteret/fix_vector_from_trilinos_vector

Fix Vector::operator=(TrilinosWrappers::MPI::Vector)

Merge pull request #6013 from tjhei/lapack_warnings

remove LAPACK warning about uninitialized info variable

remove LAPACK warning about uninitialized info variable

CUDA: fix cmake 3.10 and remove warning

Merge pull request #6009 from bangerth/doc-update-13

Better document one place.

Merge pull request #6008 from bangerth/cleanup-2

Better document a piece of code.

Merge pull request #6007 from bangerth/cleanup

Simplify code.

Merge pull request #6011 from tamiko/add-gitignore

Add a .gitignore file

Add a .gitignore file

Let's ignore the "code-gallery" directory and all directories starting
with "build*".

Better document one place.

Better document a piece of code.

Simplify code.

The existing code seemed to suggest that something different had to happen if n_levels()>0.
But it was really that there was nothing to do if the triangulation is empty. Reflect this
in both the code and a comment.

Merge pull request #6006 from tjhei/cuda_doc

create CUDA doxygen module

cuda doxygen

Fix Vector::operator=(TrilinosWrappers::MPI::Vector)

Data was being copied to the local vector directly from the distributed
vector (as opposed to its localised equivalent). This lead to only a
partial copy of data, and all of the data was offset incorrectly in the
returned vector (giving each process a different view of the localised
vector).

Merge pull request #6004 from masterleinad/avoid_warnings_spherical

Avoid compiler warnings for Function::Spherical

Merge pull request #5995 from bangerth/doc-update

Expand on the discussion in the introduction to step-14.

Avoid compiler warnings for Function::Spherical

Merge pull request #5732 from Jie-Cheng/petsc_mmult_follow_up

Follow-up of #5655: add mmult and Tmmult to petsc sparse matrix and petsc parallel sparse matrix

Follow-up of #5655: add PETScWrappers::SparseMatrix::mmult and PETScWrappers::MPI::SparseMatrix::mmult

Merge pull request #6000 from masterleinad/changelog_5997

Changelog entry for #5997

Changelog entry for #5997

Merge pull request #5997 from masterleinad/fix_distort_random

Fix up GridTools::distort_random for p::s::Triangulation

Merge pull request #5957 from masterleinad/move_support_qgausslobatto

Fix undefined functions in template instantiations

Merge pull request #5996 from masterleinad/fix_scalapack_hdf5

Guard HDF5 specific ScaLAPACK implementation

Fix up GridTools::distort_random for p::s::Triangulation

Expand on the discussion in the introduction to step-14.

Guard HDF5 specific ScaLAPACK implementation

Merge pull request #5941 from BenBrands/save_state_property

save/load state and property of ScaLAPACKMatrix

Merge pull request #5988 from bangerth/update-step-12

Merge the two places where we compute beta in step-12 into one function.

Merge pull request #5991 from tjhei/detailed-log-vectorization

cmake: print vectorization level in detailed.log

cmake: print vectorization level in detailed.log

Merge the two places where we compute beta in step-12 into one function.

Merge pull request #5987 from drwells/fix-qcollection-doc

Fix a wrong link in the documentation.

Fix a wrong link in the documentation.

Merge pull request #5983 from bangerth/update-step-12

Update some code in step-12.

Merge pull request #5980 from masterleinad/fix_without_zlib

Provide output file for DEAL_II_WITH_ZLIB=OFF

Merge pull request #5984 from bangerth/update-step-12-2

Simplify the creation of filenames in step-12.

Simplify the creation of filenames in step-12.

Update some code in step-12.

Specifically:
* Write the bilinear form with direction (-beta) obtained through integration
  by parts, rather than using beta and then doing -= on the matrix.
* Use the names for FE*Values objects that we use everywhere else.
* Some other minor cleanups.

Merge pull request #5975 from davydden/1d_tria

make p::d::Tria<1> similar to dim>1

add a test to make sure we can build p::d::Tria<1>

Provide output file for DEAL_II_WITH_ZLIB=OFF

add dummy p::d::Tria<1>::load() and save()

make constructor of p::d::Tria<1> consistent to that of dim>1

Merge pull request #5974 from davydden/1d_spherical

instantiate Function::Spherical and auxiliary conversion functions fo…

Merge pull request #5977 from davydden/1d_grid_ref_sol_trans

instantiate p::d::GridRefinement and p::d::SolutionTransfer for dim==1

Merge pull request #5976 from davydden/1d_kelly

make KellyErrorEstimator<1> consistent with KellyErrorEstimator<2|3>

Merge pull request #5973 from BenBrands/scalapack_10_b

make test scalapack_10_b shorter

instantiate p::d::GridRefinement and p::d::SolutionTransfer for dim==1

make KellyErrorEstimator<1> consistent with KellyErrorEstimator<2|3>

instantiate Function::Spherical and auxiliary conversion functions for dim=1,2

make test scalapack_10_b shorter

Merge pull request #5927 from Rombur/cuda_sparse_matrix

Cuda sparse matrix

Add forgotten macro guard

Add changelog entry

Add test for CUDAWrappers::SparseMatrix

Add wrappers for cuSPARSE csr sparse matrix

Merge pull request #5969 from masterleinad/replace_doxygen_related

Replace @related by @relatesalso

Replace @related by @relatesalso

Merge pull request #5968 from masterleinad/replace_doxygen_relates

Replace @relates by @relatesalso

Merge pull request #5966 from tjhei/more_emplace_back

fix more findings of modernize-use-emplace

Replace @relates by @relatesalso

Merge pull request #5967 from bangerth/doc-update

Minor edits to the documentation of AnisotropicPolynomials.

Merge pull request #5964 from tjhei/fix_test_chart_man_10

fix initializer in tests/manifold/chart_manifold_10

Merge pull request #5963 from davydden/bugfix/sundials_complex_petsc

fix compilation of kinsol wrappers with complex PETSc

Merge pull request #5965 from masterleinad/doxygen_sum_tensor

Fix mentioning of sum variant for Tensor

Minor edits to the documentation of AnisotropicPolynomials.

fix more findings of modernize-use-emplace

Fix mentioning of sum variant for Tensor

fix initializer in tests/manifold/chart_manifold_10

fix compilation of kinsol wrappers with complex PETSc

Merge pull request #5961 from drwells/remove-unused-typedef

Remove unused typedef

Remove an unused typedef.

Merge pull request #5937 from davydden/feature/extend_blockvec_mmult

add more parameters to LA::distributed::BlockVector::mmult()

Merge pull request #5960 from drwells/fix-fullmatrix-size-type

Use the correct size type for a column number.

Use the correct size type for a column number.

Move computation of QGaussLobattoChebyshev support points into helper namespace

Move computation of QGaussRadauChebyshev support points into helper namespace

Move computation of QGaussChebyshev support points into helper namespace

Move computation of QGaussLobatto support points into helper namespace

Provide general template function definitions in GeometryInfo

Merge pull request #5955 from bangerth/doc-update-2

Update a couple comments about linear solvers.

Update a couple comments about linear solvers.

Merge pull request #5919 from drwells/deprecate-fixed-int-power

Deprecate `fixed_int_power`

Merge pull request #5954 from bangerth/doc-update

Update a comment on ComponentMask.

Update a comment on ComponentMask.

Mark some more things as constexpr.

Deprecate fixed_int_power.

We can use constexpr functions instead of recursive templates.

Merge pull request #5949 from bangerth/simplify

Simplify some code.

Simplify some code.

Let's not show bad practices. And let's not use bad examples as an excuse
to introduce an Assert. step-5 already does this before.

Merge pull request #5905 from bangerth/further-experiments

Use std::uint8_t as the underlying data type for CellId.

Merge pull request #5953 from drwells/remove-svn-id-tags

Remove some more SVN ID tags.

Remove some more SVN ID tags.

Merge pull request #5921 from davydden/scalapack_split_test

scalapack: split _06 test into four

add more parameters to LA::distributed::BlockVector::mmult()

change meaning of arguments in BlockVector::mmult()

Merge pull request #5948 from bangerth/inline

Inline a message text instead of going through contortions.