Fix numerous doxygen markup problems.

Doxygen got bent all out of shape in various places because formulas were opened
but not closed, and a number of other markup problems as well.

Merge pull request #37 from bangerth/add-patch-generators

Infrastructure functions for local problems on patches

The functions DoFTools::count_dofs_on_patch() and
DoFTools::map_global_dofs_to_patch_indices() help set up
linear systems on patches.
This is joint work with Arezou Ghesmati.

Add more functions that deal with the infrastructure for solving local problems on patches around cells.

The functions DoFTools::count_dofs_on_patch() and DoFTools::map_global_dofs_to_patch_indices() help set up linear systems on patches. This is joint work with Arezou Ghesmati.

Merge pull request #35 from bangerth/doc-fixes-3

Improve the documentation of VectorTools::create_point_source_vector().

Merge pull request #33 from bangerth/doc-fixes

Improve the wording of an exception.

Merge pull request #36 from bangerth/doc-fixes-4

Update documentation a bit.

Update documentation a bit.

Reading through the documentation of some of the functions in DoFTools, there are a number of functions for which I can't quite figure out what exactly they do. This updates a couple of places, but more work remains. In particular, I have no idea from the description of what DoFTools::make_single_patch() does.

Improve the documentation of VectorTools::create_point_source_vector().

The previous version of the documentation was not exactly clear as to what the 'orientation' argument actually referred to.

Merge pull request #34 from bangerth/doc-fixes-2

Update the documentation of VectorTools::project_boundary_values() to make it clearer.

Update the documentation of VectorTools::project_boundary_values().

This had apparently confused a user on the mailing list earlier today, so structure the
documentation better.

Improve the wording of an exception.

I ran into this exception and couldn't figure out what's wrong without looking at the source code.

Merge pull request #32 from bangerth/doc-fixes

Improve documentation of the mapping cartesian class.

Merge pull request #31 from bangerth/improve-error-message

Wolfgang.
This is in response to an email on the mailing list that showed an error message that wasn't particularly helpful.
Improve error message.

Improve documentation.

Improve error message.

This is in response to an email on the mailing list that showed an error message that wasn't particularly helpful.

Merge pull request #30 from bangerth/move-reports-master

Wolfgang. This file (lost in the conversion from svn to git) was moved to http://www.dealii.org/reports.html since the actual reports are already there. This patch redirects the links there as well.

Fix links to doc/reports/index.html.

Fix links to doc/reports/index.html.

This file (lost in the conversion from svn to git) was moved to http://www.dealii.org/reports.html since the actual reports are already there. This patch redirects the links there as well.

Merge pull request #29 from dealii/fix-testsuite-omission

Wolfgang.
This file was apparently forgotten during the manifold branch merge. Update it to the correct output.

Update a test output file.

This file was apparently forgotten during the manifold branch merge. Update it to the correct output.

Merge pull request #28 from tamiko/fix_installation

Fix installation.

Fix installation.

Well, it seems we forgot to update doc/CMakeLists.txt to install the new
README.md file...

Merge pull request #20 from luca-heltai/pr_switch_to_markdown

Switched README to md format.

Changed the README in such a way that a markdown syntax parser
recognizes code blocks, links and title. Moved it to README.md

Switched README to md format.

Implemented Matthias' suggestions.

Merge pull request #26 from tamiko/fix_includes_in_steps

Matthias: This commit fixes up a regression introduced with commit
06a70ba
that removed unnecessary includes of base/multithread_info.h. Both steps
need them for multithread_info.n_threads()

Add missing includes to step-17 and step-18

This commit fixes up a regression introduced with commit
  06a70bad3cbbcbb6abc51e12f29e3b5dfffb928a
that removed unnecessary includes of base/multithread_info.h. Both steps
need them for multithread_info.n_threads()

Merge pull request #25 from bangerth/doc-fixes-vector

Restructure documentation.

Put all member functions into one of the doxygen sections. Split
sections so that they make more sense.

Merge pull request #24 from bangerth/doc-fixes

Fix doxygen formatting.

Some of the member functions in smartpointer.h did not have documentation
according to a format that doxygen would pick up.

Merge pull request #23 from bangerth/fix-changelogs

Remove a file forgotten when converting the changelogs.

This file should have been removed in yesterday's conversion of the
changelogs from html to doxygen format, but I forgot to delete it. This PR
fixes the oversight.

Restructure documentation.

Put all member functions into one of the doxygen sections. Split
sections so that they make more sense.

Fix doxygen formatting.

Some of the member functions in smartpointer.h did not have documentation according to a format that doxygen would pick up.

Remove a file forgotten when converting the changelogs.

Merge pull request #21 from bangerth/convert-changelogs

Integrate old changelog files into doxygen

Convert old changelog files from straight up .html to .h files that
will be parsed by doxygen. This will make all changelog files behave
the same way.

Convert old changelog files from straight up .html to .h files that will be parsed by doxygen.

This will make all changelog files behave the same way.

Merge pull request #15 from bangerth/doc-fixes-2

Introduce the concept of containers-of-cells and link to it in various places.

Merge pull request #13 from bangerth/doc-fixes

The previous version of the documentation basically stated why the function exists, not what it does. This is the focus of the new version. I also indented the arguments of this function and the (related) following one.

Merge pull request #17 from bangerth/fix_p4est_configuration

Fix p4est configuration

Add some description of when the last two IFs can happen in version
number recognition.

Introduce the concept of containers-of-cells and link to it in various places.

CMake: robust version extraction for P4Est

Make the version extraction in P4Est more robust: We should not rely on
the version string to define SUBMINOR and PATCH - this doesn't have to
be the case. So, always set P4EST_VERSION_SUBMINOR and
P4EST_VERSION_PATCH to "0" in FindP4EST.cmake if no valid number could
be extracted.

Rewrite the documentation of DoFTools::compute_intergrid_constraints().

The previous version of the documentation basically stated why the function exists, not what it does. This is the focus of the new version. I also indented the arguments of this function and the (related) following one.

Merge pull request #9 from bangerth/doc-fixes

Update documentation in include/deal.II/dofs/dof_tools.h

- Rename a documentation section to be more descriptive.
- Reshuffle some more functions and group them into appropriate categories. Not all functions are in categories yet, though, see http://www.dealii.org/developer/doxygen/deal.II/namespaceDoFTools.html

Merge pull request #10 from tjhei/p4est_update

[minor] compatibility fixes for p4est 1.0

Merge pull request #11 from tjhei/p4est_script

[minor] p4est-setup.sh can now also build from source directory

p4est-setup.sh can now also build from source directory

compatibility fixes for p4est 1.0

The deprecated type p4est_connect_type_t got removed in p4est >=1.0. Use
connect_type_t instead.

Update documentation of this file.

- Rename a documentation section to be more descriptive.
- Reshuffle some more functions and group them into appropriate categories. Not all functions are in categories yet, though, see http://www.dealii.org/developer/doxygen/deal.II/namespaceDoFTools.html

Merge pull request #8 from bangerth/add-patch-generators

Add GridTools::get_patch_around_cell().

Implement a function GridTools::get_patch_around_cell() extracts the
set of cells that surround a single cell. This is joint work with
Arezou Ghesmati.

Add some documentation.

Provide attribution.

Joint work with Arezou Ghesmati: Add GridTools::get_patch_around_cell().

Fix style issue.

Merge pull request #6 from bangerth/remove-multithread_info.h-includes

Remove #includes of multithread_info.h in files that don't need it.

Merge pull request #5 from bangerth/doc-fixes

Augment documentation.

The documentation of MultithreadInfo was unintelligible. It was also
incomplete in some places.

Remove #includes of multithread_info.h in files that don't need it.

Augment documentation.

The documentation of MultithreadInfo was unintelligible. It was also
incomplete in some places.

Merge pull request #4 from tamiko/fix_mesh_converter_tests

Testsuite: Fix path in mesh_converter tests

Merge pull request #3 from tamiko/fix_svn_keywords

Cleanup populated svn keywords

Testsuite: Fix path in mesh_converter tests

There was a forgotten path that still pointed to
./cmake/scripts/normalize.pl in the mesh_converter tests. Fix this.

Cleanup populated svn keywords

It seems that we had a lot of leftovers of accidentally populated $ID
svn keywords.

Merge pull request #2 from bangerth/replay-svn-revisions-33204-to-33205

Fix references to publications.html.

These revisions were apparently lost in the svn to git conversion because
the svn repo was still live when the conversion was already happening...

Replay svn revisions 33204 and 33205.

These revisions were apparently lost in the svn-to-git conversion.

Merge pull request #1 from bangerth/fix-publications.html-references

Fix references to publications.html.

References should now go to the entire window, not the 'body' frame.

Fix references to publications.html.

References should now go to the entire window, not the 'body' frame.

Merge branch 'port_to_new_layout'

Coming from SVN times with the ability to checkout only subdirectories we
had a split into to distinct subdirectories:

  deal.II/  -  containing sources
  tests/    -  with the testsuite

Given the fact that with git a checkout of a subdirectory is no longer
possible we decided to remove this split. Therefore, the contents of
deal.II/* is moved to the repository root:

  deal.II/*  ->  ./

Testsuite: Cleanup testsuite configure and driver

This commit removes the artificial split of testsuite scripts from the
actual testsuite (that was necessary to support minimalistic buildtests
without ./tests subdirectory).

Testsuite: Port to new repository layout

Update run_testsuite.cmake and all places in the build system to the new
file system layout. Remove TESTS_DIR and hardwire ${CMAKE_SOURCE_DIR}/tests

Rearrange repository layout

Coming from SVN times with the ability to checkout only subdirectories we
had a split into to distinct subdirectories:

  deal.II/  -  containing sources
  tests/    -  with the testsuite

Given the fact that with git a checkout of a subdirectory is no longer
possible we decided to remove this split. Therefore, the contents of
deal.II/* is moved to the repository root:

  deal.II/*  ->  ./

Merge branch 'port_testsuite_to_git'

Testsuite: Port to git

Update run_testsuite.cmake to commit git specific branch, commit, and
author information instead of svn branch and revision number.

Testsuite: Port to git

Update run_testsuite.cmake to commit git specific branch, commit, and
author information instead of svn branch and revision number.

Switch to git

... dedicated to the memory of CVS and SVN.

In string_to_int, strip spaces at the front and back as we used to do.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33203 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Detect errors in Utilities::string_to_int.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33202 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Detect errors in Utilities::string_to_int.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33201 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Do not export -Wl,--as-needed to the user config

This commit tries to address issue 235 by removing -Wl,--as-needed from
DEAL_II_LINKER_FLAGS prior to configuration of deal.II's project
config so that -Wl,--as-needed doesn't show up any more on user side.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33200 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove another unused function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33199 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove functions that are not needed (and didn't do anything on top of that).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33198 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added template to function, and made GridOut::write work also in codimension one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33197 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Compute unit face support points of FE_TraceQ

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33194 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

some tests had rather large output. oops.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33192 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix last commit

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33191 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

testsuite: also log the two filenames in diff in one line for scripting reasons

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33190 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

adjust test output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33189 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed another call to KSPSetOperators

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33188 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Bugfix: Generate options for test subprojects as a list

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33187 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: The obligatory bugfix...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33186 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Port to version 3.0.0, part 3.

Quick fix for new lexer rules (tm)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33185 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Port to version 3.0.0, part 2.

This commit removes the testsuite subproject regeneration callback and
cleans up the relevant code

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33184 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a forgotten entry.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33182 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update it a bit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33181 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve documentation of step-52.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33180 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Address issue #228 (https://code.google.com/p/dealii/issues/detail?id=228): Teach GridReordering::reorder_cells() to use the vertex numbering that we have used every since deal.II 5.2. Remove the code for this from grid_generator.cc and instead call reorder_cells() from there with the flag set.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33179 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Copy Luca's example from tests/manifold/manifold_06.cc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33178 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not write copies of the output to /tmp.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33177 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent files according to our usual style.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33176 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Tests for the previous commit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33175 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also provide GridOut::write_vtu().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33174 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Tests for the previous commit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33173 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide a function GridOut::write_vtk().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33172 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify a piece of documentation that was pretty much unintelligible before.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33171 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The GridOut::Svg class does not implement functions to declare and parse parameters. Remove the declarations (currently commented out anyway) to avoid confusion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33170 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d