Merge pull request #9401 from drwells/fix-channel-doc

Make channel limits consistent.

Merge pull request #9398 from simonsticko/fix_make_flux_sparsity_pattern_1D

Fix 1D-bug in one version of make_flux_sparsity_pattern

Merge pull request #9400 from drwells/use-std-to-string

Utilities::to_string -> std::to_string

Merge pull request #9404 from tjhei/ci_cxx11

CI: disable cxx14 for the serial linux build

Utilities::to_string -> std::to_string

None of these use the second arguments for padding so we might as well
use the standard library function.

CI: disable cxx14 for the serial linux build

Merge pull request #9403 from tjhei/readme_osx_github_actions

add github actions OSX to readme

Check the value of the communication channel.

The block vector class assumes it can use 100-199, where 200 is the
limit set by the Partitioner class.

Merge pull request #9399 from masterleinad/fix_compiling_c++11

Fix compiling for C++11

add github actions OSX to readme

Fix compiling for C++11

Merge pull request #9397 from masterleinad/test_indentation_macos

Test indentation script on Mac OSX

Fix 1D bug in one version of make_flux_sparsity_pattern.

When a neighbor has children, the function loops over each face and the
children of each face_iterator. But in 1D the number of children of a
face is always zero. The result is that flux-couplings are missed in
the 1D case when not all cells are on the same level.

Fix this by avoiding to iterate over the children of the face in 1D.
This is the same solutions that is already used in line 597 of
source/dofs/dof_tools_sparsity.cc.

Instantiate hp version of make_flux_sparsity_pattern in 1D.

The version of make_flux_sparsity_pattern that takes cell and face
couplings is not instantiated for hp::DoFHandler in 1D. Trying to
compile code using it leads to a linking error. Instantiate the
function.

Add test of make_flux_sparsity_pattern in 1D.

For the version of make_flux_sparsity_pattern that takes face and cell
couplings, add a 1D test that fails for both types of DoFHandler. For
dealii::DoFHandler it fails because there is a bug in 1D and for the hp
case it fails because make_flux_sparsity_pattern isn't instantiated in
the 1D case.

Test indentation script on Mac OSX

Merge pull request #9075 from luca-heltai/get-set-particle-positions

Get set particle positions

Merge pull request #9389 from peterrum/indexowner_division

Add assert to prevent floating point exception

Addressed last comments.

Updated documentation.

Apply suggestions from code review

Co-Authored-By: Wolfgang Bangerth <bangerth@colostate.edu>

Get and set particle positions.

Merge pull request #9371 from luca-heltai/compress-decompress

New compress/decompress using gzip.

Merge pull request #9394 from krishnakumarg1984/step7_fix_tautology

fixes a tautology/word repetition in step-7 that was distracting

fixes a tautology/word repetition in step-7 that was distracting

Merge pull request #9364 from peterrum/consensus_algo_rename_methods

Rename methods in ConsensusAlgorithmProcess

Add assert to prevent floating point exception

Merge pull request #9380 from bangerth/has_children

Replace !has_children() by is_active().

Merge pull request #9007 from peterrum/pft_copytria

Add copy_triangulation to parallel::fullydistributed::Triangulation

Merge pull request #9385 from masterleinad/fix_data_out_active_iterator_tests

Fix tests using DataOut::active_cell_iterator

Merge pull request #9373 from tjhei/tutorial_dependencies

remove unnecessary tutorial DAG edges

Add copy_triangulation to parallel::fullydistributed::Triangulation

Fix tests using DataOut::active_cell_iterator

Replace !has_children() by is_active().

Fix compilation when zlib is not available.

Merge pull request #9372 from masterleinad/fix_trailing_whitspace_script

Fix removing trailing whitespaces

Merge pull request #9381 from bangerth/graph-2

Fix the fill color for the tutorial graph legend.

Fix the fill color for the tutorial graph legend.

Merge pull request #9382 from bangerth/graph-3

Don't print lines connecting different parts of the legend.

Merge pull request #9366 from krishnakumarg1984/step10_header_expl

In step-10, fixes explanation surrounding new header inclusion. fixes…

Don't print lines connecting different parts of the legend.

In step-10, fixes explanation surrounding new header inclusion. fixes 9356

Merge pull request #9375 from krishnakumarg1984/cleanup_dag

Remove some redundant edges from tutorial DAG

Remove some redundant edges from tutorial DAG

Merge pull request #9330 from krishnakumarg1984/glossary_fix_coarsemesh

In glossary for coarse_mesh, use monospace font for refine_global call since doxygen wasn't already hyperlinking it anyway

Merge pull request #9370 from bangerth/graph

More work on the tutorial graph

remove unnecessary tutorial DAG edges

Fix removing trailing whitespaces

Merge pull request #9365 from krishnakumarg1984/step10_fix_dependency

step-10 builds on step-7. see #9358

New compress/decompress using gzip.

Change the color of time dep. tutorials to a lighter blue.

Give edges between same-kind tutorials a larger weight.

Merge pull request #9342 from bangerth/graph

Use the same color edges as for nodes in the tutorial graph.

step-10 builds on step-7. see 9358

Merge pull request #9352 from bangerth/is_active

Introduce CellAccessor::is_active().

Merge pull request #9359 from bangerth/tut

Work around a doxygen bug that triggers in step-10.

Merge pull request #9231 from kronbichler/inverse_mass_simplify

Simpler CellwiseInverseMassMatrix::apply() function

Rename methods in ConsensusAlgorithmProcess

Work around a doxygen bug that triggers in step-10.

Merge pull request #9351 from masterleinad/remove_trailing_whitespace

Remove trailing whitespace

Merge pull request #9287 from bangerth/dataout

Replace the Dataout::first_cell/next_cell() mechanism

Change all occurrences of CellAccessor::active() to CellAccessor::is_active().

Add a changelog entry.

Introduce CellAccessor::is_active().

The CellAccessor::active() function did not satisfy the
usual naming scheme of that class in which functions are called
CellAccessor::is_ghost(), CellAccessor::is_locally_owned(), etc. As a
consequence, there is now a new function CellAccessor::is_active(),
with the old function deprecated.

Add script

Remove trailing whitespace

Observe that passing a lambda function to set_cell_selection() also works.

Add a changelog entry.

Add tests.

Replace the first_cell/next_cell mechanism in DataOut.

Replace a text description by a static_assert().

Merge pull request #9096 from tamiko/mg_output

cleanup typedefs in DataOut

Merge pull request #9348 from kronbichler/typo_doc

Fix typo in step-49 doc about gmsh

Fix test

Fix typo in step-49 doc about gmsh

Merge pull request #9335 from bangerth/49

Simplify description in step-49.

Merge pull request #9249 from masterleinad/replace_more_threads_mutex

Replace Threads::mutex by std::mutex

Merge pull request #9344 from bangerth/6

Talk about mesh quality in step-6.

Merge pull request #9345 from bangerth/49-2

Clarify comments about distort_random() in step-49.

Merge pull request #9346 from peterrum/exception_fix_type

Fix input argument type of ExcFileNotOpen()

Fix input arguemnt type of ExcFileNotOpen()

Clarify comments about distort_random() in step-49.

Talk about mesh quality in step-6.

Merge pull request #9327 from bangerth/gmsh

Better document gmsh's features.

Simplify description in step-49.

Better document gmsh's features.

Merge pull request #9288 from krishnakumarg1984/krishna_constraints_doc_fix

Update constraints documentation module to reflect recent updates to step-6

Merge pull request #9337 from masterleinad/fix_some_coverity

Fix some coverity complains

Merge pull request #9328 from bangerth/write-svg

Fix the instantiations of GridOut::write_svg().

Merge pull request #9340 from krishnakumarg1984/step49_fixes

Lots of documentation fixes to Step-49 tutorial

Use the same color edges as for nodes in the tutorial graph.

Lots of documentation fixes to Step-49 tutorial

aims to wrap create_coarse_grid function in monospace font

fixes a minor typo

trying to fix the monospace font of step-49.cc file

in step 49, simplify the boundary_count loop by directly using active_face_iterators

In step-49, updates the transform code to directly correspond 1:1 with the given math formula

semantic font use for code in step-49 results/extension

Fixes a documentation error. Move extract_boundary_mesh from GridTools to GridGenerator namespace in step-49

semantic font use for code in step-49 results/extension

Merge pull request #9272 from bangerth/deprecate

Make DoFTools::count_dofs_per_{component,block} return its data.

In glossary for coarse_mesh, use semantic (code) font for refine_global call since doxygen wasn't already hyperlinking it anyway

Merge pull request #9300 from krishnakumarg1984/krishna_fix_step6_results

In step 6 results doc, move the header file inclusion sentence to reflect that we need it for Sparse_ILU and not Jacobi preconditioner

Merge pull request #9333 from bangerth/pre

Use @pre instead of @note in a number of places.

Fix some coverity complains

Merge pull request #9332 from bangerth/changelog

Add a changelog for step-71.

Merge pull request #9331 from krishnakumarg1984/fix_gmsh_url

Fix url to the gmsh website

Use @pre instead of @note in a number of places.