Merge pull request #1812 from tjhei/fix_bdm_tests2

add missing changes to fix bdm tests

add missing changes to fix bdm tests

the PR #1778 written to fix tests/fe/bdm_[89], also see #1770, did not
include the necessary changes to the .cc files.

Merge pull request #1810 from davydden/sharedtria_fix_no_mpi

fix shared::Tria for no-MPI case

fix shared::Tria for no-MPI case

Merge pull request #1806 from QiaoLei-88/fixBraceMismatch

fix one brace mismatch in documentation

fix one brace mismatch in documentation

Merge pull request #1802 from tamiko/cmake_cleanup

CMake: Remove obsolete guard in configure_1_lapack.cmake

CMake: Refactor include to appropriate file

CMake: Remove obsolete guard in configure_1_lapack.cmake

Merge pull request #1799 from guidokanschat/cmake_c_compiler

Put the C compiler into the config file and automatic deal.II setup

Merge pull request #1674 from davydden/shared_tria_artificial

Shared tria artificial

Merge pull request #1801 from alistairbntl/BDM_grad_grad

Implemented BDM_grad_grad in 3D

extend parallel::shared::Triangulation to allow artifical cells

Implemented BDM_grad_grad in 3D

  * Added second derivative terms to polynomials_bdm class in 3D
  * Added tests and output to verify 2nd derivatives are returning
    proper values
  * I carefully checked the output file to confirm the correct output
    is being produced

Put the C compiler into the config file and automatic deal.II setup

Merge pull request #1796 from kronbichler/master

Simplify code in MGTransferPrebuilt

Silence compile error

Make compile without MPI

Merge pull request #1797 from asartori86/typo_step_20

fixed typo intro step 20

fixed typo intro step 20

Simplify code in MGTransferPrebuilt

Merge pull request #1768 from tjhei/parmg

[WIP] working parallel geometric multigrid

Merge pull request #1784 from jppelteret/fix_steps_broken_by_1673

Fix steps broken by PR 1673

Merge pull request #1795 from tamiko/try_to_make_appvyr_happy

Bugfix: Add a missing space in a build test target

Bugfix: Add a missing space in a build test target

Merge pull request #1794 from tamiko/fix_typo

Documentation: Fix a typo in porting.html

Documentation: Fix a typo in porting.html

Merge pull request #1793 from tamiko/compile_with_flags

Bugfix: Also compile the expand_instantiations macro with our build flags

Bugfix: Also compile the expand_instantiations macro with our build flags

It turns out that the Windows platform needs this.

Closes #1792

Fixes in relation to #1673.

Changed size_type in PreconditionChebyshev. Added static_asserts that
compare matrix and vector types in precondtioners. Updated
linear_operator_08 test to account for inability to wrap
IterativeInverse in a linear_operator.

Merge pull request #1791 from bangerth/possibly-fix-msvc-problem

Qualify nested types with 'typename'.

Qualify nested types with 'typename'.

Merge pull request #1787 from tamiko/partially_revert_pr_1673

Partially revert pull request 1673

Partially revert pull request 1673

This reverts all changes to iterative_inverse.h and pointer_matrix.h
introduced by pull request #1673.

Merge remote-tracking branch 'upstream/master' into parmg

Conflicts:
doc/news/changes.h

changelog

Merge pull request #1789 from tjhei/remove_typenames

remove typename outside template

Merge pull request #1743 from QiaoLei-88/triaSignalOnCell

Tria signal on cell

remove typename outside template

This fixes building on msvc

Merge pull request #1781 from bangerth/rename_fast_to_skip_initialization

Rename the 'fast' parameter to 'skip_initialization'.

Merge pull request #1779 from bangerth/hook-in-code-gallery

Hook in code gallery

Rename the 'fast' parameter to 'omit_zeroing_entries'.

This is a more accurate representation of what the parameter achieves,
and should be easier to understand. The fact that this mode is also
'fast' is sort of a side effect of the semantics the parameter
really carries.

In the Table class, use omit_default_initialization.

Rework the way we pick up the code gallery: instead of checking it out
via git, just find it at a magical location.

Adjust the program that builds the tutorial graph to also process the code gallery.

Check out and process the code-gallery.

Bracket document configuration with empty lines, now that we do some
serious work there.

Minor cleanup.

Push down evaluating GLOBS to the file where it is actually needed.

Merge pull request #1785 from tamiko/fix_tests

Update scripts/normalize.pl to new version numbering

Update scripts/normalize.pl to new version numbering

Merge pull request #1767 from alistairbntl/BDM_Edit

Correction to BDM degree method

Correction to BDM degree method

* The documentation says this function should return one less than
    the highest polynomial degree. This is consistent with the
    notation used in the literature on BDM polynomials and is what I
    would expect the function to return.
* However, the function actually returns the degree of the highest
    polynomial degree because it calls PolynomialSpace.degree() (note:
    in this context, PolynomialSpace is the complete polynomial space
    of degree k, next then we add elements from k+1 to complete the
    BDM space) which specifically states it does not return the
    Maxmial degree of the polynomial, but the number of polynomials
    given to the constructor.
* If I understand correctly, since the number of polynomials given
    to the constructor includes constants, this returns degree+1.
* To correct this, one needs to be subtracted from the degree of the
    polynomial_space.
* A typo in the 3D bdm_grad functions has also been corrected
* Made a correction in the compute method to reflect the change in the
    degree method.
* Corrected out in the test polynomials_bdm_01.output file
* Edited some names in the test bdm_1.cc

Merge pull request #1763 from agrayver/fix_intergrid

Fix compute_intergrid_weights_3

Merge pull request #1782 from bangerth/fix-warnings

Fix two recently introduced warnings about unused variables.

Fix two recently introduced warnings about unused variables.

Merge pull request #1780 from tamiko/renaming

Rename private variables; fix changes.h entry

Rename private variables; fix changes.h entry

This commit renames some private variables intrdocued in pull request #1673
to fit our naming rules.

Further, fix some issues with the doxygen documentation.

Merge pull request #1776 from nicola-giuliani/FEDGQArbitrarynodesnames

added codim one in get name for FE_DGQArbitrarynodes

Merge pull request #1778 from tjhei/fix_bdm_tests

fix bdm tests

fix bdm tests

- turns out we need one more iteration in the CG solve
- fix test output (this never worked before?!)
- speed up by skipping highest degree in debug mode
- small difference in release/debug output (dropping small entries), so
adding alternative .output file

Merge pull request #1667 from bangerth/update-a-cmakelists.txt-file

Minor updates. Ensure proper dependencies.

Merge branch 'pull_1673'

Manually rebase and merge pull request #1673

Closes #1673

Ammended native deal.II preconditioners and solvers for use in LinearOperators.

Improved: Native deal.II preconditioners can now be directly wrapped as
LinearOperators. This allows them to be used in the construction of more complex
linear solvers, such as where the approximate inverse to a matrix is to be
defined as a preconditioner to said matrix.

New: Added a LinearOperator test for deal.II SparseMatrix solvers and
preconditioners.

Added a test to check that the various combinations of deal.II solvers and
preconditioners (for the SparseMatrix type) work with the linear_operator and
inverse_operator functions. By 'work' one means that they both compile and also
produce a sensible answer.

Note that the preconditioners are expected to act as per usual (i.e. in the
preconditioner slot in inverse_operator) as well as a standard matrix type in
linear_operator. This is necessary as they will be used in this context later
when a schur_matrix_operator and approximate_schur_matrix_operator is developed.

Fixed: Reinitialised (zeroed) range vectors in the construction of an
inverse_operator before the solve calls. This corrects a bug wherein the
starting point of the solver was garbage leading to potential divergence in the
linear solver.

Take communication out of the loop.

always sort copy_indices for multigrid

rename function to extract_locally_relevant_level_dofs

optimize and simplify computing relevant_dofs

simplify logic in extract_locally_relevant_dofs and
extract_locally_relevant_mg_dofs. A benchmark shows that the new
approach is faster.

updated test

added codim one in get name for FE_DGQArbitrarynodes

Merge pull request #1773 from asartori86/manifold_on_boundary

added set_all_manifold_ids_on_boundary(b_id,man_id)

added set_all_manifold_ids_on_boundary(b_id,man_id)

Merge pull request #1774 from tjhei/use_minor_dealii_version

define deal.II version always as X.Y.Z

define deal.II version always as X.Y.Z

Minor updates. Ensure proper dependencies.

add test case mpi/tria_signals_06: self test of tria_signals test driver.

add test case mpi/tria_signals_05: tria_signals_02 -> p4est balance

add test case mpi/tria_signals_04: tria_signals_03 + smoothing flags

add test case mpi/tria_signals_03: tria_signals_02 + random and mixed adaptation.

add test case mpi/tria_signals_02: count cell number via signals

add test case mpi/tria_signals_01

add test case grid/tria_signals_01

make documentation of copy_triangulation more clear

documentation and change log  update

add signal pre_coarsening_on_cell to Triangulation.

add signal post_refinement_on_cell to Triangulation.

Merge pull request #1772 from QiaoLei-88/step33_do_schlieren_plot

correct vector dimension check in step-33.

restructure MGTransferPrebuilt::build_matrices

- split part into separate function
- cleanup

correct vector dimension check in step-33.

smaller updates

cleanup: add comments, longer typedef name

documentation update

update documentation

change function signature

64bit compatiblity

astyle

add deprecation comment

revert changes in step-16

cleanup step-50

astyle

update in/out GMG matrices

- replace logic for in/out matrices for non-meshworker step-16/step-50
- avoid usage of get_refinement_edge_boundary_indices
- test with/without meshworker in step-16-bdry1