Provide the mod_header.pl.in with a copyright header and explanation.

While there, also clean up some idiosyncratic use of CORE::say: we use
print everywhere else in PERL scripts, so do the same here.

Merge pull request #7234 from bangerth/hp-2

Make the order of active_fe_indices stable

Merge pull request #6977 from jppelteret/ad-helpers_03

AD Helpers: Add helper for variational formulations (cell-level)

AD Helpers: Add helper for variational formulations (cell-level)

Merge pull request #7248 from drwells/remove-if-true-and-semicolons

Remove if true and semicolons

Remove 'if (true)' statements.

Remove some unnecessary semicolons.

Merge pull request #7239 from bangerth/parallel

Do some hp DoF index allocation tasks in parallel.

Merge pull request #7247 from dealii/fix_warnings_in_configure_checks

Allow configure checks to be run with more warnings

Merge pull request #7246 from masterleinad/fix_compiling_threads

Fix compiling with THREADS=ON

Merge pull request #7244 from bangerth/deprecate

Deprecate the PosixThreadBarrier class.

Allow configure checks to be run with more warnings

Fix compiling with THREADS=ON

Add a changelog entry.

Deprecate the PosixThreadBarrier class.

Merge pull request #7235 from bangerth/mutex-3

Replace uses of Threads::Mutex::ScopedLock by std::lock_guard.

Merge pull request #7236 from bangerth/mutex-4

Use std::mutex functions instead of the names in Threads::Mutex.

Merge pull request #7242 from masterleinad/fix_python_warning

Fix compiler warning in python-wrappers

Merge pull request #7243 from masterleinad/fix_more_copyrights

Fix more copyrights

Fix more copyrights

Fix compiler warning in python-wrappers

Merge pull request #7241 from bangerth/copyright

Add copyright header on a bunch of files that are currently missing one.

Add copyright header on a bunch of files that are currently missing one.

Updated test results w.r.t. new active_fe_index sorting.

Added new tests on hp DoF unification.

Merge pull request #7238 from bangerth/mutex-6

Deprecate Threads::ConditionVariable.

Add a changelog entry.

Deprecate the Threads::Mutex::acquire/release functions.

Simplify a block.

Do some hp DoF index allocation tasks in parallel.

Add a changelog entry.

Merge pull request #7237 from bangerth/mutex-5

Update documentation of Threads::Mutex.

Deprecate Threads::ConditionVariable.

Update documentation of Threads::Mutex.

Use std::mutex functions instead of the names in Threads::Mutex.

Deprecate the ScopedLock class.

Replace uses of Threads::Mutex::ScopedLock by std::lock_guard.

Sort the active_fe_index values on faces.

Merge pull request #7220 from kronbichler/fix_mf_vector_zero

Fix zeroing of vector in MatrixFree::loop

Merge pull request #7232 from bangerth/mutex-2

Make derivation of Threads::Mutex from std::mutex more obvious.

Merge pull request #7233 from bangerth/hp

Cleanups in some hp::DoFHandler functions.

Merge pull request #7219 from davydden/feature/parameter_handler_skip

add a flag to ParameterHandler to skip undefined fields and subsections

Cleanups in some hp::DoFHandler functions.

Make derivation of Threads::Mutex from std::mutex more obvious.

Merge pull request #7229 from masterleinad/restrict_function_parser_tests

Restrict tests requiring FunctionParser

Merge pull request #7231 from tamiko/add_trilinos_linker_flags

CMake: Also populate TRILINOS_LINKER_FLAGS

CMake: Also populate TRILINOS_LINKER_FLAGS

In case we pick up a trilinos installation where
  Trilinos_EXTRA_LD_FLAGS
we have to make sure to include these flags on our final link line as
well.

Closes #7226

Restrict tests requiring FunctionParser

Merge pull request #7227 from masterleinad/restrict_fp_get_expr

Make FunctionParser::expressions available without muparser support

Make FunctionParser::expressions available without muparser support

Merge pull request #7224 from masterleinad/fix_some_warnings_in_tests

Avoid warnings in a few tests

switch to an additional parameter in parse_input()

Merge pull request #7223 from bangerth/step-7

Remove a reference to GCC 3.4.

make test more difficult

Avoid warnings in a few tests

Merge pull request #7221 from luzpaz/misc-typos

Misc. typos

Remove a reference to GCC 3.4.

Also just editorial changes.

Misc. typos

Found via `codespell -q 3 -I ../dealii-word-whitelist.txt --skip="./bundled"` where whitelist consists of:
```
als
ans
buss
commend
ith
elemente
everytime
mapp
methode
nd
numer
perverse
pres
reenable
strat
substract
superceded
ue
uint
```

Merge pull request #7185 from bangerth/assert

Fix renumbering in parallel for hp.

add a flag to ParameterHandler to skip undefined fields and subsections

Merge pull request #7182 from davydden/line_minimization

Line minimization

Merge pull request #7206 from tamiko/fix_petsc_3.9

PETscWrappers: Bugfix: use MAT_INPLACE_MATRIX instead of MAT_REUSE_MATRIX

Changelog.

Fix zeroing vector without any non-constrained dofs.

Merge pull request #7217 from jppelteret/codim_1-read_abaqus

Fix GridIn::read_abaqus() for codimension 1 case.

Merge pull request #7218 from jppelteret/fix_7211

Fix undefined reference to some ADNumberTraits static variables.

Fix undefined reference to some ADNumberTraits static variables.

Fixes #7211

Merge pull request #7215 from davydden/feature/pattern_function_parser

extend Patterns::Tools::Convert to understand ComponentMask and Funct…

Fix GridIn::read_abaqus() for codimension 1 case.

Merge pull request #6781 from tamiko/update-step-7

example/step-7: Update indenting and modernize

make apple-clang happy

add changelog

extend Patterns::Tools::Convert to understand ComponentMask and FunctionParser

step-7: Use const auto &cell instead of const auto cell

step-7: update text

step-7: address comments

step-7: Use AffineConstraints instead of ConstraintMatrix

step-7: Simplify array type and use range-based for loops

step-7: Use foreach loop and make a code snippet more readable

step-7: make bilinear forms more readable

step-7: Use std::array instead of C-style array

Merge pull request #7199 from masterleinad/implement_solver_selector_constructor

Implement SolverSelector constructor mentioned in the documentation

add a test

PETscWrappers: Bugfix: use MAT_INPLACE_MATRIX instead of MAT_REUSE_MATRIX

This fixes a bug with the transpose() function when used with PETSc 3.9
or newer.

Merge pull request #7213 from masterleinad/cuda_wrappers_mf_64bit

Make CUDAWrappers::MatrixFree compile with 64-bit indices

Make CUDAWrappers::MatrixFree compile with 64-bit indices

Merge pull request #7210 from bangerth/xml

Do not let doxygen generate XML format.

Do not let doxygen generate XML format.

Merge pull request #7209 from jppelteret/doc_st_01

Improve in-code documentation of SymmetricTensor<2,3> inverse.

Fix typo

Improve in-code documentation of SymmetricTensor<2,3> inverse.

Add code examples for line search.

Further clean up documentation for line minimization algorithms.

Clean up documentation for line minimization algorithms.

Merge pull request #7207 from masterleinad/disable_gcc_0g

Disable '-Og' for gcc

Merge pull request #7208 from masterleinad/fix_petsc_complex_tests

Fix a petsc_complex test

Merge pull request #7203 from finkandreas/master

Fix PETSc version detection

Fix a petsc_complex test

Disable '-Og' for gcc

*fix* petsc version 3.10 works now too (minor version was found by the regexp as "0" and not "10")

Change some variable names to better reflect their purpose.