Fix a few out-of-bound array accesses. Refill some comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27865 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix iterator types.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27864 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The std::map that stored pointers to Jacobians could lead to a situation where the pointers became invalid. Store the actual data in the map now.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27862 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Two more MPI_Allreduce commands that should not be called when using a single processor.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27861 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27860 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid calls to MPI_Allreduce for vectors where only one processor participates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27859 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid compiler warning.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27858 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Hm, that doesn't work. Try std::fpclassify instead.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27857 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix another one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27856 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27855 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid an ambiguity between ::fpclassify and std::fpclassify with recent Intel compilers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27854 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix an issue with the Intel compiler (reported by Ted Kord).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27853 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

identify branch on new server

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27851 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify construction of dof connectivity graph by using deal.II data structures. Those are a little slower, but much more reliable and concise.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27850 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make indent

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27847 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

call indent for each file separately in the hope that this fixes some strange indentation inconsistencies

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27846 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Explicitly instantiate some internal structs to ensure these are always generated.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27827 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use generic instantiation procedure for selecting vectors in solution transfer.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27826 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Matrix-vector product with deal.II vectors and Trilinos matrix are can be readily performed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27825 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one more access function. Reindent comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27823 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27821 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation some more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27820 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27805 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some minor bugfixes in the testsuite

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27802 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo 27799 on vectorization as the new trick did the same thing and obscured things.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27801 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Removed two more occurences of inproper use of reinterpret_cast

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27800 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace reinterpret_cast by static_cast in access to individual elements of vectorized data types.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27799 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid some more reinterpret_cast

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27797 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid reinterpret_cast by making the declaration of struct ShapeFunctionData in FEValuesViews::Scalar/Vector public.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27796 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

There used to be a requirement that threads can only be joined by the thread that created it. This doesn't appear to be the case any more, so we can't rely on it any more to take shortcuts.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27795 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention r27793. Also reorder things a bit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27794 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Alexander Grayver: Release memort in SparseDirectMUMPS.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27793 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix one border case in initialization on non-constant Jacobians.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27789 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add charset

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27787 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

ConstraintMatrix can perform distribute_local_to_global also in non-closed form as long as there are no constraints without any errors (this enables the use of a ConstraintMatrix dummy when one wants to more quickly write into sparse matrices).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27786 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more reindentation/refill of comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27785 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Small update in comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27784 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent/refill comments in a few files to improve readability.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27783 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add operator!=.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27782 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add a note

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27781 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

missing properties

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27780 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Doc updates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27779 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor doc updates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27778 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27777 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve comments. Improve check for over-/underflow in l2_norm slightly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27776 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revised get_function_xxx methods: Put the evaluation part into separate functions. This makes code simpler as several user methods can use the same implementation. Also, we avoid to recompile them for _every_ global VectorType with exactly the same content. This speeds up compilation of fe_values.o by about a factor 2.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27775 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace old repository links

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27774 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move inline functions to where they should be.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27773 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update publication

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27767 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a test for GeometryInfo<dim>::face_to_cell_vertices and face_to_cell_lines

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27758 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: Implement correct return values for ->face_flip and ->face_rotation in 1d and 2d

This fixes a regression introduced with r27714 which made
GeometryInfo<2>::child_cell_on_face face_flip aware in 2d.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27757 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

more big output files removed

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27756 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove large output files from several steps

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27755 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Give SLEPc the MPI_InitFinalize interface like what PETSc has.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27753 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix double-free caused by wrong copy constructor of FESystem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27749 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

merge to add test to mainline

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27748 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Deuglify

Also, try to find a fixpoint (*) for initializer lists under astyle

(*) as usual, with the help of a fixpoint iteration...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27742 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make indent

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27737 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

reformat documentation and add memory consumption

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27728 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a couple of (stupid) warnings.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27727 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reformat one statement.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27726 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reintroduce the old make_periodicity_constraints interface as well (because this one is _very_ convenient)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27722 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add some Assertions, reindent

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27721 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update changes.h

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27719 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A new test for make_periodicity_constraints

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27718 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: Make DoFTools::make_periodicity_constraints orientation aware

With this it is now possible to prescribe an orientation for the low level
interface, the high level interface will detect the necessary orientation
automatically, *yay*.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27717 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A new test for GridTools::collect_periodic_face_pairs

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27716 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfixes:

  - Refactor GridTools::collect_periodic_cell_pairs to GridTools::collect_periodic_face_pairs

  - Make GridTools::collect_periodix_face_pairs orientation (orientation, flip, rotation) aware

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27715 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: Fix GeometryInfo<2>::child_cell_on_face to respect face_flip

This change does not trigger any regression in the test suite

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27714 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Comment out unused function arguments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27713 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove now outdated files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27709 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update results for PETSc 3.3.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27705 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a test that checks PETSc's Richardson solver but that has never worked and that with PETSc 3.3 now actually aborts.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27704 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Allow ConstraintMatrix::distribute_local_to_global with ChunkSparseMatrix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27703 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent a couple comments. Primarily do so to trigger an automated run of the
testsuite to see if the new setup works.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27702 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor indentation changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27701 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor markup fixes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27696 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Markup fix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27695 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix grammar.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27694 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update an output file that produces different (now correct) results after r27655.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27691 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix comment

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27690 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent the comments in fe_update_flags.h

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27688 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust problem size to what is shown in results.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27687 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

FE_FaceQ should have unit face support points just like FE_DGQ has unit cell support points.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27684 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a version of DoFTools::make_zero_boundary_constraints that works on only part of the boundary.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27683 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Introduce numbers::invalid_boundary_id. Fix up documentation in a couple of other places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27682 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify fixed_power.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27678 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Prettify comments and indent in exceptions.h

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27675 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix error message when deal.II uses static libraries and Trilinos shared ones.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27673 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

VectorTools::interpolate should not call compress on parallel::distributed::Vector as this zeros out those entries that are not locally active but included via constraints. Test step-48 and step-37.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27672 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid segmentation fault when calling DoFHandler::distribute_dofs on empty triangulation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27671 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid debug output to the console.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27668 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Introduce a version of step-40 that uses a direct solver.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27667 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27666 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a TODO that no longer applies. Minor indentation changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27665 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

We can't use PETSc with threads, so can't use the Kelly error estimator here. Use globally refined meshes instead.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27664 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Removed one obsolete comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27663 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update outdated function/class names in comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27662 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Doxygen markup fixes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27661 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Allow compilation with this file again.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27660 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d