Add script that checks the encoding of all the files

The script check_encoding.py raises an expection if it finds a file
that is not encoded with UTF8.

Merge pull request #7993 from drwells/add-missing-override

Add some missing override annotations to step-63.

Merge pull request #7973 from jppelteret/sd-map_utilities_02

SD tensor operations: Creation of, and addition to, substitution maps

Add some missing override annotations to step-63.

Merge pull request #7992 from bangerth/fix

Make sure a changelog entry also references the namespace of a function.

Make sure a changelog entry also references the namespace of a function.

Merge pull request #6747 from dangars/phononic-cavity

Add phononic cavity tutorial

Merge pull request #7974 from jppelteret/sd-map_utilities_03

SD scalar operations: Creation of substitution maps

Merge pull request #7738 from tcclevenger/step-63

Step-63

Set-up the dependencies

Merge pull request #7913 from luca-heltai/mapping-center

Mapping::get_center()

Merge pull request #7986 from bangerth/61-5

Align a set of equations.

Merge pull request #7987 from bangerth/fix-typos

Fix a couple of typos.

Fix a couple of typos.

Align a set of equations.

Merge pull request #7984 from jppelteret/sd-doc_01

Enable doxygen to build SD documentation

Merge pull request #7954 from bangerth/61-4

Edit the results section of step-61.

Merge pull request #7985 from jppelteret/ad-doc_02

Update module on user interfaces to AD libraries

Merge pull request #7983 from rezarastak/grid_in_abaqus_newline_fix

newline bug in grid_in_abaqus fixed

Update module on user interfaces to AD libraries

Add placeholder for documentation on symbolic differentiation

Build documentation with SymEngine enabled

reverting the effects of the last commit on the last line of the inp file

Use 'align' instead of 'eqnarray'.

Edit the results section of step-61.

fix typo in 2d_short_handwritten.inp

Merge pull request #7982 from rezarastak/patch-1

Arpack Solver documentation fix

Merge pull request #7966 from masterleinad/cleanup_cuda_mf_reinit

Clean up CUDAWrappers::MatrixFree::reinit interface

grid_in_abaqus test added

newline bug in grid_in_abaqus fixed

Arpack Solver documentation fix

Merge pull request #7981 from masterleinad/restrict_symengine_test

Restrict SymEngine test

Restrict SymEngine test

Merge pull request #7967 from masterleinad/empty_cuda_kernels

Deal with empty empty sizes in CUDA kernels

Merge pull request #7979 from luzpaz/misc-typos

Misc. typos

Correction in previous commit per request

https://github.com/dealii/dealii/pull/7979#discussion_r279517855

Misc. typos

Found via `codespell -q 3 -I ../dealii-word-whitelist.txt -S ./bundled`

Merge pull request #7943 from anates/Relative_fe_degree

Degree of quadrature based on degree of the fe-variable

Merge pull request #7976 from masterleinad/export_petsc_with_complex

Export DEAL_II_PETSC_WITH_COMPLEX variable

Update doc/news/changes/major/20190425RolandRichter

Co-Authored-By: anates <rolandar@stud.ntnu.no>

Deal with empty sizes in CUDA kernels

Merge pull request #7977 from masterleinad/improve_docu_read_write

Improve doxygen documentation for ReadWriteVector

Merge pull request #7968 from masterleinad/empty_ranges_cuda_mf_internal_reinit

Deal with empty ranges in CUDAWrappers::MatrixFree::internal_reinit

Improve doxygen documentation For ReadWriteVector

Export DEAL_II_PETSC_WITH_COMPLEX variable

Add functions to create SD subsitution maps from tensor types

Add functions to add tensor types to SD subsitution maps

Reformat a section divider

Add test for creation of SD substitution maps from scalar types

Add functions to create SD substitution maps from scalar types

Change function signature to use a template argument

Fix some documentation of SD convenience functions

Merge pull request #7961 from jppelteret/sd-map_utilities_01

SD scalar operations: Addition to substitution maps and map merging

Merge pull request #7975 from drwells/improve-parallel-build-doc

Improve the documentation of parallel builds.

Improve the documentation of parallel builds.

Not all users are familiar with the -j or --jobs flags for make and the
current explanation is buried in the middle of several other notes. We
can make this simpler by showing how to parallelize the build
explicitly.

Add test for merging of SD substitution maps

Add test for addition of scalar types to SD substitution maps

Implement function to merge substitution maps

Add functions to create SD subsitution maps from scalar types

Merge pull request #7969 from masterleinad/use_integers_cuda_memset

Use integers in cudaMemset

Merge pull request #7972 from dangars/n_locally_owned_active_cells_step-18

Use the function n_locally_owned_active_cells() in step-18

Merge pull request #7952 from bangerth/61-2

Remove pictures from the repository.

Merge pull request #7958 from bangerth/doc

Augment documentation in class IteratorRange.

Use the function n_locally_owned_active_cells()

Merge pull request #7957 from rezarastak/DerivativeForm_doc_improvement

Mathematical notation of DerivativeForm

Changed default parameter to true.

Merge pull request #7964 from dangars/destructor-step-40

Remove destructor in step40

Merge pull request #7965 from dangars/vector_swap

Exchange vectors of std::vector::swap() in step-18

Add test

Use integers in cudaMemset

Address row_start

Deal with empty ranges in CUDAWrappers::MatrixFree::internal_reinit

Clean up CUDAWrappers::MatrixFree::reinit interface

Exchange vectors in std::vector::swap()

Address Wolfgang's comments

Remove destructor

small documentation fix: replaced (*this) with the matrix A

Made degree of quadrature depending on the degree of the finite element used in the program

Some minor edits.

Add Jupyter notebook

Add step-62 tutorial

Merge pull request #7962 from rezarastak/generic_la_documentation

Adding documentation for generic LA namespaces

Merge pull request #7960 from bangerth/fix-18

Fix a mistaken assertion that only succeeds by accident.

small fix

Documentation added so that the using statements are properly shown in the manual

Merge pull request #7959 from kronbichler/doc_rotation_matrix_2d

Documentation fix Physics::Transformations::Rotations::rotation_matrix_2d

Merge pull request #7918 from luca-heltai/lambda-function

FunctionFromFunctionObjects class: wraps a vector of std::function objects into a Function object

asterisk removed from notation in DerivativeForm

Merge pull request #7932 from luca-heltai/dirac-delta-cutoff

Enrich CutOffFunctionBase, and provide also CutOffFunctionC1

Fix a mistaken assertion that only succeeds by accident.

Specifically, it succeeds because we get a pointer to the first of a block of
elements where the size of the block is greater than one. If one had a 1-point
quadrature formula, the assertion would fail.

Documentation fix in Physics::Transformations::Rotations::rotation_matrix_2d

Augment documentation in class IteratorRange.

Apply suggestions from code review

Co-Authored-By: rezarastak <rezarastak@users.noreply.github.com>

Merge pull request #7956 from tjhei/step-40-cmake-complex

step-40 disable logic with complex PETSc

Merge pull request #7955 from Rombur/cuda_size

Reduce chunk_size used in CUDA kernels from 8 to 1

Merge pull request #7944 from jppelteret/sd-tensor_operations_02

SD tensor operations: Add functions to perform symbolic tensor differentation

Added static_assert.

Mathematical explanation for the functions within DerivativeForm is improved

step-40 disable logic with complex PETSc

Having PETSC_WITH_COMPLEX would stop step-40 from being able to
configure/build. Now we fall back to trilinos as described in the error
message.

part of #7946

Merge pull request #7953 from bangerth/61-3

Break long lines in step-61/doc/results.dox.