Merge pull request #3891 from tjhei/step-57-fixes

update step-57

Merge pull request #3916 from tamiko/do_not_use_as_needed_in_check

CMake: Disable -Wl,--as-needed in DEAL_II_HAVE_USABLE_FLAGS

CMake: Disable -Wl,--as-needed in DEAL_II_HAVE_USABLE_FLAGS

This works around a serious regression with ld.bfd in combination with
-Wl,--as-needed when compiling a simple

  int main () { return 0; }

and linking against a *huge* list of (entirely unused) libraries.

See #3686

Merge pull request #3919 from masterleinad/fix_get_fe_by_name_01

Adjust tolerance for FE_ABF

Adjust tolerance for FE_ABF

Merge pull request #3907 from masterleinad/simplify_back_interpolate

Unify FETools::back_interpolate

Merge pull request #3921 from davydden/spherical_component

Functions::Spherical add component argument to svalue/sgradient/shessian

Merge pull request #3920 from davydden/workstream_hp

WorkStream: add a note on hp-FEM

Merge pull request #3910 from tamiko/fix_tests_1

Tests: Provide output variant

WorkStream: add a note on hp-FEM

Functions::Spherical add component argument to svalue/sgradient/shessian

Merge pull request #3912 from tamiko/fix_tests_2

Tests: Do not run to example steps in tests

Simplify FETools::back_interpolate

Merge pull request #3917 from masterleinad/rm_output_file_name

Remove output_file_name variable from tests

Get rid off output_file_name in tests

Tests: Do not run (only build) step-48 in build_tests

Tests: Do not run (only build) step-23 in build_tests

Tests: One more output variant for newer p4est

Tests: Provide output variant

p4est after 1.1 outputs slightly different vtk files:

      </PPoints>
        <PDataArray type="Int32" Name="treeid" format="ascii"/>
      </PCellData>
-     <PPointData>
-     </PPointData>
      <Piece Source="1_0000.vtu"/>
    </PUnstructuredGrid>
  </VTKFile>

Simply provide output alternatives that don't have this empty section.

Merge pull request #3890 from dealii/fix_PR_1783_02

Refactor identity_operator and null_operator for non-trivial payloads

Merge pull request #3901 from masterleinad/restrict_c++11

Fix tests for non-c++11 build

Merge pull request #3909 from drwells/remove-timer-fit-from-test

Remove a check on a timer slope.

Remove a check on a timer slope.

This commit gets rid of the part of a test that tried to check the
computational complexity of distributing DoFs by fitting a least squares
curve to timing data. This frequently failed and it is not really
needed: the test will time out if we ever go back to a quadratic time
algorithm.

Restrict tests requiring C++11

Merge pull request #3904 from tjhei/fix_typos

fix minor typos

Merge pull request #3905 from davydden/doc_updates_tests

more descriptive commands on how to setup tests for an already instal…

Merge pull request #3906 from tjhei/assert_warning_compare_int

fix >=0 comparison warning

fix >=0 comparison warning

gcc 4.8 complained:
```
/ssd/deal-git/source/fe/mapping_q_generic.cc:2800:11: warning: comparison of unsigned expression >= 0 is always true [-Wtype-limits]
```

fix minor typos

Merge pull request #3902 from tjhei/boost_no_unordered_double_def

Fix BOOST_NO_CXX11_HDR_UNORDERED_MAP warning

more descriptive commands on how to setup tests for an already installed library

Fix BOOST_NO_CXX11_HDR_UNORDERED_MAP warning

When forcing CXX11 to off, I get the following warning with gcc <4.8:
```
/ssd/deal-git/bundled/boost-1.62.0/include/boost/config/stdlib/libstdcpp3.hpp:182:0: warning: "BOOST_NO_CXX11_HDR_UNORDERED_MAP" redefined
```
This change fixes this.

Merge pull request #3894 from kronbichler/fix_constraints_merge

Fix constraints merge

Merge pull request #3895 from tamiko/fix_warnings

CMake: Also ignore -Wignored-attributes for external includes

CMake: Also ignore -Wmisleading-indentation for external includes

CMake: Also ignore -Wignored-attributes for external includes

New test

Fix merge of constraint matrices where lines cache exceeds local lines

Update method used to nullify Epetra_MultiVectors

update step-57

- always assemble rhs when assembling matrix (so we get correct boundary
values from the ConstraintMatrix)
- this fixes having 0 iterations in the first Newton iteration
- restructure assemble* functions to make this more clear
- reorder some comments
- redo results section (neater tables)

Re-add reinit functions to null_operator

Refactor identity_operator and null_operator for non-trivial payloads

When performing compound operations with LinearOperators, it is
necessary for the Payload type of all operations to be the same.
identity_operator did not take in a operator, so we used to define a
variant of it in the TrilinosWrappers namespace in order to set up the
underlying Payload. This lead to some compiler confusion as it could not
deduce which version of the function to call unless the namespace was
used to explicitly remove this ambiguity.

We've now removed the second identity_operator in TrilinosWrappers, and
have instead defined an alternative identity_operator that takes in an
exemplar LinearOperator. This version of the function will automatically
extract the range of operations from the exemplar, deduce the Payload
type AND initialise it correctly (this would not have been done
correctly before). This required the introduction of the inverse_payload
function to the Payload classes.

In anticipation of similar problems with null_operator, this
LinearOperator is also slightly refactored as to ensure that the payload
is correctly configured. This required the introduction of the
null_payload function to the Payload classes.

Fixes #3846

Merge pull request #3889 from bangerth/fix-old-tbbs

Work around a problem when using very old TBB versions.

Work around a problem when using very old TBB versions.

Merge pull request #3885 from masterleinad/fix_get_fe_by_name_01

Fix get_fe_by_name_01

Merge pull request #3884 from masterleinad/fix_mw_assembler

Fix use of AnyData in MeshWorker::Assembler

Merge pull request #3888 from bangerth/fix-more-changelog-entries

Fix more changelog entries.

Fix more changelog entries.

Merge pull request #3887 from bangerth/fix-changelog-entry

Fix the markup of a changelog entry.

Fix the markup of a changelog entry.

Merge pull request #3882 from drwells/header-fixes

Header fixes

Merge pull request #3879 from davydden/empty_payload_fix

fix duplicate symbols for EmptyPayload

Fix get_fe_by_name_01

Fix use of AnyData in MeshWorker::Assembler

Merge pull request #3880 from kalj/remove-unsed-arg-warning

remove warnings about unused arguments

Relicense one test under the LGPL.

Fix the formatting in a copyright statement.

Remove stray $Id$ tags from files.

Merge pull request #3881 from bangerth/adjust-copyright-years

Adjust copyright years.

Update copyright years.

In particular, every file that was changed in 2016 as evidenced by a change in the git repo
should now reflect this in the copyright header.

Merge pull request #3861 from kalj/static-assert-macro

Introduce static assert macro

remove warnings about unused arguments

Merge pull request #3875 from davydden/cspline_laplace

CSpline: add hessian / laplacian, and thread mutex

fix duplicate symbols for EmptyPayload

Merge pull request #3876 from davydden/fe_enriched_constructor_example

FE_Enriched: code example for a constructor

FE_Enriched: code example for a constructor

Merge pull request #3784 from koecher/typeid-to-type_traits-3597

Introduces a std conforming type trait for non-distributed vector types

add new macro for static asserts

static_assert is only supported from C++11 and onwards, so we need to
guard the definition. Since this is a *declaration* rather than a
statement, it does not behave like other Assert* macros. We therefore
name it differently.

CSpline: add thread mutex

Merge pull request #3859 from Rombur/fix_readwritevector

Fix a bug in import function of distributed::Vector.

Merge pull request #3866 from jppelteret/fix_trilinos_reduction_control

Implement Trilinos AztecOO_StatusTest for ReductionControl.

CSpline: test gradients and laplacians

CSpline: add hessian and laplacian

Merge pull request #3856 from davydden/spherical_function

Add spherical function

Merge pull request #3873 from jppelteret/fix_docs_04

Fix broken equations in glossary entry on generalized support points

add spherical function

Match all <dd> and </dd> elements in glossary

Fix broken equations in glossary entry on generalized support points.

Merge pull request #3870 from kalj/no-vectorized-array

use std::vector for the prolongation matrix

Merge pull request #3869 from davydden/geometric_utilities_minor

Geometric utilities: another unit test plus minor fixes

Merge pull request #3864 from masterleinad/allow_aggregates

Allow SymmetricGradient::operator* for aggregates

Document why the change was necessary

Merge pull request #3871 from kalj/remove-stray-vector

remove unused vector variable from step-37

Add tests wherein solver is reused in sequential LinearOperator ops.

Update results for test lac/schur_complement_05

Add tests checking result of SolverControl classes with Trilinos solver

Add tests checking result of SolverControl classes with deal.II solver

Implement Trilinos AztecOO_StatusTest for ReductionControl.

This patch ensures that Trilinos solvers now respect the convergence
criterion specified by ReductionControl. To do so, we create an
AztecOO_StatusTest that monitors the heuristics that ReductionControl
uses to test for convergence.

Fixes #3843

remove unused vector variable

use std::vector for the prolongation matrix

this remove implementation details from the setup code

another test for spherical-cartesian transformation

fix white spaces in test output

Merge pull request #3867 from drwells/derivativeform-default-methods

Make DerivativeForm trivially copyable.

Merge pull request #3868 from drwells/fix-doxygen-table-2

Make the doxygen table color consistent with other documentation.

Make the doxygen table color consistent with other documentation.

doxygen uses this particular shade of blue for the background of function
signatures.

Merge pull request #3865 from tjhei/fix_memory_consumption_test

alternative output for tests/memory_consumption_01

Make DerivativeForm trivially copyable.

We do not need to specify operator=: the default version generated by
the compiler is identical.

Merge pull request #3722 from masterleinad/allow_constraint_shift

Allow using ConstraintMatrix::shift if initialized with IndexSet

alternative output for tests/memory_consumption_01

Allow SymmetricGradient::operator* for aggregates