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Merge pull request #9197 from bangerth/40

Let step-40 only depend on step-6, not step-17.

Let step-40 only depend on step-6, not step-17.

Back in the day, we thought of 17 (which now uses the parallel::shared::Triangulation) as
a stepping stone to get to 40, but that's not really any longer how I think about step-40:
To me, that's a stand-alone basic technique, whereas step-17 is sort of a niche topic
for connoisseurs and those interested in a particular topic.

So remove the dependency 17->40 to make the tutorial graph simpler.

Merge pull request #9194 from bangerth/40

Label step-40 as a 'basic' tutorial program.

Merge pull request #9193 from bangerth/61

Let step-61 only build on step-51, not step-4.

Label step-40 as a 'basic' tutorial program.

So far, only steps 1-6 were listed as 'basic', but step-40 has attained a similar
status in recent years since quite a number of new programs are now parallel based
on the techniques discussed there. I think it would make sense to reflect that in
the graph by giving it a highlighted style.

Let step-61 only build on step-51, not step-4.

The tutorial graph is complicated enough as it is. We don't need to list dependencies
on some of the more basic tutorials.

Merge pull request #9188 from peterrum/dof_accessor_include

Include dof_accessor.h

Merge pull request #9191 from tjhei/mpi_h_warning

silence system header MPI warning

Include dof_accessor.h

Merge pull request #9186 from masterleinad/avoid_generic_lambda

Avoid variable template in hp::Refinement

Merge pull request #9157 from kronbichler/shape_info_inverse_shapes

Add field for inverse/projection of 1D polynomials to MF::ShapeInfo

Merge pull request #9182 from bangerth/deprecate

Deprecate some versions of DoFTools::extract_dofs().

Avoid variable template in hp::Refinement

silence system header MPI warning

I am getting
/usr/include/mpich/mpicxx.h:1523:24: warning: ‘virtual MPI::Nullcomm&
MPI::Nullcomm::Clone() const’ can be marked override [-Wsuggest-
override]

with gcc5 and mpich 3.1. Fix this.

Merge pull request #9183 from peterrum/fedgq-mem

Implement FE_Poly::memory_consumption

Add a missing newline at the end of the file.

Merge pull request #9187 from masterleinad/precise_namespace

Specify namespace in precondition.h more precisely

Merge pull request #9185 from masterleinad/fix_warnings

Avoid warnings in tests

Implement FE_Poly::memory_consumption so that memory_consumption works for FE_Q and FE_DGQ

Merge pull request #9189 from peterrum/fix_typo

Fix typo

Fix typo

Specify namespace in precondition.h more precisely

Avoid warnings in tests

Add a changelog entry.

Adjust tests.

Deprecate some versions of DoFTools::extract_dofs().

Add other versions that *return* their results, rather than doing so via
output arguments.

Merge pull request #9151 from marcfehling/hp-fixed-number

Introduced hp::Refinement::p_adaptivity_fixed_number().

Merge pull request #9125 from konsim83/feature_tensor_function_parser

Feature tensor function parser

Add a missing newline to the end of the file.

Merge pull request #9147 from masterleinad/fix_cuda_float

Test matrix-free CUDA for float

New feature class TensorFunctionParser. The class inherits directly from TensorFuntion
and has an interface similar to FunctionParser. Some stuff to iterface muParser was
moved to different files mu_parser_internal.h and *.cc. The documentation provided
is self contained apart from some places where we refer to the documentation of
FuntionParser. Changelog file provided. (All commits are squashed into this one.)

Merge pull request #9174 from nicola-giuliani/default_case_manifold

added default case for normal to mesh projection manifold

Merge pull request #9175 from kronbichler/improve_channel_with_cylinder_grid

Improve GridGenerator::channel_with_cylinder

added default case for normal to mesh projection manifold

 and indent

Choose more appropriate points for test

Changelog

Improve GridGenerator::channel_with_cylinder

Merge pull request #9036 from BenBrands/test_for_hp_and_dist_tria

Adding a test for hp::DoFHandler and parallel::distributed::Triangulation

Merge pull request #9176 from peterrum/mg_transfer_remove_line

Remove unnecessary assignment

Merge pull request #9172 from luca-heltai/move-tests

Moved tests into their correct subdirectory.

Add a series of new python wrappers (#9148)

Add a series of new python wrappers

Remove unnecessary assignment

add test derived from step-4 to check interplay of hp::DoFHandler and parallel::distributed::Triangulation for a locally refined mesh

Moved tests into their correct subdirectory.

Add tests

Add a series of new python wrappers

Merge pull request #9173 from masterleinad/fixparticles_extract_index_set_01

Fix particles/extract_index_set_01

Fix particles/extract_index_set_01

Merge pull request #9074 from luca-heltai/extract-index-sets-particle-handler

Extract index sets from particle handlers

Merge pull request #9168 from luca-heltai/index-set-tensor-product-and-compress

Contiguous tensor product IndexSet.

Contiguous tensor product IndexSet.

Extract index sets from particle handlers

Extract an IndexSet with global dimensions equal to
`n_comps*particles.get_next_free_particle_index()`, containing for each
particle index, a set of `n_comps*` consecutive indices associated to
the particles that are locally owned.

The indices associated to a particle with global index `n` will be the
half open range `[n_comps*n`, n_comps*(n+1))`.

Co-authored-by: Bruno Blais <blais.bruno@gmail.com>

Merge pull request #9170 from bangerth/60

Fix formatting.

Fix formatting.

When collating the introduction of step-60 to the commented program
section, the lack of an extra newline means that the heading
'The commented program' is treated like an entry in the enumerated
list that's at the end of the introduction. Fix this by providing
an additional newline.

Merge pull request #9167 from rezarastak/patch-1

small documentation fix

Separated hp/p_adaptivity_* tests.

Introduced hp::Refinement::p_adaptivity_fixed_number().

Decide how many cells will be p-adapted from all cells flagged for adaptation.

parallel::distributed::GridRefinement: Made internal functions accessible.

small documentation fix

Merge pull request #9166 from masterleinad/avoid_narrowing_conversions

Fix narrowing conversions in tests

Merge pull request #9165 from masterleinad/restrict_complex_tests

Restrict a few more tests requiring complex values

Fix narrowing conversions in tests

Restrict a few more tests requiring complex values

Merge pull request #9144 from bangerth/fe-interface

Add to FEInterfaceValues what we already have in FEValues.

Merge pull request #9159 from bangerth/46

Update the results section of step-46.

Also update the 3d picture section.

Merge pull request #9137 from masterleinad/export_artifact_appveyor

Export the built library as artifact in appveyor

Merge pull request #9070 from luca-heltai/extract-dofs-per-component

Extract dofs per component

Merge pull request #9162 from masterleinad/fix_some_to_some

Fix MPI::Utilities::some_to_some

Extract dofs per component

Extract the set of local, active or relevant DoF indices for each

components within the mask that are owned by the current  processor. For
components disabled by the mask, an empty IndexSet is returned.

For regular DoFHandler objects, this set is the complete set with all
DoF indices. In either case, it equals what
DoFHandler::locally_owned_dofs() returns. The ownership type is fixed by
a small enum that controls which type of ownership is asked off.

Co-authored-by: Bruno Blais <blais.bruno@gmail.com>

Merge pull request #9161 from masterleinad/fix_complex_test

Fix mpi/collective_mean_std

Fix MPI::Utilities::some_to_some

Fix mpi/collective_mean_std

Merge pull request #9045 from eliasstudiert/airfoil_generator

Add airfoil grid generator

Update the results section of step-46.

Add airfoil grid generator.

Merge pull request #9124 from luca-heltai/particle-set-id

New set id method in particle.

Merge pull request #8187 from starki0815/fix_step_46

Fix bug in tutorial step-46

Merge pull request #9069 from luca-heltai/insert-global-particles

Insert particles globally.

Merge pull request #9071 from luca-heltai/map-dofs-to-support-points-mask

Map dofs to support points

Merge pull request #9143 from drwells/cleanup-function-parser

Cleanup function parser

Merge pull request #9158 from bangerth/doc-88

Better document WorkStream and mesh_loop().

Clarify the destructor for FunctionParser.

Delete some used code.

Remove an unused using declaration.

Use a ranged-for loop.

Merge pull request #9154 from peterrum/ecl-access-neighbors

ECL: access neighboring cells

Merge pull request #9053 from luca-heltai/compute_mesh_predicate_bounding_box_bug

Bug in grid_tools compute_mesh_predicate_bounding_box for dim!=spacedim triangulations

Add to FEInterfaceValues what we already have in FEValues.

Better document WorkStream and mesh_loop().

Access neighbors during ECL

Test case of inverse shape values field

New test case for inverse mass matrix of FE_DGQHermite

Use inverse shape values for inverse mass operation

Compute inverse of shape values as part of MF::ShapeInfo

Merge pull request #9152 from masterleinad/typsest_lame

Spell Lamé correctly

Merge pull request #9150 from masterleinad/fix_warnings_python_bindings

Avoid some warnings in python-bindings

Typeset Lame correctly

Avoid some warnings in python-bindings