Merge pull request #7185 from bangerth/assert

Fix renumbering in parallel for hp.

Merge pull request #7182 from davydden/line_minimization

Line minimization

Merge pull request #7206 from tamiko/fix_petsc_3.9

PETscWrappers: Bugfix: use MAT_INPLACE_MATRIX instead of MAT_REUSE_MATRIX

Merge pull request #7217 from jppelteret/codim_1-read_abaqus

Fix GridIn::read_abaqus() for codimension 1 case.

Merge pull request #7218 from jppelteret/fix_7211

Fix undefined reference to some ADNumberTraits static variables.

Fix undefined reference to some ADNumberTraits static variables.

Fixes #7211

Merge pull request #7215 from davydden/feature/pattern_function_parser

extend Patterns::Tools::Convert to understand ComponentMask and Funct…

Fix GridIn::read_abaqus() for codimension 1 case.

Merge pull request #6781 from tamiko/update-step-7

example/step-7: Update indenting and modernize

make apple-clang happy

add changelog

extend Patterns::Tools::Convert to understand ComponentMask and FunctionParser

step-7: Use const auto &cell instead of const auto cell

step-7: update text

step-7: address comments

step-7: Use AffineConstraints instead of ConstraintMatrix

step-7: Simplify array type and use range-based for loops

step-7: Use foreach loop and make a code snippet more readable

step-7: make bilinear forms more readable

step-7: Use std::array instead of C-style array

Merge pull request #7199 from masterleinad/implement_solver_selector_constructor

Implement SolverSelector constructor mentioned in the documentation

add a test

PETscWrappers: Bugfix: use MAT_INPLACE_MATRIX instead of MAT_REUSE_MATRIX

This fixes a bug with the transpose() function when used with PETSc 3.9
or newer.

Merge pull request #7213 from masterleinad/cuda_wrappers_mf_64bit

Make CUDAWrappers::MatrixFree compile with 64-bit indices

Make CUDAWrappers::MatrixFree compile with 64-bit indices

Merge pull request #7210 from bangerth/xml

Do not let doxygen generate XML format.

Do not let doxygen generate XML format.

Merge pull request #7209 from jppelteret/doc_st_01

Improve in-code documentation of SymmetricTensor<2,3> inverse.

Fix typo

Improve in-code documentation of SymmetricTensor<2,3> inverse.

Add code examples for line search.

Further clean up documentation for line minimization algorithms.

Clean up documentation for line minimization algorithms.

Merge pull request #7207 from masterleinad/disable_gcc_0g

Disable '-Og' for gcc

Merge pull request #7208 from masterleinad/fix_petsc_complex_tests

Fix a petsc_complex test

Merge pull request #7203 from finkandreas/master

Fix PETSc version detection

Fix a petsc_complex test

Disable '-Og' for gcc

*fix* petsc version 3.10 works now too (minor version was found by the regexp as "0" and not "10")

Change some variable names to better reflect their purpose.

Merge pull request #7205 from JonMatthewsFCAS/step-42-typo

Fixed Typo in Step-42 documentation

Merge pull request #7202 from tjhei/trilinos_vec_import_rwv

Add TrilinosWrappers::MPI::Vector::import(ReadWriteVector)

Update step-42.cc

Add initial version of test for linesearch in FE problem (step-44)

Increase debug output for line search

add line minimization functions

Merge pull request #7201 from tjhei/install_summary_log

install summary.log

also install detailed.log

Merge pull request #7200 from tjhei/instantiate_formatting

Instantiate formatting

Merge pull request #7198 from masterleinad/restrict_n_array_elements_instantiations

Only declare VectorizedArray::n_array_elements externally if vectorization is enabled

Add TrilinosWrappers::MPI::Vector::import(ReadWriteVector)

install summary.log

This is extremely useful to debug installation problems because one can
easily check the version and status of dependencies of an installation
instead of digging into the config.h

fix formatting of instatantiate calls

Implement SolverSelector constructor mentioned in the documentation

Only instantiate VectorizedArrAy::n_array_elements for vectorization enabled

Merge pull request #7197 from tjhei/fix_warnings_in_tests

fix warnings in tests

Merge pull request #7196 from drwells/add-more-initlog

Convert a lot of tests to use initlog().

fix warnings in tests

Merge pull request #7192 from bangerth/step-52-1

Deal better with boundary values in step-52.

Merge pull request #7143 from drwells/fix-parallel-quick-tests

Fix parallel quick tests

Convert a lot of tests to use initlog().

Merge pull request #7186 from masterleinad/fix_vt_p_bv_div_conf

 Fix VectorTools::project_boundary_values_div_conforming

Add test

Merge pull request #7173 from jppelteret/constrained_lin_op_01

Extend constrained linear operators to work with any LinOp Payload.

Merge pull request #7193 from bangerth/step-52-2

Modernize step-52.

Merge pull request #7194 from bangerth/message

Improve the message for 'make strip_comments'.

Improve the message for 'make strip_comments'.

Annotate code so that it indents nicer.

Use non-deprecated name for AffineConstraints in step-52.

Deal better with boundary values in step-52.

Merge pull request #7190 from tjhei/doc_data_out_h5

doc: fixes for hdf5 output

doc: fixes for h4 output

Merge pull request #7181 from tjhei/document_distributed_namespace

document LA and distributed namespaces

Merge pull request #7167 from drwells/step-37-spinoffs

Improve the MatrixFree doxygen formatting

Execute quick tests in parallel.

The quick tests are currently set up as a custom target which immediately
launches ctest. The difficulty with this is that its not possible (AFAICT) to
get the number of jobs available from make at that point, so there is no way to
run these in parallel without giving an explicit number of jobs to ctest.

This PR sets the number of jobs to the number of CPUs on the machine: while
hardcoding this is not ideal, this is the right usage pattern for a build script
like

    make -j20
    make test

where all processors on the machine should be available.

Changelog entry

Fix VectorTools::project_boundary_values_div_conforming for more than one FE_RT element

Add test.

Fix renumbering in parallel for hp.

When renumbering in parallel, the input are the new indices for
all locally owned DoFs on the current process. This means that we
need to be careful when we set new DoFs to only touch those DoF
indices that we actually own -- not doing so yields invalid
accesses that current abort the program.

The first part of the patch is therefore to only touch DoFs for
which we really know that we have a valid new index; for all
others, we need to set the index to numbers::invalid_dof_index
for the moment.

The second part is that we need to merge/unify DoF indices for
adjacent pairs of finite elements where the DoF on one side
may be unified with one on the neighboring cell. Because the
current cell may be locally owned but the neighboring cell be
a ghost cell, the right time to do this unification is between
the two exchange phases on ghost cells. This is indeed the
same place where the unification also happens on during the
initial enumeration process in distribute_dofs().

Merge pull request #7184 from drwells/fix-pluralization-typo

De-pluralize a word.

De-pluralize a word.

Improve the matrix free doxygen module formatting.

Merge pull request #7178 from bangerth/assert

Add an assertion.

address comment

document LA and distributed namespaces

otherwise they are not clickable in doxygen

Add an assertion.

Merge pull request #7177 from tjhei/document_tril_sparse_mat

document TrilinosWrappers::SparseMatrix VectorType

document TrilinosWrappers::SparseMatrix VectorType

Extend constrained linear operators to work with any LinOp Payload.

Merge pull request #7171 from masterleinad/trilinos_mmult_64bit

Allow TrilinosWrappers::SparseMatrix::mmult for 64-bit indices

Merge pull request #7172 from masterleinad/epetraext_optional

Mark EpetraExt as optional

Mark EpetraExt as optional

Allow TrilinosWrappers::SparseMatrix::mmult for 64-bit indices

Merge pull request #7170 from drwells/update-distorted-cell-glossary-entry

Update the glossary entry on distorted cells.

Merge pull request #7169 from drwells/sparsity-pattern-linear-index-iterator

Replace SparsityPattern::Iterator with LinearIndexIterator.

Merge pull request #7168 from masterleinad/fix_hp_step-40

Fix hp_step-40_variable_01

Update the glossary entry on distorted cells.

The problem described in the glossary now cannot occur with Manifolds and the
new scheme for placing new vertices.

Replace SparsityPattern::Iterator with LinearIndexIterator.

This class already defines an Accessor class that is compatible with what
LinearIndexIterator expects.

Fix hp_step-40_variable_01

Merge pull request #7165 from drwells/shared-tria-improvements

Shared tria improvements