Add 3D/3D cuts with vertices only and minor fixes

add additional interface and fix subminor version

code review

fix 2d/3d if not in xy plane

Provide dimension-independent intersection between deal.II cells

Merge pull request #14238 from peterrum/PreconditionRelaxation_precond_specialization

Add specializations of PreconditionRelaxation functions

Merge pull request #14240 from kronbichler/improve_jacobian

FEEvaluation: Create temporary copy of Jacobian matrix in submit_XXX

Merge pull request #14239 from kronbichler/fix_inaccurate_assertion

MatrixFree: Fix assertion in presence of FE_Nothing

FEEvaluation: Create temporary copy of Jacobian matrix in submit_gradient

MatrixFree: Fix assertion in presence of FE_Nothing

Merge pull request #14221 from kronbichler/simplify_loops

Fuse some loops in Triangulation::execute_coarsening

Merge pull request #14121 from peterrum/birth_and_death_mf

Add MatrixFreeTools::ElementBirthAndDeathMatrixFree

Merge pull request #14228 from peterrum/TensorProductMatrixSymmetricSum_precompile

Precompile TensorProductMatrixSymmetricSum kernels

Merge pull request #14232 from peterrum/idr_block_vectors

Enable SolverIDR for block vectors

Add specializations of PreconditionRelaxation functions

Merge pull request #14226 from kronbichler/test_case

MatrixFree laplace operator: Restructure computation of diagonal

Precompile TensorProductMatrixSymmetricSum kernels

Enable SolverIDR for block vectors

Add MatrixFreeTools::ElementActivationAndDeactivationMatrixFree

Merge pull request #14235 from tjhei/step-50-petsc-include

fix: step-50 PETSc

fix: step-50 PETSc

add a missing include

Merge pull request #12759 from Rombur/field_transfer_fe_nothing

Add FieldTransfer for the transfer of field with FE_Nothing

Merge pull request #14231 from bangerth/doc-1

Doc update in GridTools.

Doc update in GridTools.

Merge pull request #13820 from drwells/refactor-grid-fixup-functions

Merge pull request #14215 from drwells/fix-petsc-version-detection

Fix PETSc version detection.

Merge pull request #14229 from bangerth/doc-3

Clarify a comment for one of the particle generators.

Merge pull request #14230 from bangerth/doc-2

Remove an outdated comment. Link to step-19.

Merge pull request #14122 from peterrum/fe_face_eval_boundary

Add FEFaceEvaluation::at_boundary() and boundary_id()

Clarify a comment for one of the particle generators.

Remove an outdated comment. Link to step-19.

Merge pull request #14211 from drwells/update-ad-checks

Extend comment

Add test case

Restructure computation of diagonal

Merge pull request #14216 from peterrum/PreconditionChebyshev_precond_specialization

Add specializations of PreconditionChebyshev functions

Handle a test which fails under GCC 5.4

Update checks for AD-types.

At some point these stopped working and something like

#include <deal.II/lac/vector.h>
#include <deal.II/lac/vector.templates.h>

#include <adolc/adouble.h>

int
main()
{
  using namespace dealii;

  Vector<adouble> vec;
}

managed to compile (but compiling Vector<adouble>::l2_norm() fails).

In practice we don't support any type here which we cannot call std::abs() on,
so lets just switch to a simpler check for these types.

Clean up side effect

Fix PETSc version detection.

New versions of PETSc now define PETSC_VERSION_LT etc. in one line, so
our detection of PETSC_VERSION_MAJOR will now also pick up that
usage. Get around this by making the regex more correct.

Merge pull request #14167 from zjiaqi2018/normal_flux_constraints_on_level

Fuse some loops in Triangulation::execute_coarsening

Merge pull request #14220 from kronbichler/tria_merge_loops

Merge pull request #14227 from drwells/omp-fix

Set another OMP environment variable.

Add specialization of PreconditionChebyshev functions

Merge two loops in setup of triangulation

Refactor the way we apply grid fixup functions.

This exposes a few issues with the ExodusII test grids.

Add pyramids and wedges to invert_cells_with_negative_measure().

Add some more output to the ExodusII test.

Move up the check with ExcGridHasInvalidCell.

We can do better than an internal error in the GridTools function.

Set another OMP environment variable.

Both of these environment variables control the number of threads - if we set
one we should set the other.

In my shell I always set OMP_THREAD_LIMIT=1 since I don't want to use OpenMP.
For whatever reason stopped working recently, resulting in OpenBLAS trying to
yield execution to nonexistent other threads since some functions expect one
thread to exist and others expect two.

Merge pull request #14224 from kronbichler/fix_bug

Fix bug in matrix-free operators regarding diagonal

Merge pull request #14212 from marcfehling/feindex-type-1

Move invalid_fe_index to numbers.

Merge pull request #14223 from peterrum/rpe_update_output

Update output

Fix bug in matrix-free operators regarding diagonal

Update output

Merge pull request #14222 from kronbichler/fix_test

Fix test case with clang compiler

Merge pull request #14213 from bangerth/doc

Clarify comments about get_generalized_support_points().

Fix test case with clang compiler

Merge pull request #14214 from bergbauer/fix_docker_build

Merge pull request #14219 from kronbichler/fix_matrixfree_bug

Merge pull request #14218 from kronbichler/fix_warning

Avoid warning about unused variable

MatrixFree: Fix bug in setup of new cell_index for MG

Avoid warning about unused variable

Merge pull request #14209 from peterrum/PreconditionRelaxation_optimize

Optimize PreconditionRelaxation

Merge pull request #14203 from masterleinad/fix_kokkos_falgs

Fix Kokkos flags

Merge pull request #14140 from peterrum/point_gradient_vectorial

Generalized VT::point_gradients() for multiple components

Optimize PreconditionRelaxation

Merge pull request #14097 from luca-heltai/cgal-clean_utilities

Clean cgal utilities

Generalized VT::point_gradients() for multiple components

Co-authored-by: Peter Munch <peterrmuench@gmail.com>
Co-authored-by: Martin Kronbichler <martin.kronbichler@uni-a.de>
rename file

Fix find_package for boost python

Merge pull request #14130 from peterrum/get_matrix_free_cell_index

Introduce inverse of MF::get_cell_iterator()

address comments

Add tests for FieldTransfer

Move invalid_fe_index to numbers.

Clarify comments about get_generalized_support_points().

Merge pull request #14208 from marcfehling/getset_future

Added get/set functions for future FE indices.

Merge pull request #14210 from marcfehling/feindex-type

Move active_fe_index_type to types.

Merge pull request #14178 from peterrum/apply_inverse_tmp

Add second version of TensorProductMatrixSymmetricSum::apply_inverse()

Merge pull request #14207 from marcfehling/getset_active

Change get_active_fe_indices() to return the result.

Merge pull request #14159 from bergbauer/fpe_float

FEPointEvaluation fix compilation for float

Merge pull request #14190 from peterrum/feevaldata_vd

FEEvaluationData: add virtual destructor

Fix Tensor assignment of nested Tensors and provide a function overload of apply_transformation to get rid of casts in FEPointEvaluation

Merge pull request #14160 from zjiaqi2018/manifold-documentation

Merge pull request #14206 from tamiko/cmake_date

address comments

Move active_fe_index_type to types.

Added get/set functions for future FE indices.

Change get_active_fe_indices() to return the result.

CMake: Avoid --date=iso-strict for git versions older than 2.2

Fix Kokkos flags

Merge pull request #14199 from drwells/cleanup-mapping-q1-inclusions

Cleanup mapping q1 inclusions

Merge pull request #14201 from drwells/vector-relations-headers

Add a missing header to vector_relations.h.

Merge pull request #14202 from drwells/more-trilinos-header-fixes

Add some more missing Trilinos headers.

Add some more missing Trilinos headers.

Clean up inclusions of mapping_q1.h

Merge pull request #14197 from peterrum/FE_Q_iso_Q1_2_MF

Fix MatrixFree + FE_Q_iso_Q1(2)

Add a missing header to vector_relations.h.

Merge pull request #13895 from bangerth/ca-free-2

Use ReferenceCell instead of StaticMappingQ1.