Merge pull request #445 from tjhei/manifold_bughunt

add flat manifold test

add test

This test checks that mapping quadrature points, and the computation of
shape_value, shape_gradient of FE_Q, and JxW works when applying a
MappingQ(4) inside or only on the boundary for a flat manifold.

Merge pull request #444 from bangerth/update-changelog

Update changelog, as requested by Matthias.

Update changelog, as requested by Matthias.

Merge pull request #442 from bangerth/bring-back-mpi-init

Bring back the constructor of MPI_InitFinalize.

Merge pull request #437 from bangerth/update-copyright-years

Some perl and shell magic.

Merge pull request #443 from tjhei/comment_wrapping

Comment wrapping

Ignore copyright update commits when determining the last update to a file.

Update copyright years of 3488 files.

Add a header to this file.

Add a script that updates the copyright year of all files.

wrapcomments

fix formatting

Bring back the constructor of MPI_InitFinalize.

I had removed it in a previous patch, thinking that it was deprecated,
but in fact it wasn't. Rather than undoing the change, provide the
third argument of another constructor with a default value.

Merge pull request #441 from tjhei/fe_q_image_in_doc

Fix FE_Q images in documentation

Merge pull request #440 from Rombur/FreeBSD

Update dealii::multithread_info.n_cpus for FreeBSD

dealii::multithread_info.n_cpus returns the correct number of CPU on FreeBSD.

wrapcomments

change <img> to @image

Merge pull request #438 from kronbichler/master

Check for job_supports_mpi() inside MPI Allgather functions.

Merge pull request #436 from bangerth/remove-old-benchmarks

Remove old benchmarks that haven't been looked at in years.

Check for job_supports_mpi() inside MPI Allgather functions.

MPI calls are only allowed if MPI_Init has been called. To simplify
calls to MPI::sum, MPI::max etc. and avoid putting job_supports_mpi()
around them, place this hopefully very cheap test inside the functions.

Also moved job_supports_mpi() from the namespace Utilities::System to
Utilities::MPI.

Remove old benchmarks that haven't been looked at in years.

They almost certainly also don't build any more.

Merge pull request #424 from bangerth/remove-deprecated-class-MGDoFHandler

Remove deprecated class MGDoFHandler

Fix up a change from a previous patch: use only a single thread in this test.

Remove deprecated class MGDoFHandler.

Merge pull request #435 from kronbichler/master

Fix a bug from #432: Only do MPI::sum when MPI is initialized.

Fix a bug from #432: Only do MPI::sum when MPI is initialized.

Merge pull request #434 from bangerth/fix-typo

Fix the same typo in a number of places.

Fix another set of typos.

Fix the same typo in a number of places.

Merge pull request #431 from l-korous/master

Add minimal workaround for Visual Studio DoFHandler problems.

Add minimal workaround for Visual Studio DoFHandler problems.

Merge pull request #432 from kronbichler/master

Bugfix of has_ghost_elements() of parallel vector

Merge pull request #430 from tamiko/update_changelog

Update changelog

List new entry

Bugfix of has_ghost_elements() of parallel vector.

- The fix from PR 419 was incomplete and did not consider the case of
a ghosted vector that is copied by operator= from a non-ghosted one
(this is the standard interface for PETSc and Trilinos vectors). This
is now fixed by keeping the information in the parallel partitioner.
- Make comments in parallel vector somewhat prettier.
- Re-fill a few comments.

Update changelog

changes.h now tracks all changes after version 8.2.1.

Merge pull request #429 from bangerth/fix-test

Fix a test that started failing when multithreading was recently switched on inadvertantly.

Fix a test that started failing when multithreading was recently switched on inadvertantly.

Merge pull request #428 from tamiko/update_changelog

Take over 8.2.0-vs-8.2.1.h changelog to master branch

Provide a 8.2.0-vs-8.2.1.h changelog

Merge pull request #425 from tjhei/fix_step43

fix step-43

MPI_InitFinalize now needs 3 args.

fix step-43

MPI_InitFinalize now needs 3 args.

Merge pull request #423 from tjhei/bug_tril_copy_mat

[WIP] test copying Trilinos SparseMatrix

changelog

fix test

update documentation

handle self-assignment in reinit() and copy_from()

also include a test

add test for reinit() and copy_from()

disable TrilinosWrappers::SparseMatrix copy constructor and operator=

implement PETScWrappers::MPI::SparseMatrix::reinit

test copying Trilinos SparseMatrix

It looks like Trilinos is overwriting a matrix even though I am making a
copy. Test currently fails.

Merge pull request #420 from tamiko/clean_up_config_h

[RFC] Reorganize config.h.in, remove obsolete definitions

Merge pull request #422 from luca-heltai/transition-to-manifold

Added set_all_manifold_ids* functions to tria.

Fixed value instead of reference.

Added set_all_* functions to tria.

Merge pull request #419 from kronbichler/master

Bugfix in state 'has_ghost_elements' of parallel vector.

When assigning a non-ghosted vector from another non-ghosted vector,
the state of the vector should be non-ghosted also when the partitioners
of the vectors are different.

add a changes.h entry

Reorganize config.h, remove obsolete definitions

Bugfix in state 'has_ghost_elements' of parallel vector.

When assigning a non-ghosted vector from another non-ghosted vector,
the state of the vector should be non-ghosted also when the partitioners
of the vectors are different.

Merge pull request #418 from bangerth/improve-error-message

Use complete sentences in error messages.

Use complete sentences in error messages.

Merge pull request #417 from tamiko/remove_direct_mumps_interface

Remove SparseDirectMUMPS interface

Update documentation add news entry for mumps removal

Remove SparseDirectMUMPS

Testsuite: Remove mumps related tests

CMake: Remove mumps configuration

Merge pull request #416 from bangerth/remove-deprecated-functions-3

Remove deprecated functions 3

Merge pull request #413 from luca-heltai/boundaryid-to-manifoldid

Added functions to copy boundary and material ids  to manifold ids.

Fixed comments, made second arguments const.

Update changelog.

Remove deprecated function TrilinosWrappers::*Vector*::compress with Epetra_CombineMode argument.

Remove deprecated function Vector::scale.

Remove deprecated functions with names that contain cell_normal.

Remove deprecated functions with names that contain functions_grads.

Added copy_material_to_manifold

Added copy boundary to manifold id function.

Merge pull request #412 from bangerth/fix_initialization_of_mpi

Fix two mistakes with MPI initialization.

For programs that use Trilinos, we need to initialize the MPI system even if the program does not in fact use MPI.

No need to initialize MPI for a program that neither uses MPI nor Trilinos.

Add changelog entry.

Remove deprecated functions with names that contain 2nd_derivative.

Merge pull request #414 from bangerth/minor-cleanup

Fix one typo.

Fix one typo.

Also improve readability slightly by aligning commands.

Merge pull request #407 from bangerth/remove-deprecated-functions-2

Remove deprecated functions 2

Update changelog after rebasing to master.

Simplify control flow.

Remove a member variable that is never set to anything other than 'true'.

Reintegrate do_init into constructor of MPI_InitFinalize.

This is possible now that we have only one constructor left.

Fix a typo.

Remove deprecated function *Vector*::compress() without argument.

Address and document issues with compress() in these testcases.

Remove deprecated constructor of SparseMIC.

Remove deprecated function SparseILU::apply_decomposition.

Remove deprecated constructor of SparseILU.

Remove deprecated function Triangulation::clear_user_pointers.

Remove deprecated function Triangulation::distort_random.

Remove namespace deal_II_numbers and various outdated in namespace types.

Remove deprecated MPI support functions in namespace Utilities and Utilities::System.

These functions have been available in namespace Utilities::MPI for a while already.