Merge pull request #16687 from masterleinad/fix_boundary_manifold_step_54_docs

Fix OpenCASCADE::*Boundary references to OpenCASCADE::*Manifold in step-54 docs

Fix OpenCASCADE::*Boundary references to OpenCASCADE::*Manifold in step-54 docs

Merge pull request #16685 from tamiko/relicensing-preliminaries-2

Relicensing: update .mailmap

Merge pull request #16659 from marcfehling/trilinos_readme

Update Trilinos readme.

Merge pull request #16680 from bangerth/doc

Minor updates to the documentation of a few functions.

Merge pull request #16675 from gassmoeller/writable_reference_particle_location

Add function to retrieve a writable reference to particle locations

Mailmap: add missing entries

Mailmap: sort and compactify

Merge pull request #16682 from masterleinad/ci_matrix_free_kokkos

GitHub CI: Also compile matrix_free_kokkos tests in CUDA CI

Merge pull request #16681 from bangerth/efficiency

Minor efficiency improvement.

Merge pull request #16683 from masterleinad/tpetra_complex_solver_direct

Tpetra: Fix instantiations for SolverDirect* with complex number types

GitHub CI: Also compile matrix_free_kokkos tests in CUDA CI

Tpetra: Fix instantiations for SolverDirect* with complex number types

Add test

Make indent

Modify usage and include in tests

Minor efficiency improvement.

Merge pull request #16679 from masterleinad/tpetra_fix_complex

Tpetra: Fix compiling with complex values

Merge pull request #16676 from masterleinad/tpetra_clear_row

Tpetra: Add SparseMatrix::clear_row[s]

Minor updates to the documentation of a few functions.

Merge pull request #16674 from tamiko/fix_cmake_optimized_debug_keywords

CMake: honor `optimized`,`debug`, and `general` keywords in `LIBRARIES` and `TARGETS`

Merge pull request #16670 from bangerth/size-type

Use size_type as return type of SparseMatrix::m().

Merge pull request #16677 from bangerth/t-8

Add Tpetra SparseMatrix::matrix_scalar_product() and matrix_norm_square().

Fix compiling clear_rows with newer Trilinos versions

Let clear_rows take an ArrayView argument

Tpetra: Fix compiling with complex values

Merge pull request #16673 from mschreter/fix_flux_sparsity_FE_Nothing

Fix `make_flux_sparsity_pattern` for `FENothing`

Add some missing assertions.

Add tests.

Add Tpetra SparseMatrix::matrix_scalar_product() and matrix_norm_square().

Tpetra: Add SparseMatrix::clear_row[s]

Add writeable particle location reference

Merge pull request #16672 from masterleinad/tpetra_is_non_negative

Tpetra: Implement Vector::is_non_negative

CMake: update comment

CMake: bugfix: honor debug,optimized,release keywords in LIBRARIES and TARGETS

fix make_flux_sparsity_pattern for FENothing

Merge pull request #16650 from bangerth/sundials7

Add output variants for SUNDIALS 7.

Merge pull request #16457 from bangerth/assume

[C++23] When using C++23, use [[assume]] attribute.

Tpetra: Implement Vector::is_non_negative

Merge pull request #16651 from bangerth/sundials7-2

Add the remaining SUNDIALS 7 output variants.

Merge pull request #16669 from masterleinad/fix_bundled_boost_unary_function

Fix bundled boost 1.70.0 to avoid using std::unary_function

Use size_type as return type of SparseMatrix::m().

Merge pull request #16668 from kinnewig/tpetra_wrappers_fix

Make LA::TpetraWrappers::SparseMatrix::copy_from compatible with older Trilinos versions.

Fix bundled boost 1.70.0 to avoid using std::unary_function

Make LA::TpetraWrappers::SparseMatrix::copy_from compatible with older Trilinos versions.

Merge pull request #16588 from kinnewig/tpetra_block_system

Add TpetraWrapper::BlockVector and TpetraWrappers::BlockSparseMatrix

Merge pull request #16660 from jpthiele/rm-vout

Remove verbose output from Tpetra direct solver

Merge pull request #16664 from kinnewig/tpetra_wrappers_comparison_operator

Add a comparison operator to LA::TpetraWrappers::Vector

Add a comparison operator to LA::TpetraWrappers::Vector

Add reinit() method to create a LA::TpetraWrappers::SparseMatrix from a dealii::SparseMatrix.

Rework reinit_matrix in LA:TpetraWrappers::SparseMatrix

Make TpetraWrapps::Vector compatible with BlockVectorBase.

Make TpetraWrapps::SparseMatrix compatible with BlockMatrixBase.

Introduce TpetraWrappers::BlockSparseMatrix

Introduce TpetraWrappers::BlockVector

Remove verbose output from direct solver

Merge pull request #16602 from jpthiele/tpetra-solverdirect

Add SolverDirect for Tpetra Wrappers

Add initial support for Amesos2

Update Trilinos readme.

Merge pull request #16657 from drwells/extrude-assert

Assert that we only extrude quadrilateral meshes.

Merge pull request #16654 from bangerth/enable-if

Only enable a function if a template type is right.

Assert that we only extrude quadrilateral meshes.

Extruding mixed or triangle meshes requires wedges: this isn't implemented yet.

Merge pull request #16645 from sebproell/nvector-multi

SUNDIALS N_Vector: implement efficient operations

Remove an unnecessary 'inline'.

Merge pull request #16632 from peterrum/compute_active_cell_halo_layer_pbc

GridTools::compute_active_cell_halo_layer() for periodic meshes

Merge pull request #16633 from kronbichler/fix_empty_comm

MG transfer global coarsening: Avoid sending empty messages

Merge pull request #16647 from bangerth/t-7

Add Tpetra tests that are already working.

Merge pull request #16653 from tamiko/fix_mpi_datatype

Fix segmentation fault when using mpich

Add output variants for SUNDIALS 7.

Add Tpetra tests that are already working.

Add the remaining SUNDIALS 7 output variants.

Only enable a function if a template type is right.

base/mpi.h: mark a template variable to have "const inline" linkage.

base/mpi.cc: remove superfluous explicit instantiations of template variable

The `mpi.h` header already contains:
```
template <typename T>
const MPI_Datatype mpi_type_id_for_type = /* implementation detail */;
```
Meaning, the variable is known fully after including the header.
Furthermore, the `const` qualifier marks the (template) variable as
`static`. I.e., it has internal linkage.

Thus, we must not explicitly instantiate the variables (suggesting
"extern" linkage in all but the `mpi.cc` compilation unit). This
apparently not an issue with OpenMPI because `MPI_Datatype` is a
complex data structure. But it is an issue with mpich where
`MPI_Datatype` is a simple `int` - leading to a segmentation fault when
during program startup.

SUNDIALS N_Vector: implement efficient operations

These operation are only supported by deal.II vectors.

Merge pull request #16648 from masterleinad/tpetra_sparse_matrix_frobenius

Tpetra: Add frobenius_norm to SparseMatrix

Merge pull request #16649 from masterleinad/fix_optional_header_tpetra_vector

Add missing <optional> header for trilinos_tpetra_vector.h

Merge pull request #16646 from jpthiele/testsuite-documentation

Add info for TPLs to testsuite doc.

Add missing <optional> header for trilinos_tpetra_vector.h

Tpetra: Add frobenius_norm to SparseMatrix

Add info for TPLs to testsuite doc.

Merge pull request #16629 from masterleinad/github_ci_trilinos_tpetra

GitHub CI: Test building with Trilinos+Tpetra

Merge pull request #16637 from bangerth/t-5

Fix Tpetra vector element access.

Merge pull request #16640 from bangerth/doc

Clarify the documentation of IndexSet::is_empty().

Use 'auto' instead of declaring a complicated type.

Clarify the documentation of IndexSet::is_empty().

Merge pull request #16638 from lethe-cfd/changelog_colorize_cylinder_shell

Add missing changelog entry for colorize cylinder_shell

Add missing changelog entry

Apply the same patch also to the set() function.

Add an assertion.

Create views lazily, once we know that we need them.

Rearrange code slightly.

Merge pull request #16497 from Rombur/rename_cudawrappers

Move matrix free classes from CUDAWrappers namespace to Portable namespace

Merge pull request #16634 from kronbichler/improve_docu

MPI compute index owner: improve documentation of flag

Merge pull request #16608 from bangerth/t-2

Work around an issue in Teuchos::rcpFromRef() with types only forward declared.

Merge pull request #16607 from bangerth/t-1

Improve the error message we get for DEAL_II_ASSERT_UNREACHABLE().

Merge pull request #16610 from bangerth/t-4

Also instantiate the Trilinos Tpetra VectorReference class.

GridTools::compute_active_cell_halo_layer() for periodic meshes

Merge pull request #16630 from lethe-cfd/colorize_cylinder_shell

Add colorize option to cylinder_shell

GitHub CI: Test buildng with Trilinos+Tpetra