Add cmake configury stuff to also build the boost::iostreams library.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32087 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add library subdirectory, but excluding all the documentation, build, test and example subdirectories.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32086 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Properly call the template arguments 'InputIterator', rather than 'ForwardIterator'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32085 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Introduce more powerful constructors for the table classes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32084 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add another test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32083 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add new tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32082 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Generalize TableBase::fill.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32081 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention a class that now exists.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32080 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Properly qualify references to classes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32079 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention BOOST Iostream.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32078 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add new test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32077 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Qualify references to Table from within namespace internal in preparation for a patch to come next.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32076 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve an error message.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32075 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32074 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove an unused variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32073 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New class InterpolatedUniformGridData.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32072 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change the name everywhere.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32070 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change my mind: call the new class InterpolatedTensorProductGridData instead.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32069 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New class InterpolatedTensorProductData.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32068 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also link with boost::iostreams.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32067 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Detect in ParameterHandler::get_double/integer whenever the text of a parameter is not a number.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32065 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve documentation slightly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32063 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move to a better place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32059 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix some xrefs

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32057 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document the presence of step-26.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32054 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Finish documenting step-26.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32053 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix indentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32052 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

move entry from changes.h to 8.0vs8.1 as it is included in 8.1

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32051 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a nasty bug in DerivativeApproximation which simply did not work at all in parallel.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32049 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a nasty bug in DerivativeApproximation which simply did not work at all in parallel.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32048 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Removed partial specialization of create_boundary_mass_matrix_1 for codimension 1 which prevented case 2,3 to work.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32045 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Test unit support points of FE_FaceQ

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32044 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update deal.ii paper bibtex

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32043 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix unit support points.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32042 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide a news item

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32040 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Have both subscribe and unsubscribe in the .cc file. This resolves an issue recently reported on the mailing list of strange crashes where someone links with the debug library but forgets to set -DDEBUG, which leads to a mismatch between what is compiled into their application (coming from the header file) and what they link with (coming from the library) and that leads to a completely unhelpful error message. The resulting code will be slower, but subscribing and unsubscribing is fortunately not something we do all the time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32039 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-word a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32038 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not perform ML tests with 64 bit indices which are not supported by ML.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32037 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix formula.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32036 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix link

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32034 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix links

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32032 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make some progress with the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32031 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Define the constructor of LoopControl within the class so that it is emitted as a weak symbol

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32030 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add some documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32026 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo accidental check-in.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32025 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix project_boundary values for small values of function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32024 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Improve default config; Rename Config.sample to config.sample

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32023 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Hide advanced options

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32021 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32020 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Big compilation variables cleanup

 - Be consistent in naming: All compiler / linker flag variables and
   compile definition variables now start with DEAL_II_*

 - For compatibility: Rename the corresponding CMAKE_* variables to
   DEAL_II_* and log the fact in the configure output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32019 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reenable TBB_DO_ASSERT=1 when configuring tbb

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32018 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Override the tbb assertion handler when TBB_DO_ASSERT is set.

The override does print the original tbb error message and after that
reenables abort_on_exception and show_stacktrace and emits a deal.II
exception.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32017 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Disable debug output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32016 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make tests pass for now (meshworker loop needs more work)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32015 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove left over comments in meshworker

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32014 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove reference to authors@dealii.org since that address does not exist any more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32013 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Apply patch by Andrew Baker.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32009 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: Do not define TBB_DO_ASSERT=1.

This is an internal definition; the original build system does not define
it for building the default library, so we shouldn't do either.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32006 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add CellID::operator<

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32005 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

test: fix error estimator norm output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32004 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

test: fix error estimator norm output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32003 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Bugfix: These tests need ZLIB

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32001 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Bugfix: These tests need LAPACK

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31999 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cleanup: Use "DEAL_II_WITH_*" instead of legacy "DEAL_II_USE_*"

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31998 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Only use hostname output up to first period "."

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31995 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove all empty directories (git svn --rmdir next time...)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31994 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: Several fixes for bundled tbb

- Compile bundled tbb with "-D__TBB_BUILD=1" instead of "-D__TBB_BUILD"
- Remove non functional build rules for Windows/Cygwin and ia64, disable
  bundled tbb support instead
- Remove unnecessary files to minimize source file footprint

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31993 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

introduce LoopControl

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31989 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

improve documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31988 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

timer 2 is annoying to test, fix that by not printing the timing information

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31987 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typos

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31986 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31985 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

reformat docu

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31984 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31983 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

LoopControl class introduced

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31982 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Compress text some more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31981 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some whitespace issues.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31980 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

change documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31979 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add missing instantiations

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31977 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add missing instantiations

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31975 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: Remove debug code in petsc_solver.cc that disables deallog output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31973 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a configure time check DEAL_II_MAC_OSX_C99_BUG

This is a small configure time check for a regression on Mac OS-X 10.9
where gcc in C++11 mode is unable to link to certain C standard library
functions defined in ctype.h and similar. In this case just disable C++11
support.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31970 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Adjust output of umfpack_04 for Intel

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31968 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust test cases for change in 31950: do not output number of actual nonzeros in advection matrix because they are sensitive to roundoff and are irrelevant to the test. Output more digits.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31966 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

reference new 8.0 publication

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31965 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Filter out branch in run_testsuite.cmake correctly

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31963 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Only run matrix_free/step-48 if mpi is enabled

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31961 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix hanging nodes in step-26 and make the mesh a somewhat finer

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31960 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

release step 9.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31957 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

change version number in changes.h

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31955 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

bump version

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31954 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update output to new tangential jump operator

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31951 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Need to disable CellSimilarity when the number of threads is greater than one because otherwise we get different mapping data (on the order of roundoff) on cells that are translations of each other. When using WorkStream, this might result in different matrices that are eventually generated

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31950 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Documentation: Remove obsolete header entry to deal.css in mod_header.pl

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31949 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert the last two commits because RULE_LAUNCH_COMPILE is not supported by
the Ninja Generator...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31948 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix link

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31947 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix links

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31946 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a couple more words.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31945 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Separate initials as in most places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31944 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix comment style in css

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31943 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d