Merge pull request #1216 from tjhei/fix_avoid_epetra_map

fix: avoid Epetra_Map in Trilinos interface

fix: avoid Epetra_Map in Trilinos interface

use DomainMap instead of ColMap.

Merge pull request #1205 from tjhei/stl_bugs

Stl bugs

Merge pull request #1214 from kronbichler/master

Fix compilation warning: &DoFCellAccessor::get_fe() == 0

Fix compilation warning: &DoFCellAccessor::get_fe() == 0

reference cannot be bound to dereferenced null pointer in well-defined
C++ code; comparison may be assumed to always evaluate to true

Merge pull request #1213 from tjhei/avoid_trilinos_epetra_map

avoid using Trilinos col/row_partitioner

avoid using Trilinos col/row_partitioner

Merge pull request #1200 from tjhei/set_thread_limit

rework set_thread_limit()

fix stl errors and rework MPI recv/send

this addresses the two TODOs in the code

more stl fixes

Merge pull request #1212 from bangerth/update-step-10

Minor updates to step-10.

early out compute_point_to_point_communication_pattern()

Fixes another stl invalid access

Stylistic updates.

Minor updates to step-10.

In particular, reference step-53.

update tests

rework set_thread_limit()

- allow calling set_thread_limit() more than once by reinitializing the
TBB task_scheduler
- always call set_thread_limit() using static initialization before any
user code (and thus TBB usage) happens
- as a result DEAL_II_NUM_THREADS will now always be respected even if
users never call set_thread_limit() themselves
- test suite: always enforce a maximum of 5 threads (instead of only if
not configured with MPI)
- add test for changing the thread limit

Merge pull request #1211 from tjhei/fix_tests_for_intel15

tests: increase precision to fix on intel

tests: increase precision to fix on intel

fix out of bounds access

Merge pull request #1208 from tjhei/fix_index_set_trilinos_constr

make IndexSet Epetra_Map constr explicit

make IndexSet Epetra_Map constr explicit

The new constructor IndexSet(const Epetra_Map &map) was not marked explicit
and caused ambiguous type conversions.

Merge pull request #1206 from tjhei/remove_muelu_warnings

suppress muelu warnings

suppress muelu warnings

Disable extra diagnostic Wunused-but-set-variable when including
trilinos to avoid muelu warning.

avoid dereferencing empty std::vectors

Merge pull request #1204 from bangerth/revise-mapping-fill_fe_values-interface

Revise mapping fill fe values interface

Also update the changelog for the mapping classes.

Revise the Mapping::fill_fe_*_values() interfaces.

These functions previously got a whole lot of arguments for the output arrays.
Consolidate them by simply passing the structure in which they actually lie.

While there, also do:
- Sort these arguments in such a way that they make a bit more sense.
- Provide a thorough documentation of these functions.

Fix a typo in a previous patch.

Merge pull request #1203 from bangerth/fix-pr-1183

Fix #1183.

Fix #1183.

In #1183, I accidentally removed a class qualification on a call. This leads
to some 20 tests failing. This patch restores the issue.

Merge pull request #1202 from tjhei/fix_changelog

move changelog entries that went into 8.3

move changelog entries that went into 8.3

Merge pull request #1199 from luca-heltai/update-travis

Update Travis setup.

Updated travis config.

Merge pull request #1182 from bangerth/make-mapping-internal-data-const

Make mapping internal data const

Update documentation in a few other places as well.

Document the various Mapping*::InternalData classes.

Document Mapping::InternalDataBase better.

Update documentation of MappingType.

Adapt the recent changed to MappingFEField to be compatible with what we do here.

Move a member variable to derived classes.

The variable isn't used in the base class, and not all derived classes
use it either.

Make the internal data object of the mapping classes const.

Logically, they are input arguments to the fill_fe_values() functions, they are only
initialized in get_data() etc. Thus, make them const in the fill_fe_values functions.
There are places where mapping classes want to move data across from fill_fe_values
in terms of temporary arrays to the transform() function that may be called right
afterwards from FiniteElement::fill_fe_values(). In those cases, make these members
mutable.

Let second_derivative() return a const reference, rather than a value.

This function is used in places where we want to get pointers into an array. Make sure that
is possible for both the const and the non-const version of the function. (The latter
already did this; the former didn't and that wasn't needed, but I need it for a
follow-up patch.)

Merge pull request #1191 from luca-heltai/no-warnings-on-reinit

Deprecate Epetra_Map constructors in Trilinos::SparseMatrix and add getters for IndexSets

Merge pull request #1197 from luca-heltai/fix-mapping-fe-field

Fixed #941.

Made get_data return InternalData.

Merge pull request #1195 from luca-heltai/fix-fe-field

Fixed bug in VectorTools::get_position_vector.

Moved dof values and indices inside InternalData. Closes #941.

Added entry in changes.h. Closes #1029.

Added get_mpi_communicator() to Trilinos Matrix.

Added IndexSet constructor with Epetra_Map

Fixed documentation and a few const.

Fixed bug in MappingFEField. Closes #1138.

Merge pull request #1194 from luca-heltai/fix-qgauss-log

Added Assert in QGaussLogR.

Fixed indentation.

Added Assert in QGaussLog and fixed test. Closes #1058.

Merge pull request #1193 from drwells/german-to-english-comment

Translate a comment from German to English.

Translate a comment from German to English.

Merge pull request #1192 from bangerth/fix-oversight

Remove an unnecessary #include file.

Remove an unnecessary #include file.

Merge pull request #1190 from tjhei/fix_changelog

move changelog entries that got included in 8.3

move changelog entries that got included in 8.3

Merge pull request #1180 from bangerth/fix-refinement

Make sure that computed refinement thresholds are no larger than the max indicator

Merge pull request #1188 from bangerth/fix-comments

A couple of forgotten things.

Re-break comments to the usual length.

Update the numbers in a comment.

Add a changelog entry.

Merge pull request #1183 from bangerth/use-covariant-return-types

Simplify code.

Merge pull request #1184 from bangerth/cosmetic-changes

Cosmetic changes.

Merge pull request #1181 from bangerth/remove-unused-variable

Remove an unused variable.

Cosmetic changes.

There's a show on TV as I write on cosmetic surgery. I thought I'd do some of
my own in a couple of places I found over the past few days.

Simplify code.

There are a couple of places where we call a get_data() function
that returns a pointer to a base class when we know that the actual
data type is a pointer to derived class. We need to cast right back
to the derived class.

This can be avoided by using covariant return types where the get_data()
function returns a pointer to derived right away.

Remove an unused variable.

This must be a left-over from some earlier development.

Make sure that compute refinement thresholds are no larger than the max indicator.

This could happen because we search the threshold in an interval larger than the
actual indicators. If we end up with a threshold that is larger than the largest
indicator, we need to cut things back.

In the process of debugging, I also found a few oddities that have to do
with the fact that we do a lot of arithmetic in double precision, but often
pass in criteria as vectors of float. Fix some of those as well.

Merge pull request #1178 from tjhei/fix_test

Fix tests

Merge pull request #1179 from tjhei/fix_cmake_bug

Fix cmake configure issue introduced by #1148

Fix cmake configure issue introduced by #1148

add missing RESET_CMAKE_REQUIRED() introduced by #1148 and commit
e02e450.

make tests/fe/cell_similariy_11 work without MPI

Avoid exception "Calling set_thread_limit() more than once is not
supported!".

Test: adjust iteration counts

Merge pull request #1167 from tjhei/test_fixes_muelu

fix muelu test output

Merge pull request #1176 from tjhei/dynamic_sp_fix

fix invalid operation in DynamicSparsityPattern::iterator

fix invalid operation in DynamicSparsityPattern::iterator

We used to compare two std::vector iterators that might belong to
different std::vectors. This is obviously illegal.

This addresses issue #1175, see
https://github.com/dealii/dealii/issues/1175

Add a test that failed (with stl debug library only).

Merge pull request #1173 from bangerth/more-CellSimilarity-issues

Make the CellSimilarity argument const also in Mapping.

Make the CellSimilarity argument const also in Mapping.

Logically, these arguments are intended to be input arguments, so make them
const. Also, don't make them a reference as they are simply integral values.

That said, the original intention of having a reference was so that
mappings can indicate situations where cell similarity has to be
disregarded. Consequently, let the fill_fe_values() functions return a
cell similarity value that will then simply be assigned to the same
variable again.

Merge pull request #1174 from kronbichler/master

Test case for cell similarity

Test case for cell similarity

Merge pull request #1171 from kronbichler/master

Fix #1168, make compile with boost bind.

Make compile with boost bind.

Merge pull request #1169 from bangerth/replace-random_shuffle

Replace the use of std::random_shuffle.

Replace the use of std::random_shuffle.

It turns out that this function has been deprecated for C++17, see
http://www.open-std.org/jtc1/sc22/wg21/docs/papers/2014/n3924.pdf

As a side effect, the function has also gotten more predictable.

Merge pull request #1122 from tjhei/iterate_index_sets

new IndexSet iterators

fix muelu test output

Merge pull request #1166 from bangerth/clarify-fill_fe_values-arguments

Clarify fill fe values arguments

Merge pull request #1164 from kronbichler/master

Reduce number of failing tests with FMA

Add a changelog entry.

Pass CellSimilarity arguments by value rather than by reference.

These are integral valued arguments for which references are not necessary. They are
also all input arguments.

Mark two more of the FiniteElement::fill_fe_values arguments as const.

These two arguments were supposed to be input arguments, but weren't marked as const. Do
this here, and document the respective functions better.

Update the code in a way that makes it clearer.

Specifically, don't modify an input argument of the function but instead use the
old value and just modify the conditions in which it is used. This makes it clearer
when certain actions have to be performed.

Rewrite the FE_DGPNonparametric::fill_fe_*_values() functions.

Specifically, make sure that the FiniteElement::InternalDataBase object they receive is
really used specifically only for read-only purposes. This requires that we allocate some
memory in the fill_fe_*_values() functions for scratch arrays, but on the upside, we can
get rid of the FE_DGPNonparametric::InternalData class.

Add some documentation.