Make sure the .inst files are available as inputs for doxygen.

We let doxygen read the .cc files, but then it complains that the .inst files are not
available that we #include at the ends of the .cc files. Fix this by ensuring that
doxygen knows which directories these files are available in.

Merge pull request #6585 from davydden/feature/accessor_global_index

add Accessor::global_index()

Merge pull request #6596 from bangerth/minor-cleanup

Avoid using std::make_pair and just use a brace-enclosed list.

test Accessor::global_index()

Avoid using std::make_pair and just use a brace-enclosed list.

update documentation

Merge pull request #6472 from marcfehling/handles

Triangulation manages offsets. Data attaching classes take handles.

Merge pull request #6590 from davydden/bugfix/quicktest_scalapack

quick-test: do not use lapack/create_matrix.h in scalapack test

quick-test: do not use lapack/create_matrix.h in scalapack test

Merge pull request #6578 from masterleinad/fix_cuda_solver_02

Fix CUDA test cuda/solver_02

Merge pull request #6587 from tamiko/fix_gitattributes

Fix .gitattributes

Fix .gitattributes

add Accessor::global_index()

Merge pull request #6584 from masterleinad/remove_deprecated_header

Remove deprecated header files and typedefs

Remove deprecated header file

Fix CUDA test

Merge pull request #6567 from luca-heltai/fix-tutorial-doxygen-generation

Make sure program2doxygen does not change code blocks

Merge pull request #6577 from kronbichler/fix_matrix_vector_faces_05

Disable a test of a functionality that is currently experimental

Merge pull request #6576 from masterleinad/fix_docu_htl

Fix reference to FETools::hierarchic_to_lexicographic_numbering

Disable a test of a functionality that is currently experimental.

Fix reference to FETools::hierarchic_to_lexicographic_numbering

Fixed perl regex.

Merge pull request #6574 from drwells/update-porting

Update the porting document.

Update the porting document.

Merge pull request #6573 from drwells/update-navbar

Update some navbar links.

Update some navbar links.

Fixed WB comment. Removed temporaryly the random new style.

Merge pull request #6566 from bangerth/semicolon

semicolon

Added div around inlined code.

Merge pull request #6568 from tamiko/make_aspect_happy

CMake: Do not set -Wsuggest-override in the project configuration

Merge pull request #6569 from luca-heltai/doc-fixes

Doc fixes

Don't use tables in results.dox (copied from step 18)

CMake: Do not set -Wsuggest-override in the project configuration

Make sure program2doxygen does not change code blocks

semicolon

Fixed some issues with step-60 doc.

Merge pull request #6564 from jppelteret/doc_fix_03

Small doc fixes to the AD module

Small doc fixes to the AD module

Merge pull request #6550 from bangerth/array

Simplify a function that returns an array.

Merge pull request #6562 from masterleinad/avoid_std_bind1st

Avoid using std::bind1st in FE_Nedelec_SZ

Merge pull request #6542 from jppelteret/ad-documentation

Add documentation for AD module

Aboid using std::bind1st in FE_Nedelec_SZ

Merge pull request #6559 from masterleinad/fix_override

 Make sure to use override where appropriate

Add compiler flag -Wsuggest-override

Use override in the bundled boost where possible

Make sure to use override where appropriate

Fix DA's comments

Merge pull request #6556 from masterleinad/fix_nedelec_sz_non_rect_2d

Fix fe/fe_nedelec_sz_non_rect_2d

Merge pull request #6554 from bangerth/patch-1

Obtain the correct size for an output vector from the source, rather than from an output array.

Fix FE_Nedelec_SZ

Fix DD's comments; other documentation improvements

Merge pull request #6553 from kronbichler/improve_gmres_eigenvalues

Improve test lac/gmres_eigenvalues

Fix fe/fe_nedelec_sz_non_rect_2d

Double-brace an initializer list, as required by some compilers.

Merge pull request #6555 from jppelteret/doc-step-18

Fix results image table for step 18

Correct whitespace in doxygen code section

Reformat table of images in step-18 results section

Add CSS environment for three column layout

Merge pull request #2240 from rosskynch/NedelecSZ

New Nedelec finite element: FE_NedelecSZ

Obtain the correct size for an output vector from the source, rather than from an output array.

Merge pull request #6546 from masterleinad/fix_mpi_tag

Use MPI_TAGs that are guaranteed to be valid

Merge pull request #6529 from bangerth/patch-5

Utilize the C++11 constructors of std::[io]stream taking a std::string.

Merge pull request #6530 from bangerth/patch-4

Do not convert a std::string to char* just to convert it back.

Merge pull request #6526 from bangerth/patch-7

Simplify a resize statement.

Merge pull request #6527 from bangerth/patch-8

Align function arguments as we usually do.

Merge pull request #6528 from bangerth/patch-3

Use the appropriate type to state a zero.

Improve test lac/gmres_eigenvalues.

Add a changelog entry.

Simplify a function that returns an array.

Previously, it used a reference to an array as an output argument. Now, we can just
return a std::array<...,dim>.

Merge pull request #6531 from bangerth/patch-2

Use the appropriate type to state a constant.

Merge pull request #6545 from bangerth/doc-update

Leave a note in the documentation of class ArrayView.

Merge pull request #6544 from bangerth/doc-update-81

Further clarify readme.html

Merge pull request #6543 from bangerth/doc-update-80

Update the Gmsh entry in readme.html.

Merge pull request #6537 from drwells/attach-torus-manifold

Attach a TorusManifold to a Torus.

Merge pull request #6539 from tjhei/doxygen_add_bdm_to_fe

add FE_BDM to doxygen FE group

Leave a note in the documentation of class ArrayView.

Use MPI_TAGs that are guaranteed to be valid

Clarify some text.

Remove a repetitive piece of text that doesn't add information.

Update the Gmsh entry in readme.html.

Merge pull request #6541 from davydden/doc/gmsh_info

doc: say what we need from Gmsh

Triangulation now manages offsets. Data attaching classes now take handles from the triangulation to find offset and pack_callback.

Add documentation for AD module

Fixes #6172

doc: say what we need from Gmsh

Merge pull request #6532 from bangerth/patch-1

Break a statement in a way that is easier to read.

Attach a TorusManifold to a Torus.

Merge pull request #6540 from drwells/step-60-typos

Step 60 typos

Add the step-60 builds-on file.

Remove trailing whitespace.

Create another doxygen link.

Fix some markdown mishandling by doxygen.

My copy of doxygen does not correctly bold all statements with double
earmuffs; use HTML instead.

Remove spurious links to Boundary.

add FE_BDM to doxygen FE group

Merge pull request #6535 from masterleinad/increase_tolerance_quadrature_chebyshev

Slighty increase tolerance in base/quadrature_chebyshev

Fix some typos in step-60.

Merge pull request #6538 from drwells/update-gridgenerator-docs

Update gridgenerator docs

Merge pull request #6536 from masterleinad/decrease_tolerance_lac_gmres_eigenvalues

Slightly decrease solver tolerance in lac/gmres_eigenvalues

Remove a static Manifold from an example.

Clarify Manifold attachment in some functions.

Mention Manifold attachment in GridGenerator.