Merge pull request #1756 from masterleinad/branch_abs_for_int

Add header file for std::abs(int)

Merge pull request #1421 from tamiko/branch_fix_step45

Replace obsolete step-45 with new version

Redesign step-45 to support existing functions for periodic boundary conditions

Documentation: Allow for @cond, @endcond skip statements in example steps

Modify the program2doxygen perl script such that statement enclosed with
@cond SKIP and @endcond are filtered:

//@cond SKIP
[.. everything that is ignored ..]
//@endcond

Add header file for std::abs(int)

Merge pull request #1755 from masterleinad/branch_mapping_fe

Fixup order of template arguments in mapping_fe_field.h

Fixup order of template arguments in mapping_fe_field.h

Merge pull request #1753 from QiaoLei-88/namespace_placeholders

define namespace dealii::std_cxx11::placeholders

Merge pull request #1751 from bangerth/omit-petsc-trilinos-files

Omit PETSc/Trilinos wrappers when building without these libraries.

define namespace dealii::std_cxx11::placeholders

Merge pull request #1741 from drwells/mpi-seek-set

Check for MPI_SEEK_SET with CMake.

Merge pull request #1750 from tjhei/fix_parallelepiped

Fix parallelepiped

fix copyright year

Merge pull request #1733 from bangerth/further-FEValues-cleanups-36

Remove references to MappingQ1.

Omit PETSc/Trilinos wrappers when building without these libraries.

When building without PETSc, Trilinos, or SLEPc, the files we compile are empty.
There is no point doing so, so exclude them from compilation if they are not
needed.

changelog

remove duplicate code

Fix subdivided_parallelepiped

- missing reorder_cells() would generate unconnected cells
- faces had wrong boundary indicators (if colorizing)

Check for MPI_SEEK_SET with CMake.

This check was previously just embedded in a header, which caused some
confusing error messages, e.g.,

https://groups.google.com/forum/#!topic/dealii/2wPzS9wAzMM

This improves things by performing the check with CMake instead of
after (or during) compilation.

Merge pull request #1749 from bangerth/fix-warning-4

Fix a warning in optimized mode.

Fix a warning in optimized mode.

Merge pull request #1747 from bangerth/fix-non-mpi-compilation

Fix compilation without MPI.

Fix compilation without MPI.

This also fixes an issue where using std_cxx11::tuple did not work because
BOOST does not provide an operator< for it (C++11 appears to do so).

Merge pull request #1748 from bangerth/doc-update-37

Add something to the documentation.

Add something to the documentation.

Merge pull request #1746 from bangerth/fix-compilation

Fix compilation for non-C++11 compilers.

Merge pull request #1742 from danshapero/hotfix

Fix bug in compute_integrid_weights_2

Fix compilation for non-C++11 compilers.

Merge pull request #1740 from drwells/fix-doc-typos-5

Fix doc typos 5

Fix some erroneous names in the documentation.

For example: deal.II contains a 'DoFRenumbering' namespace and does not
contain a 'DoFRenumber' namespace. I removed references to the latter.

Add a missing noun to a sentence.

Fix some English word substitution typos.

In particular, this fixes substitution of 'loose' for 'lose' and 'ore'
for 'or'.

Fix some typos in the documentation.

Remove an incomplete sentence.

Fix bug in compute_integrid_weights_2

Merge pull request #1739 from QiaoLei-88/minorRefactor

a minor update on usage of increment operator

a minor update on usage of increment operator

Merge pull request #1738 from Rombur/fix_global_ID

Fix a bug in the grid_tools_local_to_global_vertex_id test.

Fix a bug in the grid_tools_local_to_global_vertex_id test.

Merge pull request #1736 from asartori86/fix_typo

Fix a couple of typos

fixed typos

Merge pull request #1735 from bangerth/fix-warning

Avoid a warning.

Merge pull request #1734 from bangerth/improve-error-message

Improve an error message

Avoid a warning.

Merge pull request #1720 from Rombur/global_vertex_id

Compute global index for the vertices

Get rid of an obscure exception with a poor message.

Instead, use a widely use variant.

Improve an error message.

Remove more references to MappingQ1.

This patch required some work by hand.

Mechanical changes to replace MappingQ1 by MappingQGeneric(1).

Merge pull request #1718 from agrayver/compute_intergrid_parallel

Make compute_intergrid_transfer_representation working in parallel

Add change entry

Minor fixes

Add test

Reindent

Make compute_intergrid_transfer_representation working for in parallel

Update documentation

Merge pull request #1730 from bangerth/update-step-7

Minor updates to the documentation of step-7.

Merge pull request #1729 from QiaoLei-88/TrilinosPrecAMG

Doc update and code refactoring of Trilinos AMG Preconditioner

refactor TrilonosWrapper::PreconditionAMG::initialize

doc TrilinosWrappers::PreconditionAMG::AdditionalData::constant_modes with more details

Merge pull request #1731 from drwells/fix-tparam-formatting

Fix some erroneous uses of @tparam.

Fix some erroneous uses of @tparam.

@tparam, unlike @param, starts a new paragraph where it is used. This
causes some strangely formatted documentation.

Minor updates to the documentation of step-7.

This implements suggestions by Hung-Chieh Chu.

Merge pull request #1726 from bangerth/further-FEValues-cleanups-35

Remove mention of MappingQ1 from the documentation.

Update tests.

Remove mention of MappingQ1 from the documentation.

In preparation to possibly deprecating MappingQ1 in favor of MappingQGeneric(1),
remove all mentions of MappingQ1 from the documentation.

Merge pull request #1725 from bangerth/further-FEValues-cleanups-35

Avoid using MappingQ1.

Remove a whole lot of uses of MappingQ1.

Rather, directly use MappingQGeneric, given that MappingQ1 is now
simply a shell to MappingQGeneric to preserve the name.

Merge pull request #1724 from bangerth/implement-unv-extension

Teach the UNV reader to understand more codes.

Run astyle.

Merge pull request #1723 from bangerth/update-step-42

Update to the step-42 documentation.

Add a changelog.

Teach the UNV reader to understand more codes.

This is a patch by Aslan Kosakian accompanied by a mesh sent by their group.

Update to the step-42 documentation.

This implements a suggestion by Korosh Taebi.

Merge pull request #1721 from alistairbntl/bdm_polynomials

Polynomials_bdm Documentation Edit

Polynomials_bdm Documentation Edit

  - The documentation suggests that the given functions are the
    the bdm shape functions when in fact they are the basis functions
    used to construct the bdm shape functions. I've reworded the
    documentation to clarify this point.

Augment documentation of GridTools::compute_local_to_global_vertex_index_map and use vectors instead of C-style dynamic array.

Merge pull request #1705 from kronbichler/mapping_improve_performance

Speed up higher order derivative computations

push forward one coordinate at a time in MappingFEField jacobian pushed-forward derivatives

push forward one coordinate at a time for jacobian derivatives

Speed up one example of MappingQ::transform for rank-3 tensors

Merge pull request #1719 from tjhei/fix_ctest_makeopts

fix ctest makeopts

Add a function in GridTools that computes a global index for the vertices.

fix ctest makeopts

The argument after TARGET is the target to build and we abused it to
specify build flags. This fails on windows. With cmake 3.3 there is an
argument FLAGS <flags>, but older versions grab CTEST_BUILD_FLAGS, so
this is where we put the flags now.

Merge pull request #1717 from drwells/generic-memory-consumption-2

Wrap boost::enable_if_c as std_cxx11::enable_if.

Wrap boost::enable_if_c as std_cxx11::enable_if.

Note that boost::enable_if is not quite the same thing as std::enable_if
from the C++11 standard library.

This cleans up some of the memory consumption code.

Merge pull request #1704 from drwells/generic-memory-consumption

Make memory_consumption more generic

Merge pull request #1715 from tjhei/fix_ghost_owner_tests

Fix ghost owner tests

Merge pull request #1716 from tjhei/warning_mapping_transform

fix mapping_q_generic codim2

fix mapping_q_generic codim2

- remove unused function do_transform_real_to_unit_cell_internal
- actually report ExcNotImplemented for codim2

tests: remove useless usage of base class n_active_cells

fix tests/mpi/tria_ghost_owners

Test the memory consumption of fundamental types.

Merge pull request #1708 from drwells/fe-q-bubbles-unique-ptr

Fe q bubbles unique ptr

Merge pull request #1709 from YongYang86/master

Documentation: Fix a  formula

Merge pull request #1712 from tjhei/test_variant_err

avoid test variant error output

Merge pull request #1713 from tjhei/fix_muelu_test

relax solver iterations for test precondition_muelu

Merge pull request #1679 from tjhei/tria_ghost_neighbors

add Triangulation::ghost_owners()

relax solver iterations for test precondition_muelu

avoid test variant error output

If no variant is present, the diff script used to output a line like

numdiff: <bla>/tests/trilinos/precondition_muelu_q_iso_q1.with_trilinos>=11.14.with_64bit_indices=off.output.*: No such file or directory

because a glob in a for statement in bash will return it literally if no
files matches the pattern. This fixes it.

add Triangulation::ghost_owners() and level_ghost_owners()