CMake: Rename all object targets to obj_<foo>_(debug|release)

This change is necessary to please the cuda wrapper nvcc that insists on
exporting the target name as preprocessor definition. Unfortunately, a
period "." is an invalid character and we end up with warnings of the
form

  "missing whitespace after the macro name"

Fix this by renaming all object targets to only contain underscores.

CMake: Avoid bogus preprocessor definitions

The macro CUDA_WARP_SRCS expects the target to have a set of
preprocessor definitions that does not contain an empty element.

CMake: Fix a typo

Merge pull request #3764 from Rombur/shared_ptr

Use shared_ptr to store MatrixFree data in MatrixFreeOperators::Base

Merge pull request #3778 from tamiko/add_a_boost_check

CMake: Define BOOST_NO_CXX11_HDR_UNORDERED_MAP for bundled boost if <gcc-4.8

Merge pull request #3777 from jppelteret/step-18-update_results

Update results for step-18

Update results for step-18

fixes #3757

CMake: Refactor macros and augment comment

CMake: Define BOOST_NO_CXX11_HDR_UNORDERED_MAP for bundled boost if <gcc-4.8

Closes #3624.

Merge pull request #3779 from tamiko/cuda_fixes_1

CMake: let *_cuda targets depend on *.inst targets

Merge pull request #3783 from tjhei/fix_compressed_fe_index_is_active

fix hp fe_index_is_active()

Merge pull request #3780 from drwells/doxygen-link-fixes

Doxygen link fixes

Merge pull request #3781 from drwells/analogous-grammar-fix

Write 'is analogous to', not 'is analogy to'.

Fix some dead UNV links.

fix hp fe_index_is_active()

Write 'is analogous to', not 'is analogy to'.

Merge pull request #3776 from tamiko/fix_spaces_testsuite

CMake: Simplify run_test.sh and avoid array handling magic

Fix doxygen formatting of URLs with hyphens.

The script wrapcomments.py was previously allowed to split lines after hyphens
which results in broken links.

CMake: let *_cuda targets depend on *.inst targets

Use shared_ptr to store MatrixFree data in MatrixFreeOperators::Base

CMake: Update DEAL_II_ADD_TEST macro

CMake: Simplify run_test.sh and avoid array handling magic

Merge pull request #3775 from kronbichler/fix_test_1

Fix test output

Fix test output

Merge pull request #3773 from kronbichler/mg_transfer_mf_legendre

Allow for FE_DGQLegendre in MGTransferMatrixFree

Merge pull request #3771 from bangerth/fix-face-domination

Fix face domination between FE_Q and FE_DGQ.

Add changelog entry.

Add test.

Fix face domination between FE_Q and FE_DGQ.

Right now, one got an answer if one asked the FE_DGQ whether or not
it dominates the FE_Q, but not the other way around. Make this symmetric.

While there, also include FE_DGP in the test.

Merge pull request #3770 from kronbichler/introduce_fe_dgq_legendre

Introduce FE_DGQLegendre and FE_DGQHermite

Merge pull request #3772 from bangerth/fix-type-mismatch

Fix missing 'spacedim' template argument.

Merge pull request #3768 from masterleinad/test_fe_mf

Implement function to check for MatrixFree support

Merge pull request #3769 from kronbichler/fix_parallel_vector_comm

Change communication pattern in parallel vector.

Allow for FE_DGQLegendre in MGTransferMatrixFree

List incompatible change

Add another test

Introduce FE_DGQLegendre and FE_DGQHermite

Add changelog entry.

Fix missing 'spacedim' template argument.

Merge pull request #3755 from jppelteret/fix_step-18_rotation_matrix

Fix rotation matrix definition in step-18

Merge pull request #3767 from kronbichler/chebyshev_common_vector_interface

Use common vector interface for Chebyshev smoother

Implement function to check for MatrixFree support

Change communication pattern in parallel vector.

Update step-18 to use rotation matrix defined in physics module.

Added functions to compute rotation matrices in 2d and 3d.

Use common vector interface for Chebyshev smoother

Merge pull request #3754 from bangerth/fix-abf-polynomials-pointer

Do not use a plain pointer in PolynomialsABF.

Add changelog entry.

Do not use a plain pointer in PolynomialsABF.

These objects are being copied by the FE_Poly* classes, so plain pointers without
dedicated copy constructors and operators are likely going to lead to memory
corruption. It's not clear to me how this ever worked, but it's easy to fix.

Merge pull request #3762 from drwells/make-member-const

Make a member variable const.

Make a member variable const.

This is copied from an input parameter and never changed so it may as
well be marked as const.

Merge pull request #3758 from Rombur/reinit

Do not use deprecated reinit function.

Merge pull request #3760 from masterleinad/fix_filename

Rename misnamed file

Rename misnamed file

Do not use deprecated reinit function.

Merge pull request #3752 from bangerth/fix-abf-in-3d

Fix PolynomialsABF::compute_n_pols() in 3d.

Merge pull request #3749 from jppelteret/fix_tests_01

Redo output for physics/step-44* tests

Merge pull request #3735 from guidokanschat/tangential_laplace

tangential jumps for Laplacian

Merge pull request #3753 from bangerth/make-var-const

Make a member variable 'const'.

be a bit more explicit

Merge pull request #3691 from drwells/constraint-petsc-vector-fast-path

Add a faster code path for PETSc vectors.

Make a member variable 'const'.

We can do so because it is initialized in the constructor.

Add changelog entry.

Bulk write vector values in distribute_local_to_global.

This patch lowers the total number of calls to VecSetValues in
ConstraintMatrix::distribute_local_to_global by writing new vector values to a
temporary array before sending them off to PETSc. There are no notable
performance improvements for the other vector classes (though this certainly
should not hurt).

I used step-40 to check that the performance improved. Here is the (filtered)
output with this patch:

[drwells@archway step-40]$ make run | grep assembly
| assembly                        |         1 |   0.00966s |       8.7% |
| assembly                        |         1 |    0.0122s |       6.4% |
| assembly                        |         1 |    0.0217s |       5.9% |
| assembly                        |         1 |    0.0431s |       5.6% |
| assembly                        |         1 |    0.0848s |       5.6% |
| assembly                        |         1 |     0.173s |       5.6% |
| assembly                        |         1 |     0.351s |       5.5% |
| assembly                        |         1 |     0.729s |       5.5% |

and on master:

[drwells@archway step-40]$ make run | grep assembly
| assembly                        |         1 |   0.00672s |       8.9% |
| assembly                        |         1 |    0.0133s |       7.2% |
| assembly                        |         1 |    0.0258s |       6.9% |
| assembly                        |         1 |    0.0513s |       6.8% |
| assembly                        |         1 |     0.101s |       6.6% |
| assembly                        |         1 |     0.203s |       6.5% |
| assembly                        |         1 |     0.414s |       6.4% |
| assembly                        |         1 |      0.93s |       6.9% |

so it appears that the whole assembly process takes about 10% less time.

Add an 'add' method to the native parallel vectors.

This is necessary for an upcoming patch that uses the method inside
ConstraintMatrix::distribute_local_to_global.

Merge pull request #3750 from masterleinad/matrix_free_comm

Automatically set MPI_Comm in MatrixFree

Automatically set MPI_Comm in MatrixFree

Merge pull request #3740 from davydden/doc/debug_Og

add a note on -Og and -O0 debug flags

Merge pull request #3748 from Rombur/vector_operations

Encapsulate functions in VectorOperations namespace

Merge pull request #3745 from tamiko/fix_spaces_testsuite

Bugfix: Fix up a previous attempt to quote correctly

Fix the computation of the number of polynomials the ABF element has.

Bugfix: Quote in a posix compliant manner

Bugfix: Fix up previous attempt to quote correctly

In reference to #3742

Redo output for physics/step-44* tests

Instead of checking the convergence rates for each Newton iteration
against some benchmark result that is machine specific, we now monitor
the solution at a fixed point. This should remain unchanged if the
problem converges correctly for each timestep. The nonlinear solver
output is now send to the file "stdout".

Fixes #3747

Encapsulate functions from vector_operations_internal in VectorOperations namespace.

Merge pull request #3739 from bangerth/fix-hp-indices-compression

Fix and enable compression of hp DoF indices.

Merge pull request #3746 from drwells/add-higher-mapping-test

Add a test checking ChartManifold/MappingQ convergence rates.

Add a test checking ChartManifold/MappingQ convergence rates.

Merge pull request #3738 from drwells/more-precise-cell-similarity

More precise cell similarity

Do not reuse CellSimilarity for higher order MappingQGeneric maps.

This commit fixes bug where two cells, both alike in vertices (but varying in
curvature) would sometimes be treated as translations of each-other by
MappingQGeneric. This lead to an artificial limit of second order convergence
since Jacobian weights (and other values) were not correctly updated.

Add a changelog entry.

Fix and enable compression of hp DoF indices.

A previous patch, a long time ago, implemented a scheme to compress the data structure
that stores the DoF indices in the hp case. For reasons no longer clear, the functions
that do the compression and decompression just returned immediately, without actually
doing anything. Maybe not surprisingly, the algorithm -- not executed after all -- did
not work.

This patch fixes the algorithm at various locations and enables the compression.

Merge pull request #3742 from tamiko/fix_spaces_testsuite

Bugfix: Quote paths in run_test.sh

Merge pull request #3744 from drwells/add-parallel-block-vector-file

Add another output file for a test.

Add more output files for a test.

This test checks memory consumption so it is reasonable to have a few of these.

tangential jumps for Laplacian

minor edit

add changelog entry

Bugfix: Quote paths in run_test.sh

This fixes a long outstanding regression with the testsuite in
combination with paths containing spaces.

Merge pull request #3741 from bangerth/fix-tests

Increase the precision with which we output data in two tests.

add a note on -Og and -O0 debug flags

Increase the precision with which we output data in two tests.

Merge pull request #3736 from masterleinad/workaround_openmpi

Work around OpenMPI problem in mpi_exceptions

Workaround OpenMPI problem in mpi_exceptions

Merge pull request #3732 from masterleinad/fix_symmetric_tensor_36

Get rid of typeid in symmetric_tensor_36

Get rid off typeid in symmetric_tensor_36

Merge pull request #3731 from drwells/cppcheck-2

Cppcheck 2

Clarify comparison order in a ternary operator.

This was caught by cppcheck.

Remove variables that only appear in assertions.

This was caught by cppcheck.

Prefer logical OR to boolean OR.

This was caught by cppcheck.