Fixed some more issues with inhomogeneous constraints.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18421 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Leave a TODO.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18420 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do more instantiations automatically.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18419 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

When making hanging node constraints, take inhomogeneities into account - we need to set them to zero.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18418 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Now the ConstraintMatrix seems to work also for inhomogeneous constraints, at least when using the distribute_local_to_global function. Still need to check the correctness of the other functions, which I will do some other time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18417 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also instantiate functions for SparseMatrixEZ

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18416 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement the other add() functions needed in the ConstraintMatrix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18415 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

I thought I had gotten the combination of hanging nodes and inhomogeneous constraints coming from inhomogeneous Dirichlet conditions. That's not the case however, and inhomogeneous constraints only work when there are no interferences from other constraints. Need to think about that a bit later. Besides that, duplicated code has been removed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18414 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added preliminary version of step-34. BEM.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18413 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around a problem with the Intel icc 10.1 compiler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18412 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix initialization of unsigned integers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18410 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove unnecessary friend declaration altogether.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18409 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix number of template arguments of a friend class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18408 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix number of template arguments of a friend class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18407 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a stray empty line.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18406 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move the warning message to the bottom of the output. Improve wording a tiny bit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18405 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one instantiation of make_zero_boundary_constraints.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18404 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Complete the implementation of inhomogeneous constraints in the ConstraintMatrix class. Need to write a function in VectorTools in order to enable the direct use with Dirichlet b.c.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18403 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Qualify names of sparsity patterns with dealii:: to leave no doubt which ones
we mean.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18402 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Qualify names of sparsity patterns with dealii:: to leave no doubt which ones
we mean.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18401 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a formula.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18399 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

How stupid of me to check in something that didn't even compile :-(

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18398 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Extend the number of meeting cells in max_couplings_per_cells for 2d (patch by milk klim <karamazv@rambler.ru>).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18397 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

When Trilinos matrices are based on the same sparsity pattern, they can share the SP data if we initialize them correctly. This has been applied to step-31.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18394 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix documentation and make GridRefinement a namespace

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18393 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

replace a lot of ExcInternalError by more meaningful ExcDimensionMismatch

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18392 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

replace links to test data pages by a more persistent link

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18391 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add inhomogeneity to the ConstraintMatrix class. Still need to write some new functions that can properly modify vectors when condensing inhomogeneous constraints.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18390 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

mailing list link

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18389 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new directories

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18388 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

If using Trilinos, link with it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18385 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move the dependence on Trilinos into the base libs (from the lac libs) since we reference some Trilinos symbols from libbase.so. (This came to the fore because the detached_ma27 program only links against libbase.so, not liblac.so.)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18384 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust to older compilers in which declaring
  friend class SparsityPatternIterators::const_iterator;
does not automatically also make
  SparsityPatternIterators::const_iterator::Accessor
a friend.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18379 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Refer to member function as
  const_iterator::Accessor::visit_present_row ()
not
  SparsityPattern::const_iterator::Accessor::visit_present_row ()

(This worked because we had
  struct SparsityPattern
  {
      typedef SparsityPatternIterators::const_iterator const_iterator;
  };
).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18378 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

List trilinos before blas on the command line.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18373 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18372 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use 'entries.back()' instead of '*--entries.end()' which is not only easier to
read but also compiles with the SGI compiler.

Re-indent inline functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18363 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Include <sstream> instead of <ostream> and hope that it provides the right
declarations. The old way failed with the SGI compiler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18362 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move DEAL_II_NAMESPACE_OPEN to where it belongs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18358 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't let doxygen see some inline functions since it complains that it doesn't know which declaration they belong to.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18354 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

DETAILS_AT_TOP has become obsolete with doxygen 1.5.7

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18353 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update output file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18352 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set variable to correct size before passing to DoFTools::count_dofs_per_component.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18351 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set output array to correct size and only output elements that were actually written to.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18350 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set output array to correct size and only output elements that were actually written to.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18349 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set variable to correct size before passing to DoFTools::count_dofs_per_component.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18348 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one more testcase.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18340 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix erroneous resizing of output argument in count_dofs_per_component/block.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18339 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Link to tutorial.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18338 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a problem with doxygen not finding the matching declaration of a function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18337 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix language based on feedback.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18336 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add language

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18335 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18334 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some more things to make step-32 more similar to step-31.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18323 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Optimized constructor of Trilinos matrices on one processor. This makes assembly and some other initialization operations a bit faster.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18322 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the compute_viscosity function 'const'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18312 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the compute_viscosity function 'const'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18311 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bring step-32 back in line with step-31 (at least for the moment, so that we can compare more easily): revert to artificial viscosity with beta=0.015, alpha=1; use gravity pointing upward; introduce the factor of 2 in the Stokes matrix that makes the difference between the symmetric gradient and the gradient.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18310 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reset to the same testcase as in step-31 so we can compare.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18308 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A patch by Victor Prosolin <flyaway1212@gmail.com> that fixes an oversight: When we write GMSH version 2 files, we also need to treat vertices properly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18305 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Notice server name change for svn.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18303 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Dummy Trilinos objects need to be generated with MPI_COMM_SELF rather than MPI_COMM_WORLD in order to avoid dead-locks when only using subcommunicators.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18302 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update comments in Trilinos AMG preconditioner.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18300 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix testcase for good this time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18298 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix two issues that for whatever reason only on mac osx wouldn't compile.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18297 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove apparent leftover from times when I was trying out things with boost.graph.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18283 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

We can do the writing into Trilinos vectors better. Create a reference to daxpy in Lapack templates (not used anywhere right now, but can be nice to have).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18282 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A few small changes that make the program a bit faster.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18281 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also rename ThreadMutex->Mutex and ThreadCondition->ConditionVariable in non-MT mode.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18278 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Apply the changes that I accidentally submitted to the old server yesterday. Now the timer class makes sense in MPI, too, and the FEValues::get_function_xxx have a shortcut when the vector contains zeros.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18277 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Address the important problem that previously, whenever the last Threads::Thread<> object went out of scope, the location where a thread would deposit its return value was in deleted memory and thus potentially very bad. We now handle this by making sure that the thread itself keeps a lock on the destruction of the object in which the return_value is located, by keeping another shared_ptr to it, and only releases the lock whenever the return value has been deposited.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18272 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Ignore report files I save for various svn revisions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18264 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Put back in the code that (de-)registers threads and catches exceptions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18262 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement sensible copy semantics for the Mutex class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18260 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make compile on systems without cstdint.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18259 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add directories that apparently need to exist on x86_64 even though we don't appear to need them on x86.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18258 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-adjust tolerances again and produce new 'real generic' output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18257 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18256 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a few more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18255 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a TODO.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18251 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-apply Martin's patch 18223, since we now produce the correct instantiations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18248 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Generate a number of instantiations automatically using the pre-processor. This should hopefully take care of the instantiations that were missing for Martin's change 18223.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18247 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add an explicit instantiation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18246 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also compile for codim-1.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18245 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo Martin's patch 18223 for a moment since it leads to linker errors about an undefined function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18244 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revise the SPARSITY_PATTERN expansion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18243 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Generate an expansion variable for sparsity patterns.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18242 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18235 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Properly set properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18234 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Properly set properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18233 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add required include file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18232 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace a C assert() by our own Assert().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18231 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement Mutex and ConditionVariable using boost or C++0x support.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18230 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add include files for mutices and condition variables.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18229 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Initialize a variable to avoid (spurious) warnings.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18228 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Check for a bug in gcc C++0x support.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18227 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Only compile boost threads when threads are actually required.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18226 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update list of publications.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18225 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use CompressedSimpleSparsityPattern to create mass matrix sparsity pattern in project function, which uses less memory.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18223 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make compile.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18222 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d