Merge pull request #3047 from class4kayaker/remove_update_q_points_tests

Remove deprecated UpdateFlags values from from places other than definitions

Merge pull request #3041 from jperryhouts/another_woraround_for_mpi_error

Workaround for cases where MPI_Finalize is called before MPI_Comm_free

Ensure that MPI_Comm_free is called before MPI_Finalize

Merge pull request #3044 from tamiko/use_correct_fpic

CMake: Use -fPIC instead of -fpic

Fix documentation

Change update_cell_normal_vectors to update_normal_vectors

Change update_second_derivatives to update_hessians

Change update_q_points to update_quadrature_points

add a news/changes.h entry

CMake: Use -fPIC instead of -fpic

This resolves a build failure on architectures that differentiate between
-fpic and -fPIC.

Special thanks to Matthias Klose and Graham Inggs.

Merge pull request #3040 from kronbichler/master

Fix bad complexity in copy of sparsity pattern.

Add test

Fix bad complexity in copy of sparsity pattern.

Merge pull request #3038 from drwells/improve-mapping-manifold-docs

Better describe a limitation of MappingManifold.

Better describe a limitation of MappingManifold.

As mentioned in the documentation of SphericalManifold, MappingManifold
cannot be used with SphericalManifold.

Merge pull request #3032 from tjhei/mapping_q_parallel_test

add parallel MappingQEulerian test

Merge pull request #3035 from drwells/remove-optimize-diagonal-remark

Remove a reference to optimize_diagonal.

Remove a reference to optimize_diagonal.

Commit 2dfcd899ad4 (February 2013) deprecated
SparsityPattern::optimize_diagonal() and it has since been removed from
the library.

add parallel MappingQEulerian test

fixes #3014

Merge pull request #3031 from jppelteret/symm_tensor_invariants

Fixed: SymmetricTensor::third_invariant returns Tensor number type

Fixed: SymmetricTensor::third_invariant returns Tensor number type

Merge pull request #3030 from tjhei/doc_1

clarify documentation of subdivided_hyper_rectangle

clarify documentation of subdivided_hyper_rectangle

Merge pull request #3026 from drwells/oned-manifold-fix

Fix get_intermediate_point in 1D.

Merge pull request #3027 from drwells/improve-hp-namespace-doc-links

Fix some links to classes in the hp namespace.

Fix some links to classes in the hp namespace.

Merge pull request #3025 from drwells/remove-coarse-grid-common

Remove tests/mpi/coarse_grid_common.h.

Fix get_intermediate_point in 1D.

Since geometrical entities with spacedim == 1 are line segments, we
should just do a linear combination to find the intermediate
point (there is no need for angle calculations).

Merge pull request #3024 from kronbichler/master

Re-enable and fix matrix free test

Remove tests/mpi/coarse_grid_common.h.

The only functions in this header file that are actually used in this
directory are some extra LogStream::operator<< overloads: those
belong (logically) in the tests.h header file.

Add similar test to matrix_vector_14b for the FE_Q case.

Re-introduce and fix matrix_vector_14b test

Enable computations with different numbers of quadrature points and degrees of freedom per cell.

Cleanup manifolds.

Merge pull request #3023 from dealii/tjhei-styles-readme-format

Format contrib/styles/README.md

Merge pull request #3021 from bangerth/remove-unused-declaration

Remove a declaration that is no longer needed.

Format contrib/styles/README.md

Merge pull request #3022 from bangerth/add-assertion

Add an assertion for clearer errors.

Add an assertion for clearer errors.

Specifically, say that we can use GridGenerator::extract_boundary_mesh() for p::d::Triangulation.

Remove a declaration that is no longer needed.

It was used in a function that has been used from namespace GridTools to
namespace GridGenerator, where the structure is now duplicated. It was
only used for MS Visual Studio in any case.

Merge pull request #3009 from tjhei/ide_files

Add IDE format styles

Merge pull request #3016 from bangerth/update-exceptions

Remove further instances of the ExcInvalidConstructorCall exception.

Merge pull request #3012 from gassmoeller/add_visit_time_information

Add time information to .visit files created by DataOut

Remove further instances of the ExcInvalidConstructorCall exception.

Add .visit time information

Merge pull request #2994 from drwells/remove-duplicated-tests-02

Remove duplicated tests 02

Merge pull request #3017 from bangerth/update-exceptions-2

More work on purging exceptions without error text.

Use ++k, not ++k, in a specific test.

This test says that it tests the preincrement version of the operator.

Remove duplicated tests.

This commit continues the work started in b9c64f0dac and removes tests
that are identical up to things the compiler sees (e.g., tests that are
the same aside from commenting or formatting). I did this by deleting
comments with the preprocessor and then running the result through
clang-format.

For the sake of posterity: I compiled this list by executing the python
script

#!/usr/bin/env python
import atexit
import hashlib
import os
import shutil
import subprocess
import sys
import tempfile

def main():
    current_test_file_name = sys.argv[1]
    preprocessed_file_name = "/tmp/unique_file_name.cc"
    subprocess.check_call(
        ["g++",
         "-fpreprocessed", "-dD", "-E",
         current_test_file_name,
         "-o", preprocessed_file_name],
        stderr=sys.stderr)
    atexit.register(lambda name=preprocessed_file_name: os.remove(name))

    # get rid of any line number indicators cpp may have left
    subprocess.check_call(["sed", "-i", "/^# [0-9]/d", preprocessed_file_name],
                          stderr=sys.stderr)
    # reformat source to canonical form
    subprocess.check_call(["clang-format", "-i", preprocessed_file_name])

    md5sum = hashlib.md5()
    with open(preprocessed_file_name, "rb") as preprocessed_file_handle:
        for block in iter(lambda: preprocessed_file_handle.read(65536), b""):
            md5sum.update(block)
    print(md5sum.hexdigest(), current_test_file_name)

if __name__ == '__main__':
    main()

in the shell command

find ./ -name '*.cc' | grep -v all-headers | xargs -I% python formatted_md5.py \
    % | tee preprocessed-md5.txt

and then sorted the results with the shell command

awk '{print $2, $1}' preprocessed-md5.txt | sort --key=2,2 \
    | uniq --all-repeated=separate --skip-fields=1

What follows is a brief description of why each test was removed:

bits/block_sparse_matrix_iterator_03.cc
Same as bits/block_sparse_matrix_iterator_02.cc (up to a comment)

bits/sparse_matrix_01a.cc
Identical (up to a comment) to bits/sparse_matrix_01.cc

bits/step-16b.cc
Identical (up to a comment) to bits/step-16.cc

bits/vector_25.cc
Identical (up to a comment) to bits/vector_24.cc

The tests
dofs/dof_constraints_06_x.cc
dofs/dof_constraints_10_x.cc
dofs/sparsity_pattern_x.cc
dofs/sparsity_pattern_01_x.cc

were all duplicates (up to comments) of tests without '_x's in their
names. This was a result of deleting CompressedSparsityPattern et al.

fe/fe_support_points_q_qg0.cc
Identical (up to a blank line) to fe/fe_support_points_q_dg0.cc

fe/fe_values_view_10_single_04.cc
Identical (up to some code formatting and a comment) to
fe/fe_values_view_08.cc

The tests
full_matrix/complex_complex_full_matrix_05.cc
full_matrix/complex_complex_full_matrix_09.cc

were duplicates of the corresponding 'complex_real_full_matrix_*.cc'
test. Since the full matrices were real valued I kept the other ones.

grid/have_same_coarse_mesh_04.cc
Completely identical to grid/have_same_coarse_mesh_02.cc

matrix_free/matrix_vector_14b.cc
This test claims it uses more quadrature points than
matrix_free/matrix_vector_14.cc, but does not (and changing the number
of quadrature points is nontrivial for this test)

petsc/25.cc
Identical (up to a comment) to petsc/24.cc

trilinos/25.cc
Identical (up to a comment) to trilinos/24.cc

Provide more explanation for a number of exceptions.

Equip an error message with an error text.

Remove an exception that is apparently no longer used.

Merge pull request #3015 from bangerth/update-exceptions

Get rid of the confusing ExcInvalidConstructorCall exception.

Get rid of the confusing ExcInvalidConstructorCall exception.

This exception did not print any useful error message, and it was used in a significant
number of places that just happened to check obscure conditions, without really
explaining in the error message what concretely they were doing. Replace all of these
with ExcMessage and provide explanations what exactly it is that's going wrong.

Make two tests unique.

These tests were previously identical to
full_matrix/complex_real_full_matrix_19.cc and
full_matrix/complex_real_full_matrix_42.cc, respectively.

Merge pull request #3010 from bangerth/exception-update

Provide better error messages.

Add IDE format styles and rearrange dirs

Provide better error messages.

Merge pull request #3008 from bangerth/doc-update

Update documentation of VectorMemory::Pointer.

Update documentation of VectorMemory::Pointer.

Merge pull request #3007 from bangerth/improve-exception

Equip one exception with an error text.

Equip one exception with an error text.

Remove a second exception class that was unused.

Merge pull request #3006 from bangerth/fix-another-test

Make sure a test that wants to test complex numbers actually does so.

Make sure a test that wants to test complex numbers actually does so.

Merge pull request #3004 from tjhei/msvc_fixes

MSVC fixes

remove unnecessary include

disable LA [block]vector instantiations for MSVC

bump boost msvc detection

Merge pull request #2995 from bangerth/doc-update-73

Minor doc update for DataOut with curved cells.

Minor doc update for DataOut with curved cells.

Merge pull request #2999 from bangerth/up-minimal-boost-version

Increase minimal BOOST version to 1.56.

Require boost 1.56.

Merge pull request #2998 from gassmoeller/make_internaldata_polydegree_const

Make MappingQGeneric::InternalData::polynomial_degree const

Merge pull request #3000 from bangerth/fix-tests

Fix tests

Merge pull request #3001 from bangerth/avoid-warning

Avoid a warning about unused variables.

Avoid a warning about unused variables.

Do the test the comment at the top of the file actually suggests.

Do the test the comment at the top of the file actually suggests.

Merge pull request #2997 from gassmoeller/precompute_line_support_points

Precompute line support points

Move an entry to the correct place.

Increase minimal BOOST version to 1.56.

This is necessary because the previous minimum, 1.54, did not support
serializing std::unique_ptr for those users who have this old a BOOST
version but want to use C++11 anyway. (It does support serializing
the boost::scoped_ptr class that we use as a fall-back in non-C++11 mode
when using std_cxx11::unique_ptr.)

Make MappingQGeneric::InternalData::polynomial_degree const

Precompute line support points

Merge pull request #2996 from gassmoeller/optimize_intermediate_point

Slight optimization of SphericalManifold

Slight optimization

Merge pull request #2993 from drwells/improve-increment-order

Prefer ++iterator to iterator++ in loops.

Prefer ++iterator to iterator++ in loops.

These were caught by cppcheck.

Merge pull request #2987 from bangerth/update-CellId

Update the CellId class.

Merge pull request #2989 from gassmoeller/optimize_qsorted_constructor

Improve QSorted constructor

Address comments

Merge pull request #2991 from bangerth/more-video-lectures

Link in 6 more, recently posted video lectures.

Link in 6 more, recently posted video lectures.

Better document what happens when in/outputting CellId objects.

Rename a member variable.

Update the CellId class.

This basically just applies the style we use everywhere else to this class,
i.e., make the documentation more uniform, make some arguments 'const' or
a reference, move function definitions out of line, etc.

Merge pull request #2988 from bangerth/update-indentation-script

Do not use 'xargs' with locally defined functions.

Pass by const reference. Different sort approach.

Do not use 'xargs' with locally defined functions.

This breaks some versions of 'bash'. Rather, just run the function on each
individual file -- they are not too many anyway, and should indent rather
quickly.

Merge pull request #2986 from bangerth/remove-unnecessary-typename

Remove unnecessary 'typename'.

Remove unnecessary 'typename'.

This also avoids a resulting error with older versions of GCC.

Merge pull request #2981 from gassmoeller/get_cell_iterator_from_cellid

Add a way to get a cell_iterator from a CellId