Merge pull request #6732 from bangerth/module

Trick doxygen into doing the right thing.

Merge pull request #6729 from masterleinad/more_clang_tidy

More clang-tidy complains

Trick doxygen into doing the right thing.

Previously, there was a line that started with '4.', which doxygen markdown
interpreted as a entry in a numbered list -- amusingly then starting the
numbering in HTML with '1.'. Avoid this misinterpretation by just reindenting
the whole paragraph.

Merge pull request #6730 from masterleinad/const_n_array_elements

Make n_array_elements static const again

Make n_array_elements static const again

More clang-tidy complains

Merge pull request #6718 from masterleinad/clang_tidy_5

Fix clang-tidy findings for Exceptions

Merge pull request #6723 from tamiko/license_header

Update license file in copyright headers

Merge pull request #6722 from masterleinad/clang_tidy_4

Avoid using NOLINT

Merge pull request #6601 from marcfehling/quadrant-cell-pairs

Manage relations of p4est quadrants and dealii cells.

Manage relations of p4est quadrants and dealii cells.

Use them to rewrite some of the recursively crawling functions.

Avoid using NOLINT

Explicitly define VectorizedArray::n_array_elements

Update license file in copyright header, rest

Update license file in copyright header, ./bundled

Update license file in copyright header, ./contrib

Update license file in copyright header, ./doc

Update license file in copyright header, ./examples

Update license file in copyright header ./tests

Update license file in copyright header ./include

Update license file in copyright header ./source

Update license file in copyright header, ./cmake

Merge pull request #6688 from kronbichler/find_all_active_cells_around_point

Find all active cells around point

Merge pull request #6664 from tamiko/add_affine_constraints

lac: Add AffineConstraints class

add a last news/changes entry

Fix the gla tests for complex PETSc scalar type

doc: add incompatibilities news item for create_(boundary_;)mass_matrix

doc: add incompatibilities news item for AffineConstraints/ConstraintMatrix

Workaround: Temporarily define ConstraintMatrix in this header

Bugfix: Add explicit constraint_matrix.h includes to example steps

Previously they had been included by chance. Due to the refactoring all
of these includes have to be done explicitly (at least for a short
transition period.)

Tests: Fix the remaining tests using complex scalars

Tests: Fix nearly all the failing PETSc complex tests

Tests: Fix matrix_free/step-37

Tests: Do not include "constraint_matrix.templates.h"

Bugfix: Avoid warnings regarding ABI change

RCM: Rename some stray leftovers in source

MatrixFree: Allow for non-matching number types in constraint handling

In order to facilitate an AffineConstraints<float> in the matrix free
framework:

 - templatify internal ConstraintValues::insert_entries to convert from
   compatible number2 types to Number types (aka exclusively 'double').

MatrixFree: Templatify reinit functions

Unfortunately, we have a bit of a clashing ideology here:

 - The MatrixFree container is motivated by the old ConstraintMatrix
   object. Meaning it expects constraints to be expressed in double.

 - AffineConstraints<number>, however, should be matched with the
   underlying number type. And the rest of the library now assumes that
   this is the case (in particular project_matrix_free and variants...)

In order to facilitate both approaches, we have to slab another "number"
template aorund the reinit functions. That's a bit unfortunate but
cannot be avoided. :-/

RCM: Update matrix_free, part 3: matrix_free and dof_info

RCM: Update matrix_free, part 2: cuda_matrix_free

RCM: Update matrix_free, part 1: update comments (no code changes)

RCM: Update multigrid

RCM: Update mesh_worker

RCM: Update numerics, part 3: vector_tools

RCM: Update numerics, part 2: update comments (no code changes)

RCM: Update numerics, part 1: matrix_tools, matrix_creator

 - Incompatible change: Change the signature of all mass matrix creator
   functions to matching number types for matrices and right-hand side.

RCM: Update lac, part 2: constrained_linear_operator

RCM: Update lac, part 1: update comments (no code changes)

RCM: Update non_matching: coupling

RCM: Update fe: fe, fe_tools

Bugfix: Use correct number type in dof_tools_constraints.(cc|inst.in)

DoFTools::make_hanging_node_constraints always uses double internally,
but is also instantiated for std::complex<double>

Bugfix: Add missing template default parameters to dof_tools.h

RCM: Update dofs, part 2: dof_tools

TODO: Complexify make_periodicity_constraints

RCM: Update dofs, part 1: dof_accessor

RCM: Update base

RCM: Remove ConstraintMatrix, RIP 1998 - 2018

Workaround: Add compatibility instantiations

Bugfix: Use std::abs instead of std::fabs.

This has a correct overload for std::complex.

Bugfix: Add missing instantiations

lac: add number template parameter to affine_constraints.cc and refactor

 - Add support for std::complex in internal data structures

 - Refactor special instantiations into .inst.in file.

 - Workaround: add two static_cast<number>(...) to resolve an ambiguity
   when a containerized std::complex is multiplied with another
   std::complex.

 - replace standard comparator for sorting a vector of std::pair with a
   lexicographic ordering where the second component is compared with
   std::abs.

 - templatify and simplify internal data structures

 - simplify internal scratch data (only supports one uniform number type
   now)

remove static "default_empty_table"

lac: add number template parameter to affine_constraints.templates.h

lac: add number template parameter to affine_constraints.h

lac: Add AffineConstraints class

For now this is a verbatim copy of the ConstraintMatrix class. The idea
is to templatify this class and after that switch the code base to it.

lac: remove scratch_data_initializer from constraint_matrix.cc

lac/solver_cg.h: Preparatory changes for complex number support

Bugfix: Make sparse_matrix_ez and chunk_sparse_matrix fit for std::complex

Bugfix: Fix lapack stev call in TridiagonalMatrix<number>::compute_eigenvalues()

Bugfix: Instantiate two classes for std::complex

 - instantiate BlockSparseMatrix for std::complex
 - instantiate TridiagonalMatrix for std::complex

Fix Exceptions

Merge pull request #6719 from masterleinad/clang_tidy_1

Fix instantiations of SymmetricTensor

Merge pull request #6710 from masterleinad/deprecate_parallel_distributed_vector

Deprecate parallel::distributed::Vector

Merge pull request #6721 from masterleinad/clang_tidy_2

Simplify GridOut::Gnuplot

Merge pull request #6720 from masterleinad/clang_tidy_3

Use static constexpr in VectorizedArray

Fix instantiations of SymmetricTensor

Merge pull request #6717 from masterleinad/clang_tidy_6

Fix clang-tidy findings for muParser

Simplify GridOut::Gnuplot

Use static constexpr in VectorizedArray

Fix muparser

Merge pull request #6716 from tjhei/install_license_md

install LICENSE.md not LICENSE

install LICENSE.md not LICENSE

fixes #6706

Merge pull request #6712 from masterleinad/fix_cuda_9_2

Fix compile error with CUDA 9.2

Merge pull request #6713 from bangerth/indent

Provide a more readable indentation.

Provide a more readable indentation.

Fix compile error with CUDA 9.2

Merge pull request #6707 from tamiko/safeguard

CMake: add a safeguard for accidential /source source directory

Merge pull request #6706 from tamiko/update_legalese

Update LICENSE file

Deprecate parallel::distributed::Vector

Make request stronger

CMake: fix path in description

CMake: make safeguard even more clear.

CMake: add a safeguard for accidential /source source directory

This happens remarkably often. Let's improve the error message:
```
  Wrong source directory specified.

  You pointed cmake to the subdirectory "source" instead of the base
  directory.  Make sure that the path in the cmake invocation does not end in
  source.  If you have created a "build" subdirectory, the cmake invocation
  should simply be of the form:

    $ cmake  [...options...]  /..

  (path not ending in ".../source")
```

Merge pull request #6700 from masterleinad/adjust_cxx_check_flag

Modify pushed flags for CLANGAUTODEBUG_BUG

Strip the offending flags instead

Merge pull request #6709 from masterleinad/fix_warnings_in_tests

Remove some more references to astyle

Remove some more references to astyle

Wolfgang's suggestion - slightly modified

Implement J-P's suggestions

Update LICENSE file

Merge pull request #6702 from Zonni/fix-sundials-documentation

Fix sundials documentation