Merge pull request #689 from bangerth/aliases-for-ParameterHandler-2

Address comments from review of #680 (aliases for ParameterHandler).

Address comments from review of #680.

This is still in response to #659.

Merge pull request #687 from bangerth/fix-64bit-issue

Fix a 64-bit issue in TrilinosWrappers::SparseMatrix::local_range().

Fix a 64-bit issue in TrilinosWrappers::SparseMatrix::local_range().

This tripped up all of the Trilinos sparse matrix iterators in 64 bit
mode after one of my recent changes.

Merge pull request #680 from bangerth/aliases-for-ParameterHandler

Implement a way for ParameterHandler to alias parameters.

Create a way to mark aliases for deprecation.

Also list aliases in the output generated by print_parameters in LaTeX mode.

Add more tests.

Introduce ways to define aliases for parameters.

Some cleanups.

Avoid code duplication and use the much better tested conversion functions in
namespace Utilities. This also covers a number of corner cases that likely
didn't work before.

Also provide more information in exceptions.

Merge pull request #682 from bangerth/fix-missing-instantiations

Fix missing instantiations

Merge pull request #671 from bangerth/augment-error-messages-2

Augment error messages 2

Merge pull request #677 from bangerth/augment-error-messages-4

Improve the error messages we get from using Jacobi/SOR/SSOR with a matrix that has zeros on the diagonal.

Ensure that the body of the check_* function is only visible in debug
mode. Rename it to AssertNoZerosOnDiagonal to make its purpose clearer.

Improve the error messages we get from using Jacobi/SOR/SSOR with a matrix that has zeros on the diagonal.

Merge pull request #685 from tjhei/support_block_ind_in_bdsp

Fix: BlockIndices in BlockDynamicSP

Fix: BlockIndices in BlockDynamicSP

Implement constructor and reinit with BlockIndices for
BlockDynamicSparsityPattern. This existed for BlockCompressedSP but not
for BlockCompressedSimpleSP, but BlockCompressedSP is now a typedef to
BlockDynamicSP (see 3b9a4bc2).

This should fix the test integrators/cochain_01.cc

Add tests for previous two commits.

Adjust output of GridOut::write_gnuplot() for 1d triangulations.

The GridOut::write_gnuplot() function produced output
  for 1d meshes embedded in higher dimensional spaces that was
  invalid in that the lines showing individual cells were connected.
  While this is not wrong for singly connected 1d meshes, it leads to wrong
  results if the domain is not singly connected and not every cell is the
  right neighbor of the previous cell.

Provide instantiations of GridOut functions also for dim=1, spacedim=3.

Merge pull request #681 from tamiko/guard_muelu_tests

Guard muelu tests and allow version checks in test conditions

Testsuite: Bugfix

Do not accidentally set _pickup_test to true

Documentation: Update testsuite documentation

Closes #657

Testsuite: Guard trilinos tests using muelu

Testsuite: Augment feature constraints with version number

Beside the already introduced constraints

  with_feature=(yes|true|on)
  with_feature=(no|false|off)

it is now also possible to specify a version number:

  with_feature=x.y.z

A test with this constraint will be picked up if

 a) deal.II is configured with "feature"

 b) DEAL_II_FEATURE_VERSION is defined (in deal.IIConfig.cmake) and
    DEAL_II_FEATURE_VERSION is "version greater or equal" than "x.y.z"

A version number "x.y.z" must satisfy the regular expression [0-9]+(\.[0-9]+)*

CMake: Also export feature versions in deal.IIConfig.cmake and Make.global_options

With this commit the version string of enabled features (with version
information) is also exported to deal.IIConfig.cmake and
Make.global_options

Merge pull request #676 from bangerth/augment-error-messages-3

Improve an error message about a case that can happen but is not implemented.

Merge pull request #678 from tjhei/manual_repartition

Allow manual repartitioning in distributed tria

address comments

- update documentation
- check that no flags are set when calling repartition()
- add another test

Allow manual repartitioning in distributed tria

A new flag no_automatic_repartitioning in
parallel::distributed::Triangulation will disable the automatic
repartitioning when calling execute_coarsening_and_refinement() (or
things like refine_global(), ...), resulting in all cells staying on the
processor they were before.

A function repartition() will execute the repartitioning resulting in
the same as the old behavior. Splitting the process of refining and
partitioning into separate functions allows for advanced techniques when
handling several meshes at once.

Added tests that check that attaching and transfering data is working
correctly.

Resolves #673.

Merge pull request #653 from tjhei/replace_compressed_sp

- rename CompressedSimpleSparsityPattern to DynamicSparsityPattern
- deprecate all Compressed*SparsityPattern classes
- same for BlockCompressed*SparsityPattern
- update examples
- replace non-dynamic sparsity creation in step-7, 8, 9, 13, 14, 16, 23, 24, 25, 28, 29, 35

changelog, typo

Merge pull request #679 from tjhei/fix_doxygen_example

fix doxygen example

fix doxygen example

Recent changes removed GrowingVectorMemory arguments, but this code
examples hasn't been updated.

address comments

- rename doxygen file
- documentation fixes
- rename csp->dsp

Reindent.

Merge pull request #664 from alrashedf/add_clear_current_row

Added clear_current_row() to TableHandler in case the current time step is rejected.

Also adjust the error message for the dim=2, spacedim>2 case.

Improve an error message about a case that can happen but is not implemented.

Rework Compressed*SparsityPattern

- rename CompressedSimpleSparsityPattern to DynamicSparsityPattern
- deprecate all Compressed*SparsityPattern classes
- same for BlockCompressed*SparsityPattern
- update examples
- replace non-dynamic sparsity creation in step-7, 8, 9, 13, 14, 16, 23,
24, 25, 28, 29, 35

Motivation for removing the other compressed objects:
Number of degrees of freedom: 274625
FE_Q<3>(4)
CompressedSimple vmpeak:  749024 rss:  530804 make: 5.99s copy: 3.58s
Compressed       vmpeak:  744880 rss:  526852 make: 8.59s copy: 3.64s
CompressedSet    vmpeak: 3184880 rss: 2966776 make: 92s   copy: 18s

Or in Martin's words:
I remember having looked into compute times for the
DoFTools::make_sparsity_pattern in detail some five years ago and all
benchmarks showed CompressedSimpleSparsityPattern as the fastest of the
three. The internal data structure in CSimpleSP is std::vector, thus
simpler than plain CSP where there is an additional array of length 8
with 'fresh' entries about to be submitted but otherwise very similar.
std::set as used in CSetSP does way too many memory allocations and is
most likely slower than inserting into a sorted vector for almost all
imaginable loads with up to a few hundred entries. In particular for how
we mostly use sparsity patterns where each row gets touched as many
times as we have adjacent elements to that DoF.

Last but not least, CSimpleSP is the only one with the appropriate
infrastructure for parallel distributed computations where rows use an
additional IndexSet argument.

Improve error messages.

In this context also note that the documentation was at odds with the actual implementation.

Improve whitespace in this file.

Remove exceptions that are either unused or available in the global namespace.

Clarify an exception message.

Clarify an exception message.

Clarify an exception message.

Use proper grammar in an error message.

Clarify a couple of exception messages.

Provide more information about an exception. Also replace the non-ASCII
character in "formulae" so that the text shows up correctly in all editors
(including, for example, my emacs installation).

Provide a great deal more information about an exception.

Merge pull request #667 from bangerth/augment-error-messages

Augment all error messages in the numerics/ directory

Address Timo's comments from review. Also rename namespace DataOutExceptions to Exceptions::DataOut.

Unify exceptions throughout the DataOut* classes.

Adjust error messages in the VectorTools namespace.

Adjust error messages in the TimeDependent class and friends.

Adjust error messages in the SolutionTransfer class.

Adjust error messages in the PointValueHistory class.

Adjust error messages in the error estimator class.

Adjust error messages in the Histogram class.

Improve error messages in DerivativeApproximation.

Go through all error messages for the data_out_* assertions.

Merge pull request #669 from kronbichler/master

Fix warning by removing unused code

Fix warning by removing unused code

Merge pull request #668 from tamiko/fix_trilinos_tpl_includes

CMake: Bugfix: Make the requirement for Trilinos_TPL_INCLUDE_DIRS optional

CMake: Bugfix: Make the requirement for Trilinos_TPL_INCLUDE_DIRS optional

Merge pull request #665 from tamiko/fix_trilinos_tpl_includes

CMake: Bugfix: Use Trilinos third party header locations

Merge pull request #666 from bangerth/add-assertion

Add an assertion to GridGenerator::create_union_triangulation().

Merge pull request #662 from kronbichler/master

Fix call to compress in reinit of Trilinos sparse matrix

Add an assertion to GridGenerator::create_union_triangulation().

CMake: Bugfix: Use Trilinos third party header locations

Also append Trilinos_TPL_INCLUDE_DIRS to TRILINOS_INCLUDE_DIRS

Added clear_current_row() to TableHandler in case the current time step is rejected.

Merge pull request #663 from bangerth/add-gridgenerator-create_triangulation_without_cells

Add GridGenerator::create_triangulation_with_removed_cells().

Augment a changelog entry to say where the user can find this class.

Add GridGenerator::create_triangulation_with_removed_cells().

Fix description of what the test does.

Make sure to call compress() in test

Fix call to compress in reinit of Trilinos sparse matrix

Merge pull request #654 from bangerth/doc-updates-6

Doc updates 6

Link to the discussion of the 'goto' in step-26.

Document the use and reasoning of goto in step-26.

Merge pull request #644 from bangerth/explain-operator-or

Explain the use of operator| for the update_* flags.

Merge pull request #658 from bangerth/remove-exceptions-without-arguments-5

Improve what an exception says.

Improve what an exception says.

This happens to be a case one of my students ran into today. Again for #610.

Merge pull request #214 from Rombur/muelu

Add MueLu preconditioner using MueLu::MLParameterListInterpreter.

Merge pull request #616 from bangerth/remove-deprecated-functions-14

Remove deprecated functions 14

Merge pull request #656 from tcclevenger/fix_wiki_links

Fixed Wiki links in README

Fixed Wiki links in README

Reindent.

Adjust test output.

Apparently the previous couple of commits also fixed a test that previously
produced output that I cannot explain and that now looks completely reasonable.

Follow Martin K's advice on what the argument should be.

Document changes in semantics to apply_boundary_values.

Document changes to TrilinosWrappers::SparseMatrix::clear_row().

While there, also remove the second, nonsensical call to compress().

Clone the _04 test and also check const_iterators.

Ensure that we can run iterators over Trilinos matrices that are not stored locally.

Update comments.

In particular, avoid unclear use of language for end() iterators, and
avoid references to the STL that only old-timers still
understand. Also talk about the semantics in the parallel context.

Update comments.

In particular, avoid unclear use of language for end() iterators, and
avoid references to the STL that only old-timers still understand.

Merge pull request #652 from drwells/step-20-compressed-sparsity

Use `BlockCompressedSparsityPattern` in step-20.

Use `BlockCompressedSparsityPattern` in step-20.
Step-20 now introduces the block compressed sparsity pattern. This
should close issue 306.

Remove deprecated function TrilinosWrappers::SparseMatrix::compress() without argument.