Merge pull request #1281 from bangerth/doxygen-updates

Fix a variety of doxygen problems.

Merge pull request #1307 from bangerth/further-FEValues-cleanups-5

Don't derive FE::InternalDataBase from Mapping::InternalDataBase.

Merge pull request #1304 from drwells/update-step-14

Update step 14

Exclude a particular directory if it doesn't exist.

Fix latex problems.

Fix invalid references.

Remove a comment that is now outdated.

No longer derive InternalDataBase from Subscriptor.

This is no longer necessary now that we store unique_ptrs to them.

Use a std_cxx11::unique_ptr in FEValues.

Specifically, use it for the internal data objects of mapping and
finite element. These pointers are internally created and used in the
FEValues class. They are not shared by any external interface. Using
a unique_ptr ensures no memory leaks.

Add memory consumption function for std_cxx11::unique_ptr.

Merge pull request #1309 from QiaoLei-88/docAssert

Specify when Assert* will be active in immediate documentation more explicitly

Specify when Assert* will be active in immediate documentation

Change step-14 to resemble step-13 more closely.

Step-13 calls the error per cell in the Kelly error estimator
estimated_error_per_cell, not estimated_error.

Step-13 arranges the code creating the right hand side and system matrix in a
slightly different way.

Step-13 sets different member variables as protected.

Removed an unneeded constructor and comment.

Remove step-14 workaround for an old GCC version.
I believe this was a 2.96 issue that has long since been fixed.

Use unique_ptrs in step-14.

This replaces some SmartPointers that referred to heap-allocated objects that
were not properly deleted as well as some plain pointers.

Simplify the WorkStream parts of step-14.
This makes it more like step-13, which is one of the goals of this
example program.

Remove unneeded friend declarations in step-14.

Remove some workarounds in step-14 for GCC 2.96.

Update the step-14 output values.

These are the values printed by step-14 on the master branch at this time.

Do not derive FE::InternalDataBase from Mapping::InternalDataBase.

It turns out that FiniteElement::InternalDataBase does not actually need any
of the fields of the class it was previously derived from (other than the
is_first_cell/clear_first_cell mechanism, see #1305). So break the inheritance
and have these two classes be completely unrelated.

Merge pull request #1306 from QiaoLei-88/docInSmartPointer

fix typos in documentation in SmartPointer.

fix typos in documentation in SmartPointer.

Minor cleanups.

Merge pull request #1299 from alistairbntl/master

Improved polynomial_bdm documentation.

Modified polynomial_bdm documentation.

 - added additional details about source references
 - added additional details about properties of bdm elements
 - added a general description of the structure for 2D and 3D
   bdm polynomials.
 - added additional details about degrees of freedom

Merge pull request #1302 from kronbichler/fix_find_cell_tests

Fix find_cell tests by avoiding ambiguity in point

Merge pull request #1296 from jhineman/fix-readme.md

Added how to build from repository.

Added how to build from repository.

Merge pull request #1301 from kronbichler/master

Fix easy BDM tests

Fix find_cell tests by avoiding ambiguity in point

Fix easy BDM tests

Merge pull request #1300 from bangerth/further-FEValues-cleanups-4

Let the FE classes use FE::InternalDataBase instead of Mapping::InternalDataBase.

Let the FE classes use FE::InternalDataBase instead of Mapping::InternalDataBase.

For historical reasons, FiniteElement::InternalDataBase is derived from
Mapping::InternalDataBase, but all of the finite element classes need to
use the former. However, we currently pass around pointers to the latter.
There is no good reason for doing so other than 'we can'. Fix this: store
and pass around pointers to FiniteElement::InternalDataBase.

Merge pull request #1292 from tjhei/distribute_after_sol_transf

distribute() after solution transfer

Merge pull request #1293 from krishanusen25/master

added parameter description to FEValuesBase::shape_grad

Merge pull request #1298 from ArielPino/improve-doc2

Fixed typo: simplifiy to simplify in step 18

Fixed typo: simplifiy to simplify in step 18

edited fe_values::shape_grad

Merge pull request #1288 from bangerth/fix-test

Fix test.

Also adjust 64-bit numbers.

Merge pull request #1291 from nnama/fix-error

Fixed an error in further extension suggestions

Merge pull request #1295 from tamiko/windows_fixes_2

Windows fixes 2

CMake: Do not automatically include testsuite subproject on Windows

added parameter description

Windows porting: Minor namespace changes

CMake: Prevent bundled boost from (dl)opening itself on Windows

distribute() after solution transfer

several examples forgot to call ConstraintMatrix::distribute() after a
SolutionTransfer, which is required to get a conforming interpolated
solution.

Merge pull request #1290 from guidokanschat/bdm_3d_2

BDM<3>:: missing test results and more support points

Fix indentation as well.

test results and more support points

Fixed an error in further extension suggestions

Merge pull request #1289 from drwells/fix-compression-c++11-test

Fix the test related to the last commit

Fix a test to run in C++11 mode.
The implementation was fixed in a previous commit.

Merge pull request #1286 from kronbichler/master

Make compile without C++11.

Fix test.

This was broken by #1247. I only have 32-bit testing set up. 64-bit output
still has to be fixed, but will have to wait. This at least gets us one step
further.

Merge pull request #1284 from tjhei/fix_has_hanging

fix Tria::has_hanging_nodes

Make compile without C++11.

fix Tria::has_hanging_nodes

- Avoid using MPI::Bool (requires c++ mpi)
- do not use MPI commands directly
- clean up code, document more

Merge pull request #1275 from bangerth/further-FEValues-cleanups-3

Get rid of FEValuesData.

Merge pull request #1283 from bangerth/fix-warning-2

Avoid a warning.

Avoid a warning.

Merge pull request #1270 from tamiko/windows_fixes

Windows fixes

Get rid of FEValuesData.

Remove the remnants of this class and instead derive FEValuesBase
from the previous base classes of FEValuesData.

Merge pull request #1271 from bangerth/doc-update-32

Fix erroneous wrap of compound word.

Merge pull request #1274 from jdannberg/typo_fix

fix typo

Merge pull request #1177 from drwells/q1-dimension-dependent

[WIP] Q1 dimension-dependent real-to-unit transforms

Windows porting: Minor refactoring to make MSVC happy

Those are minor code changes necessary to compile the library with MSVC.

fix typo

Merge pull request #1247 from drwells/zlib-compression-level-flags

Let the user specify the zlib compression level.

Empty FEValuesData and move the only two members to the derived class.

Merge pull request #1245 from guidokanschat/bdm_3d

BDM elements in 3D

Fix erroneous wrap of compound word.

Merge pull request #1269 from drwells/documentation-fixes

Documentation fixes (part 3)

Merge pull request #1260 from rrgrove6/master

Improved error message in component_mask.h

Fixed @bangerth's comment

Remove a note mentioning removed options.
This option did not survive the transition to CMake.

Update Chebyshev documentation name.
Note that PETSc switched the name from Chebychev to Chebyshev in version 3.3.

Remove a half-sentence comment.
It looks like this comment showed up in 2010 and was never finished.

Update documentation to refer to DEAL_VOLATILE.

Update internal documentation.
There does not seem to be such a thing as an 'EntryValue'.

Remove an obsolete comment about openDX utilities.
It looks like this was removed a few years ago.

Remove commented-out function stubs.
These functions have since been implemented.

Merge pull request #1266 from bangerth/further-FEValues-cleanups-2

Get rid of FEValuesData in FESystem.

Let the user specify the zlib compression level.

start getting FE_BDM to work in 3D

Merge pull request #1264 from tamiko/fix_find_boost_call

CMake: fix find_boost call for windows

Merge pull request #1265 from kronbichler/master

Improve documentation of TrilinosWrappers::SparseMatrix::set

Get rid of FEValuesData in FESystem.

This patch replaces FEValuesData by internal::FEValues::FiniteElementRelatedData
in FESystem. This has two nice benefits:

* We no longer need to copy the mapping related data from the object we get passed
  to the objects that we pass on to the base elements. Rather, we simply reuse the
  one mapping related data object for all base elements.
* This also makes us immune to the situation where a field is added to the mapping
  related data structure. We no longer need to add the copying to FESystem in
  that case.

While there, I took the opportunity to clean up one additional issue: We used to
store an array of pointers to FEValuesData objects. This is not necessary, a
plain array of objects would have sufficed and be more efficient. I made that
change now.

CMake: Add comments for cmake find-module trickery

Merge pull request #1268 from bangerth/doc-update-31

Fix up documentation.

Merge pull request #1267 from bangerth/markup-fixups

Fix markup.

Fix up documentation.

As pointed out to me by Jean-Paul Pelteret, the documentation of
BlockMatrixArray has gone out of sync with regard to the
examples/doxygen/block_matrix.cc program from which it includes
code.

Fix markup.

doxygen automatically cross-links class names automatically. No need
to mark them as <code>...</code>.

Fix bug

Improve documentation of TrilinosWrappers::SparseMatrix::set

CMake: fix find_boost call for windows

It turns out that the Windows version of CMake does not distinguish between
FindBOOST.cmake and FindBoost.cmake - *yay*.

Therefore, we also have to guard the invocation of FindBoost.cmake within
deal.II's FindBOOST.cmake file.

Merge pull request #1263 from bangerth/fix-compilation

Un-break compilation.

Merge pull request #1254 from bangerth/improve-error-message

Improve the error message for copying and adding sparse matrices with

Merge pull request #1262 from drwells/fix-header-typos

Fix header typos