Cosmetic changes to get a better documentation of the Trilinos wrapper classes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16737 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove copied pictures.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16736 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename images to say step-31 instead of the erroneously used step-33.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16735 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Additional tests for CompressedSimpleSparsityPattern.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16734 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added new class CompressedSimpleSparsityPattern and mentioned my contribution.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16733 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Interpolate Stokes solution when the grid changes to reduce number of iterations even during the first step after remeshing (is it necessary?). Added a parameter aggregation_threshold to the Trilinos AMG preconditioner to allow control over the aggregation in the matrix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16732 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16731 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Include step-32.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16730 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove all comments and other documentation copied from step-31. Only new stuff should be commented on.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16729 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo accidental last checkin.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16728 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add step-32, a parallelized version of step-31.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16727 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

There were some unnecessary include files. Moreover, let the Stokes linear solver start with the previous solution instead of initializing the vector to zero. We changed this some time ago since it was faster when we had to copy deal.II matrices to Trilinos objects and negelected some small elements, but now things seem to be alright again and a good initial guess as obtained from the previous time step accelerates the GMRES convergence.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16726 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Only keep sparsity patterns for exactly as long as necessary. In particular, the Trilinos matrices do not need to have them around for later.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16725 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New gfortran libraries appear not to have the _gfortran_allocate symbol so keep checking till we find something we recognize.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16724 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make sure gfortran 4.3.1 does not match g77 3.1.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16723 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add braces as suggested by recent gcc versions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16722 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use Trilinos block structures on Stokes system now as well instead of the deal.II structures. Found an error in the implementation of TrilinosSparseMatrix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16721 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make sure expand_instantiations and make_dependencies are always rebuilt whenever necessary.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16720 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Instantiate a bunch of templates using the pre-processor.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16719 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clean up a few issues with Trilinos and otherwise.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16718 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Two more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16717 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add an initial version of some preconditioners based on Trilinos' Ifpack functionality.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16716 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Ignore template-arguments

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16713 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add necessary instantiations in all cases using the preprocessor.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16712 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make .inst files dependent on D/common/template-arguments

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16711 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove bogus target. Make .inst files dependent on D/common/template-arguments

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16710 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added apply_boundary_conditions() function to Trilinos Block matrices and vectors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16707 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update numbers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16706 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Changed DoFTools::extract_constant_modes to work on bool vectors instead of doubles to make it consistent with the other extract_* functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16705 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Extend the ./configure mechanism to generate common/template-arguments. Make sure it also generates the Trilinos and PETSc vectors in the correct place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16704 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Introduced an error in version 16701, which is now fixed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16703 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention my contributions during the last months.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16702 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added the function DoFTools::extract_constant_modes(). This simplifies the preconditioner initialization in step-31.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16701 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

There was an include file missing.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16700 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

hp paper is accepted.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16699 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Small updates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16698 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Another link to check.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16697 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Amit's PhD thesis, which inexplicably never appeared here...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16696 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Include missing header file (found by C. Trophime).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16695 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Include missing header file (found by C. Trophime).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16694 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve copying cached data.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16693 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a TODO.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16692 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move the linear system for the temperature completely to Trilinos vectors and matrices. Leave some TODOs for later.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16679 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement a copy_from function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16678 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add an assertion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16677 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Open code a loop so as to make it compatible with Trilinos vectors as well.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16676 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change second argument of the SolutionTransfer class to be a Vector type, not just a scalar.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16675 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Found an error in clear_row() function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16674 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add an add() function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16673 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Restructured the internal procedures in Trilinos wrapper classes to avoid to have the same code at two places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16672 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-add the comment that was lost in the last commit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16671 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add missing instantiations for Trilinos vectors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16670 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected some minor bugs in Trilinos wrappers. Added clear_row() functionality to sparse matrix class and a print() function in the deal.II style.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16669 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add to comment on Trilinos bug.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16667 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add threading flags for PGI compiler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16666 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix test to not reference arguments to main().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16665 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Put a meaningful call into the MPI test to make sure we can indeed link.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16664 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix numbers for 3d.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16663 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust call to TrilinosWrappers::PreconditionAMG::initialize.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16662 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Put AC_MSG_RESULT into the correct place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16661 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use optimized flags for expand_instantiations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16660 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated version of Trilinos wrappers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16659 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated Trilinos AMG preconditioner to interact with Trilinos wrappers for matrices and vectors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16658 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make beta and time step dimension independent.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16657 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Enable the use of the Trilinos block vector and block sparse matrix classes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16656 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a Traits class to the Trilinos sparse matrix class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16655 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Hide a compress() call within the collect_sizes operation, so compres() will only be needed after assembly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16654 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added a block sparse matrix class based on Trilinos (parallel) matrices.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16653 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected an access error to vector components using the () operator.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16652 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added a BlockVector implementation of the Trilinos vector class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16651 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make available a whole bunch of functions in deal.II that work on Trilinos vectors and matrices.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16650 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed an error in constructor caused by ifdef.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16649 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Removed unnecessary include file (the ifdef statement before that was wrong anyway).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16648 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

In case deal.II supports MPI, the program did not run. Inserted an MPI_Init and MPI_Finalize to fix that.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16647 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make AMG preconditioner also work for MPI based compiler (right now it still runs only on one process anyway).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16646 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Introduced copy operator = for basic Trilinos vectors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16645 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

400,000 lines of code :-)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16644 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add some documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16643 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename the preconditioner to make it conform with our usual naming scheme. Use it from step-31.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16642 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add the Trilinos algebraic multigrid preconditioner.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16641 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set file properties correctly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16640 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make compile again.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16639 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Properly declare function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16638 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

There was an error in the compress() function in the implementation for rectangular matrices. This is now fixed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16631 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Definition of ExcTrilinosError

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16630 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Extended the rudimentary Trilinos wrappers a little bit. Rectangular matrices do not yet seem to work properly. Need to do some more work on that.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16629 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Output the range of temperatures. Use minimal degree to build patches.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16628 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't take the degree as a constructor argument -- we know what we want now.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16627 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move tool functions all in the same place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16626 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

xlink step-31.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16625 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Discuss correct choice of beta and time step.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16624 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add files for Q2.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16623 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix condition for MPI use.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16622 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Regenerate.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16621 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Regenerate.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16620 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Comment on stability issues.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16619 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16618 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added a rudimentary implementation of Trilinos sparse matrix and vector wrappers for serial and distributed memory systems. It will still need a lot of testing of the features implemented, and some more comments as well. Build a parallel version of step-31 on top of that.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16617 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Regenerate.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16616 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@16615 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d